201 Publikationen

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[201]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D.; Stoye, J. (2019): A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Tandy Warnow (Hrsg.): Bioinformatics and Phylogenetics. Springer Verlag. (Computational Biology, 29). S. 361-372.
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[200]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey, H.; Zakrzewski, M.; Gravermann, K.; Young, N. D.; Korhonen, P. K.; Gobert, G. N.; Nawaratna, S.; Hasan, S.; Martínez, D. M.; You, H.; Lavin, M.; Jones, M.; Ragan, M. A.; Stoye, J.; Oleaga, A.; Emery, A. M.; Webster, B.; Rollinson, D.; Gasser, R. B.; McManus, D. P.; Krause, L. (2019): Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium PLOS Pathogens,15:(1):e1007513
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[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2018): GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data BMC Genomics,19:(Suppl. 5):308
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[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2018): Computing the family-free DCJ similarity BMC Bioinformatics,19:(Suppl. 6):152
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[197]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2018): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,15:(6): 2094-2100.
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[196]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha, L.; Diekmann, Y.; Kowada, L.; Stoye, J. (2018): Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks. In: Proceedings of BSB 2018. Springer Verlag. (LNBI, 11228). S. 26-37.
PUB | DOI
 
[195]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2018): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY,25:(7): 825-836.
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[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic, T.; Holley, G.; Stoye, J. (2018): Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics. Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 29-53.
PUB
 
[193]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr, D.; Feijão, P.; Stoye, J. (2018): Family-Free Genome Comparison. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 331-342.
PUB
 
[192]
2018 | Herausgeber Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
João C Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.) (2018): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag.
PUB
 
[191]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S.; Albaum, S.; Blumenkamp, P.; Linke, B.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2018): Flexible metagenome analysis using the MGX framework Microbiome,6:76
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[190]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
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[189]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D.; Medeiros, G. L.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Joao Meidanis; Luay Nakhleh (Hrsg.): Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10562). S. 76-100.
PUB | DOI
 
[188]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time Algorithms for Molecular Biology,12:3
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[187]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. (LIPIcs, 78). S. 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
[186]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings arXiv: 1702.01280
PUB
 
[185]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2017): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10229). S. 50-65.
PUB | DOI
 
[184]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2017): Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Berlin: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 1704). S. 197-212.
PUB | DOI
 
[183]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D.; Kowada, L. A. B.; Soares de Araujo, F. E.; Deshpande, S.; Dantas, S.; Moret, B. M. E.; Stoye, J. (2017): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies Journal of Computational Biology,24:(6): 616-634.
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[182]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S.; Jahn, K.; Wehner, S.; Kuchenbecker, L.; Marz, M.; Stoye, J.; Böcker, S. (2016): Finding approximate gene clusters with GECKO 3 Nucleic Acids Research,44:(20): 9600-9610.
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[181]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2016): A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Martin Frith; Christian Nørgaard Storm Pedersen (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Cham: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 9838). S. 293-306.
PUB | DOI
 
[180]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2016): Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage Algorithms for Molecular Biology,11:3
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[179]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
Krause, L.; Nones, K.; Loffler, K. A.; Nancarrow, D.; Oey, H.; Tang, Y. H.; Wayte, N. J.; Patch, A. M.; Patel, K.; Brosda, S.; Manning, S.; Lampe, G.; Clouston, A.; Thomas, J.; Stoye, J.; Hussey, D. J.; Watson, D. I.; Lord, R. V.; Phillips, W. A.; Gotley, D.; Smithers, B. M.; Whiteman, D. C.; Hayward, N. K.; Grimmond, S. M.; Waddell, N.; Barbour, A. P. (2016): Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma Carcinogenesis,37:(4): 356-365.
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[178]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
Kowada, L. A. B.; Doerr, D.; Dantas, S.; Stoye, J. (2016): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. In: Mona Singh (Hrsg.): Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 9649). S. 204-224.
PUB | DOI
 
