237 Publikationen
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2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990552Applying rearrangement distances to enable plasmid epidemiology with plingPUB | DOI | PubMed | Europe PMC | Preprint
Frolova D, Lima L, Roberts L, Bohnenkämper L, Wittler R, Stoye J, Iqbal Z (2024)
Microbial Genomics 10(10): 001300. -
2024 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2992085Reconstructing Rearrangement Phylogenies of Natural GenomesPUB | DOI
Bohnenkämper L, Stoye J, Dörr D (2024)
LIPIcs 312: 12. -
2024 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990269Comparative Genomics. Methods and ProtocolsPUB | DOI
Setubal JC, Stadler PF, Stoye J (Eds) (2024) Methods in Molecular Biology; 2802, 2nd ed.
New York, NY: Humana. -
2024 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990270Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Doerr D, Rubert DP, Stoye J (2024)
In: Comparative Genomics. Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler PF, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 2802 2nd ed. New York, NY: Humana: 57-72. -
2024 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990271Methods for Pangenomic Core DetectionPUB | DOI
Schulz T, Parmigiani L, Rempel A, Stoye J (2024)
In: Comparative Genomics. Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler PF, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 2802. New York, NY: Humana: 73-106. -
2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988749Revisiting pangenome openness with k-mersPUB | DOI
Parmigiani L, Wittler R, Stoye J (2024)
Peer Community Journal 4: e47. -
2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702
Investigating the complexity of the double distance problemsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2024)
Algorithms for Molecular Biology 19: 1. -
2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606On the Class of Double Distance ProblemsPUB | DOI | WoS
Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2023)
In: Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings. Jahn K, Vinař T (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 13883. Cham: Springer Nature : 35-50. -
2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2984551NFDI4Microbiota – national research data infrastructure for microbiota researchPUB | DOI
Förstner KU, Becker A, Blom J, Bork P, Clavel T, Dieckmann M, Goesmann A, Götz B, Gübitz T, Hufsky F, Jünemann S, et al. (2023)
Research Ideas and Outcomes 9. -
2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2969065HaploBlocks: efficient detection of positive selection in large population genomic datasetsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Kirsch-Gerweck B, Bohnenkämper L, Henrichs MT, Alanko JN, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Burger J, Stoye J, Diekmann Y (2023)
Molecular Biology and Evolution 40(3): msad027. -
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2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double DistancePUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2022)
In: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Boucher C, Rahmann S (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 13:1-13:16. -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963777Numeric Lyndon-based feature embedding of sequencing reads for machine learning approachesPUB | DOI | WoS
Bonizzoni P, Costantini M, De Felice C, Petescia A, Pirola Y, Previtali M, Rizzi R, Stoye J, Zaccagnino R, Zizza R (2022)
Information Sciences 607: 458-476. -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659
Sequence-based pangenomic core detectionPUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulz T, Wittler R, Stoye J (2022)
iScience 25(6): 104413. -
2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959449
The Bielefeld Institute for Bioinformatics InfrastructurePUB | PDF | DOI
Stoye J, Wittler R (Eds) (2021)
Bielefeld: Universität Bielefeld, Techn. Fakultät. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942686Computing the Inversion-Indel DistancePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
Willing E, Stoye J, Dias Vieira Braga M (2021)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 18(6): 2314-2326. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950825
Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome GraphsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J (2021)
Bioinformatics 37(16): 2266-2274. -
2021 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2952705Can We Replace Reads by Numeric Signatures? Lyndon Fingerprints as Representations of Sequencing Reads for Machine LearningPUB
Bonizzoni P, De Felice C, Petescia A, Pirola Y, Rizzi R, Stoye J, Zaccagnino R, Zizza R (2021)
In: Proceedings of AlCoB 2021. LNBI, 12715. 16-28. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2021)
Journal of Computational Biology 28(4): 410-431. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945991Reconstructing Tumor Evolutionary Histories and Clone Trees in Polynomial-time with SubMARinePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
Sundermann LK, Wintersinger J, Rätsch G, Stoye J, Morris Q (2021)
PLOS Computational Biology 17(1): e1008400. -
2021 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949108Computational Methods for Microbiome AnalysisPUB | DOI | Download (ext.)
