580 Publikationen
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2025 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 3000586Dymek, S.-M., Jacob, L., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2025). Targeting Transcriptional Regulators Affecting Acarbose Biosynthesis in <i>Actinoplanes</i> sp. SE50/110 Using CRISPRi Silencing. Microorganisms , 13(1): 1. MDPI. doi:10.3390/microorganisms13010001.
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2024 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2993878Belmann, P., Osterholz, B., Kleinboelting, N., Pühler, A., Schlüter, A. & Sczyrba, A. (2024). Metagenomics-Toolkit: The Flexible and Efficient Cloud-Based Metagenomics Workflow featuring Machine Learning-Enabled Resource Allocation. bioRxiv. Cold Spring Harbor Laboratory. doi:10.1101/2024.10.22.619569.
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2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990920Schlüter, L., Busche, T., Bondzio, L., Hütten, A., Niehaus, K., Schneiker-Bekel, S., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2024). Sigma Factor Engineering in Actinoplanes sp. SE50/110: Expression of the Alternative Sigma Factor Gene ACSP50_0507 (sigmaHAs) Enhances Acarbose Yield and Alters Cell Morphology. Microorganisms , 12(6): 1241. MDPI. doi:10.3390/microorganisms12061241.
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2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990923März, C., Nölting, S., Wollenschläger, L., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2024). Role of MalQ Enzyme in a Reconstructed Maltose/Maltodextrin Pathway in Actinoplanes sp. SE50/110. Microorganisms, 12(6): 1221. MDPI. doi:10.3390/microorganisms12061221.
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2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2989112Struck, B., Wiersma, S.J., Ortseifen, V., Pühler, A. & Niehaus, K. (2024). Comprehensive Proteome Profiling of a Xanthomonas campestris pv. Campestris B100 Culture Grown in Minimal Medium with a Specific Focus on Nutrient Consumption and Xanthan Biosynthesis. Proteomes, 12(2): 12. MDPI. doi:10.3390/proteomes12020012.
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2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2977923Nelkner, J., Huang, L., Lin, T.W., Schulz, A., Osterholz, B., Henke, C., Blom, J., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2023). Abundance, classification and genetic potential of Thaumarchaeota in metagenomes of European agricultural soils: a meta-analysis. Environmental Microbiome, 18(1): 26. BioMed Central. doi:10.1186/s40793-023-00479-9.
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2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983209Hassa, J., Tubbesing, T.J., Maus, I., Heyer, R., Benndorf, D., Effenberger, M., Henke, C., Osterholz, B., Beckstette, M., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2023). Uncovering Microbiome Adaptations in a Full-Scale Biogas Plant: Insights from MAG-Centric Metagenomics and Metaproteomics. Microorganisms, 11(10): 2412. MDPI AG. doi:10.3390/microorganisms11102412.
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2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2984551Förstner, K.U., Becker, A., Blom, J., Bork, P., Clavel, T., Dieckmann, M., Goesmann, A., Götz, B., Gübitz, T., Hufsky, F., Jünemann, S., Körner, M.-L., Marz, M., Da Rocha, U.N., Overmann, J., Pühler, A., Rebholz-Schuhmann, D., Sczyrba, A., Stoye, J., Vandendorpe, J., Van Rossum, T. & McHardy, A. (2023). NFDI4Microbiota – national research data infrastructure for microbiota research. Research Ideas and Outcomes, 9. Pensoft Publishers. doi:10.3897/rio.9.e110501.
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2023 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983197Participation of Bielefeld University Teams in the iGEM Competition of Synthetic Biology. (2023). Participation of Bielefeld University Teams in the iGEM Competition of Synthetic Biology. (A. Pühler, N.-C. Lübke, I. Maus & A. Schlüter, Hrsg.). Bielefeld: Bielefeld University, Center for Biotechnology (CeBiTec). doi:10.4119/unibi/2983197.
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967793Köller, N., Hahnke, S., Zverlov, V., Wibberg, D., Klingl, A., Busche, T., Klocke, M., Pühler, A., Schlüter, A., Liebl, W. & Maus, I. (2022). Anaeropeptidivorans aminofermentans gen. nov., sp. nov., a mesophilic proteolytic salt-tolerant bacterium isolated from a laboratory-scale biogas fermenter, and emended description of Clostridium colinum. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 72(12). Microbiology Society. doi:10.1099/ijsem.0.005668.
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2966901Maus, I., Wibberg, D., Belmann, P., Hahnke, S., Huang, L., Spröer, C., Bunk, B., Blom, J., Sczyrba, A., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2022). The novel oligopeptide utilizing species Anaeropeptidivorans aminofermentans M3/9T, its role in anaerobic digestion and occurrence as deduced from large-scale fragment recruitment analyses. Frontiers in Microbiology, 13: 1032515. Frontiers Media SA. doi:10.3389/fmicb.2022.1032515.
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2965631Castellani, L.G., Luchetti, A., Nilsson, J.F., Pérez-Giménez, J., Struck, B., Schlüter, A., Pühler, A., Niehaus, K., Romero, D., Pistorio, M. & Torres Tejerizo, G. (2022). RcgA and RcgR, Two Novel Proteins Involved in the Conjugative Transfer of Rhizobial Plasmids. mBio. American Society for Microbiology. doi:10.1128/mbio.01949-22.
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2961446Steffens, T., Vorhölter, F.-J., Teckentrup, J., Hublik, G., Walhorn, V., Anselmetti, D., Pühler, A., Niehaus, K. & Ortseifen, V. (2022). Two Flagellar mutants of Xanthomonas campestris are characterized by enhanced xanthan production and higher xanthan viscosity. Journal of Biotechnology , 347, 9-17. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2022.02.002.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956084Hassa, J., Klang, J., Benndorf, D., Pohl, M., Hülsemann, B., Mächtig, T., Effenberger, M., Pühler, A., Schlüter, A. & Theuerl, S. (2021). Indicative Marker Microbiome Structures Deduced from the Taxonomic Inventory of 67 Full-Scale Anaerobic Digesters of 49 Agricultural Biogas Plants. Microorganisms, 9(7): 1457. MDPI AG. doi:10.3390/microorganisms9071457.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957996Wibberg, D., Genzel, F., Verwaaijen, B., Blom, J., Rupp, O., Goesmann, A., Zrenner, R., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2021). Genome Analyses of the Less Aggressive Rhizoctonia solani AG1-IB Isolates 1/2/21 and O8/2 Compared to the Reference AG1-IB Isolate 7/3/14. Journal of Fungi, 7(10): 832. MDPI AG. doi:10.3390/jof7100832.
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2021 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2960900Leitner, F., Carazo, J.M., Bischof, J., Haley, N., Audergon, P., Sorzano, C.O., del Cano, L., Conesa, P., Cox, C.J., De Moro, G., Erwan, C., Exter, K., Le Corguillé, G., Dallet, R., Gueguen, L., Heriche, J.-K., Serrano, B., Sun, Y., Burel, J.-M., Zullino, S., Longo, D.L., Pommier, C., Hallab, A., Eiteneuer, C., David, R., Usadel, B., Owen, S., Gruden, K., Pieruschka, R., Sczyrba, A., Pühler, A., Beracochea, M., Finn, R., Gribbon, P., Zaliani, A., Skyner, R., von Delft, F., Skuta, C., Leach, A., Tang, J., Capella, S., Fernández, J.M., Rambla, J. & Beltran, S. (2021). EOSC-Life Report on the work of the initial demonstrators. doi:10.5281/zenodo.4817723.
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2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2958276Future-Oriented Analysis of Life Sciences Data by Artificial Intelligence : Contributions of the German Network for Bioinformatics Infrastructure. (2021). Future-Oriented Analysis of Life Sciences Data by Artificial Intelligence : Contributions of the German Network for Bioinformatics Infrastructure. (A. Pühler, A. Tauch & German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI), Hrsg.). Bielefeld: Center for Biotechnology, de.NBI Administration Office. doi:10.4119/unibi/2958276.
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2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950259Data Analysis for the COVID-19 Research: Contributions of the German Network of Bioinformatics Infrastructure. (2021). Data Analysis for the COVID-19 Research: Contributions of the German Network of Bioinformatics Infrastructure. (A. Pühler & German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI), Hrsg.). Bielefeld: Center for Biotechnology, de.NBI Administration Office. doi:10.4119/unibi/2950259.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2951540Mayer, G., Muller, W., Schork, K., Uszkoreit, J., Weidemann, A., Wittig, U., Rey, M., Quast, C., Felden, J., Glockner, F.O., Lange, M., Arend, D., Beier, S., Junker, A., Scholz, U., Schuler, D., Kestler, H.A., Wibberg, D., Pühler, A., Twardziok, S., Eils, J., Eils, R., Hoffmann, S., Eisenacher, M. & Turewicz, M. (2021). Implementing FAIR data management within the German Network for Bioinformatics Infrastructure (de.NBI) exemplified by selected use cases. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press. doi:10.1093/bib/bbab010.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956909Geiger, O., Sohlenkamp, C., Vera-Cruz, D., Medeot, D.B., Martinez-Aguilar, L., Sahonero-Canavesi, D.X., Weidner, S., Pühler, A. & Lopez-Lara, I.M. (2021). ExoS/ChvI Two-Component Signal-Transduction System Activated in the Absence of Bacterial Phosphatidylcholine. Frontiers in Plant Science, 12: 678976. Frontiers Media. doi:10.3389/fpls.2021.678976.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2951288Castellani, L.G., Luchetti, A., Nilsson, J.F., Pérez-Giménez, J., Wegener, C., Schlüter, A., Pühler, A., Lagares, A., Brom, S., Pistorio, M., Niehaus, K. & Torres Tejerizo, G.A. (2021). Exopolysaccharide Characterization of Rhizobium favelukesii LPU83 and Its Role in the Symbiosis With Alfalfa. Frontiers in Plant Science, 12: 642576. Frontiers Media . doi:10.3389/fpls.2021.642576.
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2949961Nilsson, J.F., Castellani, L.G., Draghi, W.O., Mogro, E.G., Wibberg, D., Winkler, A., Hansen, L.H., Schlüter, A., Pühler, A., Kalinowski, J., Torres Tejerizo, G.A. & Pistorio, M. (2021). Global transcriptome analysis of Rhizobium favelukesii LPU83 in response to acid stress. FEMS Microbiology Ecology, 97(1): fiaa235. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/femsec/fiaa235.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939840Hassa, J., Wibberg, D., Maus, I., Pühler, A. & Schlüter, A. (2020). Genome Analyses and Genome-Centered Metatranscriptomics of Methanothermobacter wolfeii Strain SIV6, Isolated from a Thermophilic Production-Scale Biogas Fermenter. Microorganisms, 8(1): 13. MDPI. doi:10.3390/microorganisms8010013.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946320Droste, J., Kulisch, M., Wolf, T., Schaffert, L., Schneiker-Bekel, S., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2020). A maltose-regulated large genomic region is activated by the transcriptional regulator MalT in Actinoplanes sp. SE50/110. Applied microbiology and biotechnology, 104, 9283–9294. Springer Nature. doi:10.1007/s00253-020-10923-2.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941645Maus, I., Klocke, M., Derenkó, J., Stolze, Y., Beckstette, M., Jost, C., Wibberg, D., Blom, J., Henke, C., Willenbücher, K., Rumming, M., Rademacher, A., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2020). Impact of process temperature and organic loading rate on cellulolytic / hydrolytic biofilm microbiomes during biomethanation of ryegrass silage revealed by genome-centered metagenomics and metatranscriptomics. Environmental Microbiome, 15(1): 7. BioMed Central. doi:10.1186/s40793-020-00354-x.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953267Schulte-Schrepping, J., Reusch, N., Paclik, D., Baßler, K., Schlickeiser, S., Zhang, B., Krämer, B., Krammer, T., Brumhard, S., Bonaguro, L., De Domenico, E., Wendisch, D., Grasshoff, M., Kapellos, T.S., Beckstette, M., Pecht, T., Saglam, A., Dietrich, O., Mei, H.E., Schulz, A.R., Conrad, C., Kunkel, D., Vafadarnejad, E., Xu, C.-J., Horne, A., Herbert, M., Drews, A., Thibeault, C., Pfeiffer, M., Hippenstiel, S., Hocke, A., Müller-Redetzky, H., Heim, K.-M., Machleidt, F., Uhrig, A., Bosquillon de Jarcy, L., Jürgens, L., Stegemann, M., Glösenkamp, C.R., Volk, H.-D., Goffinet, C., Landthaler, M., Wyler, E., Georg, P., Schneider, M., Dang-Heine, C., Neuwinger, N., Kappert, K., Tauber, R., Corman, V., Raabe, J., Kaiser, K.M., Vinh, M.T., Rieke, G., Meisel, C., Ulas, T., Becker, M., Geffers, R., Witzenrath, M., Drosten, C., Suttorp, N., von Kalle, C., Kurth, F., Händler, K., Schultze, J.L., Aschenbrenner, A.C., Li, Y., Nattermann, J., Sawitzki, B., Saliba, A.-E., Sander, L.E., Angelov, A., Bals, R., Bartholomäus, A., Becker, A., Bezdan, D., Bonifacio, E., Bork, P., Clavel, T., Colome-Tatche, M., Diefenbach, A., Dilthey, A., Fischer, N., Förstner, K., Frick, J.-S., Gagneur, J., Goesmann, A., Hain, T., Hummel, M., Janssen, S., Kalinowski, J., Kallies, R., Kehr, B., Keller, A., Kim-Hellmuth, S., Klein, C., Kohlbacher, O., Korbel, J.O., Kurth, I., Landthaler, M., Li, Y., Ludwig, K., Makarewicz, O., Marz, M., McHardy, A., Mertes, C., Nöthen, M., Nürnberg, P., Ohler, U., Ossowski, S., Overmann, J., Peter, S., Pfeffer, K., Poetsch, A.R., Pühler, A., Rajewsky, N., Ralser, M., Rieß, O., Ripke, S., Nunes da Rocha, U., Rosenstiel, P., Saliba, A.-E., Sander, L.E., Sawitzki, B., Schiffer, P., Schulte, E.-C., Schultze, J.L., Sczyrba, A., Stegle, O., Stoye, J., Theis, F., Vehreschild, J., Vogel, J., von Kleist, M., Walker, A., Walter, J., Wieczorek, D. & Ziebuhr, J. (2020). Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell Compartment. Cell, 182(6), 1419-1440.e23. Elsevier . doi:10.1016/j.cell.2020.08.001.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949597Maus, I., Tubbesing, T.J., Wibberg, D., Heyer, R., Hassa, J., Tomazetto, G., Huang, L., Bunk, B., Spröer, C., Benndorf, D., Zverlov, V., Pühler, A., Klocke, M., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2020). The Role of Petrimonas mucosa ING2-E5AT in Mesophilic Biogas Reactor Systems as Deduced from Multiomics Analyses. Microorganisms, 8(12): 2024. MDPI AG. doi:10.3390/microorganisms8122024.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949080Droste, J., Ortseifen, V., Schaffert, L., Persicke, M., Schneiker-Bekel, S., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2020). The expression of the acarbose biosynthesis gene cluster in Actinoplanes sp. SE50/110 is dependent on the growth phase. BMC genomics, 21: 818. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-020-07194-6.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946157Schaffert, L., Jacob, L., Schneiker-Bekel, S., Persicke, M., März, C., Rückert, C., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2020). pSETT4, an Improved φC31-Based Integrative Vector System for Actinoplanes sp. SE50/110. Microbiology Resource Announcements, 9(39): e00596-20. American Society for Microbiology. doi:10.1128/mra.00596-20.