[177]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): Sorting linear genomes with rearrangements and indels IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,12:(3): 500-506.
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[176]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
Viduani Martinez, F. H.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): On the family-free DCJ distance and similarity Algorithms for Molecular Biology,10:13
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[175]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2015): Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Proceedings of WABI 2015. (LNBI, 9289). S. 217-230.
PUB
 
[174]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.) (2015): Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics, In: Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.), BMC Bioinformatics,16:(Supplement 14)
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[173]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.) (2015): Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics, In: Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.), BMC Genomics,16:(Supplement 10)
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[172]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
Viduani Martinez, F. H.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2014): On the family-free DCJ distance. In: Dan Brown; Burkhard Morgenstern (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 8701). S. 174-186.
PUB | DOI
 
[171]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Dörr, D.; Stoye, J.; Böcker, S.; Jahn, K. (2014): Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings BMC Genomics,15:(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2.
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[170]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Lechner, M.; Hernandez-Rosales, M.; Dörr, D.; Wieseke, N.; Thévenin, A.; Stoye, J.; Hartmann, R. K.; Prohaska, S. J.; Stadler, P. F. (2014): Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets PLoS ONE,9:(8): e105015.
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[169]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann, S.; Prior, K.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2014): GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers PLOS ONE,9:(9): e107014.
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[168]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R.; Stadermann, K. B.; Doppmeier, D.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Straube, J.; Winnebald, J.; Goesmann, A. (2014): ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences Bioinformatics,30:(16): 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[167]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek, P.; Neshat, A.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Wendler, S.; Stoye, J.; Pühler, A. (2014): Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts Journal of Biotechnology,190: 85-95.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[166]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi, T.; Brinkrolf, K.; Tauch, A.; Noll, T.; Stoye, J.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2014): Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing Journal of Biotechnology,190: 64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[165]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2014): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Campos Sérgio (Hrsg.): Proc. of BSB 2014. Springer Verlag. (LNBI, 8826). S. 135-143.
PUB | DOI
 
[164]
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Stoye, J. (2014): Suffix Tree Construction. In: M.-Y. Kao (Hrsg.): Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag.
PUB | DOI
 
[163]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N.; Wilhelm, M.; Doebbe, A.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2014): BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry Bioinformatics,30:(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[162]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich, E.; Ander, C.; Stoye, J.; Brune, I.; Tauch, A. (2014): Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle BIOspektrum,20:(5): 294-296.
PUB | DOI
 
[161]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3): e92297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[160]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2013): Restricted DCJ-Indel Model Revisited. In: João C. Setubal; Nalvo F. Almeida (Hrsg.): Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 8213). S. 36-46.
PUB | DOI
 
[159]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
Willing, E.; Zaccaria, S.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2013): On the Inversion-Indel Distance BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013):S3
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[158]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga, M.; Chauve, C.; Dörr, D.; Jahn, K.; Stoye, J.; Thévenin, A.; Wittler, R. (2013): The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 287-307.
PUB | DOI
 
[157]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C.; Schulz-Trieglaff, O. B.; Stoye, J.; Cox, A. J. (2013): metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences BMC Bioinformatics,14:(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2.
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[156]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[155]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron, A.; Stoye, J. (2013): The Genesis of the DCJ Formula. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 63-81.
PUB | DOI
 
[154]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell, P.; Reuther, S.; Fischer, U.; Keller, T.; Weber, S.; Gombert, M.; Schuster, F. R.; Asang, C.; Stepensky, P.; Strahm, B.; Meisel, R.; Stoye, J.; Borkhardt, A. (2013): Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis Haematologica,98:(9): 1388-1396.
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[153]
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach, W.; Stoye, J. (2013): Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In: Karen E. Nelson (Hrsg.): Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag.
PUB | DOI
 
[152]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[151]
2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.) (2013): Algorithms in Bioinformatics, In: Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Bioinformatics,8126
PUB | DOI
 
