205 Publikationen

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[205]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D. Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC Genomics. In Press.
PUB
 
[204]
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J. Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time. In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs. Vol 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik ; 2019: 8:1-8:9.
PUB | DOI
 
[203]
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE, eds. Computational Methods for Microbiome Analysis. Frontiers Research Topics. Lausanne: Frontiers Media; 2019.
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[202]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr D, Stoye J. A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Warnow T, ed. Bioinformatics and Phylogenetics. Computational Biology. Vol 29. Cham: Springer ; 2019: 361-372.
PUB | DOI
 
[201]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, et al. Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium. PLOS Pathogens. 2019;15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[200]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz T, Stoye J, Dörr D. GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics. 2018;19(Suppl. 5): 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018;15(6):2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[197]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha L, Diekmann Y, Kowada L, Stoye J. Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks. In: Proceedings of BSB 2018. LNBI. Vol 11228. Springer Verlag; 2018: 26-37.
PUB | DOI
 
[196]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2018;25(7):825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[195]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic T, Holley G, Stoye J. Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics. Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 29-53.
PUB
 
[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr D, Feijão P, Stoye J. Family-Free Genome Comparison. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 331-342.
PUB
 
[193]
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018.
PUB
 
[192]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A. Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome. 2018;6: 76.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[191]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann S, Kleinbölting N, Jaenicke S, et al. Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology. 2017;261(SI):10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[190]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Meidanis J, Nakhleh L, eds. Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10562. Cham: Springer Verlag; 2017: 76-100.
PUB | DOI
 
[189]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology. 2017;12: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[188]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs. Vol 78. 2017: 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
[187]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280. 2017.
PUB
 
[186]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10229. 2017: 50-65.
PUB | DOI
 
[185]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz T, Stoye J, Dörr D. Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 1704. Berlin: Springer Verlag; 2017: 197-212.
PUB | DOI
 
[184]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, et al. New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology. 2017;24(6):616-634.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[183]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter S, Jahn K, Wehner S, et al. Finding approximate gene clusters with GECKO 3. Nucleic Acids Research. 2016;44(20):9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[182]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Frith M, Storm Pedersen CN, eds. Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 9838. Cham: Springer; 2016: 293-306.
PUB | DOI
 
[181]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology. 2016;11: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[180]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
Kowada LAB, Doerr D, Dantas S, Stoye J. New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. In: Singh M, ed. Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI). Vol 9649. Springer; 2016: 204-224.
PUB | DOI
 
[179]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
Krause L, Nones K, Loffler KA, et al. Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma. Carcinogenesis. 2016;37(4):356-365.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[178]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Dias Vieira Braga M, Stoye J. Sorting linear genomes with rearrangements and indels. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2015;12(3):500-506.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[177]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J. On the family-free DCJ distance and similarity. Algorithms for Molecular Biology. 2015;10: 13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[176]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Proceedings of WABI 2015. LNBI. Vol 9289. 2015: 217-230.
PUB
 
[175]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
Meidanis J, Stoye J, eds. Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics. BMC Bioinformatics. 2015;16(Supplement 14).
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[174]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
Meidanis J, Stoye J, eds. Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics. BMC Genomics. 2015;16(Supplement 10).
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[173]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J. On the family-free DCJ distance. In: Brown D, Morgenstern B, eds. Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 8701. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag; 2014: 174-186.
PUB | DOI
 
[172]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K. Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings. BMC Genomics. 2014;15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014):S2.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[171]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, et al. Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets. PLoS ONE. 2014;9(8):e105015.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[170]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann S, Prior K, Albersmeier A, et al. GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers. PLOS ONE. 2014;9(9):e107014.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[169]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, et al. ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics. 2014;30(16):2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[168]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek P, Neshat A, Kalinowski J, et al. Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts. Journal of Biotechnology. 2014;190:85-95.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[167]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi T, Brinkrolf K, Tauch A, et al. Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing. Journal of Biotechnology. 2014;190:64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[166]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Sérgio C, ed. Proc. of BSB 2014. LNBI. Vol 8826. Springer Verlag; 2014: 135-143.
PUB | DOI
 
[165]
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Stoye J. Suffix Tree Construction. In: Kao M-Y, ed. Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag; 2014.
PUB | DOI
 
[164]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich E, Ander C, Stoye J, Brune I, Tauch A. Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle. BIOspektrum. 2014;20(5):294-296.
PUB | DOI
 
[163]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J. BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics. 2014;30(7):988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[162]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich B, Rumming M, Sczyrba A, et al. Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma. PLoS ONE. 2014;9(3):e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[161]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Dias Vieira Braga M, Stoye J. Restricted DCJ-Indel Model Revisited. In: Setubal JC, Almeida NF, eds. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 8213. Cham: Springer Verlag; 2013: 36-46.
PUB | DOI
 
[160]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
Willing E, Zaccaria S, Dias Vieira Braga M, Stoye J. On the Inversion-Indel Distance. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[159]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, et al. The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. Springer Verlag; 2013: 287-307.
PUB | DOI
 
[158]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ. metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013):S2.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[157]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, et al. Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology. 2013;31(12):1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[156]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron A, Stoye J. The Genesis of the DCJ Formula. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. Springer Verlag; 2013: 63-81.
PUB | DOI
 
[155]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell P, Reuther S, Fischer U, et al. Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis. Haematologica. 2013;98(9):1388-1396.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[154]
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach W, Stoye J. Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In: Nelson KE, ed. Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag; 2013.
PUB | DOI
 
[153]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, et al. Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology. 2013;31(4):294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[152]
2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Darling A, Stoye J, eds. Algorithms in Bioinformatics. Lecture Notes in Bioinformatics. 2013;8126.
PUB | DOI
 
[151]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn K, Winter S, Stoye J, Böcker S. Statistics for approximate gene clusters. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013):S14.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[150]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek P, Wendler S, Neshat A, et al. Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media. Journal of Biotechnology. 2013;167(2):166-177.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[149]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski M, Bekel T, Ander C, et al. MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets. Journal of Biotechnology. 2013;167(2):156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[148]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr D, Thévenin A, Stoye J. Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012):S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[147]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, et al. Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics. 2012;13(1):21.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[146]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn K, Sudek H, Stoye J. Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012):S7.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[145]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, et al. The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics. 2012;13(1): 112.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[144]
2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Kärkkäinen J, Stoye J, eds. Combinatorial Pattern Matching. Lecture Notes in Computer Science. 2012;7354.
PUB | DOI
 