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (Eds) (2021)
Frontiers in Genetics Research Topic. -
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2943670On motifs in colored graphsPUB | Download (ext.) | arXiv
Rubert D, Araujo E, Stefanes MA, Stoye J, Martinez FV (2020)
arXiv:2005.13634. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942995Searching and Inferring Colorful Topological Motifs in Vertex-Colored GraphsPUB | DOI | WoS
Rubert D, Araujo E, Stefanes MA, Stoye J, Martinez F (2020)
Journal of Combinatorial Optimization 40: 379–411. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712
Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plantsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D (2020)
BMC Genomics 21(Suppl. 2): 273. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953267Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell CompartmentPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, De Domenico E, et al. (2020)
Cell 182(6): 1419-1440.e23. -
2020 | Report | PUB-ID: 2944669NFDI4BioDiversity - A Consortium for the National Research Data Infrastructure (NFDI) : ProposalPUB | DOI
Glöckner FO, Diepenbroek M, Felden J, Güntsch A, Stoye J, Overmann J, Wimmers K, Kostadinov I, Yahyapour R, Müller W, Scholz U, et al. (2020)
Zenodo. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2948972Editorial: Computational Methods for Microbiome AnalysisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (2020)
Frontiers in Genetics 11: 623897. -
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940602HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long ReadsPUB | DOI | Download (ext.) | Preprint
Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020)
bioRxiv. -
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome GraphsPUB | DOI | Preprint
Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J (2020)
bioRxiv. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939618
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear timePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2020)
Algorithms for Molecular Biology 15: 2. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945430HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long ReadsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020)
iScience 23(8): 101389. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk ApproachPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S (2020)
Molecular Biology and Evolution 37(5): 1470–1479. -
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | Download (ext.) | arXiv
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
arXiv:2001.02139. -
2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | DOI
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI, 12074. 3-18. -
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobiumPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, Young ND, Korhonen PK, Gobert GN, Nawaratna S, Hasan S, Martínez DM, You H, Lavin M, et al. (2019)
PLOS Pathogens 15(1): e1007513. -
2019 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 293926025 Years of the Burrows-Wheeler Transform. Report from Dagstuhl Seminar 19241PUB | DOI
Gagie T, Manzini G, Navarro G, Stoye J (2019) Dagstuhl Reports; 9(6).
Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik. -
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear TimePUB | DOI
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik : 8:1-8:9. -
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883A Perspective on Comparative and Functional GenomicsPUB | DOI
Dörr D, Stoye J (2019)
In: Bioinformatics and Phylogenetics. Warnow T (Ed); Computational Biology, 29. Cham: Springer : 361-372. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Computing the family-free DCJ similarityPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2018)
BMC Bioinformatics 19(Suppl. 6): 152. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012Flexible metagenome analysis using the MGX frameworkPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A (2018)
Microbiome 6(1): 76. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing dataPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2018)
BMC Genomics 19(Suppl. 5): 308. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read CompressionPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2018)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 25(7): 825-836. -
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921Pan-genome Storage and Analysis TechniquesPUB | DOI
Zekic T, Holley G, Stoye J (2018)
In: Comparative Genomics. Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 29-53. -
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dörr D, Feijão P, Stoye J (2018)
In: Comparative Genomics: Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 331-342. -
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920Comparative Genomics: Methods and ProtocolsPUB | DOI
Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds) (2018) Methods in Molecular Biology; 1704.
New York: Springer Verlag. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic FrameworkPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2018)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15(6): 2094-2100. -
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445Identifying Maximal Perfect Haplotype BlocksPUB | DOI
Cunha L, Diekmann Y, Kowada L, Stoye J (2018)
In: Proceedings of BSB 2018. LNBI, 11228. Springer Verlag: 26-37. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJPUB | DOI
Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
In: Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Meidanis J, Nakhleh L (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 10562. Cham: Springer Verlag: 76-100. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear timePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
Algorithms for Molecular Biology 12(1): 3. -
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded StringsPUB | Download (ext.) | arXiv
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
arXiv: 1702.01280. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded StringsPUB | DOI
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs, 78. 19:1-19:9. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas researchPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Jünemann S, Kleinbölting N, Jaenicke S, Henke C, Hassa J, Nelkner J, Stolze Y, Albaum S, Schlüter A, Goesmann A, Sczyrba A, et al. (2017)
Journal of Biotechnology 261(SI): 10-23. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read CompressionPUB | DOI
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2017)
In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 10229. 50-65. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster DiscoveryPUB | DOI
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2017)