[150]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K.; Winter, S.; Stoye, J.; Böcker, S. (2013): Statistics for approximate gene clusters BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[149]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P.; Wendler, S.; Neshat, A.; Eirich, C.; Rückert, C.; Klein, A.; Wehmeier, U. F.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Pühler, A. (2013): Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media Journal of Biotechnology,167:(2): 166-177.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[148]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[147]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D.; Thévenin, A.; Stoye, J. (2012): Gene family assignment-free comparative genomics BMC Bioinformatics,13:(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[146]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N.; Keck, M.; Neuweger, H.; Wilhelm, M.; Högy, P.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2012): Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets BMC Bioinformatics,13:(1): 21.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[145]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn, K.; Sudek, H.; Stoye, J. (2012): Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments BMC Bioinformatics,13:(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S7.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[144]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Selber, K.; Wehmeier, U. F.; Stoye, J.; Pühler, A. (2012): The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 BMC Genomics,13:(1):112
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[143]
2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.) (2012): Combinatorial Pattern Matching, In: Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Computer Science,7354
PUB | DOI
 
[142]
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Hoffmann, N.; Stoye, J. (2012): Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In: Ute Roessner (Hrsg.): Metabolomics. InTech. S. 73-98.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
 
[141]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R.; Sickinger, C.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2012): UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ Bioinformatics,28:(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[140]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[139]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): On the weight of indels in genomic distances BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: RECOMB-CG 2011):S13
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[138]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): Genomic distance under gene substitutions BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011):S8
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[137]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
Dias Vieira Braga, M.; Willing, E.; Stoye, J. (2011): Double Cut and Join with Insertions and Deletions Journal of Computational Biology,18:(9): 1167-1184.
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Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728
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Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2005): Counting Suffix Arrays and Strings. In: Proc. of SPIRE 2005. (LNCS, 3772). S. 55-66.
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2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2005): Counting Suffix Arrays and Strings. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.) (2004): Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004, In: Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Informatics,P-53
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt, T.; Stoye, J. (2004): Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences. In: Proc. of CPM 2004. (LNCS, 3109). S. 347-358.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael, M.; Dieterich, C.; Stoye, J. (2004): Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes. In: Proc. of WABI 2004. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNBI, 3240). S. 99-110.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard, D. A.; Bergman, C. M.; Stoye, J.; Celniker, S. E.; Eisen, M. B. (2004): Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA BMC Bioinformatics,5:(1): 73.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
Cieliebak, M.; Erlebach, T.; Lipták, Z.; Stoye, J.; Welzl, E. (2004): Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings Discrete Applied Mathematics,137:(1): 27-46.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard, D. A.; Bergman, C. M.; Stoye, J.; Celniker, S. E.; Eisen, M. B. (2004): Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA BMC Bioinformatics,5:(1): 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Gusfield, D.; Stoye, J. (2004): Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string Journal of computer and system sciences,69:(4): 525-546.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2004): Reversal Distance without Hurdles and Fortresses. In: Proc. of CPM 2004. SPRINGER-VERLAG BERLIN. (LNCS, 3109). S. 388-399.