[143]
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Hoffmann N, Stoye J. Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In: Roessner U, ed. Metabolomics. InTech; 2012: 73-98.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
 
[142]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J. UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ. Bioinformatics. 2012;28(19):2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[141]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann S, Prior K, Szczepanowski R, et al. Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing. PLoS ONE. 2012;7(8):e41606.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[140]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J. On the weight of indels in genomic distances. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl 9: RECOMB-CG 2011): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[139]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J. Genomic distance under gene substitutions. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011): S8.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[138]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J. Double Cut and Join with Insertions and Deletions. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1167-1184.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[137]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J. Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1231-1241.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[136]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Stoye J, Pühler A. Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology. Journal of Biotechnology. 2011;155(1):68-77.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[135]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, et al. Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming. Bioinformatics. 2011;27(10):1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[134]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918550
Heber S, Mayr R, Stoye J. Common Intervals of Multiple Permutations. Algorithmica. 2011;60(2):175-206.
PUB | DOI | WoS
 
[133]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2298170
Gerlach W, Stoye J. Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. Nucleic Acids Res. 2011;39(14):e91.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[132]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897974
Erdős PL, Soukup L, Stoye J. Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance. Applied Mathematics Letters. 2011;24(1):82-86.
PUB | DOI | WoS
 
[131]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J. Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1023-1039.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[130]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S. Swiftly Computing Center Strings. BMC Bioinformatics. 2011;12(1):106.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[129]
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907492
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance Via the Double Cut and Join Distance. In: Apostolico A, Dress A, Parida L, eds. Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Dagstuhl Seminar Proceedings. Vol 10231. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany; 2010.
PUB | Download (ext.)
 
[128]
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Computing the Genomic Distance in Linear Time. In: Apostolico A, Dress A, Parida L, eds. Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Vol 10231. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik; 2010: 18.
PUB | Download (ext.)
 
[127]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893893
Husemann P, Stoye J. Phylogenetic Comparative Assembly. Algorithms for Molecular Biology. 2010;5(1):3.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[126]
2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918836
Besenbacher S, Schwikowski B, Stoye J. Indexing and Searching a Mass Spectrometry Database. In: Elomaa T, Mannila H, Orponen P, eds. Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday. LNCS. Vol 6060. 2010: 62-76.
PUB | DOI
 
[125]
2010 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966434
Erdős PL, Soukup L, Stoye J. Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance.; 2010.
PUB | arXiv
 
[124]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439
Trost E, Ott L, Schneider J, et al. The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence. BMC Genomics. 2010;11(1): 728.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[123]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795670
Wittkop T, Emig D, Lange SJ, et al. Partitioning Biological Data with Transitivity Clustering. Nature Methods. 2010;7(6):419-420.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[122]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898012
Blin G, Faye D, Stoye J. Finding Nested Common Intervals Efficiently. Journal of Computational Biology. 2010;17(9):1183-1194.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[121]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217
Wittler R, Stoye J. Consistency of Sequence-based Gene Clusters. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. Springer Verlag; 2010: 252-263.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[120]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893890
Husemann P, Stoye J. Repeat-aware Comparative Genome Assembly. In: Proc. of GCB 2010. LNI. Vol P-173. 2010: 61-70.
PUB | Download (ext.)
 
[119]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann P, Stoye J. r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly. Bioinformatics. 2010;26(4):570-571.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[118]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897997
Bergeron A, Medvedev P, Stoye J. Rearrangement Models and Single-Cut Operations. Journal of Computational Biology. 2010;17(9):1213-1225.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[117]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919211
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S. Swiftly Computing Center Strings. In: Proc. of WABI 2010. LNBI. Vol 6293. 2010: 325-336.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[116]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216
Kovac J, Dias Vieira Braga M, Stoye J. The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. 2010: 13-24.
PUB | DOI
 
[115]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025
Dias Vieira Braga M, Stoye J. The Solution Space of Sorting by DCJ. Journal of Computational Biology. 2010;17(9):1145-1165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[114]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J. Genomic Distance with DCJ and Indels. In: Proc. of WABI 2010. LNBI. Vol 6293. 2010: 90-101.
PUB | DOI
 
[113]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589663
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance via the Double Cut and Join Distance. Theoretical Computer Science. 2009;410(51):5300-5316.
PUB | DOI | WoS
 
[112]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206
Dias Vieira Braga M, Stoye J. Counting All DCJ Sorting Scenarios. In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI. Vol 5817. 2009: 36-47.
PUB | DOI
 
[111]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919207
Blin G, Stoye J. Finding Nested Common Intervals Efficiently. In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI. Vol 5817. 2009: 59-69.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[110]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898137
Jahn K, Stoye J. Approximative Gencluster und ihre Anwendung in der komparativen Genomik. Informatik-Spektrum. 2009;32(4):288-300.
PUB | DOI
 
[109]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893884
Husemann P, Stoye J. Phylogenetic Comparative Assembly. In: Proc. of WABI 2009. LNBI. Vol 5724. 2009: 145-156.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[108]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507
Stoye J, Wittler R. A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2009;6(3):387-400.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[107]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach W, Jünemann S, Tille F, Goesmann A, Stoye J. WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics. 2009;10(1):430.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[106]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM. A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS. 2009;25(21):2863-2864.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[105]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898105
Böcker S, Jahn K, Mixtacki J, Stoye J. Computation of Median Gene Clusters. Journal of Computational Biology. 2009;16(8):1085-1099.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[104]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann N, Stoye J. ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics. 2009;25(16):2080-2081.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[103]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919209
Medvedev P, Stoye J. Rearrangement Models and Single-Cut Operations. In: Comparative Genomics : International Workshop, RECOMB-CG 2009, Budapest, Hungary, September 27-29, 2009. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science. Vol 5817. Berlin, Heidelberg: Springer; 2009: 84-97.
PUB | DOI
 
[102]
2009 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918945
Stoye J. Computational Short Read Metagenomics. Presented at the JOBIM 2009, Nantes, France.
PUB
 
[101]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel T, Henckel K, Küster H, et al. The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology. 2009;140(1-2):3-12.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[100]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919198
Quitzau JAA, Stoye J. Detecting Repeat Families in Incompletely Sequenced Genomes. In: Proc. of WABI 2008. LNBI. Vol 5251. 2008: 342-353.
PUB | DOI
 
[99]
2008 | Report | PUB-ID: 1970459
Quitzau JAA, Stoye J. A space efficient representation for sparse de Bruijn subgraphs. Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2008.
PUB | PDF
 