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942996Schaffert, L., Schneiker-Bekel, S., Gierhake, J., Droste, J., Persicke, M., Rosen, W., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2020). Absence of the highly expressed small carbohydrate-binding protein Cgt improves the acarbose formation in Actinoplanes sp. SE50/110. Applied Microbiology and Biotechnology, 104, 5395–5408. Springer Nature. doi:10.1007/s00253-020-10584-1.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935923Nelkner, J., Henke, C., Lin, T.W., Pätzold, W., Hassa, J., Jaenicke, S., Grosch, R., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2019). Effect of Long-Term Farming Practices on Agricultural Soil Microbiome Members Represented by Metagenomically Assembled Genomes (MAGs) and Their Predicted Plant-Beneficial Genes. Genes, 10(6): 424. MDPI. doi:10.3390/genes10060424.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936839Nelkner, J., Tejerizo, G.T., Hassa, J., Lin, T.W., Witte, J., Verwaaijen, B., Winkler, A., Bunk, B., Spröer, C., Overmann, J., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2019). Genetic Potential of the Biocontrol Agent Pseudomonas brassicacearum (Formerly P. trivialis) 3Re2-7 Unraveled by Genome Sequencing and Mining, Comparative Genomics and Transcriptomics. Genes, 10(8): 601. MDPI. doi:10.3390/genes10080601.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939194Mayer, G., Quast, C., Felden, J., Lange, M., Prinz, M., Pühler, A., Lawerenz, C., Scholz, U., Gloeckner, F.O., Mueller, W., Marcus, K. & Eisenacher, M. (2019). A generally applicable lightweight method for calculating a value structure for tools and services in bioinformatics infrastructure projects. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, 20(4), 1215-1221. Oxford Univ Press. doi:10.1093/bib/bbx140.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936223Belmann, P., Fischer, B., Krüger, J., Procházka, M., Rasche, H., Prinz, M., Hanussek, M., Lang, M., Bartusch, F., Gläßle, B., Krüger, J., Pühler, A. & Sczyrba, A. (2019). de.NBI Cloud federation through ELIXIR AAI. F1000Research, 8: 842. F1000 Research Ltd. doi:10.12688/f1000research.19013.1.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935899López, J.L., Lozano, M.J., Lagares, A., Fabre, M.L., Draghi, W.O., Del Papa, M.F., Pistorio, M., Becker, A., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A., Blom, J., Goesmann, A. & Lagares, A. (2019). Codon Usage Heterogeneity in the Multipartite Prokaryote Genome. Selection-Based Coding Bias Associated with Gene Location, Expression Level, and Ancestry. mBio, 10(3): e00505-19. American Society for Microbiology. doi:10.1128/mbio.00505-19.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2938413Schaffert, L., Schneiker-Bekel, S., Dymek, S., Droste, J., Persicke, M., Busche, T., Brandt, D., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2019). Essentiality of the Maltase AmlE in Maltose Utilization and Its Transcriptional Regulation by the Repressor AmlR in the Acarbose-Producing Bacterium Actinoplanes sp. SE50/110. Frontiers in Microbiology, 10: 2448. Frontiers Media. doi:10.3389/fmicb.2019.02448.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936439Schaffert, L., März, C., Burkhardt, L., Droste, J., Brandt, D., Busche, T., Rosen, W., Schneiker-Bekel, S., Persicke, M., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2019). Evaluation of vector systems and promoters for overexpression of the acarbose biosynthesis gene acbC in Actinoplanes sp. SE50/110. Microbial Cell Factories, 18(1): 114. Springer Nature. doi:10.1186/s12934-019-1162-5.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935556Verwaaijen, B., Wibberg, D., Winkler, A., Zrenner, R., Bednarz, H., Niehaus, K., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2019). A comprehensive analysis of the Lactuca sativa, L. transcriptome during different stages of the compatible interaction with Rhizoctonia solani. Scientific Reports, 9(1): 7221. Springer Nature. doi:10.1038/s41598-019-43706-5.
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2934570Castellani, L.G., Nilsson, J.F., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A., Brom, S., Pistorio, M. & Tejerizo, G.T. (2019). Insight into the structure, function and conjugative transfer of pLPU83a, an accessory plasmid of Rhizobium favelukesii LPU83. Plasmid, 103, 9-16. Elsevier BV. doi:10.1016/j.plasmid.2019.03.004.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920168Tomazetto, G., Hahnke, S., Wibberg, D., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2018). Proteiniphilum saccharofermentans str. M3/6 T isolated from a laboratory biogas reactor is versatile in polysaccharide and oligopeptide utilization as deduced from genome-based metabolic reconstructions. Biotechnology Reports, 18: e00254. Elsevier BV. doi:10.1016/j.btre.2018.e00254.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930510Alkhateeb, R., Vorhölter, F.-J., Steffens, T., Rückert, C., Ortseifen, V., Hublik, G., Niehaus, K. & Pühler, A. (2018). Comparative transcription profiling of two fermentation cultures of Xanthomonas campestris pv. campestris B100 sampled in the growth and in the stationary phase. Applied Microbiology and Biotechnology, 102(15), 6613-6625. Springer. doi:10.1007/s00253-018-9106-2.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920169Salto, I.P., Torres Tejerizo, G., Wibberg, D., Pühler, A., Schlüter, A. & Pistorio, M. (2018). Comparative genomic analysis of Acinetobacter spp. plasmids originating from clinical settings and environmental habitats. Scientific Reports, 8(1): 7783. Springer Nature. doi:10.1038/s41598-018-26180-3.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920170Hassa, J., Maus, I., Off, S., Pühler, A., Scherer, P., Klocke, M. & Schlüter, A. (2018). Metagenome, metatranscriptome, and metaproteome approaches unraveled compositions and functional relationships of microbial communities residing in biogas plants. Applied Microbiology and Biotechnology, 102(12), 5045-5063. Springer Nature. doi:10.1007/s00253-018-8976-7.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920750Maus, I., Rumming, M., Bergmann, I., Heeg, K., Pohl, M., Nettmann, E., Jaenicke, S., Blom, J., Pühler, A., Schlüter, A., Sczyrba, A. & Klocke, M. (2018). Characterization of Bathyarchaeota genomes assembled from metagenomes of biofilms residing in mesophilic and thermophilic biogas reactors. Biotechnology for Biofuels, 11(1): 167. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-018-1162-4.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916929Stolze, Y., Bremges, A., Maus, I., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2018). Targeted in situ metatranscriptomics for selected taxa from mesophilic and thermophilic biogas plants. Microbial Biotechnology, 11(4), 667-679. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/1751-7915.12982.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917037Verwaaijen, B., Wibberg, D., Nelkner, J., Gordin, M., Rupp, O., Winkler, A., Bremges, A., Blom, J., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2018). Assembly of the Lactuca sativa, L. cv. Tizian draft genome sequence reveals differences within major resistance complex 1 as compared to the cv. Salinas reference genome. Journal of Biotechology, 267, 12-18. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.12.021.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920160Arnold, W., Grotjohann, N., Pühler, A., Röllke, K. & Selbitschka, W. (2018). Die CeBiT ec Schülerakademie „Synthetische Biologie/Biotechnologie “– Begabtenförderung in einem zukunftsträchtigen Forschungsfeld. ABB-Information. Jahresheft, 2017. Arbeitskreis Begabungsforschung und Begabungsförderung.
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920173Wibberg, D., Salto, I.P., Eikmeyer, F.G., Maus, I., Winkler, A., Nordmann, P., Pühler, A., Poirel, L. & Schlüter, A. (2018). Complete Genome Sequencing of Acinetobacter baumannii Strain K50 Discloses the Large Conjugative Plasmid pK50a Encoding Carbapenemase OXA-23 and Extended-Spectrum β-Lactamase GES-11. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 62(5): e00212-18. American Society for Microbiology. doi:10.1128/aac.00212-18.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913116Wolf, T., Droste, J., Gren, T., Ortseifen, V., Schneiker-Bekel, S., Zemke, T., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2017). The MalR type regulator AcrC is a transcriptional repressor of acarbose biosynthetic genes in Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics, 18(1): 562. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-017-3941-x.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911997Omar Draghi, W., Florencia Del Papa, M., Barsch, A., Albicoro, F.J., Lozano, M.J., Pühler, A., Niehaus, K. & Lagares, A. (2017). A metabolomic approach to characterize the acid-tolerance response in Sinorhizobium meliloti. METABOLOMICS, 13(6): 71. Springer. doi:10.1007/s11306-017-1210-2.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915516Maus, I., Bremges, A., Stolze, Y., Hahnke, S., Cibis, K.G., Koeck, D.E., Kim, Y.S., Kreubel, J., Hassa, J., Wibberg, D., Weimann, A., Off, S., Stantscheff, R., Zverlov, V.V., Schwarz, W.H., König, H., Liebl, W., Scherer, P., McHardy, A.C., Sczyrba, A., Klocke, M., Pühler, A. & Schlüter, A. (2017). Genomics and prevalence of bacterial and archaeal isolates from biogas-producing microbiomes. Biotechnology for Biofuels, 10(1): 264. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-017-0947-1.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912114Verwaaijen, B., Wibberg, D., Kröber, M., Winkler, A., Zrenner, R., Bednarz, H., Niehaus, K., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2017). The Rhizoctonia solani AG1-IB (isolate 7/3/14) transcriptome during interaction with the host plant lettuce (Lactuca sativa L.). PLOS ONE, 12(5): e0177278. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0177278.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916490Wibberg, D., Genzel, F., Verwaaijen, B., Blom, J., Rupp, O., Goesmann, A., Zrenner, R., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2017). Draft genome sequence of the potato pathogen Rhizoctonia solani AG3-PT isolate Ben3. Archives of Microbiology, 199(7), 1065-1068. Springer. doi:10.1007/s00203-017-1394-x.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910369Maus, I., Kim, Y.S., Wibberg, D., Stolze, Y., Off, S., Antonczyk, S., Pühler, A., Scherer, P. & Schlüter, A. (2017). Biphasic Study to Characterize Agricultural Biogas Plants by High-Throughput 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing and Microscopic Analysis. Journal of Microbiology and Biotechnology, 27(2), 321-334. Korean Soc Microbiology & Biotechnology. doi:10.4014/jmb.1605.05083.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908419Torres Tejerizo, G.A., Wibberg, D., Winkler, A., Ormeño-Orrillo, E., Martínez-Romero, E., Niehaus, K., Pühler, A., Kalinowski, J., Lagares, A., Schlüter, A. & Pistorio, M. (2017). Genome Sequence of the Symbiotic Type Strain Rhizobium tibeticum CCBAU85039T. Genome Announcements, 5(4), e01513-16. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomea.01513-16.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916528Wolf, T., Schneiker-Bekel, S., Neshat, A., Ortseifen, V., Wibberg, D., Zemke, T., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2017). Genome improvement of the acarbose producer Actinoplanes sp SE50/110 and annotation refinement based on RNA-seq analysis. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 251, 112-123. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.04.013.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916470Tomazetto, G., Hahnke, S., Langer, T., Wibberg, D., Blom, J., Maus, I., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2017). The completely annotated genome and comparative genomics of the Peptoniphilaceae bacterium str. ING2-D1G, a novel acidogenic bacterium isolated from a mesophilic biogas reactor. Journal of Biotechnology, 257, 178-186. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.05.027.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910373Bartholomäus, A., Wibberg, D., Winkler, A., Pühler, A., Schlüter, A. & Varrelmann, M. (2017). Identification of a novel mycovirus isolated from Rhizoctonia solani (AG 2-2 IV) provides further information about genome plasticity within the order Tymovirales. Archives of Virology, 162(2), 555-559. Springer Wien. doi:10.1007/s00705-016-3085-3.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916406Lasek, R., Dziewit, L., Ciok, A., Decewicz, P., Romaniuk, K., Jedrys, Z., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A. & Bartosik, D. (2017). Genome content, metabolic pathways and biotechnological potential of the psychrophilic Arctic bacterium Psychrobacter sp DAB_AL43B, a source and a host of novel Psychrobacter-specific vectors. Journal of Biotechnology, 263, 64-74. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.09.011.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916435Czarnecki, J., Dziewit, L., Puzyna, M., Prochwicz, E., Tudek, A., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A. & Bartosik, D. (2017). Lifestyle-determining extrachromosomal replicon pAMV1 and its contribution to the carbon metabolism of the methylotrophic bacterium Paracoccus aminovorans JCM 7685. Environmental Microbiology, 19(11), 4536-4550. Wiley. doi:10.1111/1462-2920.13901.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914538Ortseifen, V., Kalinowski, J., Pühler, A. & Rückert, C. (2017). The complete genome sequence of the actinobacterium Streptomyces glaucescens GLA.O (DSM 40922) carrying gene clusters for the biosynthesis of tetracenomycin C, 5`-hydroxy streptomycin, and acarbose. J Biotechnol, 262, 84-88. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.09.008.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911777Torres Tejerizo, G.A., Kim, Y.S., Maus, I., Wibberg, D., Winkler, A., Off, S., Pühler, A., Scherer, P. & Schlüter, A. (2017). Genome sequence of Methanobacterium congolense strain Buetzberg, a hydrogenotrophic, methanogenic archaeon, isolated from a mesophilic industrial-scale biogas plant utilizing bio-waste. Journal of Biotechnology, 247, 1-5. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.02.015.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911462Alkhateeb, R., Rückert, C., Rupp, O., Pucker, B., Hublik, G., Wibberg, D., Niehaus, K., Pühler, A. & Vorhölter, F.-J. (2017). Refined annotation of the complete genome of the phytopathogenic and xanthan producing Xanthomonas campestris pv. campestris strain B100 based on RNA sequence data. Journal of Biotechnology, 253, 55-61. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.05.009.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917144Wibberg, D., Andersson, L., Tzelepis, G., Rupp, O., Blom, J., Jelonek, L., Pühler, A., Fogelqvist, J., Varrelmann, M., Schlüter, A. & Dixelius, C. (2016). Genome analysis of the sugar beet pathogen Rhizoctonia solani AG2-2IIIB revealed high numbers in secreted proteins and cell wall degrading enzymes. BMC Genomics, 17(1): 245. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-016-2561-1.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907431Bartholomaeus, A., Wibberg, D., Winkler, A., Pühler, A., Schlüter, A. & Varrelmann, M. (2016). Deep Sequencing Analysis Reveals the Mycoviral Diversity of the Virome of an Avirulent Isolate of Rhizoctonia solani AG-2-2 IV. PLOS ONE, 11(11): e0165965. Public Library Science. doi:10.1371/journal.pone.0165965.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905122Draghi, W.O., Del Papa, M.F., Hellweg, C., Watt, S.A., Watt, T.F., Barsch, A., Lozano, M.J., Lagares, A., J., Salas, M.E., Lopez, J.L., Albicoro, F.J., Nilsson, J.F., Torres Tejerizo, G.A., Luna, M.F., Pistorio, M., Boiardi, J.L., Pühler, A., Weidner, S., Niehaus, K. & Lagares, A. (2016). A consolidated analysis of the physiologic and molecular responses induced under acid stress in the legume-symbiont model-soil bacterium Sinorhizobium meliloti. SCIENTIFIC REPORTS, 6(1): 29278. Nature Publishing Group. doi:10.1038/srep29278.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905260Maus, I., Koeck, D.E., Cibis, K.G., Hahnke, S., Kim, Y.S., Langer, T., Kreubel, J., Erhard, M., Bremges, A., Off, S., Stolze, Y., Jaenicke, S., Goesmann, A., Sczyrba, A., Scherer, P., König, H., Schwarz, W.H., Zverlov, V.V., Liebl, W., Pühler, A., Schlüter, A. & Klocke, M. (2016). Unraveling the microbiome of a thermophilic biogas plant by metagenome and metatranscriptome analysis complemented by characterization of bacterial and archaeal isolates. Biotechnology for Biofuels, 9(1): 171. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-016-0581-3.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904691Martini, M.C., Wibberg, D., Lozano, M., Torres Tejerizo, G., Albicoro, F.J., Jaenicke, S., van Elsas, J.D., Petroni, A., Garcillan-Barcia, M.P., de la Cruz, F., Schlüter, A., Pühler, A., Pistorio, M., Lagares, A. & Del Papa, M.F. (2016). Genomics of high molecular weight plasmids isolated from an on-farm biopurification system. Scientific Reports, 6(1): 28284. Nature Publishing Group. doi:10.1038/srep28284.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900928Nesme, J., Achouak, W., Agathos, S., Bailey, M., Baldrian, P., Brunel, D., Frostegard, A., Heulin, T., Jansson, J.K., Jurkevitch, E., Kowalchuk, G.A., Kruus, K.L., Lagares, A., Lapin-Scott, H.M., Le Paslier, D., ic-Mulec, I., Murrell, C., Myrold, D.D., Nalin, R., Nannipieri, P., Neufeld, J.D., O'Gara, F., Parnell, J.J., Pühler, A., Pylro, V., Ramos, J.L., Roesch, L., Schleper, C., Schloter, M., Sczyrba, A., Sessitsch, A., Sjöling, S., Sørensen, J., Sørensen, S.J., Tebbe, C.C., Topp, E., Tsiamis, G., Van Elsas, J.D., Van Keulen, G., Wagner, M., Widmer, F., Zhang, T., Zhang, X., Zhao, L., Zhu, Y.-G., Vogel, T.M. & Simonet, P. (2016). Back to the future of soil metagenomics. Frontiers in Microbiology, 7: 73. Frontiers Media SA. doi:10.3389/fmicb.2016.00073.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904993Koeck, D.E., Maus, I., Wibberg, D., Winkler, A., Zverlov, V.V., Liebl, W., Pühler, A., Schwarz, W.H. & Schlüter, A. (2016). Complete Genome Sequence of Herbinix luporumSD1D, a New Cellulose-Degrading Bacterium Isolated from a Thermophilic Biogas Reactor. Genome Announcements, 4(4), e00687-16. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomea.00687-16.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904815Stolze, Y., Bremges, A., Rumming, M., Henke, C., Maus, I., Pühler, A., Sczyrba, A. & Schlüter, A. (2016). Identification and genome reconstruction of abundant distinct taxa in microbiomes from one thermophilic and three mesophilic production-scale biogas plants. Biotechnology for Biofuels, 9(1): 156. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-016-0565-3.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904970Maus, I., Wibberg, D., Winkler, A., Pühler, A., Schnürer, A. & Schlüter, A. (2016). Complete Genome Sequence of the MethanogenMethanoculleus bourgensisBA1 Isolated from a Biogas Reactor. Genome Announcements, 4(3): e00568-16. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomea.00568-16.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904978Koeck, D.E., Maus, I., Wibberg, D., Winkler, A., Zverlov, V.V., Liebl, W., Pühler, A., Schwarz, W.H. & Schlüter, A. (2016). Draft Genome Sequence of Propionisporasp. Strain 2/2-37, a New Xylan-Degrading Bacterium Isolated from a Mesophilic Biogas Reactor. Genome Announcements, 4(3), e00609-16. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomea.00609-16.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907676Jaenicke, S., Bunk, B., Wibberg, D., Spröer, C., Hersemann, L., Blom, J., Winkler, A., Schatschneider, S., Albaum, S., Kölliker, R., Goesmann, A., Pühler, A., Overmann, J. & Vorhölter, F.-J. (2016). Complete Genome Sequence of the Barley Pathogen Xanthomonas translucens pv. translucens DSM 18974 T (ATCC 19319 T). Genome Announcements, 4(6): e01334-16. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomea.01334-16.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903660Steffens, T., Vorhölter, F.-J., Giampa, M., Hublik, G., Pühler, A. & Niehaus, K. (2016). The influence of a modified lipopolysaccharide O-antigen on the biosynthesis of xanthan in Xanthomonas campestris pv. campestris B100. BMC Microbiology, 16(1): 93. Biomed Central. doi:10.1186/s12866-016-0710-y.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906715Koeck, D.E., Wibberg, D., Maus, I., Winkler, A., Albersmeier, A., Zverlov, V.V., Liebl, W., Pühler, A., Schwarz, W.H. & Schlüter, A. (2016). Corrigendum to "Complete genome sequence of the cellulolytic thermophile Ruminoclostridium cellulosi wild-type strain DG5 isolated from a thermophilic biogas plant (J. Biotechnol. 188 (2014) 136–137)")". Journal of Biotechnology, 237: 35. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.08.020.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905630Gren, T., Ortseifen, V., Wibberg, D., Schneiker-Bekel, S., Bednarz, H., Niehaus, K., Zemke, T., Persicke, M., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2016). Genetic engineering in Actinoplanes sp SE50/110-development of an intergeneric conjugation system for the introduction of actinophage-based integrative vectors. Journal of Biotechnology, 232, 79-88. Gehalten auf der 10th CeBiTec Symposium on Bioinformatics for Biotechnology and Biomedicine, Elsevier Science BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.05.012.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908260Torres Tejerizo, G.A., Antonio Rogel, M., Ormeno-Orrillo, E., Julia Althabegoiti, M., Fernanda Nilsson, J., Niehaus, K., Schlüter, A., Pühler, A., Florencia Del Papa, M., Lagares, A., Martinez-Romero, E. & Pistorio, M. (2016). Rhizobium favelukesii sp nov., isolated from the root nodules of alfalfa (Medicago sativa L). INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, 66(11), 4451-4457. Microbiology Soc. doi:10.1099/ijsem.0.001373.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2917142Wibberg, D., Andersson, L., Rupp, O., Goesmann, A., Pühler, A., Varrelmann, M., Dixelius, C. & Schlüter, A. (2016). Draft genome sequence of the sugar beet pathogen Rhizoctonia solani AG2-2IIIB strain BBA69670. Journal of Biotechnology, 222, 11-12. Elsevier Science BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.02.001.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903489Maus, I., Cibis, K.G., Bremges, A., Stolze, Y., Wibberg, D., Tomazetto, G., Blom, J., Sczyrba, A., König, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). Genomic characterization of Defluviitoga tunisiensis L3, a key hydrolytic bacterium in a thermophilic biogas plant and its abundance as determined by metagenome fragment recruitment. Journal of Biotechnology, 232, 50-60. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.05.001.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903302Wibberg, D., Bremges, A., Dammann-Kalinowski, T., Maus, I., Igeño, M.I., Vogelsang, R., König, C., Luque-Almagro, V.M., Roldán, M.D., Sczyrba, A., Moreno-Vivián, C., Blasco, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). Finished genome sequence and methylome of the cyanide-degrading Pseudomonas pseudoalcaligenes strain CECT5344 as resolved by single-molecule real-time sequencing. Journal of Biotechnology, 232, 61-68. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.04.008.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2902126Liebe, S., Wibberg, D., Winkler, A., Pühler, A., Schlüter, A. & Varrelmann, M. (2016). Taxonomic analysis of the microbial community in stored sugar beets using high-throughput sequencing of different marker genes. FEMS Microbiology Ecology, 92(2): fiw004. Oxford Univ Press. doi:10.1093/femsec/fiw004.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905505Wolf, T., Gren, T., Thieme, E., Wibberg, D., Zemke, T., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2016). Targeted genome editing in the rare actinomycete Actinoplanes sp SE50/110 by using the CRISPR/Cas9 System. Journal of Biotechnology, 231, 122-128. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.05.039.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901243Wendler, S., Otto, A., Ortseifen, V., Bonn, F., Neshat, A., Schneiker-Bekel, S., Wolf, T., Zemke, T., Wehmeier, U.F., Hecker, M., Kalinowski, J., Becher, D. & Pühler, A. (2016). Comparative proteome analysis of Actinoplanes sp SE50/110 grown with maltose or glucose shows Minor differences for acarbose biosynthesis proteins but major differences for saccharide transporters. Journal of Proteomics, 131, 140-148. Elsevier Science BV. doi:10.1016/j.jprot.2015.10.023.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901675Krahn, T., Wibberg, D., Maus, I., Winkler, A., Bontron, S., Sczyrba, A., Nordmann, P., Pühler, A., Poirel, L. & Schlüter, A. (2016). Intraspecies transfer of the chromosomally encoded Acinetobacter baumannii blaNDM-1 carbapenemase gene. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 60(5), 3032-3040. American Society for Microbiology. doi:10.1128/AAC.00124-16.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901808Alkhateeb, R., Vorhölter, F.-J., Rückert, C., Mentz, A., Wibberg, D., Hublik, G., Niehaus, K. & Pühler, A. (2016). Genome wide transcription start sites analysis of the Xanthomonas campestris pv. campestris B100 with insights into the gum gene cluster directing the biosynthesis of the exopolysaccharide xanthan. J Biotechnol, 225, 18-28. Elsevier Science BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.03.020.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905504Kröber, M., Verwaaijen, B., Wibberg, D., Winkler, A., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). Comparative transcriptome analysis of the biocontrol strain Bacillus amyloliquefaciens FZB42 as response to biofilm formation analyzed by RNA sequencing. Journal of Biotechnology, 231, 212-223. Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.06.013.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905629Tomazetto, G., Hahnke, S., Koeck, D.E., Wibberg, D., Maus, I., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2016). Complete genome analysis of Clostridium bornimense strain M2/40(T). A new acidogenic Clostridium species isolated from a mesophilic two-phase laboratory-scale biogas reactor. Journal of Biotechnology, 232, 38-49. Gehalten auf der 10th CeBiTec Symposium on Bioinformatics for Biotechnology and Biomedicine, Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.08.001.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905631Leßmeier, L., Alkhateeb, R., Schulte, F., Steffens, T., Loka, T.P., Pühler, A., Niehaus, K. & Vorhölter, F.-J. (2016). Applying DNA affinity chromatography to specifically screen for sucrose-related DNA-binding transcriptional regulators of Xanthomonas campestris. Journal of Biotechnology, 232, 89-98. Gehalten auf der 10th CeBiTec Symposium on Bioinformatics for Biotechnology and Biomedicine, Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.04.007.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234Ortseifen, V., Stolze, Y., Maus, I., Sczyrba, A., Bremges, A., Albaum, S., Jaenicke, S., Fracowiak, J., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant. Journal of Biotechnology, 231, 268-279. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.06.014.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764906Bremges, A., Maus, I., Belmann, P., Eikmeyer, F.G., Winkler, A., Albersmeier, A., Pühler, A., Schlüter, A. & Sczyrba, A. (2015). Deeply sequenced metagenome and metatranscriptome of a biogas-producing microbial community from an agricultural production-scale biogas plant. GigaScience, 4(1): 33. Oxford University Press. doi:10.1186/s13742-015-0073-6.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946456Theuerl, S., Kohrs, F., Benndorf, D., Maus, I., Wibberg, D., Schlüter, A., Kausmann, R., Heiermann, M., Rapp, E., Reichl, U., Pühler, A. & Klocke, M. (2015). Community shifts in a well-operating agricultural biogas plant: how process variations are handled by the microbiome. Applied Microbiology and Biotechnology, 99(18), 7791-7803. Springer . doi:10.1007/s00253-015-6627-9.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911748Krahn, T., Wibberg, D., Maus, I., Winkler, A., Pühler, A., Poirel, L. & Schlüter, A. (2015). Complete Genome Sequence ofAcinetobacter baumanniiCIP 70.10, a Susceptible Reference Strain for Comparative Genome Analyses. Genome Announcements, 3(4), e00850-15. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomea.00850-15.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2731076Dziewit, L., Pyzik, A., Szuplewska, M., Matlakowska, R., Mielnicki, S., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A. & Bartosik, D. (2015). Diversity and role of plasmids in adaptation of bacteria inhabiting the Lubin copper mine in Poland, an environment rich in heavy metals. Frontiers in Microbiology, 6: 152. Frontiers Media Sa. doi:10.3389/fmicb.2015.00152.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2761035Arnold, M., Wibberg, D., Blom, J., Schatschneider, S., Winkler, A., Kutter, Y., Rückert, C., Albersmeier, A., Albaum, S., Goesmann, A., Zange, S., Heesemann, J., Pühler, A., Hogardt, M. & Vorhölter, F.-J. (2015). Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain WS136, a Highly Cytotoxic ExoS-Positive Wound Isolate Recovered from Pyoderma Gangrenosum. Genome announcements, 3(4): e00680-15. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.00680-15.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2778477Dziewit, L., Czarnecki, J., Prochwicz, E., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A. & Bartosik, D. (2015). Genome-guided insight into the methylotrophy of Paracoccus aminophilus JCM 7686. Frontiers in Microbiology, 6: 852. Frontiers Media Sa. doi:10.3389/fmicb.2015.00852.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901297Wibberg, D., Rupp, O., Blom, J., Jelonek, L., Kröber, M., Verwaaijen, B., Goesmann, A., Albaum, S., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2015). Development of a Rhizoctonia solani AG1-IB Specific Gene Model Enables Comparative Genome Analyses between Phytopathogenic R-solani AG1-IA, AG1-IB, AG3 and AG8 Isolates. Plos One, 10(12): e0144769. Public Library Science. doi:10.1371/journal.pone.0144769.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2785064Krahn, T., Wibberg, D., Maus, I., Winkler, A., Nordmann, P., Pühler, A., Poirel, L. & Schlüter, A. (2015). Complete Genome Sequence of the Clinical Strain Acinetobacter baumannii R2090 Carrying the Chromosomally Encoded Metallo-β-Lactamase GeneblaNDM-1. Genome Announcements, 3(5): e01008-15. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.01008-15.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2768627Eikmeyer, F.G., Heinl, S., Marx, H., Pühler, A., Grabherr, R. & Schlüter, A. (2015). Identification of Oxygen-Responsive Transcripts in the Silage Inoculant Lactobacillus buchneri CD034 by RNA Sequencing. PLoS ONE, 10(7): e0134149. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0134149.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2722382Stolze, Y., Zakrzewski, M., Maus, I., Eikmeyer, F.G., Jaenicke, S., Rottmann, N., Siebner, C., Pühler, A. & Schlüter, A. (2015). Comparative metagenomics of biogas-producing microbial communities from production-scale biogas plants operating under wet or dry fermentation conditions. Biotechnology for Biofuels, 8(1): 14. Springer Nature. doi:10.1186/s13068-014-0193-8.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2782605Rupp, O., Brinkrolf, K., Buerth, C., Kunigo, M., Schneider, J., Jaenicke, S., Goesmann, A., Pühler, A., Jaeger, K.-E. & Ernst, J.F. (2015). The structure of the Cyberlindnera jadinii genome and its relation to Candida utilis analyzed by the occurrence of single nucleotide polymorphisms. Journal of Biotechnology, 211, 20-30. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.06.423.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758144Wibberg, D., Rupp, O., Jelonek, L., Kröber, M., Verwaaijen, B., Blom, J., Winkler, A., Goesmann, A., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2015). Improved genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB 7/3/14 as established by deep mate-pair sequencing on the MiSeq (Illumina) system. Journal of Biotechnology, 203, 19-21. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.03.005.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733521Stoeveken, J., Singh, R., Kolkenbrock, S., Zakrzewski, M., Wibberg, D., Eikmeyer, F.G., Pühler, A., Schlüter, A. & Moerschbacher, B.M. (2015). Successful heterologous expression of a novel chitinase identified by sequence analyses of the metagenome from a chitin-enriched soil sample. Journal of Biotechnology, 201, 60-68. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.09.010.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717648Hahnke, S., Maus, I., Wibberg, D., Geizecler, T., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2015). Complete genome sequence of the novel Porphyromonadaceae bacterium strain ING2-E5B isolated from a mesophilic lab-scale biogas reactor. Journal of Biotechnology, 193, 34-36. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.11.010.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709783Ortseifen, V., Winkler, A., Albersmeier, A., Wendler, S., Pühler, A., Kalinowski, J. & Rückert, C. (2015). Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Streptomyces glaucescens GLA.O (DSM 40922) consisting of a linear chromosome and one linear plasmid. Journal of Biotechnology, 194, 81-83. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.11.036.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764307Wendler, S., Otto, A., Ortseifen, V., Bonn, F., Neshat, A., Schneiker-Bekel, S., Walter, F., Wolf, T., Zemke, T., Wehmeier, U.F., Hecker, M., Kalinowski, J., Becher, D. & Pühler, A. (2015). Comprehensive proteome analysis of Actinoplanes sp SE50/110 highlighting the location of proteins encoded by the acarbose and the pyochelin biosynthesis gene cluster. Journal of Proteomics, 125, 1-16. Elsevier. doi:10.1016/j.jprot.2015.04.013.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758122Wibberg, D., Alkhateeb, R., Winkler, A., Albersmeier, A., Schatschneider, S., Albaum, S., Niehaus, K., Hublik, G., Pühler, A. & Vorhölter, F.-J. (2015). Draft genome of the xanthan producer Xanthomonas campestris NRRL B-1459 (ATCC 13951). Journal of Biotechnology, 204, 45-46. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.03.026.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2758134Maus, I., Cibis, K.G., Wibberg, D., Winkler, A., Stolze, Y., König, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2015). Complete genome sequence of the strain Defluviitoga tunisiensis L3, isolated from a thermophilic, production-scale biogas plant. Journal of Biotechnology, 203, 17-18. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.03.006.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733509Maus, I., Wibberg, D., Stantscheff, R., Stolze, Y., Blom, J., Eikmeyer, F.G., Fracowiak, J., König, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2015). Insights into the annotated genome sequence of Methanoculleus bourgensis MS2(T), related to dominant methanogens in biogas-producing plants. Journal of Biotechnology, 201, 43-53. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.11.020.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2719679Vinardell, J.M., Acosta-Jurado, S., Göttfert, M., Zehner, S., Becker, A., Baena-Ropero, I., Blom, J., Crespo-Rivas, J.C., Goesmann, A., Jaenicke, S., Krol, E., McIntosh, M., Margaret, I., Pérez-Montaño, F., Schneiker-Bekel, S., Serrania, J., Szczepanowski, R., Buendia-Claveria, A.M., Lloret, J., Bonilla, I., Pühler, A., Ruiz-Sainz, J.E. & Weidner, S. (2015). The Sinorhizobium fredii HH103 genome: a comparative analysis with S. fredii strains differing in their symbiotic behaviour with soybean. Molecular Plant-Microbe Interactions, 28(7), 811-824. Scientific Societies. doi:10.1094/mpmi-12-14-0397-fi.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901214Koeck, D.E., Maus, I., Wibberg, D., Winkler, A., Zverlov, V.V., Liebl, W., Pühler, A., Schwarz, W.H. & Schlüter, A. (2015). Draft genome sequence of Herbinix hemicellulosilytica T3/55(T), a new thermophilic cellulose degrading bacterium isolated from a thermophilic biogas reactor. Journal of Biotechnology, 214, 59-60. Elsevier Science BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.07.022.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710114Townsend, P.D., Jungwirth, B., Pojer, F., Bußmann, M., Money, V.A., Cole, S.T., Pühler, A., Tauch, A., Bott, M., Cann, M.J. & Pohl, E. (2014). The Crystal Structures of Apo and cAMP-Bound GlxR from Corynebacterium glutamicum Reveal Structural and Dynamic Changes upon cAMP Binding in CRP/FNR Family Transcription Factors. PloS one, 9(12): e113265. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0113265.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2651944Tielen, P., Wibberg, D., Blom, J., Rosin, N., Meyer, A.-K., Bunk, B., Schobert, M., Tüpker, R., Schatschneider, S., Rückert, C., Albersmeier, A., Goesmann, A., Vorhölter, F.-J., Jahn, D. & Pühler, A. (2014). Genome Sequence of the Small-Colony Variant Pseudomonas aeruginosa MH27, Isolated from a Chronic Urethral Catheter Infection. Genome announcements, 2(1). American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.01174-13.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2658490Dziewit, L., Czarnecki, J., Wibberg, D., Radlinska, M., Mrozek, P., Szymczak, M., Schlüter, A., Pühler, A. & Bartosik, D. (2014). Architecture and functions of a multipartite genome of the methylotrophic bacterium Paracoccus aminophilus JCM 7686, containing primary and secondary chromids. BMC Genomics, 15(1): 124. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-15-124.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2678800Kröber, M., Wibberg, D., Grosch, R., Eikmeyer, F.G., Verwaaijen, B., Chowdhury, S.P., Hartmann, A., Pühler, A. & Schlüter, A. (2014). Effect of the strain Bacillus amyloliquefaciens FZB42 on the microbial community in the rhizosphere of lettuce under field conditions analyzed by whole metagenome sequencing. Frontiers in Microbiology, 5: 252. Frontiers Media SA. doi:10.3389/fmicb.2014.00252.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2672926Wibberg, D., Tielen, P., Blom, J., Rosin, N., Schobert, M., Tüpker, R., Schatschneider, S., Spilker, D., Albersmeier, A., Goesmann, A., Vorhölter, F.-J., Pühler, A. & Jahn, D. (2014). Genome Sequence of the Acute Urethral Catheter Isolate Pseudomonas aeruginosa MH38. Genome announcements, 2(2): e00161-14. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.00161-14.