In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 1704. Berlin: Springer Verlag: 197-212. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene AdjacenciesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, Deshpande S, Dantas S, Moret BME, Stoye J (2017)
Journal of Computational Biology 24(6): 616-634. -
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of DuplicatesPUB | DOI
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2016)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Frith M, Storm Pedersen CN (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 9838. Cham: Springer: 293-306. -
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930Finding approximate gene clusters with GECKO 3PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Winter S, Jahn K, Wehner S, Kuchenbecker L, Marz M, Stoye J, Böcker S (2016)
Nucleic Acids Research 44(20): 9600-9610. -
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinomaPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krause L, Nones K, Loffler KA, Nancarrow D, Oey H, Tang YH, Wayte NJ, Patch AM, Patel K, Brosda S, Manning S, et al. (2016)
Carcinogenesis 37(4): 356-365. -
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storagePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Holley G, Wittler R, Stoye J (2016)
Algorithms for Molecular Biology 11(1): 3. -
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene AdjacenciesPUB | DOI
Kowada LAB, Doerr D, Dantas S, Stoye J (2016)
In: Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Singh M (Ed); Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 9649. Springer: 204-224. -
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storagePUB | DOI
Holley G, Wittler R, Stoye J (2015)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings. Pop M, Touzet H (Eds); Lecture Notes in Computer Science , 9289. Berlin, Heidelberg: Springer: 217-230. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
On the family-free DCJ distance and similarityPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
Algorithms for Molecular Biology 10(1): 13. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844Sorting linear genomes with rearrangements and indelsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12(3): 500-506. -
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: BioinformaticsPUB | Download (ext.)
Meidanis J, Stoye J (Eds) (2015)
BMC Bioinformatics 16(Supplement 14). -
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: GenomicsPUB | Download (ext.)
Meidanis J, Stoye J (Eds) (2015)
BMC Genomics 16(Supplement 10). -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop SequencersPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jünemann S, Prior K, Albersmeier A, Albaum S, Kalinowski J, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2014)
PLOS ONE 9(9): e107014. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large DatasetsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, Wieseke N, Thévenin A, Stoye J, Hartmann RK, Prohaska SJ, Stadler PF (2014)
PLoS ONE 9(8): e105015. -
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241On the family-free DCJ distancePUB | DOI
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2014)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Brown D, Morgenstern B (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8701. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag: 174-186. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate StringsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K (2014)
BMC Genomics 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped SequencesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)
Bioinformatics 30(16): 2247-2254. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcriptsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schwientek P, Neshat A, Kalinowski J, Klein A, Rückert C, Schneiker-Bekel S, Wendler S, Stoye J, Pühler A (2014)
Journal of Biotechnology 190: 85-95. -
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic FrameworkPUB | DOI
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2014)
In: Proc. of BSB 2014. Sérgio C (Ed); LNBI, 8826. Springer Verlag: 135-143. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencingPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jakobi T, Brinkrolf K, Tauch A, Noll T, Stoye J, Pühler A, Goesmann A (2014)
Journal of Biotechnology 190: 64-75. -
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552Suffix Tree ConstructionPUB | DOI
Stoye J (2014)
In: Encyclopedia of Algorithms. Kao M-Y (Ed); Springer Verlag. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometryPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)
Bioinformatics 30(7): 988-995. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen AchselhöhlePUB | DOI
Fredrich E, Ander C, Stoye J, Brune I, Tauch A (2014)
BIOspektrum 20(5): 294-296. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral CarcinomaPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Henrich B, Rumming M, Sczyrba A, Velleuer E, Dietrich R, Gerlach W, Gombert M, Rahn S, Stoye J, Borkhardt A, Fischer U (2014)
PLoS ONE 9(3): e92297. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequencesPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2. -
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3PUB | DOI
Gerlach W, Stoye J (2013)
In: Encyclopedia of Metagenomics. Nelson KE (Ed); Springer Verlag. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
On the Inversion-Indel DistancePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Willing E, Zaccaria S, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S3. -
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641Restricted DCJ-Indel Model RevisitedPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2013)
In: Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Setubal JC, Almeida NF (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8213. Cham: Springer Verlag: 36-46. -
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648The Potential of Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparisonPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature biotechnology 31(12): 1148. -
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643The Genesis of the DCJ FormulaPUB | DOI
Bergeron A, Stoye J (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 63-81. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krell P, Reuther S, Fischer U, Keller T, Weber S, Gombert M, Schuster FR, Asang C, Stepensky P, Strahm B, Meisel R, et al. (2013)
Haematologica 98(9): 1388-1396. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922Updating benchtop sequencing performance comparisonPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)
Nature Biotechnology 31(4): 294-296. -
-
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Statistics for approximate gene clustersPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jahn K, Winter S, Stoye J, Böcker S (2013)