[98]
2008 | Report | PUB-ID: 1970461
Ejaz T, Rahmann S, Stoye J. Online Abelian Pattern Matching. Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2008.
PUB | PDF
 
[97]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, et al. MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics. 2008;24(23):2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[96]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919192
Böcker S, Jahn K, Mixtacki J, Stoye J. Computation of Median Gene Clusters. In: Proc. of RECOMB 2008. LNBI. Vol 4955. 2008: 331-345.
PUB | DOI
 
[95]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919200
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On Computing the Breakpoint Reuse Rate in Rearrangement Scenarios. In: Proc. of Recomb-CG 2008. LNBI. Vol 5267. 2008: 226-240.
PUB | DOI
 
[94]
2008 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918834
Stoye J. Suffix Tree Construction in RAM (1997; Farach-Colton). In: Kao M-Y, ed. Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag; 2008: 925-928.
PUB | DOI
 
[93]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587078
Schürmann K-B, Stoye J. Counting suffix arrays and strings. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE. 2008;395(2-3):220-234.
PUB | DOI | WoS
 
[92]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009
Krause L, Diaz NN, Edwards RA, et al. Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 2008;136(1-2):91-101.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[91]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785
Oehm S, Gilbert D, Tauch A, Stoye J, Goesmann A. Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2008;36(Web Server):W433-W437.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[90]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
Krause L, Diaz NN, Goesmann A, et al. Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments. Nucleic Acids Research. 2008;36(7):2230-2239.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[89]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919195
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. HP Distance via Double Cut and Join Distance. In: Combinatorial Pattern Matching. 19th Annual Symposium, CPM 2008, Pisa, Italy, June 18-20, 2008 Proceedings. Lecture Notes in Computer Science, 5029. 2008: 56-68.
PUB | DOI
 
[88]
2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918828
Schmidt T, Stoye J. Chapter 12: Gecko and GhostFam - Rigorous and Efficient Gene Cluster Detection in Prokaryotic Genomes. In: Bergman NH, ed. Comparative Genomics, Volume 2. Methods in Molecular Biology. Vol 396. Totowa, NJ: Humana Press Inc.; 2007: 165-182.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[87]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918432
Didier G, Schmidt T, Stoye J, Tsur D. Character Sets of Strings. Journal of Discrete Algorithms. 2007;5(2):330-340.
PUB | DOI
 
[86]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595253
Schürmann K-B, Stoye J. An incomplex algorithm for fast suffix array construction. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2007;37(3):309-329.
PUB | DOI | WoS
 
[85]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345
Krause L, McHardy AC, Nattkemper TW, Pühler A, Stoye J, Meyer F. GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification. Nucleic Acids Research. 2007;35(2):540-549.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[84]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781
Mellmann A, Weniger T, Berssenbrügge C, et al. Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms. BMC MICROBIOLOGY. 2007;7(1):98.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[83]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943
Sammeth M, Griebel T, Tille F, Stoye J. Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis. BIOINFORMATICS. 2006;22(7):889-890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[82]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW. Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(2):296-308.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[81]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On sorting by translocations. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(2):567-578.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[80]
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A Unifying View of Genome Rearrangements. In: Proc. of WABI 2006. LNBI. Vol 4175. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2006: 163-173.
PUB | DOI | WoS
 
[79]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213
Sammeth M, Stoye J. Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2006;3(4):395-407.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[78]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313
Bergeron A, Stoye J. On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(7):1340-1354.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[77]
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946
Stoye J. Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and Back. Presented at the JOBIM 2006, Bordeaux, France.
PUB
 
[76]
2006 | Report | PUB-ID: 1970464
Chauve C, Diekmann Y, Heber S, Mixtacki J, Rahmann S, Stoye J. On Common Intervals with Errors. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2006.
PUB | PDF
 
[75]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Krause L, Diaz NN, Bartels D, et al. Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment. BIOINFORMATICS. 2006;22(14):e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[74]
2005 | Report | PUB-ID: 1970470
Sammeth M, Stoye J. Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2005.
PUB | PDF | DOI
 
[73]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
Schürmann K-B, Stoye J. An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction. In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. 2005: 77-85.
PUB
 
[72]
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Chapter 10: The Inversion Distance Problem. In: Gascuel O, ed. Mathematics of Evolution and Phylogeny. Oxford University Press; 2005: 262-290.
PUB
 
[71]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On Sorting by Translocations. In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI. Vol 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 615-629.
PUB | DOI | WoS
 
[70]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause A, Stoye J, Vingron M. Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics. 2005;6(1):15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[69]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
Bartels D, Kespohl S, Albaum S, et al. BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics. 2005;21(7):853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[68]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Böcker S, Stoye J. Informatische Methoden zur Protein-Identifikation. LaborPraxis. 2005;29(10):24-26.
PUB
 
[67]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Bannert C, Stoye J. Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA). In: Proc. of CompLife 2005. LNBI. Vol 3695. Springer-Verlag; 2005: 79-90.
PUB | DOI | WoS
 
[66]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW. Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length. In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI. Vol 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 189-203.
PUB | DOI | WoS
 
[65]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth M, Weniger T, Harmsen D, Stoye J. Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). In: Proc. of WABI 2005. LNBI. Vol 3692. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 276-290.
PUB | DOI | WoS
 
[64]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann K-B, Stoye J. Counting Suffix Arrays and Strings. In: Proc. of SPIRE 2005. LNCS. Vol 3772. 2005: 55-66.
PUB | DOI
 
[63]
2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Schürmann K-B, Stoye J. Counting Suffix Arrays and Strings. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2005.
PUB | PDF
 
[62]
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Giegerich R, Stoye J, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics. 2004;P-53.
PUB
 
[61]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael M, Dieterich C, Stoye J. Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. In: Proc. of WABI 2004. LNBI. Vol 3240. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
[60]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt T, Stoye J. Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. 2004: 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
[59]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[58]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E. Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics. 2004;137(1):27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[57]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[56]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Gusfield D, Stoye J. Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences. 2004;69(4):525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[55]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
[54]
2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Schürmann K-B, Stoye J. Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
PUB | PDF
 
[53]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber S, Stoye J. The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today. 2003;8(3):113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[52]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich R, Stoye J. Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld. 2003;26:63-68.
PUB
 
[51]
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert C, Stoye J. Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. In: Proc. of GCB 2003. 2003: 21-25.
PUB
 
[50]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2003;33(11):1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[49]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J. Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS. 2003;19(Suppl 2):ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[48]
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron A, Stoye J. On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. In: Proc. of COCOON 2003. LNCS. Vol 2697. 2003: 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
[47]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D. QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS. 2003;19(12):1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[46]
2003 | Report | PUB-ID: 1970477
Bergeron A, Stoye J. On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
PUB | PDF
 