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2014 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694187Brinkrolf, K., Hoffrogge, R., Hackl, M., Tauch, A., Baumann, M., Noll, T., Goesmann, A., Pühler, A. & Borth, N. (2014). Functional -Omics for Cell Lines and Processes - The -Omics Technologies on the Example of CHO Cells. In H. Hauser & R. Wagner (Hrsg.), Animal Cell Biotechnology In Biologics Production (S. 702). Berlin, Germany: Walter de Gruyter.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717549Geizecler, T., Hahnke, S., Maus, I., Wibberg, D., Pühler, A., Schlüter, A. & Klocke, M. (2014). Complete genome sequence of Peptoniphilus sp strain ING2-D1G isolated from a mesophilic lab-scale completely stirred tank reactor utilizing maize silage in co-digestion with pig and cattle manure for biomethanation. Journal of Biotechnology, 192, 59-61. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.09.011.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038Schwientek, P., Neshat, A., Kalinowski, J., Klein, A., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Wendler, S., Stoye, J. & Pühler, A. (2014). Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts. Journal of Biotechnology, 190, 85-95. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.03.013.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988Jakobi, T., Brinkrolf, K., Tauch, A., Noll, T., Stoye, J., Pühler, A. & Goesmann, A. (2014). Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing. Journal of Biotechnology, 190, 64-75. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.07.437.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676552Becker, J., Timmermann, C., Rupp, O., Albaum, S., Brinkrolf, K., Goesmann, A., Pühler, A., Tauch, A. & Noll, T. (2014). Transcriptome analyses of CHO cells with the next-generation microarray CHO41K: Development and validation by analysing the influence of the growth stimulating substance IGF-1 substitute LongR(3.). Journal of biotechnology, 178, 23-31. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.02.021.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2701280Noll, T., Pühler, A., Weisshaar, B. & Wendisch, V.F. (2014). The Genomics Revolution and its Impact on Future Biotechnology. Journal of Biotechnology, 190: 1. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.10.009.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699819Schatschneider, S., Huber, C., Neuweger, H., Watt, T., Pühler, A., Eisenreich, W., Wittmann, C., Niehaus, K. & Vorhölter, F.-J. (2014). Metabolic flux pattern of glucose utilization by Xanthomonas campestris pv. campestris: prevalent role of the Entner-Doudoroff pathway and minor fluxes through the pentose phosphate pathway and glycolysis. Molecular BioSystems, 10(10), 2663-2676. The Royal Society Of Chemistry. doi:10.1039/c4mb00198b.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2656773Rupp, O., Becker, J., Brinkrolf, K., Timmermann, C., Borth, N., Pühler, A., Noll, T. & Goesmann, A. (2014). Construction of a Public CHO Cell Line Transcript Database Using Versatile Bioinformatics Analysis Pipelines. PLoS ONE, 9(1): e85568. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0085568.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694915Hahnke, S., Wibberg, D., Geizecler, T., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2014). Whole genome sequence of Clostridium bornimense strain M2/40 isolated from a lab-scale mesophilic two-phase biogas reactor digesting maize silage and wheat straw. Journal of Biotechnology, 184, 199-200. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.05.026.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693310Wibberg, D., Jelonek, L., Rupp, O., Kröber, M., Goesmann, A., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2014). Transcriptome analysis of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB 7/3/14 applying high-throughput sequencing of expressed sequence tags (ESTs). Fungal Biology, 118(9-10), 800-813. Elsevier BV. doi:10.1016/j.funbio.2014.06.007.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2664976Rückert, C., Szczepanowski, R., Albersmeier, A., Goesmann, A., Fischer, N., Steinkämper, A., Pühler, A., Biener, R., Schwartz, D. & Kalinowski, J. (2014). Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Actinoplanes friuliensis HAG 010964, producer of the lipopeptide antibiotic friulimycin. Journal of biotechnology, 178, 41-42. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.03.011.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685861Torres Tejerizo, G., Pistorio, M., Althabegoiti, M.J., Cervantes, L., Wibberg, D., Schlüter, A., Pühler, A., Lagares, A., Romero, D. & Brom, S. (2014). Rhizobial plasmid pLPU83a is able to switch between different transfer machineries depending on its genomic background. FEMS Microbiology Ecology, 88(3), 565-578. Oxford University Press (OUP). doi:10.1111/1574-6941.12325.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2675608Wibberg, D., Torres Tejerizo, G., Florencia Del Papa, M., Martini, C., Pühler, A., Lagares, A., Schlüter, A. & Pistorio, M. (2014). Genome sequence of the acid-tolerant strain Rhizobium sp LPU83. Journal of Biotechnology, 176, 40-41. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.02.008.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717539Maus, I., Stantscheff, R., Wibberg, D., Stolze, Y., Winkler, A., Pühler, A., König, H. & Schlüter, A. (2014). Complete genome sequence of the methanogenic neotype strain Methanobacterium formicicum MFT. Journal of Biotechnology, 192, 40-41. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.09.018.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2717558Koeck, D.E., Wibberg, D., Maus, I., Winkler, A., Albersmeier, A., Zverlov, V.V., Pühler, A., Schwarz, W.H., Liebl, W. & Schlüter, A. (2014). First draft genome sequence of the amylolytic Bacillus thermoamylovorans wild-type strain 1A1 isolated from a thermophilic biogas plant. Journal of Biotechnology, 192, 154-155. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.09.017.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2707731Koeck, D.E., Wibberg, D., Maus, I., Winkler, A., Albersmeier, A., Zverlov, V.V., Liebl, W., Pühler, A., Schwarz, W.H. & Schlüter, A. (2014). Complete genome sequence of the cellulolytic thermophile Ruminoclostridium cellulosi wild-type strain DG5 isolated from a thermophilic biogas plant. Journal of Biotechnology, 188, 136-137. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.08.024.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710431Wendler, S., Ortseifen, V., Persicke, M., Klein, A., Neshat, A., Niehaus, K., Schneiker-Bekel, S., Walter, F., Wehmeier, U.F., Kalinowski, J. & Pühler, A. (2014). Carbon source dependent biosynthesis of acarviose metabolites in Actinoplanes sp SE50/110. Journal of Biotechnology, 191, 113-120. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.08.019.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2676049Schlüter, A., Nordmann, P., Bonnin, R.A., Millemann, Y., Eikmeyer, F.G., Wibberg, D., Pühler, A. & Poirel, L. (2014). IncH-type plasmid harboring the blaCTX-M-15, blaDHA-1, and qnrB4 genes recovered from animal isolates. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 58(7), 3768-3773. American Society for Microbiology. doi:10.1128/AAC.02695-14.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2662055Wibberg, D., Luque-Almagro, V.M., Igeño, M.I., Bremges, A., Roldán, M.D., Merchán, F., Sáez, L.P., Guijo, M.I., Manso, M.I., Macías, D., Cabello, P., Becerra, G., Ibáñez, M.I., Carmona, M.I., Escribano, M.P., Castillo, F., Sczyrba, A., Moreno-Vivián, C., Blasco, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2014). Complete genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344. Journal of biotechnology, 175, 67-68. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.02.004.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557779Weidner, S., Baumgarth, B., Göttfert, M., Jaenicke, S., Pühler, A., Schneiker-Bekel, S., Serrania, J., Szczepanowski, R. & Becker, A. (2013). Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti Rm41. Genome Announcements, 1(1), e00013-12. American Society for Microbiology. doi:10.1128/genomeA.00013-12.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605193Eikmeyer, F.G., Rademacher, A., Hanreich, A., Hennig, M., Jaenicke, S., Maus, I., Wibberg, D., Zakrzewski, M., Pühler, A., Klocke, M. & Schlüter, A. (2013). Detailed analysis of metagenome datasets obtained from biogas-producing microbial communities residing in biogas reactors does not indicate the presence of putative pathogenic microorganisms. Biotechnology for Biofuels, 6(1): 49. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1754-6834-6-49.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631969Mentz, A., Neshat, A., Pfeifer-Sancar, K., Pühler, A., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2013). Comprehensive discovery and characterization of small RNAs in Corynebacterium glutamicum ATCC 13032. BMC Genomics, 14(1): 714. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-14-714.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2549908Wibberg, D., Jelonek, L., Rupp, O., Kröber, M., Eikmeyer, F.G., Goesmann, A., Hartmann, A., Borriss, R., Grosch, R., Pühler, A. & Schlüter, A. (2013). Establishment and interpretation of the genome sequence of the phytopathogenic fungus Rhizoctonia solani AG1-IB isolate 7/3/14. Journal of Biotechnology, 167(2), 142-155. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.12.010.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548270Jungwirth, B., Sala, C., Kohl, T.A., Uplekar, S., Baumbach, J., Cole, S.T., Pühler, A. & Tauch, A. (2013). High-resolution detection of DNA binding sites of the global transcriptional regulator GlxR in Corynebacterium glutamicum. Microbiology, 159(Pt_1), 12-22. Society for General Microbiology. doi:10.1099/mic.0.062059-0.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2633427Wibberg, D., Blom, J., Rückert, C., Winkler, A., Albersmeier, A., Pühler, A., Schlüter, A. & Scharf, B.E. (2013). Draft Genome Sequence of Sinorhizobium meliloti RU11/001, a model organism for flagellum structure, motility and chemotaxis. Journal of Biotechnology, 168(4), 731-733. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.015.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2632946Köhler, K.A.K., Rückert, C., Schatschneider, S., Vorhölter, F.-J., Szczepanowski, R., Blank, L.M., Niehaus, K., Goesmann, A., Pühler, A., Kalinowski, J. & Schmid, A. (2013). Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain VLB120 a solvent tolerant, styrene degrading bacterium, isolated from forest soil. Journal of Biotechnology, 168(4), 729-730. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.016.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614906Wendler, S., Hürtgen, D., Kalinowski, J., Klein, A., Niehaus, K., Schulte, F., Schwientek, P., Wehlmann, H., Wehmeier, U.F. & Pühler, A. (2013). The cytosolic and extracellular proteomes of Actinoplanes sp. SE50/110 led to the identification of gene products involved in acarbose metabolism. Journal of Biotechnology, 167(2), 178-189. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.08.011.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581Brinkrolf, K., Rupp, O., Laux, H., Kollin, F., Ernst, W., Linke, B., Kofler, R., Romand, S., Hesse, F., Budach, W.E., Galosy, S., Müller, D., Noll, T., Wienberg, J., Jostock, T., Leonard, M., Grillari, J., Tauch, A., Goesmann, A., Helk, B., Mott, J.E., Pühler, A. & Borth, N. (2013). Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes. Nature Biotechnology, 31(8), 694-695. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt.2645.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645247Maus, I., Wibberg, D., Stantscheff, R., Cibis, K., Eikmeyer, F.G., König, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2013). Complete genome sequence of the hydrogenotrophic Archaeon Methanobacterium sp Mb1 isolated from a production-scale biogas plant. Journal of Biotechnology, 168(4), 734-736. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.013.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2565642Dagan, T., Roettger, M., Stucken, K., Landan, G., Koch, R., Major, P., Gould, S.B., Goremykin, V.V., Rippka, R., de Marsac, N.T., Gugger, M., Lockhart, P.J., Allen, J.F., Brune, I., Maus, I., Pühler, A. & Martin, W.F. (2013). Genomes of Stigonematalean Cyanobacteria (Subsection V) and the Evolution of Oxygenic Photosynthesis from Prokaryotes to Plastids. Genome Biology And Evolution, 5(1), 31-44. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/gbe/evs117.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605230Hanreich, A., Schimpf, U., Zakrzewski, M., Schlüter, A., Benndorf, D., Heyer, R., Rapp, E., Pühler, A., Reichl, U. & Klocke, M. (2013). Metagenome and metaproteome analyses of microbial communities in mesophilic biogas-producing anaerobic batch fermentations indicate concerted plant carbohydrate degradation. Systematic and Applied Microbiology, 36(5), 330-338. Elsevier BV. doi:10.1016/j.syapm.2013.03.006.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2605244Schatschneider, S., Persicke, M., Watt, T., Hublik, G., Pühler, A., Niehaus, K. & Vorhölter, F.-J. (2013). Establishment, in silico analysis, and experimental verification of a large-scale metabolic network of the xanthan producing Xanthomonas campestris pv. campestris strain B100. Journal of Biotechnology, 167(2), 123-134. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.01.023.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2631956Rückert, C., Szczepanowski, R., Albersmeier, A., Goesmann, A., Iftime, D., Musiol, E.M., Blin, K., Wohlleben, W., Pühler, A., Kalinowski, J. & Weber, T. (2013). Complete genome sequence of the kirromycin producer Streptomyces collinus Tü 365 consisting of a linear chromosome and two linear plasmids. Journal of Biotechnology, 168(4), 739-740. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.10.004.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2635526Koeck, D.E., Wibberg, D., Koellmeier, T., Blom, J., Jaenicke, S., Winkler, A., Albersmeier, A., Zverlov, V.V., Pühler, A., Schwarz, W.H. & Schlüter, A. (2013). Draft genome sequence of the cellulolytic Clostridium thermocellum wild-type strain BC1 playing a role in cellulosic biomass degradation. Journal of Biotechnology, 168(1), 62-63. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.08.011.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2557080Bonnin, R.A., Poirel, L., Nordmann, P., Eikmeyer, F.G., Wibberg, D., Pühler, A. & Schlüter, A. (2013). Complete sequence of broad-host-range plasmid pNOR-2000 harbouring the metallo-beta-lactamase gene blaVIM-2 from Pseudomonas aeruginosa. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 68(5), 1060-1065. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/jac/dks526.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614207Eikmeyer, F.G., Köfinger, P., Poschenel, A., Jünemann, S., Zakrzewski, M., Heinl, S., Mayrhuber, E., Grabherr, R., Pühler, A., Schwab, H. & Schlüter, A. (2013). Metagenome analyses reveal the influence of the inoculant Lactobacillus buchneri CD034 on the microbial community involved in grass silaging. Journal of Biotechnology, 167(3), 334-343. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2013.07.021.