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2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Schürmann, K. - B.; Stoye, J. (2003): Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, S.; Stoye, J. (2003): The European Conference on Computational Biology Drug Discovery Today,8:(3): 113-114.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
Giegerich, R.; Stoye, J. (2003): Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik Forschung an der Universität Bielefeld,26: 63-68.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
Bannert, C.; Stoye, J. (2003): Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. In: Proc. of GCB 2003. S. 21-25.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Giegerich, R.; Kurtz, S.; Stoye, J. (2003): Efficient implementation of lazy suffix trees SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE,33:(11): 1035-1049.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Sammeth, M.; Morgenstern, B.; Stoye, J. (2003): Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints BIOINFORMATICS,19:(Suppl 2): ii189-ii195.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron, A.; Stoye, J. (2003): On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. In: Proc. of COCOON 2003. (LNCS, 2697). S. 68-79.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth, M.; Rothgänger, J.; Esser, W.; Albert, J.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2003): QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis BIOINFORMATICS,19:(12): 1592-1593.
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2003 | Report | PUB-ID: 1970477
Bergeron, A.; Stoye, J. (2003): On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison. Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye, J. (2002): Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Sigrid Schubert; Bernd Reusch; Norbert Jesse (Hrsg.): Lecture Notes in Informatics. (P-20). S. 67-67.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, M.; Lipták, Z.; Welzl, E.; Erlebach, T.; Stoye, J. (2002): Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. In: Proc. of IFIP TCS 2002. S. 143-156.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang, R.; Rehmsmeier, M.; Stoye, J. (2002): A novel approach to remote homology detection: jumping alignments Journal of Computational Biology,9:(5): 747-760.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye, J.; Gusfield, D. (2002): Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree Theoretical Computer Science,270:(1-2): 843-856.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron, A.; Heber, S.; Stoye, J. (2002): Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity Bioinformatics,18:(Suppl 2): S54-S63.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber, S.; Stoye, J.; Frohme, M.; Hoheisel, J.; Vingron, M. (2002): Resampling Methods in Physical Mapping. In: Proc. of GfKl 2000. S. 437-444.
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2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
Kurtz, S.; Choudhuri, J. V.; Ohlebusch, E.; Schleiermacher, C.; Stoye, J.; Giegerich, R. (2001): REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale Nucleic Acids Research,29:(22): 4633-4642.
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber, S.; Stoye, J. (2001): Finding all Common Intervals of k Permutations. In: Proc. of CPM 2001. (LNCS, 2089). S. 207-218.
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Heber, S.; Stoye, J. (2001): Algorithms for Finding Gene Clusters. In: Proc. of WABI 2001. Berlin: Sppringer. (LNCS, 2149). S. 252-263.
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2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Cieliebak, M.; Erlebach, T.; Lipták, Z.; Stoye, J.; Welzl, E. (2001): Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings. ETH Zürich, Dept. of Computer Science.
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Heber, S.; Stoye, J.; Hoheisel, J.; Vingron, M. (2000): Contig Selection in Physical Mapping. In: Proc. of RECOMB 2000. S. 155-164.
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2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
Brodal, G. S.; Lyngsø, R. B.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2000): Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Maxime Crochemore; Leszek Gąsieniec (Hrsg.): Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). S. 77-104.
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
Krause, A.; Stoye, J.; Vingron, M. (2000): The SYSTERS protein sequence cluster set Nucleic Acids Research,28:(1): 270-272.
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
Heber, S.; Stoye, J.; Frohme, M.; Hoheisel, J.; Vingron, M. (2000): Contig selection in physical mapping Journal of Computational Biology,7:(3-4): 395-408.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
Spang, R.; Rehmsmeier, M.; Stoye, J. (2000): Sequence Database Search Using Jumping Alignments. In: Proc. of ISMB 2000. S. 367-375.
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2000 | Report | PUB-ID: 1970490
Stoye, J. (2000): Affix Trees. Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341
Reinert, K.; Stoye, J.; Will, T. (2000): An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment Bioinformatics,16:(9): 808-814.