[45]
2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye J. Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Schubert S, Reusch B, Jesse N, eds. Lecture Notes in Informatics. Vol P-20. 2002: 67-67.
PUB
 
[44]
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. In: Proc. of IFIP TCS 2002. 2002: 143-156.
PUB
 
[43]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J. A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology. 2002;9(5):747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[42]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye J, Gusfield D. Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science. 2002;270(1-2):843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[41]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron A, Heber S, Stoye J. Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics. 2002;18(Suppl 2):S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[40]
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M. Resampling Methods in Physical Mapping. In: Proc. of GfKl 2000. 2002: 437-444.
PUB
 
[39]
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R. REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale. Nucleic Acids Research. 2001;29(22):4633-4642.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[38]
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber S, Stoye J. Finding all Common Intervals of k Permutations. In: Proc. of CPM 2001. LNCS. Vol 2089. 2001: 207-218.
PUB | DOI
 
[37]
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Heber S, Stoye J. Algorithms for Finding Gene Clusters. In: Proc. of WABI 2001. LNCS. Vol 2149. Berlin: Sppringer; 2001: 252-263.
PUB | DOI
 
[36]
2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings. Technical Report. ETH Zürich, Dept. of Computer Science; 2001.
PUB
 
[35]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Heber S, Stoye J, Hoheisel J, Vingron M. Contig Selection in Physical Mapping. In: Proc. of RECOMB 2000. 2000: 155-164.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[34]
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Crochemore M, Gąsieniec L, eds. Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). 2000: 77-104.
PUB
 
[33]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
Krause A, Stoye J, Vingron M. The SYSTERS protein sequence cluster set. Nucleic Acids Research. 2000;28(1):270-272.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[32]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M. Contig selection in physical mapping. Journal of Computational Biology. 2000;7(3-4):395-408.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[31]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J. Sequence Database Search Using Jumping Alignments. In: Proc. of ISMB 2000. 2000: 367-375.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[30]
2000 | Report | PUB-ID: 1970490
Stoye J. Affix Trees. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2000.
PUB | PDF
 
[29]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341
Reinert K, Stoye J, Will T. An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment. Bioinformatics. 2000;16(9):808-814.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[28]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
Kurtz S, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R. Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. In: Proc. of ISMB 2000. 2000: 228-238.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[27]
2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Bornberg-Bauer E, Rost U, Stoye J, Vingron M, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000. Berlin: Logos Verlag; 2000.
PUB
 
[26]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. LNCS. Vol 1668. 1999: 30-42.
PUB | DOI | WoS
 
[25]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978
Reinert K, Will T, Stoye J. Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence Alignment. In: Proc. of GCB 1999. 1999: 17-24.
PUB | Download (ext.)
 
[24]
1999 | Report | PUB-ID: 1970495
Morgenstern B, Stoye J, Dress A. Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1999.
PUB
 
[23]
1999 | Report | PUB-ID: 1970509
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. Report. BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus; 1999.
PUB
 
[22]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Proc. of CPM 1999. LNCS. Vol 1645. 1999: 134-149.
PUB | DOI
 
[21]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102
Dress A, Morgenstern B, Stoye J. The Number of Standard and of Effective Multiple Alignments. Appl. Math. Lett. 1998;11(4):43-49.
PUB
 
[20]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538
Hildebrand M, Stoye J. Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von Beispielen. Der Mathematikunterricht. 1998;44(6):34-53.
PUB
 
[19]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
Stoye J. Multiple sequence alignment with the Divide-and-Conquer method. Gene. 1998;211(2):GC45-GC56.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625402
Stoye J, Evers D, Meyer F. Rose: generating sequence families. BIOINFORMATICS. 1998;14(2):157-163.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[17]
1998 | Report | PUB-ID: 1970515
Stoye J, Gusfield D. Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree. Report. Department of Computer Science, University of California, Davis; 1998.
PUB
 
[16]
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
Stoye J, Gusfield D. Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version). In: Proc. of CPM 1998. LNCS. Vol 1448. 1998: 140-152.
PUB | DOI
 
[15]
1998 | Report | PUB-ID: 1970513
Gusfield D, Stoye J. Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String. Report. Department of Computer Science, University of California, Davis; 1998.
PUB
 
[14]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107
Stoye J, Moulton V, Dress A. DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignment. CABIOS. 1997;13(6):625-626.
PUB
 
[13]
1997 | Report | PUB-ID: 1970526
Perrey SW, Stoye J, Moulton V, Dress A. On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[12]
1997 | Report | PUB-ID: 1970517
Stoye J, Evers D, Meyer F. Rose: Generating Sequence Families. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[11]
1997 | Report | PUB-ID: 1970529
Brinkmann G, Dress A, Perrey SW, Stoye J. Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular Sciences. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[10]
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885
Stoye J, Evers D, Meyer F. Generating benchmarks for multiple sequence alignments and phylogenetic reconstructions. In: Proc. of ISMB 1997. 1997: 303-306.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[9]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
Stoye J, Perrey SW, Dress A. Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignment. Applied mathematics letters. 1997;10(2):67-73.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[8]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358
Brinkmann G, Dress A, Perrey SW, Stoye J. Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciences. Mathematical programming. 1997;79(1-3):71-97.
PUB | DOI | WoS
 
[7]
1997 | Report | PUB-ID: 1970523
Dress A, Morgenstern B, Stoye J. On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[6]
1997 | Report | PUB-ID: 1970520
Perrey SW, Stoye J, Moulton V. FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[5]
1997 | Report | PUB-ID: 1970532
Stoye J. Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[4]
1996 | Report | PUB-ID: 1970533
Perrey SW, Stoye J. Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment. Information and Mathematical Sciences Reports, Series B. Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand; 1996.
PUB
 
[3]
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351
Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A. A general method for fast multiple sequence alignment. Gene. 1996;172(1):GC33-GC41.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
1996 | Report | PUB-ID: 1970535
Stoye J, Dress A, Perrey SW. Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1996.
PUB
 
[1]
1996 | Report | PUB-ID: 1970537
Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A. A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1996.
PUB
 

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[205]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D. Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC Genomics. In Press.
PUB
 
[204]
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J. Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time. In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs. Vol 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik ; 2019: 8:1-8:9.
PUB | DOI
 
[203]
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE, eds. Computational Methods for Microbiome Analysis. Frontiers Research Topics. Lausanne: Frontiers Media; 2019.
PUB | Download (ext.)
 