BMC Bioinformatics 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth mediaPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schwientek P, Wendler S, Neshat A, Eirich C, Rückert C, Klein A, Wehmeier UF, Kalinowski J, Stoye J, Pühler A (2013)
Journal of Biotechnology 167(2): 166-177. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasetsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Zakrzewski M, Bekel T, Ander C, Pühler A, Rupp O, Stoye J, Schlüter A, Goesmann A (2013)
Journal of Biotechnology 167(2): 156-165. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon SequencingPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jünemann S, Prior K, Szczepanowski R, Harks I, Ehmke B, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2012)
PLoS ONE 7(8): e41606. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Gene family assignment-free comparative genomicsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Thévenin A, Stoye J (2012)
BMC Bioinformatics 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasetsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, Wilhelm M, Högy P, Niehaus K, Stoye J (2012)
BMC Bioinformatics 13(1): 21. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignmentsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Jahn K, Sudek H, Stoye J (2012)
BMC Bioinformatics 13(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S7. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Kalinowski J, Klein A, Selber K, Wehmeier UF, Stoye J, Pühler A (2012)
BMC Genomics 13(1): 112. -
2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416Combinatorial Pattern MatchingPUB | DOI
Kärkkäinen J, Stoye J (Eds) (2012)
Lecture Notes in Computer Science 7354. -
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Generic Software Frameworks for GC-MS Based MetabolomicsPUB | PDF | DOI | Download (ext.)
Hoffmann N, Stoye J (2012)
In: Metabolomics. Roessner U (Ed); InTech: 73-98. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J (2012)
Bioinformatics 28(19): 2509-2511. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779Swiftly Computing Center StringsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S (2011)
BMC Bioinformatics 12(1): 106. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Genomic distance under gene substitutionsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J (2011)
BMC Bioinformatics 12(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011): S8. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
On the weight of indels in genomic distancesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J (2011)
BMC Bioinformatics 12(Suppl 9: RECOMB-CG 2011): S13. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897974Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic DistancePUB | DOI | WoS | arXiv
Erdős PL, Soukup L, Stoye J (2011)
Applied Mathematics Letters 24(1): 82-86. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794Double Cut and Join with Insertions and DeletionsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1167-1184. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome ReincorporationPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1231-1241. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technologyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Stoye J, Pühler A (2011)
Journal of Biotechnology 155(1): 68-77. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programmingPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, Jaenicke S, Kalinowski J, Stoye J, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(10): 1351-1358. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918550Common Intervals of Multiple PermutationsPUB | DOI | WoS
Heber S, Mayr R, Stoye J (2011)
Algorithmica 60(2): 175-206. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2298170
Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Gerlach W, Stoye J (2011)
Nucleic Acids Res 39(14): e91. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787Consistency of Sequence-Based Gene ClustersPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1023-1039. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919211Swiftly Computing Center StringsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S (2010)
In: Proc. of WABI 2010. LNBI, 6293. 325-336. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulencePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Trost E, Ott L, Schneider J, Schröder J, Jaenicke S, Goesmann A, Husemann P, Stoye J, Alves Dorella F, Souza Rocha F, de Castro Soares S, et al. (2010)
BMC Genomics 11(1): 728. -
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157Computing the Genomic Distance in Linear TimePUB | Download (ext.)
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2010)
In: Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Apostolico A, Dress A, Parida L (Eds); , 10231. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 18. -
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907492A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance Via the Double Cut and Join DistancePUB | Download (ext.)
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2010)
In: Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Apostolico A, Dress A, Parida L, Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik (Eds); Dagstuhl Seminar Proceedings, 10231. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany: Online-Ressource. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893893
Phylogenetic Comparative AssemblyPUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Husemann P, Stoye J (2010)
Algorithms for Molecular Biology 5(1): 3. -
2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918836Indexing and Searching a Mass Spectrometry DatabasePUB | DOI
Besenbacher S, Schwikowski B, Stoye J (2010)
In: Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday. Elomaa T, Mannila H, Orponen P (Eds); LNCS, 6060. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg: 62-76. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795670Partitioning Biological Data with Transitivity ClusteringPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittkop T, Emig D, Lange SJ, Rahmann S, Albrecht M, Morris JH, Böcker S, Stoye J, Baumbach J (2010)
Nature Methods 7(6): 419-420. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898012Finding Nested Common Intervals EfficientlyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Blin G, Faye D, Stoye J (2010)
Journal of Computational Biology 17(9): 1183-1194. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217Consistency of Sequence-based Gene ClustersPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittler R, Stoye J (2010)
In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI, 6398. Springer Verlag: 252-263. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893890Repeat-aware Comparative Genome AssemblyPUB | Download (ext.)