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
Kurtz, S.; Ohlebusch, E.; Schleiermacher, C.; Stoye, J.; Giegerich, R. (2000): Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. In: Proc. of ISMB 2000. S. 228-238.
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2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Erich Bornberg-Bauer; Ursula Rost; Jens Stoye; Martin Vingron (Hrsg.) (2000): Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000. Berlin: Logos Verlag.
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
Giegerich, R.; Kurtz, S.; Stoye, J. (1999): Efficient implementation of lazy suffix trees. In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. (LNCS, 1668). S. 30-42.
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978
Reinert, K.; Will, T.; Stoye, J. (1999): Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence Alignment. In: Proc. of GCB 1999. S. 17-24.
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1999 | Report | PUB-ID: 1970495
Morgenstern, B.; Stoye, J.; Dress, A. (1999): Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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1999 | Report | PUB-ID: 1970509
Brodal, G. S.; Lyngsø, R. B.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (1999): Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus.
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
Brodal, G. S.; Lyngsø, R. B.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (1999): Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Proc. of CPM 1999. (LNCS, 1645). S. 134-149.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102
Dress, A.; Morgenstern, B.; Stoye, J. (1998): The Number of Standard and of Effective Multiple Alignments Appl. Math. Lett.,11:(4): 43-49.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538
Hildebrand, M.; Stoye, J. (1998): Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von Beispielen Der Mathematikunterricht,44:(6): 34-53.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
Stoye, J. (1998): Multiple sequence alignment with the Divide-and-Conquer method. Gene,211:(2): GC45-GC56.
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1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
Stoye, J.; Gusfield, D. (1998): Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version). In: Proc. of CPM 1998. (LNCS, 1448). S. 140-152.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970513
Gusfield, D.; Stoye, J. (1998): Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String. Department of Computer Science, University of California, Davis.
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107
Stoye, J.; Moulton, V.; Dress, A. (1997): DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignment CABIOS,13:(6): 625-626.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970526
Perrey, S. W.; Stoye, J.; Moulton, V.; Dress, A. (1997): On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970517
Stoye, J.; Evers, D.; Meyer, F. (1997): Rose: Generating Sequence Families. Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970529
Brinkmann, G.; Dress, A.; Perrey, S. W.; Stoye, J. (1997): Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular Sciences. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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[10]
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885
Stoye, J.; Evers, D.; Meyer, F. (1997): Generating benchmarks for multiple sequence alignments and phylogenetic reconstructions. In: Proc. of ISMB 1997. S. 303-306.
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
Stoye, J.; Perrey, S. W.; Dress, A. (1997): Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignment Applied mathematics letters,10:(2): 67-73.
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358
Brinkmann, G.; Dress, A.; Perrey, S. W.; Stoye, J. (1997): Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciences Mathematical programming,79:(1-3): 71-97.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970523
Dress, A.; Morgenstern, B.; Stoye, J. (1997): On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970520
Perrey, S. W.; Stoye, J.; Moulton, V. (1997): FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970532
Stoye, J. (1997): Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment. Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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1996 | Report | PUB-ID: 1970533
Perrey, S. W.; Stoye, J. (1996): Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment. Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand.
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[3]
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351
Tönges, U.; Perrey, S. W.; Stoye, J.; Dress, A. (1996): A general method for fast multiple sequence alignment Gene,172:(1): GC33-GC41.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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1996 | Report | PUB-ID: 1970535
Stoye, J.; Dress, A.; Perrey, S. W. (1996): Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[1]
1996 | Report | PUB-ID: 1970537
Tönges, U.; Perrey, S. W.; Stoye, J.; Dress, A. (1996): A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 