[202]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr D, Stoye J. A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Warnow T, ed. Bioinformatics and Phylogenetics. Computational Biology. Vol 29. Cham: Springer ; 2019: 361-372.
PUB | DOI
 
[201]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, et al. Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium. PLOS Pathogens. 2019;15(1): e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[200]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz T, Stoye J, Dörr D. GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics. 2018;19(Suppl. 5): 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018;15(6):2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[197]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha L, Diekmann Y, Kowada L, Stoye J. Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks. In: Proceedings of BSB 2018. LNBI. Vol 11228. Springer Verlag; 2018: 26-37.
PUB | DOI
 
[196]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2018;25(7):825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[195]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic T, Holley G, Stoye J. Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics. Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 29-53.
PUB
 
[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr D, Feijão P, Stoye J. Family-Free Genome Comparison. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 331-342.
PUB
 
[193]
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018.
PUB
 
[192]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A. Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome. 2018;6: 76.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[191]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann S, Kleinbölting N, Jaenicke S, et al. Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology. 2017;261(SI):10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[190]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Meidanis J, Nakhleh L, eds. Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10562. Cham: Springer Verlag; 2017: 76-100.
PUB | DOI
 
[189]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology. 2017;12: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[188]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs. Vol 78. 2017: 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
[187]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280. 2017.
PUB
 
[186]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10229. 2017: 50-65.
PUB | DOI
 
[185]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz T, Stoye J, Dörr D. Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 1704. Berlin: Springer Verlag; 2017: 197-212.
PUB | DOI
 
[184]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, et al. New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology. 2017;24(6):616-634.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[183]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter S, Jahn K, Wehner S, et al. Finding approximate gene clusters with GECKO 3. Nucleic Acids Research. 2016;44(20):9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[182]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Frith M, Storm Pedersen CN, eds. Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 9838. Cham: Springer; 2016: 293-306.
PUB | DOI
 
[181]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology. 2016;11: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[180]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
Kowada LAB, Doerr D, Dantas S, Stoye J. New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. In: Singh M, ed. Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI). Vol 9649. Springer; 2016: 204-224.
PUB | DOI
 
[179]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
Krause L, Nones K, Loffler KA, et al. Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma. Carcinogenesis. 2016;37(4):356-365.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[178]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Dias Vieira Braga M, Stoye J. Sorting linear genomes with rearrangements and indels. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2015;12(3):500-506.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[177]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J. On the family-free DCJ distance and similarity. Algorithms for Molecular Biology. 2015;10: 13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[176]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Proceedings of WABI 2015. LNBI. Vol 9289. 2015: 217-230.
PUB
 
[175]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
Meidanis J, Stoye J, eds. Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics. BMC Bioinformatics. 2015;16(Supplement 14).
PUB | Download (ext.)
 
[174]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
Meidanis J, Stoye J, eds. Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics. BMC Genomics. 2015;16(Supplement 10).
PUB | Download (ext.)
 
[173]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J. On the family-free DCJ distance. In: Brown D, Morgenstern B, eds. Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 8701. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag; 2014: 174-186.
PUB | DOI
 
[172]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K. Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings. BMC Genomics. 2014;15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014):S2.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[171]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, et al. Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets. PLoS ONE. 2014;9(8):e105015.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[170]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann S, Prior K, Albersmeier A, et al. GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers. PLOS ONE. 2014;9(9):e107014.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[169]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, et al. ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics. 2014;30(16):2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[168]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek P, Neshat A, Kalinowski J, et al. Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts. Journal of Biotechnology. 2014;190:85-95.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[167]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi T, Brinkrolf K, Tauch A, et al. Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing. Journal of Biotechnology. 2014;190:64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[166]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Sérgio C, ed. Proc. of BSB 2014. LNBI. Vol 8826. Springer Verlag; 2014: 135-143.
PUB | DOI
 
[165]
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Stoye J. Suffix Tree Construction. In: Kao M-Y, ed. Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag; 2014.
PUB | DOI
 
[164]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich E, Ander C, Stoye J, Brune I, Tauch A. Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle. BIOspektrum. 2014;20(5):294-296.
PUB | DOI
 
[163]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J. BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics. 2014;30(7):988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[162]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich B, Rumming M, Sczyrba A, et al. Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma. PLoS ONE. 2014;9(3):e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[161]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Dias Vieira Braga M, Stoye J. Restricted DCJ-Indel Model Revisited. In: Setubal JC, Almeida NF, eds. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 8213. Cham: Springer Verlag; 2013: 36-46.
PUB | DOI
 
[160]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
Willing E, Zaccaria S, Dias Vieira Braga M, Stoye J. On the Inversion-Indel Distance. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[159]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, et al. The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. Springer Verlag; 2013: 287-307.
PUB | DOI
 
[158]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ. metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013):S2.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[157]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, et al. Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology. 2013;31(12):1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[156]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron A, Stoye J. The Genesis of the DCJ Formula. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. Springer Verlag; 2013: 63-81.
PUB | DOI
 
[155]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell P, Reuther S, Fischer U, et al. Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis. Haematologica. 2013;98(9):1388-1396.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[154]
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach W, Stoye J. Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In: Nelson KE, ed. Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag; 2013.
PUB | DOI
 
[153]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, et al. Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology. 2013;31(4):294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[152]
2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Darling A, Stoye J, eds. Algorithms in Bioinformatics. Lecture Notes in Bioinformatics. 2013;8126.
PUB | DOI
 
[151]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn K, Winter S, Stoye J, Böcker S. Statistics for approximate gene clusters. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013):S14.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[150]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek P, Wendler S, Neshat A, et al. Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media. Journal of Biotechnology. 2013;167(2):166-177.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[149]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski M, Bekel T, Ander C, et al. MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets. Journal of Biotechnology. 2013;167(2):156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[148]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr D, Thévenin A, Stoye J. Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012):S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[147]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, et al. Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics. 2012;13(1):21.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[146]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn K, Sudek H, Stoye J. Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012):S7.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[145]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, et al. The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics. 2012;13(1): 112.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[144]
2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Kärkkäinen J, Stoye J, eds. Combinatorial Pattern Matching. Lecture Notes in Computer Science. 2012;7354.
PUB | DOI
 
[143]
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Hoffmann N, Stoye J. Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In: Roessner U, ed. Metabolomics. InTech; 2012: 73-98.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
 