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2013 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547769Biotechnologie-Kommunikation. Kontroversen, Analysen, Aktivitäten (acatech DISKUSSION). (2013). Biotechnologie-Kommunikation. Kontroversen, Analysen, Aktivitäten (acatech DISKUSSION). (M.-D. Weitze, A. Pühler, W.M. Heckl, W. Müller-Röber, O. Renn, P. Weingart & G. Wess, Hrsg.). Berlin, Heidelberg: Springer Vieweg. doi:10.1007/978-3-642-33994-3.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236Schwientek, P., Wendler, S., Neshat, A., Eirich, C., Rückert, C., Klein, A., Wehmeier, U.F., Kalinowski, J., Stoye, J. & Pühler, A. (2013). Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media. Journal of Biotechnology, 167(2), 166-177. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.10.019.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548286Luque-Almagro, V.M., Acera, F., Igeño, M.I., Wibberg, D., Roldán, M.D., Sáez, L.P., Hennig, M., Quesada, A., Huertas, M.J., Blom, J., Merchán, F., Escribano, M.P., Jaenicke, S., Estepa, J., Guijo, M.I., Martínez-Luque, M., Macías, D., Szczepanowski, R., Becerra, G., Ramirez, S., Carmona, M.I., Gutiérrez, O., Manso, I., Pühler, A., Castillo, F., Moreno-Vivián, C., Schlüter, A. & Blasco, R. (2013). Draft whole genome sequence of the cyanide-degrading bacterium Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344. Environmental Microbiology, 15(1), 253-270. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/j.1462-2920.2012.02875.x.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2555355Plassmeier, J., Busche, T., Molck, S., Persicke, M., Pühler, A., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2013). A propionate-inducible expression system based on the Corynebacterium glutamicum prpD2 promoter and PrpR activator and its application for the redirection of amino acid biosynthesis pathways. Journal of Biotechnology, 163(2), 225-232. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.08.009.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2546244Wibberg, D., Szczepanowski, R., Eikmeyer, F.G., Pühler, A. & Schlüter, A. (2013). The IncF plasmid pRSB225 isolated from a municipal wastewater treatment plant’s on-site preflooder combining antibiotic resistance and putative virulence functions is highly related to virulence plasmids identified in pathogenic E. coli isolates. Plasmid, 69(2), 127-137. Elsevier BV. doi:10.1016/j.plasmid.2012.11.001.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202Zakrzewski, M., Bekel, T., Ander, C., Pühler, A., Rupp, O., Stoye, J., Schlüter, A. & Goesmann, A. (2013). MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets. Journal of Biotechnology, 167(2), 156-165. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.09.013.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2500966Hain, T., Ghai, R., Billion, A., Kuenne, C.T., Steinweg, C., Izar, B., Mohamed, W., Mraheil, M., Domann, E., Schaffrath, S., Kärst, U., Goesmann, A., Oehm, S., Pühler, A., Merkl, R., Vorwerk, S., Glaser, P., Garrido, P., Rusniok, C., Buchrieser, C., Goebel, W. & Chakraborty, T. (2012). Comparative genomics and transcriptomics of lineages I, II, and III strains of Listeria monocytogenes. BMC Genomics, 13(1): 144. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-13-144.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060Schwientek, P., Szczepanowski, R., Rückert, C., Kalinowski, J., Klein, A., Selber, K., Wehmeier, U.F., Stoye, J. & Pühler, A. (2012). The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics, 13(1): 112. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-13-112.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553286Jungbauer, A., Scheper, T. & Pühler, A. (2012). Current research and future perspectives of applied biotechnology. Journal of Biotechnology, 162(4): 355. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.11.004.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2473849Weidner, S., Becker, A., Bonilla, I., Jaenicke, S., Lloret, J., Margaret, I., Pühler, A., Ruiz-Sainz, J.E., Schneiker-Bekel, S., Szczepanowski, R., Vinardell, J.M., Zehner, S. & Göttfert, M. (2012). Genome Sequence of the Soybean Symbiont Sinorhizobium fredii HH103. Journal of Bacteriology, 194(6), 1617-1618. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.06729-11.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618Zakrzewski, M., Goesmann, A., Jaenicke, S., Jünemann, S., Eikmeyer, F.G., Szczepanowski, R., Al-Soud, W.A., Sørensen, S., Pühler, A. & Schlüter, A. (2012). Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing. Journal of Biotechnology, 158(4), 248-258. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.01.020.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2537690Vorhölter, F.-J., Wiggerich, H.-G., Scheidle, H., Sidhu, V.K., Mrozek, K., Küster, H., Pühler, A. & Niehaus, K. (2012). Involvement of bacterial TonB-dependent signaling in the generation of an oligogalacturonide damage-associated molecular pattern from plant cell walls exposed to Xanthomonas campestris pv. campestris pectate lyases. BMC Microbiology, 12(1): 239. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2180-12-239.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2472279Eikmeyer, F.G., Hadiati, A., Szczepanowski, R., Wibberg, D., Schneiker-Bekel, S., Rogers, L.M., Brown, C.B., Top, E.M., Pühler, A. & Schlüter, A. (2012). The complete genome sequences of four new IncN plasmids from wastewater treatment plant effluent provide new insights into IncN plasmid diversity and evolution. Plasmid, 68(1), 13-24. Elsevier BV. doi:10.1016/j.plasmid.2012.01.011.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535Heinl, S., Wibberg, D., Eikmeyer, F.G., Szczepanowski, R., Blom, J., Linke, B., Goesmann, A., Grabherr, R., Schwab, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2012). Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage. Journal of Biotechnology, 161(2), 153-166. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.03.007.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471681Rademacher, A., Zakrzewski, M., Schlüter, A., Schonberg, M., Szczepanowski, R., Goesmann, A., Pühler, A. & Klocke, M. (2012). Characterization of microbial biofilms in a thermophilic biogas system by high-throughput metagenome sequencing. FEMS Microbiology Ecology, 79(3), 785-799. Oxford University Press (OUP). doi:10.1111/j.1574-6941.2011.01265.x.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501307Pietruszka, J., Pühler, A. & Schembecker, G. (2012). Research on industrial biotechnology within the CLIB-Graduate Cluster - Part I. Journal of Biotechnology, 159(3), 121-122. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.04.012.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2501364Meleady, P., Hoffrogge, R., Henry, M., Rupp, O., Bort, J.H., Clarke, C., Brinkrolf, K., Kelly, S., Müller, B., Doolan, P., Hackl, M., Beckmann, T., Noll, T., Grillari, J., Barron, N., Pühler, A., Clynes, M. & Borth, N. (2012). Utilization and evaluation of CHO-specific sequence databases for mass spectrometry based proteomics. Biotechnology and Bioengineering, 109(6), 1386-1394. Wiley-Blackwell. doi:10.1002/bit.24476.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2478526Hackl, M., Jadhav, V., Jakobi, T., Rupp, O., Brinkrolf, K., Goesmann, A., Pühler, A., Noll, T., Borth, N. & Grillari, J. (2012). Computational identification of microRNA gene loci and precursor microRNA sequences in CHO cell lines. Journal of Biotechnology, 158(3), 151-155. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.01.019.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2544774Schneider, J., Andrea, H., Blom, J., Jaenicke, S., Rückert, C., Schorsch, C., Szczepanowski, R., Farwick, M., Goesmann, A., Pühler, A., Schaffer, S., Tauch, A., Köhler, T. & Brinkrolf, K. (2012). Draft Genome Sequence of Wickerhamomyces ciferrii NRRL Y-1031 F-60-10. Eukaryotic Cell, 11(12), 1582-1583. American Society for Microbiology. doi:10.1128/EC.00258-12.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526269Strobel, T., Al-Dilaimi, A., Blom, J., Gessner, A., Kalinowski, J., Luzhetska, M., Pühler, A., Szczepanowski, R., Bechthold, A. & Rückert, C. (2012). Complete genome sequence of Saccharothrix espanaensis DSM 44229T and comparison to the other completely sequenced Pseudonocardiaceae. BMC Genomics, 13(1): 465. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-13-465.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529610Schork, S., Schlüter, A., Blom, J., Schneiker-Bekel, S., Pühler, A., Goesmann, A., Frosch, M. & Schoen, C. (2012). Genome Sequence of a Neisseria meningitidis Capsule Null Locus Strain from the Clonal Complex of Sequence Type 198. Journal of Bacteriology, 194(18), 5144-5145. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.01099-12.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526298Maus, I., Wibberg, D., Stantscheff, R., Eikmeyer, F.G., Seffner, A., Boelter, J., Szczepanowski, R., Blom, J., Jaenicke, S., König, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2012). Complete Genome Sequence of the Hydrogenotrophic, Methanogenic Archaeon Methanoculleus bourgensis Strain MS2T, Isolated from a Sewage Sludge Digester. Journal of Bacteriology, 194(19), 5487-5488. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.01292-12.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2513297Pauling, J., Rottger, R., Neuner, A., Salgado, H., Collado-Vides, J., Kalaghatgi, P., Azevedo, V., Tauch, A., Pühler, A. & Baumbach, J. (2012). On the trail of EHEC/EAEC-unraveling the gene regulatory networks of human pathogenic Escherichia coli bacteria. Integrative Biology, 4(7), 728-733. Royal Society of Chemistry (RSC). doi:10.1039/c2ib00132b.
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2011 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326436New Frontiers in Microbial Genome Research. (2011). New Frontiers in Microbial Genome Research. (A. Pühler & W. Selbitschka, Hrsg.)Journal of Biotechnology, 155(1), 1-2. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.07.022.
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2011 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2453768Becker, J., Timmermann, C., Jakobi, T., Rupp, O., Szczepanowski, R., Hackl, M., Goesmann, A., Tauch, A., Borth, N., Grillari, J., Pühler, A., Noll, T. & Brinkrolf, K. (2011). Next-generation sequencing of the CHO cell transcriptome (BMC Proceedings). (H. Hauser, Hrsg.), 5(Suppl. 8), P6. Gehalten auf der 22nd European Society for Animal Cell Technology (ESACT) Meeting on Cell Based Technologies, BioMed Central. doi:10.1186/1753-6561-5-S8-P6.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276Jaenicke, S., Ander, C., Bekel, T., Bisdorf, R., Dröge, M., Gartemann, K.-H., Jünemann, S., Kaiser, O., Krause, L., Tille, F., Zakrzewski, M., Pühler, A., Schlüter, A. & Goesmann, A. (2011). Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing. PLoS ONE, 6(1): e14519. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0014519.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2317680Zhou, L., Vorhölter, F.-J., He, Y.-Q., Jiang, B.-L., Tang, J.-L., Xu, Y., Pühler, A. & He, Y.-W. (2011). Gene discovery by genome-wide CDS re-prediction and microarray-based transcriptional analysis in phytopathogen Xanthomonas campestris. BMC Genomics, 12(1): 359. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-12-359.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396576Becker, J., Hackel, M., Jakobi, T., Rupp, O., Schneider, J., Szczepanowski, R., Bekel, T., Borth, N., Goesmann, A., Grillari, J., Kaltschmidt, C., Noll, T., Pühler, A., Tauch, A. & Brinkrolf, K. (2011). Unraveling the Chinese hamster ovary cell line transcriptome by next-generation sequencing. Journal of Biotechnology, 156(3), 227-235. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.09.014.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375954Borriss, R., Chen, X.-H., Rückert, C., Blom, J., Becker, A., Baumgarth, B., Fan, B., Pukall, R., Schumann, P., Sproer, C., Junge, H., Vater, J., Pühler, A. & Klenk, H.-P. (2011). Relationship of Bacillus amyloliquefaciens clades associated with strains DSM 7T and FZB42T: a proposal for Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens subsp. nov. and Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum subsp. nov. based on complete genome sequence comparisons. Int J Syst Evol Microbiol, 61(8), 1786-1801. Society for General Microbiology. doi:10.1099/ijs.0.023267-0.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404808Plassmeier, J., Persicke, M., Pühler, A., Sterthoff, C., Rückert, C. & Kalinowski, J. (2011). Molecular characterization of PrpR, the transcriptional activator of propionate catabolism in Corynebacterium glutamicum. Journal of Biotechnology, 159(1-2), 1-11. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.09.009.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2404874Schatschneider, S., Vorhölter, F.-J., Rückert, C., Becker, A., Eisenreich, W., Pühler, A. & Niehaus, K. (2011). Genome-enabled determination of amino acid biosynthesis in Xanthomonas campestris pv. campestris and identification of biosynthetic pathways for alanine, glycine, and isoleucine by 13C-isotopologue profiling. Molecular Genetics and Genomics, 286(3-4), 247-259. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00438-011-0639-7.