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201 Publikationen

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[201]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D.; Stoye, J. (2019): A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Tandy Warnow (Hrsg.): Bioinformatics and Phylogenetics. Springer Verlag. (Computational Biology, 29). S. 361-372.
PUB | DOI
 
[200]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey, H.; Zakrzewski, M.; Gravermann, K.; Young, N. D.; Korhonen, P. K.; Gobert, G. N.; Nawaratna, S.; Hasan, S.; Martínez, D. M.; You, H.; Lavin, M.; Jones, M.; Ragan, M. A.; Stoye, J.; Oleaga, A.; Emery, A. M.; Webster, B.; Rollinson, D.; Gasser, R. B.; McManus, D. P.; Krause, L. (2019): Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium PLOS Pathogens,15:(1):e1007513
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2018): GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data BMC Genomics,19:(Suppl. 5):308
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2018): Computing the family-free DCJ similarity BMC Bioinformatics,19:(Suppl. 6):152
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[197]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2018): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,15:(6): 2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[196]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha, L.; Diekmann, Y.; Kowada, L.; Stoye, J. (2018): Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks. In: Proceedings of BSB 2018. Springer Verlag. (LNBI, 11228). S. 26-37.
PUB | DOI
 
[195]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2018): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY,25:(7): 825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic, T.; Holley, G.; Stoye, J. (2018): Pan-genome Storage and Analysis Techniques. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics. Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 29-53.
PUB
 
[193]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr, D.; Feijão, P.; Stoye, J. (2018): Family-Free Genome Comparison. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 331-342.
PUB
 
[192]
2018 | Herausgeber Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
João C Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.) (2018): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag.
PUB
 
[191]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S.; Albaum, S.; Blumenkamp, P.; Linke, B.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2018): Flexible metagenome analysis using the MGX framework Microbiome,6:76
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[190]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[189]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D.; Medeiros, G. L.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Joao Meidanis; Luay Nakhleh (Hrsg.): Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10562). S. 76-100.
PUB | DOI
 
[188]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time Algorithms for Molecular Biology,12:3
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[187]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. (LIPIcs, 78). S. 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
[186]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings arXiv: 1702.01280
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2017): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10229). S. 50-65.
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2017): Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Berlin: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 1704). S. 197-212.
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D.; Kowada, L. A. B.; Soares de Araujo, F. E.; Deshpande, S.; Dantas, S.; Moret, B. M. E.; Stoye, J. (2017): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies Journal of Computational Biology,24:(6): 616-634.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S.; Jahn, K.; Wehner, S.; Kuchenbecker, L.; Marz, M.; Stoye, J.; Böcker, S. (2016): Finding approximate gene clusters with GECKO 3 Nucleic Acids Research,44:(20): 9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2016): A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Martin Frith; Christian Nørgaard Storm Pedersen (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Cham: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 9838). S. 293-306.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2016): Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage Algorithms for Molecular Biology,11:3
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
Krause, L.; Nones, K.; Loffler, K. A.; Nancarrow, D.; Oey, H.; Tang, Y. H.; Wayte, N. J.; Patch, A. M.; Patel, K.; Brosda, S.; Manning, S.; Lampe, G.; Clouston, A.; Thomas, J.; Stoye, J.; Hussey, D. J.; Watson, D. I.; Lord, R. V.; Phillips, W. A.; Gotley, D.; Smithers, B. M.; Whiteman, D. C.; Hayward, N. K.; Grimmond, S. M.; Waddell, N.; Barbour, A. P. (2016): Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma Carcinogenesis,37:(4): 356-365.
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
Kowada, L. A. B.; Doerr, D.; Dantas, S.; Stoye, J. (2016): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. In: Mona Singh (Hrsg.): Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 9649). S. 204-224.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): Sorting linear genomes with rearrangements and indels IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,12:(3): 500-506.
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
Viduani Martinez, F. H.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): On the family-free DCJ distance and similarity Algorithms for Molecular Biology,10:13
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[175]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2015): Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Proceedings of WABI 2015. (LNBI, 9289). S. 217-230.
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2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.) (2015): Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics, In: Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.), BMC Bioinformatics,16:(Supplement 14)
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[173]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.) (2015): Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics, In: Joao Meidanis; Jens Stoye (Hrsg.), BMC Genomics,16:(Supplement 10)
PUB | Download (ext.)
 