[142]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J. UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ. Bioinformatics. 2012;28(19):2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[141]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann S, Prior K, Szczepanowski R, et al. Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing. PLoS ONE. 2012;7(8):e41606.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[140]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J. On the weight of indels in genomic distances. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl 9: RECOMB-CG 2011): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[139]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Dias Vieira Braga M, Machado R, Ribeiro LC, Stoye J. Genomic distance under gene substitutions. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011): S8.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[138]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J. Double Cut and Join with Insertions and Deletions. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1167-1184.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[137]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J. Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1231-1241.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[136]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Stoye J, Pühler A. Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology. Journal of Biotechnology. 2011;155(1):68-77.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[135]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, et al. Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming. Bioinformatics. 2011;27(10):1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[134]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918550
Heber S, Mayr R, Stoye J. Common Intervals of Multiple Permutations. Algorithmica. 2011;60(2):175-206.
PUB | DOI | WoS
 
[133]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2298170
Gerlach W, Stoye J. Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. Nucleic Acids Res. 2011;39(14):e91.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[132]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897974
Erdős PL, Soukup L, Stoye J. Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance. Applied Mathematics Letters. 2011;24(1):82-86.
PUB | DOI | WoS
 
[131]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J. Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1023-1039.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[130]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S. Swiftly Computing Center Strings. BMC Bioinformatics. 2011;12(1):106.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[129]
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907492
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance Via the Double Cut and Join Distance. In: Apostolico A, Dress A, Parida L, eds. Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Dagstuhl Seminar Proceedings. Vol 10231. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany; 2010.
PUB | Download (ext.)
 
[128]
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Computing the Genomic Distance in Linear Time. In: Apostolico A, Dress A, Parida L, eds. Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Vol 10231. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik; 2010: 18.
PUB | Download (ext.)
 
[127]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893893
Husemann P, Stoye J. Phylogenetic Comparative Assembly. Algorithms for Molecular Biology. 2010;5(1):3.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[126]
2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918836
Besenbacher S, Schwikowski B, Stoye J. Indexing and Searching a Mass Spectrometry Database. In: Elomaa T, Mannila H, Orponen P, eds. Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday. LNCS. Vol 6060. 2010: 62-76.
PUB | DOI
 
[125]
2010 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966434
Erdős PL, Soukup L, Stoye J. Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance.; 2010.
PUB | arXiv
 
[124]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439
Trost E, Ott L, Schneider J, et al. The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence. BMC Genomics. 2010;11(1): 728.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[123]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795670
Wittkop T, Emig D, Lange SJ, et al. Partitioning Biological Data with Transitivity Clustering. Nature Methods. 2010;7(6):419-420.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[122]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898012
Blin G, Faye D, Stoye J. Finding Nested Common Intervals Efficiently. Journal of Computational Biology. 2010;17(9):1183-1194.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[121]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217
Wittler R, Stoye J. Consistency of Sequence-based Gene Clusters. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. Springer Verlag; 2010: 252-263.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[120]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893890
Husemann P, Stoye J. Repeat-aware Comparative Genome Assembly. In: Proc. of GCB 2010. LNI. Vol P-173. 2010: 61-70.
PUB | Download (ext.)
 
[119]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann P, Stoye J. r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly. Bioinformatics. 2010;26(4):570-571.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[118]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897997
Bergeron A, Medvedev P, Stoye J. Rearrangement Models and Single-Cut Operations. Journal of Computational Biology. 2010;17(9):1213-1225.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[117]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919211
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S. Swiftly Computing Center Strings. In: Proc. of WABI 2010. LNBI. Vol 6293. 2010: 325-336.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[116]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216
Kovac J, Dias Vieira Braga M, Stoye J. The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. 2010: 13-24.
PUB | DOI
 
[115]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025
Dias Vieira Braga M, Stoye J. The Solution Space of Sorting by DCJ. Journal of Computational Biology. 2010;17(9):1145-1165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[114]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J. Genomic Distance with DCJ and Indels. In: Proc. of WABI 2010. LNBI. Vol 6293. 2010: 90-101.
PUB | DOI
 
[113]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589663
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance via the Double Cut and Join Distance. Theoretical Computer Science. 2009;410(51):5300-5316.
PUB | DOI | WoS
 
[112]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206
Dias Vieira Braga M, Stoye J. Counting All DCJ Sorting Scenarios. In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI. Vol 5817. 2009: 36-47.
PUB | DOI
 
[111]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919207
Blin G, Stoye J. Finding Nested Common Intervals Efficiently. In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI. Vol 5817. 2009: 59-69.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[110]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898137
Jahn K, Stoye J. Approximative Gencluster und ihre Anwendung in der komparativen Genomik. Informatik-Spektrum. 2009;32(4):288-300.
PUB | DOI
 
[109]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893884
Husemann P, Stoye J. Phylogenetic Comparative Assembly. In: Proc. of WABI 2009. LNBI. Vol 5724. 2009: 145-156.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[108]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507
Stoye J, Wittler R. A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2009;6(3):387-400.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[107]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach W, Jünemann S, Tille F, Goesmann A, Stoye J. WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics. 2009;10(1):430.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[106]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM. A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS. 2009;25(21):2863-2864.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[105]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898105
Böcker S, Jahn K, Mixtacki J, Stoye J. Computation of Median Gene Clusters. Journal of Computational Biology. 2009;16(8):1085-1099.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[104]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann N, Stoye J. ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics. 2009;25(16):2080-2081.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[103]
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919209
Medvedev P, Stoye J. Rearrangement Models and Single-Cut Operations. In: Comparative Genomics : International Workshop, RECOMB-CG 2009, Budapest, Hungary, September 27-29, 2009. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science. Vol 5817. Berlin, Heidelberg: Springer; 2009: 84-97.
PUB | DOI
 
[102]
2009 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918945
Stoye J. Computational Short Read Metagenomics. Presented at the JOBIM 2009, Nantes, France.
PUB
 
[101]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel T, Henckel K, Küster H, et al. The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology. 2009;140(1-2):3-12.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[100]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919198
Quitzau JAA, Stoye J. Detecting Repeat Families in Incompletely Sequenced Genomes. In: Proc. of WABI 2008. LNBI. Vol 5251. 2008: 342-353.
PUB | DOI
 
[99]
2008 | Report | PUB-ID: 1970459
Quitzau JAA, Stoye J. A space efficient representation for sparse de Bruijn subgraphs. Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2008.
PUB | PDF
 
[98]
2008 | Report | PUB-ID: 1970461
Ejaz T, Rahmann S, Stoye J. Online Abelian Pattern Matching. Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2008.
PUB | PDF
 