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2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751Jaenicke, S., Zakrzewski, M., Jünemann, S., Pühler, A., Goesmann, A. & Schlüter, A. (2011). Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In F.J. de Bruijn (Hrsg.), Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats (S. 403-414). Hoboken, NJ, USA: Wiley-Blackwell. doi:10.1002/9781118010549.ch39.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892Schneiker-Bekel, S., Wibberg, D., Bekel, T., Blom, J., Linke, B., Neuweger, H., Stiens, M., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Goesmann, A., Pühler, A. & Schlüter, A. (In Press). The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome. Journal of Biotechnology, 155(1), 20-33. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.12.018.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2087955Hackl, M., Jakobi, T., Blom, J., Doppmeier, D., Brinkrolf, K., Szczepanowski, R., Bernhart, S.H., Höner zu Siederdissen, C., Bort, J.A.H., Wieser, M., Kunert, R., Jeffs, S., Hofacker, I.L., Goesmann, A., Pühler, A., Borth, N. & Grillari, J. (2011). Next-generation sequencing of the Chinese hamster ovary microRNA transcriptome: Identification, annotation and profiling of microRNAs as targets for cellular engineering. Journal of Biotechnology, 153(1-2), 62-75. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.02.011.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1968039Torres Tejerizo, G., Florencia Del Papa, M., Eugenia Soria-Diaz, M., Draghi, W., Lozano, M., de los Angeles Giusti, M., Manyani, H., Megias, M., Gil Serrano, A., Pühler, A., Niehaus, K., Lagares, A. & Pistorio, M. (2011). The Nodulation of Alfalfa by the Acid-Tolerant Rhizobium sp. Strain LPU83 Does Not Require Sulfated Forms of Lipochitooligosaccharide Nodulation Signals. Journal of Bacteriology, 193(1), 30-39. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.01009-10.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275Trost, E., Götker, S., Schneider, J., Schneiker-Bekel, S., Szczepanowski, R., Tilker, A., Viehöver, P., Arnold, W., Bekel, T., Blom, J., Gartemann, K.-H., Linke, B., Goesmann, A., Pühler, A., Shukla, S.K. & Tauch, A. (2010). Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion. BMC Genomics, 11(1): 91. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-11-91.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1903875de Lucena, D.K., Pühler, A. & Weidner, S. (2010). The role of sigma factor RpoH1 in the pH stress response of Sinorhizobium meliloti. BMC Microbiology, 10(1): 256. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2180-10-256.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588692Steinweg, C., Kuenne, C.T., Billion, A., Mraheil, M.A., Domann, E., Ghai, R., Barbuddhe, S.B., Kaerst, U., Goesmann, A., Pühler, A., Weisshaar, B., Wehland, J., Lampidis, R., Kreft, J., Goebel, W., Chakraborty, T. & Hain, T. (2010). Complete Genome Sequence of Listeria seeligeri, a Nonpathogenic Member of the Genus Listeria. Journal of Bacteriology, 192(5), 1473-1474. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.01415-09.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1929311Gölzhäuser, A., Nattkemper, T.W., Niehaus, K., Pühler, A. & Sauer, M. (2010). BioImaging: Contributions from biology, physics and informatics. Journal of Biotechnology, 149(4), 227-228. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.08.015.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634097Strittmatter, A.W., Liesegang, H., Rabus, R., Decker, I., Amann, J., Andres, S., Henne, A., Fricke, W.F., Martinez-Arias, R., Bartels, D., Goesmann, A., Krause, L., Pühler, A., Klenk, H.-P., Richter, M., Schueler, M., Gloeckner, F.O., Meyerdierks, A., Gottschalk, G. & Amann, R. (2009). Genome sequence of Desulfobacterium autotrophicum HRM2, a marine sulfate reducer oxidizing organic carbon completely to carbon dioxide. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 11(5), 1038-1055. Wiley-Blackwell. doi:10.1111/j.1462-2920.2008.01825.x.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591546Szczepanowski, R., Linke, B., Krahn, I., Gartemann, K.-H., Guetzkow, T., Eichler, W., Pühler, A. & Schlueter, A. (2009). Detection of 140 clinically relevant antibiotic-resistance genes in the plasmid metagenome of wastewater treatment plant bacteria showing reduced susceptibility to selected antibiotics. MICROBIOLOGY, 155(7), 2306-2319. Society for General Microbiology. doi:10.1099/mic.0.028233-0.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591844Kroeber, M., Bekel, T., Diaz, N.N., Goesmann, A., Jaenicke, S., Krause, L., Miller, D., Runte, K.J., Viehoever, P., Pühler, A. & Schlueter, A. (2009). Phylogenetic characterization of a biogas plant microbial community integrating clone library 16S-rDNA sequences and metagenome sequence data obtained by 454-pyrosequencing. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 142(1), 38-49. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.02.010.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1633812Jochmann, N., Kurze, A.-K., Czaja, L.F., Brinkrolf, K., Brune, I., Hueser, A.T., Hansmeier, N., Pühler, A., Borovok, I. & Tauch, A. (2009). Genetic makeup of the Corynebacterium glutamicum LexA regulon deduced from comparative transcriptomics and in vitro DNA band shift assays. MICROBIOLOGY, 155(5), 1459-1477. Society for General Microbiology. doi:10.1099/mic.0.025841-0.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447Bekel, T., Henckel, K., Küster, H., Meyer, F., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Paarmann, D., Rupp, O., Zakrzewski, M., Pühler, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2009). The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology, 140(1-2), 3-12. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.01.006.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592345Gartemann, K.-H., Abt, B., Bekel, T., Burger, A., Engemann, J., Fluegel, M., Gaigalat, L., Goesmann, A., Graefen, I., Kalinowski, J., Kaup, O., Kirchner, O., Krause, L., Linke, B., McHardy, A., Meyer, F., Pohle, S., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Zellermann, E.-M., Pühler, A., Eichenlaub, R., Kaiser, O. & Bartels, D. (2008). The genome sequence of the tomato-pathogenic actinomycete Clavibacter michiganensis subsp michiganensis NCPPB382 reveals a large island involved in pathogenicity. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 190(6), 2138-2149. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.01595-07.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292Gross, R., Guzman, C.A., Sebaihia, M., Martins dos Santos, V.A.P., Pieper, D.H., Koebnik, R., Lechner, M., Bartels, D., Buhrmester, J., Choudhuri, J.V., Ebensen, T., Gaigalat, L., Herrmann, S., Khachane, A.N., Larisch, C., Link, S., Linke, B., Meyer, F., Mormann, S., Nakunst, D., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Schulze, K., Vorhölter, F.-J., Yevsa, T., Engle, J.T., Goldman, W.E., Pühler, A., Göbel, U.B., Goesmann, A., Blöcker, H., Kaiser, O. & Martinez-Arias, R. (2008). The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae. BMC Genomics, 9(1): 449. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1471-2164-9-449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585560Rückert, C., Milse, J., Albersmeier, A., Koch, D.J., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2008). The dual transcriptional regulator CysR in Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 controls a subset of genes of the McbR regulon in response to the availability of sulphide acceptor molecules. BMC GENOMICS, 9(1), 483. BIOMED CENTRAL LTD. doi:10.1186/1471-2164-9-483.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585969Szczepanowski, R., Bekel, T., Goesmann, A., Krause, L., Kroemeke, H., Kaiser, O., Eichler, W., Pühler, A. & Schlueter, A. (2008). Insight into the plasmid metagenome of wastewater treatment plant bacteria showing reduced susceptibility to antimicrobial drugs analysed by the 454-pyrosequencing technology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 136(1-2), 54-64. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.03.020.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592210Jungwirth, B., Emer, D., Brune, I., Hansmeier, N., Pühler, A., Eikmanns, B.J. & Tauch, A. (2008). Triple transcriptional control of the resuscitation promoting factor 2 (rpf2) gene of Corynebacterium glutamicum by the regulators of acetate metabolism RamA and RamB and the cAMP-dependent regulator GlxR. FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, 281(2), 190-197. BLACKWELL PUBLISHING. doi:10.1111/j.1574-6968.2008.01098.x.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009Krause, L., Diaz, N.N., Edwards, R.A., Gartemann, K.-H., Krömeke, H., Neuweger, H., Pühler, A., Runte, K.J., Schlüter, A., Stoye, J., Szczepanowski, R., Tauch, A. & Goesmann, A. (2008). Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 136(1-2), 91-101. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.06.003.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586719Kohl, T., Baumbach, J., Jungwirth, B., Pühler, A. & Tauch, A. (2008). The GlxR regulon of the amino acid producer Corynebacterium glutamicum: In silico and in vitro detection of DNA binding sites of a global transcription regulator. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 135(4), 340-350. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.05.011.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585956Stiens, M., Becker, A., Bekel, T., Gödde, V., Goesmann, A., Niehaus, K., Schneiker-Bekel, S., Selbitschka, W., Weidner, S., Schlüter, A. & Pühler, A. (2008). Comparative genomic hybridisation and ultrafast pyrosequencing revealed remarkable differences between the Sinorhizobium meliloti genomes of the model strain Rm1021 and the field isolate SM11. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 31-37. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.04.014.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585987Schlüter, A., Bekel, T., Diaz, N.N., Dondrup, M., Eichenlaub, R., Gartemann, K.-H., Krahn, I., Krause, L., Kroemeke, H., Kruse, O., Mussgnug, J.H., Neuweger, H., Niehaus, K., Pühler, A., Runte, K.J., Szczepanowski, R., Tauch, A., Tilker, A., Viehöver, P. & Goesmann, A. (2008). The metagenome of a biogas-producing microbial community of a production-scale biogas plant fermenter analysed by the 454-pyrosequencing technology. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 77-90. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.05.008.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585939Tauch, A., Schneider, J., Szczepanowski, R., Tilker, A., Viehöver, P., Gartemann, K.-H., Arnold, W., Blom, J., Brinkrolf, K., Brune, I., Goetker, S., Weisshaar, B., Goesmann, A., Droege, M. & Pühler, A. (2008). Ultrafast pyrosequencing of Corynebacterium kroppenstedtii DSM44385 revealed insights into the physiology of a lipophilic corynebacterium that lacks mycolic acids. Journal of Biotechnology, 136(1-2), 22-30. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.03.004.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631126Kuhn, S., Stiens, M., Pühler, A. & Schlüter, A. (2008). Prevalence of pSmeSM11a-like plasmids in indigenous Sinorhizobium meliloti strains isolated in the course of a field release experiment with genetically modified S-meliloti strains. FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, 63(1), 118-131. BLACKWELL PUBLISHING. doi:10.1111/j.1574-6941.2007.00399.x.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990198Strauch, E., Hammerl, J.A., Konietzny, A., Schneiker-Bekel, S., Arnold, W., Goesmann, A., Pühler, A. & Beutin, L. (2008). Bacteriophage 2851 is a prototype phage for dissemination of the Shiga toxin variant gene 2c in Escherichia coli O157:H7. Infection and Immunity, 76(12), 5466-5477. American Society for Microbiology. doi:10.1128/IAI.00875-08.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327Schneiker-Bekel, S., Perlova, O., Kaiser, O., Gerth, K., Alici, A., Altmeyer, M.O., Bartels, D., Bekel, T., Beyer, S., Bode, E., Bode, H.B., Bolten, C.J., Choudhuri, J.V., Doss, S., Elnakady, Y.A., Frank, B., Gaigalat, L., Goesmann, A., Groeger, C., Gross, F., Jelsbak, L., Jelsbak, L., Kalinowski, J., Kegler, C., Knauber, T., Konietzny, S., Kopp, M., Krause, L., Krug, D., Linke, B., Mahmud, T., Martinez-Arias, R., McHardy, A.C., Merai, M., Meyer, F., Mormann, S., Munoz-Dorado, J., Perez, J., Pradella, S., Rachid, S., Raddatz, G., Rosenau, F., Rückert, C., Sasse, F., Scharfe, M., Schuster, S.C., Suen, G., Treuner-Lange, A., Velicer, G.J., Vorhölter, F.-J., Weissman, K.J., Welch, R.D., Wenzel, S.C., Whitworth, D.E., Wilhelm, S., Wittmann, C., Bloecker, H., Pühler, A. & Mueller, R. (2007). Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum. Nature Biotechnology, 25(11), 1281-1289. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1354.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783754Neuweger, H., Baumbach, J., Albaum, S., Bekel, T., Dondrup, M., Hüser, A.T., Kalinowski, J., Oehm, S., Pühler, A., Rahmann, S., Weile, J. & Goesmann, A. (2007). CoryneCenter: an online resource for the integrated analysis of corynebacterial genome and transcriptome data. BMC Systems Biology, 1(1): 55. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1752-0509-1-55.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594426Hansmeier, N., Chao, T.-C., Daschkey, S., Muesken, M., Kalinowski, J., Pühler, A. & Tauch, A. (2007). A comprehensive proteome map of the lipid-requiring nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411. PROTEOMICS, 7(7), 1076-1096. WILEY-V C H VERLAG GMBH. doi:10.1002/pmic.200600833.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596137Del Papa, M.F., Pistorio, M., Draghi, W.O., Lozano, M.J., Giusti, M.A., Medina, C., van Dillewijn, P., Martinez-Abarca, F., Flores, B.M., Ruiz-Sainz, J.E., Megias, M., Pühler, A., Niehaus, K., Toro, N. & Lagares, A. (2007). Identification and characterization of a nodH ortholog from the alfalfa-nodulating Or191-like rhizobia. Molecular Plant - Microbe Interactions, 20(2), 138-145. AMER PHYTOPATHOLOGICAL SOC. doi:10.1094/MPMI-20-2-0138.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345Krause, L., McHardy, A.C., Nattkemper, T.W., Pühler, A., Stoye, J. & Meyer, F. (2007). GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification. Nucleic Acids Research, 35(2), 540-549. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gkl1083.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946125Schlüter, A., Krahn, I., Kollin, F., Bonemann, G., Stiens, M., Szczepanowski, R., Schneiker-Bekel, S. & Pühler, A. (2007). IncP-1-beta plasmid pGNB1 isolated from a bacterial community from a wastewater treatment plant mediates decolorization of triphenylmethane dyes. Appl Environ Microbiol, 73(20), 6345-6350. American Society for Microbiology. doi:10.1128/AEM.01177-07.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976Krause, A., Ramakumar, A., Bartels, D., Battistoni, F., Bekel, T., Boch, J., Boehm, M., Friedrich, F., Hurek, T., Krause, L., Linke, B., McHardy, A.C., Sarkar, A., Schneiker-Bekel, S., Syed, A.A., Thauer, R., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Pühler, A., Reinhold-Hurek, B., Kaiser, O. & Goesmann, A. (2006). Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72. Nature Biotechnology, 24(11), 1385-1391. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1243.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182Schneiker-Bekel, S., dos Santos, V.A.P.M., Bartels, D., Bekel, T., Brecht, M., Buhrmester, J., Chernikova, T.N., Denaro, R., Ferrer, M., Gertler, C., Goesmann, A., Golyshina, O.V., Kaminski, F., Khachane, A.N., Lang, S., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Nechitaylo, T., Pühler, A., Regenhardt, D., Rupp, O., Sabirova, J.S., Selbitschka, W., Yakimov, M.M., Timmis, K.N., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Kaiser, O. & Golyshin, P.N. (2006). Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis. Nature Biotechnology, 24(8), 997-1004. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1232.