Husemann P, Stoye J (2010)
In: Proc. of GCB 2010. LNI, P-173. 61-70. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556r2cat: Synteny Plots and Comparative AssemblyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Husemann P, Stoye J (2010)
Bioinformatics 26(4): 570-571. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897997Rearrangement Models and Single-Cut OperationsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bergeron A, Medvedev P, Stoye J (2010)
Journal of Computational Biology 17(9): 1213-1225. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and HalvingPUB | DOI
Kovac J, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2010)
In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI, 6398. 13-24. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025The Solution Space of Sorting by DCJPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2010)
Journal of Computational Biology 17(9): 1145-1165. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215Genomic Distance with DCJ and IndelsPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2010)
In: Proc. of WABI 2010. LNBI, 6293. 90-101. -
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893884Phylogenetic Comparative AssemblyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Husemann P, Stoye J (2009)
In: Proc. of WABI 2009. LNBI, 5724. 145-156. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589663A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance via the Double Cut and Join DistancePUB | DOI | WoS
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2009)
Theoretical Computer Science 410(51): 5300-5316. -
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206Counting All DCJ Sorting ScenariosPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2009)
In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI, 5817. 36-47. -
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919207Finding Nested Common Intervals EfficientlyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Blin G, Stoye J (2009)
In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI, 5817. 59-69. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898137Approximative Gencluster und ihre Anwendung in der komparativen GenomikPUB | DOI
Jahn K, Stoye J (2009)
Informatik-Spektrum 32(4): 288-300. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene ClustersPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Stoye J, Wittler R (2009)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 6(3): 387-400. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic readsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Gerlach W, Jünemann S, Tille F, Goesmann A, Stoye J (2009)
BMC Bioinformatics 10(1): 430. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM (2009)
BIOINFORMATICS 25(21): 2863-2864. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898105Computation of Median Gene ClustersPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Böcker S, Jahn K, Mixtacki J, Stoye J (2009)
Journal of Computational Biology 16(8): 1085-1099. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry dataPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Hoffmann N, Stoye J (2009)
Bioinformatics 25(16): 2080-2081. -
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919209Rearrangement Models and Single-Cut OperationsPUB | DOI
Medvedev P, Stoye J (2009)
In: Comparative Genomics : International Workshop, RECOMB-CG 2009, Budapest, Hungary, September 27-29, 2009. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science, 5817. Berlin, Heidelberg: Springer: 84-97. -
2009 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918945 PUB
-
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologiesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bekel T, Henckel K, Küster H, Meyer F, Mittard-Runte V, Neuweger H, Paarmann D, Rupp O, Zakrzewski M, Pühler A, Stoye J, et al. (2009)
Journal of Biotechnology 140(1-2): 3-12. -
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919198Detecting Repeat Families in Incompletely Sequenced GenomesPUB | DOI
Quitzau JAA, Stoye J (2008)
In: Proc. of WABI 2008. LNBI, 5251. 342-353. -
2008 | Report | PUB-ID: 1970459
A space efficient representation for sparse de Bruijn subgraphsPUB | PDF
Quitzau JAA, Stoye J (2008) Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
2008 | Report | PUB-ID: 1970461
Online Abelian Pattern MatchingPUB | PDF
Ejaz T, Rahmann S, Stoye J (2008) Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment dataPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, Persicke M, Watt T, Niehaus K, Stoye J, Goesmann A (2008)
Bioinformatics 24(23): 2726-2732. -
2008 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918834Suffix Tree Construction in RAM (1997; Farach-Colton)PUB | DOI
Stoye J (2008)
In: Encyclopedia of Algorithms. Kao M-Y (Ed); Springer Verlag: 925-928. -
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919192Computation of Median Gene ClustersPUB | DOI
Böcker S, Jahn K, Mixtacki J, Stoye J (2008)
In: Proc. of RECOMB 2008. LNBI, 4955. 331-345. -
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919200On Computing the Breakpoint Reuse Rate in Rearrangement ScenariosPUB | DOI
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2008)
In: Proc. of Recomb-CG 2008. LNBI, 5267. 226-240. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587078Counting suffix arrays and stringsPUB | DOI | WoS
Schürmann K-B, Stoye J (2008)
THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 395(2-3): 220-234. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactorPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krause L, Diaz NN, Edwards RA, Gartemann K-H, Krömeke H, Neuweger H, Pühler A, Runte KJ, Schlüter A, Stoye J, Szczepanowski R, et al. (2008)
JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 136(1-2): 91-101. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785
Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organismsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Oehm S, Gilbert D, Tauch A, Stoye J, Goesmann A (2008)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36(Web Server): W433-W437. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
Phylogenetic classification of short environmental DNA fragmentsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krause L, Diaz NN, Goesmann A, Kelley S, Nattkemper TW, Rohwer F, Edwards RA, Stoye J (2008)
Nucleic Acids Research 36(7): 2230-2239. -
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919195HP Distance via Double Cut and Join DistancePUB | DOI
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2008)
In: Combinatorial Pattern Matching. 19th Annual Symposium, CPM 2008, Pisa, Italy, June 18-20, 2008 Proceedings. Lecture Notes in Computer Science, 5029. 56-68. -
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphismsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Mellmann A, Weniger T, Berssenbrügge C, Rothgänger J, Sammeth M, Stoye J, Harmsen D (2007)
BMC MICROBIOLOGY 7(1): 98. -
2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918828Chapter 12: Gecko and GhostFam - Rigorous and Efficient Gene Cluster Detection in Prokaryotic GenomesPUB | DOI | PubMed | Europe PMC
Schmidt T, Stoye J (2007)
In: Comparative Genomics, Volume 2. Bergman NH (Ed); Methods in Molecular Biology, 396. Totowa, NJ: Humana Press Inc.: 165-182. -
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918432Character Sets of StringsPUB | DOI
Didier G, Schmidt T, Stoye J, Tsur D (2007)
Journal of Discrete Algorithms 5(2): 330-340. -
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595253An incomplex algorithm for fast suffix array constructionPUB | DOI | WoS
Schürmann K-B, Stoye J (2007)
SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 37(3): 309-329. -
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345
GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classificationPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krause L, McHardy AC, Nattkemper TW, Pühler A, Stoye J, Meyer F (2007)
Nucleic Acids Research 35(2): 540-549. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sammeth M, Griebel T, Tille F, Stoye J (2006)
BIOINFORMATICS 22(7): 889-890. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given lengthPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW (2006)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(2): 296-308. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574On sorting by translocationsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2006)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(2): 567-578. -
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811A Unifying View of Genome RearrangementsPUB | DOI | WoS
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2006)
In: Proc. of WABI 2006. LNBI, 4175. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 163-173. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degreePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sammeth M, Stoye J (2006)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 3(4): 395-407. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparisonPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bergeron A, Stoye J (2006)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(7): 1340-1354. -
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and BackPUB
Stoye J (2006)
Presented at the JOBIM 2006, Bordeaux, France. -
2006 | Report | PUB-ID: 1970464
On Common Intervals with ErrorsPUB | PDF
Chauve C, Diekmann Y, Heber S, Mixtacki J, Rahmann S, Stoye J (2006) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environmentPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krause L, Diaz NN, Bartels D, Edwards RA, Pühler A, Rohwer F, Meyer F, Stoye J (2006)
BIOINFORMATICS 22(14): e281-e289. -
2005 | Report | PUB-ID: 1970470
Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI)PUB | PDF | DOI
Sammeth M, Stoye J (2005) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array ConstructionPUB
Schürmann K-B, Stoye J (2005)
In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. 77-85. -
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824Chapter 10: The Inversion Distance ProblemPUB
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2005)
In: Mathematics of Evolution and Phylogeny. Gascuel O (Ed); Oxford University Press: 262-290. -
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220On Sorting by TranslocationsPUB | DOI | WoS
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2005)
In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI, 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 615-629. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Large scale hierarchical clustering of protein sequencesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krause A, Stoye J, Vingron M (2005)
BMC Bioinformatics 6(1): 15. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparisonPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bartels D, Kespohl S, Albaum S, Drüke T, Goesmann A, Herold J, Kaiser O, Pühler A, Pfeiffer F, Raddatz G, Stoye J, et al. (2005)
Bioinformatics 21(7): 853-859. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947Informatische Methoden zur Protein-IdentifikationPUB
Böcker S, Stoye J (2005)