[97]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, et al. MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics. 2008;24(23):2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[96]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919192
Böcker S, Jahn K, Mixtacki J, Stoye J. Computation of Median Gene Clusters. In: Proc. of RECOMB 2008. LNBI. Vol 4955. 2008: 331-345.
PUB | DOI
 
[95]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919200
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On Computing the Breakpoint Reuse Rate in Rearrangement Scenarios. In: Proc. of Recomb-CG 2008. LNBI. Vol 5267. 2008: 226-240.
PUB | DOI
 
[94]
2008 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918834
Stoye J. Suffix Tree Construction in RAM (1997; Farach-Colton). In: Kao M-Y, ed. Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag; 2008: 925-928.
PUB | DOI
 
[93]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587078
Schürmann K-B, Stoye J. Counting suffix arrays and strings. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE. 2008;395(2-3):220-234.
PUB | DOI | WoS
 
[92]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009
Krause L, Diaz NN, Edwards RA, et al. Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 2008;136(1-2):91-101.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[91]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785
Oehm S, Gilbert D, Tauch A, Stoye J, Goesmann A. Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2008;36(Web Server):W433-W437.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[90]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
Krause L, Diaz NN, Goesmann A, et al. Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments. Nucleic Acids Research. 2008;36(7):2230-2239.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[89]
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919195
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. HP Distance via Double Cut and Join Distance. In: Combinatorial Pattern Matching. 19th Annual Symposium, CPM 2008, Pisa, Italy, June 18-20, 2008 Proceedings. Lecture Notes in Computer Science, 5029. 2008: 56-68.
PUB | DOI
 
[88]
2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918828
Schmidt T, Stoye J. Chapter 12: Gecko and GhostFam - Rigorous and Efficient Gene Cluster Detection in Prokaryotic Genomes. In: Bergman NH, ed. Comparative Genomics, Volume 2. Methods in Molecular Biology. Vol 396. Totowa, NJ: Humana Press Inc.; 2007: 165-182.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[87]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918432
Didier G, Schmidt T, Stoye J, Tsur D. Character Sets of Strings. Journal of Discrete Algorithms. 2007;5(2):330-340.
PUB | DOI
 
[86]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1595253
Schürmann K-B, Stoye J. An incomplex algorithm for fast suffix array construction. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2007;37(3):309-329.
PUB | DOI | WoS
 
[85]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345
Krause L, McHardy AC, Nattkemper TW, Pühler A, Stoye J, Meyer F. GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification. Nucleic Acids Research. 2007;35(2):540-549.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[84]
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781
Mellmann A, Weniger T, Berssenbrügge C, et al. Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms. BMC MICROBIOLOGY. 2007;7(1):98.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[83]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943
Sammeth M, Griebel T, Tille F, Stoye J. Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis. BIOINFORMATICS. 2006;22(7):889-890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[82]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW. Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(2):296-308.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[81]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On sorting by translocations. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(2):567-578.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[80]
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. A Unifying View of Genome Rearrangements. In: Proc. of WABI 2006. LNBI. Vol 4175. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2006: 163-173.
PUB | DOI | WoS
 
[79]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213
Sammeth M, Stoye J. Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2006;3(4):395-407.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[78]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313
Bergeron A, Stoye J. On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2006;13(7):1340-1354.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[77]
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946
Stoye J. Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and Back. Presented at the JOBIM 2006, Bordeaux, France.
PUB
 
[76]
2006 | Report | PUB-ID: 1970464
Chauve C, Diekmann Y, Heber S, Mixtacki J, Rahmann S, Stoye J. On Common Intervals with Errors. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2006.
PUB | PDF
 
[75]
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Krause L, Diaz NN, Bartels D, et al. Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment. BIOINFORMATICS. 2006;22(14):e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[74]
2005 | Report | PUB-ID: 1970470
Sammeth M, Stoye J. Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2005.
PUB | PDF | DOI
 
[73]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
Schürmann K-B, Stoye J. An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction. In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. 2005: 77-85.
PUB
 
[72]
2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Chapter 10: The Inversion Distance Problem. In: Gascuel O, ed. Mathematics of Evolution and Phylogeny. Oxford University Press; 2005: 262-290.
PUB
 
[71]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. On Sorting by Translocations. In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI. Vol 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 615-629.
PUB | DOI | WoS
 
[70]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause A, Stoye J, Vingron M. Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics. 2005;6(1):15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[69]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
Bartels D, Kespohl S, Albaum S, et al. BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics. 2005;21(7):853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[68]
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947
Böcker S, Stoye J. Informatische Methoden zur Protein-Identifikation. LaborPraxis. 2005;29(10):24-26.
PUB
 
[67]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Bannert C, Stoye J. Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA). In: Proc. of CompLife 2005. LNBI. Vol 3695. Springer-Verlag; 2005: 79-90.
PUB | DOI | WoS
 
[66]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW. Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length. In: Proc. of RECOMB 2005. LNBI. Vol 3500. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 189-203.
PUB | DOI | WoS
 
[65]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth M, Weniger T, Harmsen D, Stoye J. Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI). In: Proc. of WABI 2005. LNBI. Vol 3692. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2005: 276-290.
PUB | DOI | WoS
 
[64]
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann K-B, Stoye J. Counting Suffix Arrays and Strings. In: Proc. of SPIRE 2005. LNCS. Vol 3772. 2005: 55-66.
PUB | DOI
 
[63]
2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Schürmann K-B, Stoye J. Counting Suffix Arrays and Strings. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2005.
PUB | PDF
 
[62]
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Giegerich R, Stoye J, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics. 2004;P-53.
PUB
 
[61]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael M, Dieterich C, Stoye J. Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. In: Proc. of WABI 2004. LNBI. Vol 3240. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 99-110.
PUB | DOI | WoS
 
[60]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt T, Stoye J. Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. 2004: 347-358.
PUB | DOI | WoS
 
[59]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[58]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E. Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics. 2004;137(1):27-46.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[57]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[56]
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Gusfield D, Stoye J. Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences. 2004;69(4):525-546.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[55]
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J. Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. In: Proc. of CPM 2004. LNCS. Vol 3109. SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2004: 388-399.
PUB | DOI | WoS
 
[54]
2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Schürmann K-B, Stoye J. Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
PUB | PDF
 
[53]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber S, Stoye J. The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today. 2003;8(3):113-114.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[52]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich R, Stoye J. Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld. 2003;26:63-68.
PUB
 
[51]
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert C, Stoye J. Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. In: Proc. of GCB 2003. 2003: 21-25.
PUB
 