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946381Brune, I., Becker, A., Paarmann, D., Albersmeier, A., Kalinowski, J., Pühler, A. & Tauch, A. (2006). Under the influence of the active deodorant ingredient 4-hydroxy-3-methoxybenzyl alcohol, the skin bacterium Corynebacterium jeikeium moderately responds with differential gene expression. J Biotechnol, 127(1), 21-33. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2006.06.011.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599402Hansmeier, N., Chao, T.C., Kalinowski, J., Pühler, A. & Tauch, A. (2006). Mapping and comprehensive analysis of the extracellular and cell surface proteome of the human pathogen Corynebacterium diphtheriae. PROTEOMICS, 6(8), 2465-2476. WILEY-V C H VERLAG GMBH. doi:10.1002/pmic.200500360.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596821Selbitschka, W., Keller, M., Miethling-Graff, R., Dresing, U., Schwieger, F., Krahn, I., Homann, I., Dammann-Kalinowski, T., Pühler, A. & Tebbe, C.C. (2006). Long-term field release of bioluminescent Sinorhizobium meliloti strains to assess the influence of a recA mutation on the strains' survival. MICROBIAL ECOLOGY, 52(3), 583-595. SPRINGER. doi:10.1007/s00248-006-9056-6.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598081Bönemann, G., Stiens, M., Pühler, A. & Schlüter, A. (2006). Mobilizable IncQ-related plasmid carrying a new quinolone resistance gene, qnrS2, isolated from the bacterial community of a wastewater treatment plant. ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, 50(9), 3075-3080. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/AAC.00378-06.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599618Hansmeier, N., Albersmeier, A., Tauch, A., Damberg, T., Ros, R., Anselmetti, D., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2006). The surface (S)-layer gene cspB of Corynebacterium glutamicum is transcriptionally activated by a LuxR-type regulator and located on a 6 kb genomic island absent from the type strain ATCC 13032. Microbiology, 152(4), 923-935. SOC GENERAL MICROBIOLOGY. doi:10.1099/mic.0.28673-0.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600852Hansmeier, N., Chao, T.C., Pühler, A., Tauch, A. & Kalinowski, J. (2006). The cytosolic, cell surface and extracellular proteomes of the biotechnologically important soil bacterium Cornyebacterium efficiens YS-314 in comparison to those of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032. PROTEOMICS, 6(1), 233-250. WILEY-V C H VERLAG GMBH. doi:10.1002/pmic.200500144.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599383Stiens, M., Schneiker-Bekel, S., Keller, M., Kuhn, S., Pühler, A. & Schlüter, A. (2006). Sequence analysis of the 144-kilobase accessory plasmid pSmeSM11a, isolated from a dominant Sinorhizobium meliloti strain identified during a long-term field release experimerit. Appl Environ Microbiol, 72(5), 3662-3672. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/AEM.72.5.3662-3672.2006.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600185Gaillard, M., Vallaeys, T., Vorhölter, F.-J., Minoia, M., Werlen, C., Sentchilo, V., Pühler, A. & van der Meer, J.R. (2006). The clc element of Pseudomonas sp strain B13, a genomic island with various catabolic properties. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 188(5), 1999-2013. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.188.5.1999-2013.2006.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868701Tauch, A., Trost, E., Bekel, T., Goesmann, A., Ludewig, U. & Pühler, A. (2006). Ultrafast de novo sequencing of Corynebacterium urealyticum using the Genome Sequencer 20 System. Biochemica, 4, 4-6.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773853Mormann, S., Lömker, A., Rückert, C., Gaigalat, L., Tauch, A., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2006). Random mutagenesis in Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 using an IS6100-based transposon vector identified the last unknown gene in the histidine biosynthesis pathway. BMC Genomics, 7(1): 205. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1471-2164-7-205.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599211Mahne, M., Tauch, A., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2006). The Corynebacterium glutamicum gene pmt encoding a glycosyltransferase related to eukaryotic protein-O-mannosyltransferases is essential for glycosylation of the resuscitation promoting factor (Rpf2) and other secreted proteins. FEMS MICROBIOLOGY LETTERS, 259(2), 226-233. BLACKWELL PUBLISHING. doi:10.1111/j.1574-6968.2006.00269.x.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597316Hain, T., Steinweg, C., Kuenne, C.T., Billion, A., Ghai, R., Chatterjee, S.S., Domann, E., Kaerst, U., Goesmann, A., Bekel, T., Bartels, D., Kaiser, O., Meyer, F., Pühler, A., Weisshaar, B., Wehland, J., Liang, C., Dandekar, T., Lampidis, R., Kreft, J., Goebel, W. & Chakraborty, T. (2006). Whole-genome sequence of Listeria welshimeri reveals common steps in genome reduction with Listeria innocua as compared to Listeria monocytogenes. Journal of Bacteriology, 188(23), 8299-8302. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.00758-06.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957Krause, L., Diaz, N.N., Bartels, D., Edwards, R.A., Pühler, A., Rohwer, F., Meyer, F. & Stoye, J. (2006). Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment. BIOINFORMATICS, 22(14), e281-e289. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btl247.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447862Pühler, A., Becker, A., Buhrmester, J., Chao, T.-C., Rüberg, S. & Weidner, S. (2005). What can bacterial genome research teach us about iron uptake in Sinorhizobium meliloti? (Current Plant Science and Biotechnology in Agriculture, 41). In Y.-P. Wang, M. Lin, Z.-X. Tian, C. Elmerich & W.E. Newton (Hrsg.), Biological Nitrogen Fixation, Sustainable Agriculture and the Environment: Proceedings of the 14th International Nitrogen Fixation Congress (S. 119-122). Gehalten auf der 14th International Nitrogen Fixation Congress, Springer.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603458Hüser, A.T., Chassagnole, C., Lindley, N.D., Merkamm, M., Guyonvarch, A., Elisakova, V., Patek, M., Kalinowski, J., Brune, I., Pühler, A. & Tauch, A. (2005). Rational design of a Corynebacterium glutamicum pantothenate production strain and its characterization by metabolic flux analysis and genorne-wide transcriptional profiling. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 71(6), 3255-3268. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/AEM.71.6.3255-3268.2005.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603821Rey, D.A., Nentwich, S.S., Koch, D.J., Rückert, C., Pühler, A., Tauch, A. & Kalinowski, J. (2005). The McbR repressor modulated by the effector substance S-adenosylhomocysteine controls directly the transcription of a regulon involved in sulphur metabolism of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032. MOLECULAR MICROBIOLOGY, 56(4), 871-887. BLACKWELL PUBLISHING LTD. doi:10.1111/j.1365-2958.2005.04586.x.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603291Braun, S.G., Meyer, A., Olst, O., Pühler, A. & Niehaus, K. (2005). Characterization of the Xanthomonas campestris pv. campestris lipopolysaccharide substructures essential for elicitation of an oxidative burst in tobacco cells. Molecular Plant - Microbe Interactions, 18(7), 674-681. AMER PHYTOPATHOLOGICAL SOC. doi:10.1094/MPMI-18-0674.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1604683Fehlberg, V., Vieweg, M.F., Dohmann, E.M.N., Hohnjec, N., Pühler, A., Perlick, A.M. & Küster, H. (2005). The promoter of the leghaemoglobin gene VfLb29: functional analysis and identification of modules necessary for its activation in the infected cells of root nodules and in the arbuscule-containing cells of mycorrhizal roots. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY, 56(413), 799-806. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/jxb/eri074.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302Bartels, D., Kespohl, S., Albaum, S., Drüke, T., Goesmann, A., Herold, J., Kaiser, O., Pühler, A., Pfeiffer, F., Raddatz, G., Stoye, J., Meyer, F. & Schuster, S.C. (2005). BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics, 21(7), 853-859. Oxford University Press. doi:10.1093/bioinformatics/bti091.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602311Schlüter, A., Heuer, H., Szczepanowski, R., Poler, S.M., Schneiker-Bekel, S., Pühler, A. & Top, E.M. (2005). Plasmid pB8 is closely related to the prototype IncP-1 beta plasmid R751 but transfers poorly to Escherichia coli and carries a new transposon encoding a small multidrug resistance efflux protein. PLASMID, 54(2), 135-148. ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE. doi:10.1016/j.plasmid.2005.03.001.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601712Thieme, F., Koebnik, R., Bekel, T., Berger, C., Boch, J., Buttner, D., Caldana, C., Gaigalat, L., Goesmann, A., Kay, S., Kirchner, O., Lanz, C., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Mittenhuber, G., Nies, D.H., Niesbach-Klosgen, U., Patschkowski, T., Rückert, C., Rupp, O., Schneiker-Bekel, S., Schuster, S.C., Vorhölter, F.-J., Weber, E., Pühler, A., Bonas, U., Bartels, D. & Kaiser, O. (2005). Insights into genome plasticity and pathogenicity of the plant pathogenic bacterium Xanthomonas campestris pv. vesicatoria revealed by the complete genome sequence. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 187(21), 7254-7266. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.187.21.7254-7266.2005.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602933Frenzel, A., Manthey, K., Perlick, A.M., Meyer, F., Pühler, A., Küster, H. & Krajinski, F. (2005). Combined transcriptome profiling reveals a novel family of arbuscular mycorrhizal-specific Medicago truncatula lectin genes. Mol Plant-Microbe Interact, 18(8), 771-782. AMER PHYTOPATHOLOGICAL SOC. doi:10.1094/MPM1-18-0771.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601308Reiss, G., Brückl, H., Hütten, A., Schotter, J., Brzeska, M., Panhorst, M., Sudfeld, D., Becker, A., Kamp, P.-B., Pühler, A., Wojczykowski, K. & Jutzi, P. (2005). Magnetoresistive sensors and magnetic nanoparticles for biotechnology (Journal of Materials Research). Journal of Materials Research (S. 3294-3302). MATERIALS RESEARCH SOCIETY. doi:10.1557/JMR.2005.0409.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601771Rückert, C., Koch, D.J., Rey, D.A., Albersmeier, A., Mormann, S., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2005). Functional genomics and expression analysis of the Corynebacterium glutamicum fpr2-cysIXHDNYZ gene cluster involved in assimilatory sulphate reduction. BMC Genomics, 6(1): 121. BIOMED CENTRAL LTD. doi:10.1186/1471-2164-6-121.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602017Koch, D.J., Rückert, C., Rey, D.A., Mix, A., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2005). Role of the ssu and seu genes of Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 in utilization of sulfonates and sulfonate esters as sulfur sources. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 71(10), 6104-6114. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/AEM.71.10.6104-6114.2005.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602137Koch, D.J., Rückert, C., Albersmeier, A., Hüser, A.T., Tauch, A., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2005). The transcriptional regulator SsuR activates expression of the Corynebacterium glutamicum sulphonate utilization genes in the absence of sulphate. Mol Microbiol, 58(2), 480-494. BLACKWELL PUBLISHING. doi:10.1111/j.1365-2958.2005.04836.x.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603956Tennstedt, T., Szczepanowski, R., Krahn, I., Pühler, A. & Schlüter, A. (2005). Sequence of the 68,869 bp IncP-1 alpha plasmid pTB11 from a waste-water treatment plant reveals a highly conserved backbone, a Tn402-like integron and other transposable elements. PLASMID, 53(3), 218-238. ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE. doi:10.1016/j.plasmid.2004.09.004.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603317Tauch, A., Kaiser, O., Hain, T., Goesmann, A., Weisshaar, B., Albersmeier, A., Bekel, T., Bischoff, N., Brune, I., Chakraborty, T., Kalinowski, J., Meyer, F., Rupp, O., Schneiker-Bekel, S., Viehöver, P. & Pühler, A. (2005). Complete genome sequence and analysis of the multiresistant nosocomial pathogen Corynebacterium jeikeium K411, a lipid-requiring bacterium of the human skin flora. Journal of Bacteriology, 187(13), 4671-4682. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/JB.187.13.4671-4682.2005.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603889Silberbach, M., Schafer, M., Hüser, A.T., Kalinowski, J., Pühler, A., Kramer, R. & Burkovski, A. (2005). Adaptation of Corynebacterium glutamicum to ammonium limitation: A global analysis using transcriptome and proteome techniques. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 71(5), 2391-2402. AMER SOC MICROBIOLOGY. doi:10.1128/AEM.71.5.2391-2402.2005.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1608687Küster, H., Hohnjec, N., Krajinski, F., El Yahyaoui, F., Manthey, K., Gouzy, J., Dondrup, M., Meyer, F., Kalinowski, J., Brechenmacher, L., van Tuinen, D., Gianinazzi-Pearson, V., Pühler, A., Gamas, P. & Becker, A. (2004). Construction and validation of cDNA-based Mt6k-RIT macro- and microarrays to explore root endosymbioses in the model legume Medicago truncatula. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 108(2), 95-113. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.11.011.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609315Golyshin, P.N., Martins Dos Santos, V.A., Kaiser, O., Ferrer, M., Sabirova, Y.S., Lünsdorf, H., Chernikova, T.N., Golyshina, O.V., Yakimov, M.M., Pühler, A. & Timmis, K.N. (2003). Genome sequence completed of Alcanivorax borkumensis, a hydrocarbon-degrading bacterium that plays a global role in oil removal from marine systems. Journal of Biotechnology, 106(2-3), 215-220. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.07.013.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609339Hüser, A.T., Becker, A., Brune, I., Dondrup, M., Kalinowski, J., Plassmeier, J., Pühler, A., Wiegräbe, I. & Tauch, A. (2003). Development of a Corynebacterium glutamicum DNA microarray and validation by genome-wide expression profiling during growth with propionate as carbon source. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 269-286. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.006.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035Kalinowski, J., Bathe, B., Bartels, D., Bischoff, N., Bott, M., Burkovski, A., Dusch, N., Eggeling, L., Eikmanns, B.J., Gaigalat, L., Goesmann, A., Hartmann, M., Huthmacher, K., Kramer, R., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Mockel, B., Pfefferle, W., Pühler, A., Rey, D.A., Rückert, C., Rupp, O., Sahm, H., Wendisch, V.F., Wiegrabe, I. & Tauch, A. (2003). The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins. Journal of Biotechnology, 104(1-3), 5-25. Elsevier BV. doi:10.1016/S0168-1656(03)00154-8.
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2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1616678Galibert, F., Finan, T.M., Long, S.R., Pühler, A., Abola, P., Ampe, F., Barloy-Hubler, F., Barnett, M.J., Becker, A., Boistard, P., Bothe, G., Boutry, M., Bowser, L., Buhrmester, J., Cadieu, E., Capela, D., Chain, P., Cowie, A., Davis, R.W., Dreano, S., Federspiel, N.A., Fisher, R.F., Gloux, S., Godrie, T., Goffeau, A., Golding, B., Gouzy, J., Gurjal, M., Hernandez-Lucas, I., Hong, A., Huizar, L., Hyman, R.W., Jones, T., Kahn, D., Kahn, M.L., Kalman, S., Keating, D.H., Kiss, E., Komp, C., Lalaure, V., Masuy, D., Palm, C., Peck, M.C., Pohl, T.M., Portetelle, D., Purnelle, B., Ramsperger, U., Surzycki, R., Thebault, P., Vandenbol, M., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Wells, D.H., Wong, K., Yeh, K.C. & Batut, J. (2001). The composite genome of the legume symbiont Sinorhizobium meliloti. SCIENCE, 293(5530), 668-672. AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE. doi:10.1126/science.1060966.
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