LaborPraxis 29(10): 24-26. -
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA)PUB | DOI | WoS
Bannert C, Stoye J (2005)
In: Proc. of CompLife 2005. LNBI, 3695. Springer-Verlag: 79-90. -
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI)PUB | DOI | WoS
Sammeth M, Weniger T, Harmsen D, Stoye J (2005)
In: Proc. of WABI 2005. LNBI, 3692. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 276-290. -
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given LengthPUB | DOI | WoS
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW (2005)
In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI, 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 189-203. -
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026Counting Suffix Arrays and StringsPUB | DOI
Schürmann K-B, Stoye J (2005)
In: Proc. of SPIRE 2005. LNCS, 3772. 55-66. -
2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Counting Suffix Arrays and StringsPUB | PDF
Schürmann K-B, Stoye J (2005) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004PUB
Giegerich R, Stoye J (Eds) (2004)
Lecture Notes in Informatics P-53: 234. -
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring SchemesPUB | DOI | WoS
Michael M, Dieterich C, Stoye J (2004)
In: Proc. of WABI 2004. LNBI, 3240. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 99-110. -
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More SequencesPUB | DOI | WoS
Schmidt T, Stoye J (2004)
In: Proc. of CPM 2004. LNCS, 3109. 347-358. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNAPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 73. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted stringsPUB | PDF | DOI | WoS
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E (2004)
Discrete Applied Mathematics 137(1): 27-46. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNAPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 6. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a stringPUB | PDF | DOI | WoS
Gusfield D, Stoye J (2004)
Journal of computer and system sciences 69(4): 525-546. -
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263Reversal Distance without Hurdles and FortressesPUB | DOI | WoS
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2004)
In: Proc. of CPM 2004. LNCS, 3109. SPRINGER-VERLAG BERLIN: 388-399. -
2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main MemoryPUB | PDF
Schürmann K-B, Stoye J (2003) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664The European Conference on Computational BiologyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Heber S, Stoye J (2003)
Drug Discovery Today 8(3): 113-114. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der BioinformatikPUB
Giegerich R, Stoye J (2003)
Forschung an der Universität Bielefeld 26: 63-68. -
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological DataPUB
Bannert C, Stoye J (2003)
In: Proc. of GCB 2003. 21-25. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Efficient implementation of lazy suffix treesPUB | PDF | DOI | WoS
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (2003)
SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 33(11): 1035-1049. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraintsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J (2003)
BIOINFORMATICS 19(Suppl 2): ii189-ii195. -
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparisonPUB | DOI | WoS
Bergeron A, Stoye J (2003)
In: Proc. of COCOON 2003. LNCS, 2697. 68-79. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysisPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D (2003)
BIOINFORMATICS 19(12): 1592-1593. -
2003 | Report | PUB-ID: 1970477
On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome ComparisonPUB | PDF
Bergeron A, Stoye J (2003) Forschungsberichte.
Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix TreesPUB
Stoye J (2002)
In: Lecture Notes in Informatics. Schubert S, Reusch B, Jesse N (Eds); , P-20(Ergänzungsband). 67-67. -
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted StringsPUB
Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J (2002)
In: Proc. of IFIP TCS 2002. 143-156. -
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
A novel approach to remote homology detection: jumping alignmentsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J (2002)
Journal of Computational Biology 9(5): 747-760. -
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix treePUB | PDF | DOI | WoS
Stoye J, Gusfield D (2002)
Theoretical Computer Science 270(1-2): 843-856. -
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessityPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bergeron A, Heber S, Stoye J (2002)
Bioinformatics 18(Suppl 2): S54-S63. -
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995Resampling Methods in Physical MappingPUB
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M (2002)
In: Proc. of GfKl 2000. 437-444. -
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scalePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2001)
Nucleic Acids Research 29(22): 4633-4642. -
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992Finding all Common Intervals of k PermutationsPUB | DOI
Heber S, Stoye J (2001)
In: Proc. of CPM 2001. LNCS, 2089. 207-218. -
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197Algorithms for Finding Gene ClustersPUB | DOI
Heber S, Stoye J (2001)
In: Proc. of WABI 2001. LNCS, 2149. Berlin: Sppringer: 252-263. -
2001 | Report | PUB-ID: 1970479Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted StringsPUB
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E (2001) Technical Report.