[50]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2003;33(11):1035-1049.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[49]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J. Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS. 2003;19(Suppl 2):ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[48]
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron A, Stoye J. On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. In: Proc. of COCOON 2003. LNCS. Vol 2697. 2003: 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
[47]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D. QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS. 2003;19(12):1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[46]
2003 | Report | PUB-ID: 1970477
Bergeron A, Stoye J. On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Forschungsberichte. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2003.
PUB | PDF
 
[45]
2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye J. Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Schubert S, Reusch B, Jesse N, eds. Lecture Notes in Informatics. Vol P-20. 2002: 67-67.
PUB
 
[44]
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. In: Proc. of IFIP TCS 2002. 2002: 143-156.
PUB
 
[43]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J. A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology. 2002;9(5):747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[42]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye J, Gusfield D. Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science. 2002;270(1-2):843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[41]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron A, Heber S, Stoye J. Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics. 2002;18(Suppl 2):S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[40]
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M. Resampling Methods in Physical Mapping. In: Proc. of GfKl 2000. 2002: 437-444.
PUB
 
[39]
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R. REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale. Nucleic Acids Research. 2001;29(22):4633-4642.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[38]
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber S, Stoye J. Finding all Common Intervals of k Permutations. In: Proc. of CPM 2001. LNCS. Vol 2089. 2001: 207-218.
PUB | DOI
 
[37]
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Heber S, Stoye J. Algorithms for Finding Gene Clusters. In: Proc. of WABI 2001. LNCS. Vol 2149. Berlin: Sppringer; 2001: 252-263.
PUB | DOI
 
[36]
2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E. Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings. Technical Report. ETH Zürich, Dept. of Computer Science; 2001.
PUB
 
[35]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Heber S, Stoye J, Hoheisel J, Vingron M. Contig Selection in Physical Mapping. In: Proc. of RECOMB 2000. 2000: 155-164.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[34]
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Crochemore M, Gąsieniec L, eds. Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). 2000: 77-104.
PUB
 
[33]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
Krause A, Stoye J, Vingron M. The SYSTERS protein sequence cluster set. Nucleic Acids Research. 2000;28(1):270-272.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[32]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M. Contig selection in physical mapping. Journal of Computational Biology. 2000;7(3-4):395-408.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[31]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J. Sequence Database Search Using Jumping Alignments. In: Proc. of ISMB 2000. 2000: 367-375.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[30]
2000 | Report | PUB-ID: 1970490
Stoye J. Affix Trees. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 2000.
PUB | PDF
 
[29]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341
Reinert K, Stoye J, Will T. An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment. Bioinformatics. 2000;16(9):808-814.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[28]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
Kurtz S, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R. Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. In: Proc. of ISMB 2000. 2000: 228-238.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[27]
2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Bornberg-Bauer E, Rost U, Stoye J, Vingron M, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000. Berlin: Logos Verlag; 2000.
PUB
 
[26]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. LNCS. Vol 1668. 1999: 30-42.
PUB | DOI | WoS
 
[25]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978
Reinert K, Will T, Stoye J. Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence Alignment. In: Proc. of GCB 1999. 1999: 17-24.
PUB | Download (ext.)
 
[24]
1999 | Report | PUB-ID: 1970495
Morgenstern B, Stoye J, Dress A. Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1999.
PUB
 
[23]
1999 | Report | PUB-ID: 1970509
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. Report. BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus; 1999.
PUB
 
[22]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J. Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Proc. of CPM 1999. LNCS. Vol 1645. 1999: 134-149.
PUB | DOI
 
[21]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102
Dress A, Morgenstern B, Stoye J. The Number of Standard and of Effective Multiple Alignments. Appl. Math. Lett. 1998;11(4):43-49.
PUB
 
[20]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538
Hildebrand M, Stoye J. Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von Beispielen. Der Mathematikunterricht. 1998;44(6):34-53.
PUB
 
[19]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
Stoye J. Multiple sequence alignment with the Divide-and-Conquer method. Gene. 1998;211(2):GC45-GC56.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625402
Stoye J, Evers D, Meyer F. Rose: generating sequence families. BIOINFORMATICS. 1998;14(2):157-163.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[17]
1998 | Report | PUB-ID: 1970515
Stoye J, Gusfield D. Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree. Report. Department of Computer Science, University of California, Davis; 1998.
PUB
 
[16]
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
Stoye J, Gusfield D. Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version). In: Proc. of CPM 1998. LNCS. Vol 1448. 1998: 140-152.
PUB | DOI
 
[15]
1998 | Report | PUB-ID: 1970513
Gusfield D, Stoye J. Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String. Report. Department of Computer Science, University of California, Davis; 1998.
PUB
 
[14]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107
Stoye J, Moulton V, Dress A. DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignment. CABIOS. 1997;13(6):625-626.
PUB
 
[13]
1997 | Report | PUB-ID: 1970526
Perrey SW, Stoye J, Moulton V, Dress A. On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[12]
1997 | Report | PUB-ID: 1970517
Stoye J, Evers D, Meyer F. Rose: Generating Sequence Families. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[11]
1997 | Report | PUB-ID: 1970529
Brinkmann G, Dress A, Perrey SW, Stoye J. Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular Sciences. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[10]
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885
Stoye J, Evers D, Meyer F. Generating benchmarks for multiple sequence alignments and phylogenetic reconstructions. In: Proc. of ISMB 1997. 1997: 303-306.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[9]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
Stoye J, Perrey SW, Dress A. Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignment. Applied mathematics letters. 1997;10(2):67-73.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[8]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358
Brinkmann G, Dress A, Perrey SW, Stoye J. Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciences. Mathematical programming. 1997;79(1-3):71-97.
PUB | DOI | WoS
 
[7]
1997 | Report | PUB-ID: 1970523
Dress A, Morgenstern B, Stoye J. On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[6]
1997 | Report | PUB-ID: 1970520
Perrey SW, Stoye J, Moulton V. FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[5]
1997 | Report | PUB-ID: 1970532
Stoye J. Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment. Forschungsberichte. Technische Fakultät der Universität Bielefeld; 1997.
PUB
 
[4]
1996 | Report | PUB-ID: 1970533
Perrey SW, Stoye J. Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment. Information and Mathematical Sciences Reports, Series B. Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand; 1996.
PUB
 
[3]
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351
Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A. A general method for fast multiple sequence alignment. Gene. 1996;172(1):GC33-GC41.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
1996 | Report | PUB-ID: 1970535
Stoye J, Dress A, Perrey SW. Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1996.
PUB
 
[1]
1996 | Report | PUB-ID: 1970537
Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A. A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld; 1996.
PUB
 

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