ETH Zürich, Dept. of Computer Science. -
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981Contig Selection in Physical MappingPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Heber S, Stoye J, Hoheisel J, Vingron M (2000)
In: Proc. of RECOMB 2000. 155-164. -
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817Finding Maximal Pairs with Bounded GapPUB
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (2000)
In: Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). Crochemore M, Gąsieniec L (Eds); 77-104. -
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
The SYSTERS protein sequence cluster setPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krause A, Stoye J, Vingron M (2000)
Nucleic Acids Research 28(1): 270-272. -
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
Contig selection in physical mappingPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M (2000)
Journal of Computational Biology 7(3-4): 395-408. -
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985Sequence Database Search Using Jumping AlignmentsPUB | PubMed | Europe PMC
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J (2000)
In: Proc. of ISMB 2000. 367-375. -
-
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341
An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignmentPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reinert K, Stoye J, Will T (2000)
Bioinformatics 16(9): 808-814. -
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete GenomesPUB | PubMed | Europe PMC
Kurtz S, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2000)
In: Proc. of ISMB 2000. 228-238. -
2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000PUB
Bornberg-Bauer E, Rost U, Stoye J, Vingron M (Eds) (2000)
Berlin: Logos Verlag. -
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435Efficient implementation of lazy suffix treesPUB | DOI | WoS
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (1999)
In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. LNCS, 1668. 30-42. -
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence AlignmentPUB | Download (ext.)
Reinert K, Will T, Stoye J (1999)
In: Proc. of GCB 1999. 17-24. -
1999 | Report | PUB-ID: 1970495Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence AlignmentPUB
Morgenstern B, Stoye J, Dress A (1999) Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1999 | Report | PUB-ID: 1970509Finding Maximal Pairs with Bounded GapPUB
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (1999) Report.
BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus. -
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971Finding Maximal Pairs with Bounded GapPUB | DOI
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (1999)
In: Proc. of CPM 1999. LNCS, 1645. 134-149. -
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102The Number of Standard and of Effective Multiple AlignmentsPUB
Dress A, Morgenstern B, Stoye J (1998)
Appl. Math. Lett. 11(4): 43-49. -
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von BeispielenPUB
Hildebrand M, Stoye J (1998)
Der Mathematikunterricht 44(6): 34-53. -
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
Multiple sequence alignment with the Divide-and-Conquer method.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Stoye J (1998)
Gene 211(2): GC45-GC56. -
-
1998 | Report | PUB-ID: 1970515Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix TreePUB
Stoye J, Gusfield D (1998) Report.
Department of Computer Science, University of California, Davis. -
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version)PUB | DOI
Stoye J, Gusfield D (1998)
In: Proc. of CPM 1998. LNCS, 1448. 140-152. -
1998 | Report | PUB-ID: 1970513Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a StringPUB
Gusfield D, Stoye J (1998) Report.
Department of Computer Science, University of California, Davis. -
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciencesPUB | DOI | WoS
Brinkmann G, Dress A, Perrey SW, Stoye J (1997)
Mathematical programming 79(1-3): 71-97. -
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignmentPUB
Stoye J, Moulton V, Dress A (1997)
CABIOS 13(6): 625-626. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970526On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence AlignmentPUB
Perrey SW, Stoye J, Moulton V, Dress A (1997) Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970517Rose: Generating Sequence FamiliesPUB
Stoye J, Evers D, Meyer F (1997) Forschungsberichte.
Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970529Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular SciencesPUB
Brinkmann G, Dress A, Perrey SW, Stoye J (1997) Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885Generating benchmarks for multiple sequence alignments and phylogenetic reconstructionsPUB | PubMed | Europe PMC
Stoye J, Evers D, Meyer F (1997)
In: Proc. of ISMB 1997. 303-306. -
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignmentPUB | PDF | DOI | WoS
Stoye J, Perrey SW, Dress A (1997)
Applied mathematics letters 10(2): 67-73. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970523On the Number of Standard and Effective Multiple AlignmentsPUB
Dress A, Morgenstern B, Stoye J (1997) Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970520FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence AlignmentPUB
Perrey SW, Stoye J, Moulton V (1997) Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970532Divide-and-Conquer Multiple Sequence AlignmentPUB
Stoye J (1997) Forschungsberichte.
Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
1996 | Report | PUB-ID: 1970533Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence AlignmentPUB
Perrey SW, Stoye J (1996) Information and Mathematical Sciences Reports, Series B.
Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand. -
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351A general method for fast multiple sequence alignmentPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A (1996)
Gene 172(1): GC33-GC41. -
1996 | Report | PUB-ID: 1970535Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence AlignmentPUB
Stoye J, Dress A, Perrey SW (1996) Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1996 | Report | PUB-ID: 1970537A General Method for Fast Multiple Sequence AlignmentPUB
Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A (1996) Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.