[172]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
Viduani Martinez, F. H.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2014): On the family-free DCJ distance. In: Dan Brown; Burkhard Morgenstern (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 8701). S. 174-186.
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[171]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Dörr, D.; Stoye, J.; Böcker, S.; Jahn, K. (2014): Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings BMC Genomics,15:(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2.
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[170]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Lechner, M.; Hernandez-Rosales, M.; Dörr, D.; Wieseke, N.; Thévenin, A.; Stoye, J.; Hartmann, R. K.; Prohaska, S. J.; Stadler, P. F. (2014): Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets PLoS ONE,9:(8): e105015.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann, S.; Prior, K.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2014): GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers PLOS ONE,9:(9): e107014.
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[168]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R.; Stadermann, K. B.; Doppmeier, D.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Straube, J.; Winnebald, J.; Goesmann, A. (2014): ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences Bioinformatics,30:(16): 2247-2254.
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[167]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek, P.; Neshat, A.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Wendler, S.; Stoye, J.; Pühler, A. (2014): Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts Journal of Biotechnology,190: 85-95.
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[166]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi, T.; Brinkrolf, K.; Tauch, A.; Noll, T.; Stoye, J.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2014): Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing Journal of Biotechnology,190: 64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[165]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2014): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Campos Sérgio (Hrsg.): Proc. of BSB 2014. Springer Verlag. (LNBI, 8826). S. 135-143.
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2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Stoye, J. (2014): Suffix Tree Construction. In: M.-Y. Kao (Hrsg.): Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag.
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[163]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N.; Wilhelm, M.; Doebbe, A.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2014): BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry Bioinformatics,30:(7): 988-995.
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[162]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich, E.; Ander, C.; Stoye, J.; Brune, I.; Tauch, A. (2014): Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle BIOspektrum,20:(5): 294-296.
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[161]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B.; Rumming, M.; Sczyrba, A.; Velleuer, E.; Dietrich, R.; Gerlach, W.; Gombert, M.; Rahn, S.; Stoye, J.; Borkhardt, A.; Fischer, U. (2014): Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma PLoS ONE,9:(3): e92297.
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[160]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2013): Restricted DCJ-Indel Model Revisited. In: João C. Setubal; Nalvo F. Almeida (Hrsg.): Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 8213). S. 36-46.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
Willing, E.; Zaccaria, S.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2013): On the Inversion-Indel Distance BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013):S3
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[158]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga, M.; Chauve, C.; Dörr, D.; Jahn, K.; Stoye, J.; Thévenin, A.; Wittler, R. (2013): The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 287-307.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C.; Schulz-Trieglaff, O. B.; Stoye, J.; Cox, A. J. (2013): metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences BMC Bioinformatics,14:(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2.
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[156]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron, A.; Stoye, J. (2013): The Genesis of the DCJ Formula. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 63-81.
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[154]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell, P.; Reuther, S.; Fischer, U.; Keller, T.; Weber, S.; Gombert, M.; Schuster, F. R.; Asang, C.; Stepensky, P.; Strahm, B.; Meisel, R.; Stoye, J.; Borkhardt, A. (2013): Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis Haematologica,98:(9): 1388-1396.
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2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach, W.; Stoye, J. (2013): Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In: Karen E. Nelson (Hrsg.): Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.
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2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.) (2013): Algorithms in Bioinformatics, In: Aaron Darling; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Bioinformatics,8126
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K.; Winter, S.; Stoye, J.; Böcker, S. (2013): Statistics for approximate gene clusters BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P.; Wendler, S.; Neshat, A.; Eirich, C.; Rückert, C.; Klein, A.; Wehmeier, U. F.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Pühler, A. (2013): Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media Journal of Biotechnology,167:(2): 166-177.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M.; Bekel, T.; Ander, C.; Pühler, A.; Rupp, O.; Stoye, J.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2013): MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets Journal of Biotechnology,167:(2): 156-165.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D.; Thévenin, A.; Stoye, J. (2012): Gene family assignment-free comparative genomics BMC Bioinformatics,13:(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N.; Keck, M.; Neuweger, H.; Wilhelm, M.; Högy, P.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2012): Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets BMC Bioinformatics,13:(1): 21.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn, K.; Sudek, H.; Stoye, J. (2012): Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments BMC Bioinformatics,13:(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S7.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Kalinowski, J.; Klein, A.; Selber, K.; Wehmeier, U. F.; Stoye, J.; Pühler, A. (2012): The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 BMC Genomics,13:(1):112
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Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.) (2012): Combinatorial Pattern Matching, In: Juha Kärkkäinen; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Computer Science,7354
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Hoffmann, N.; Stoye, J. (2012): Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In: Ute Roessner (Hrsg.): Metabolomics. InTech. S. 73-98.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R.; Sickinger, C.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2012): UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ Bioinformatics,28:(19): 2509-2511.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8): e41606.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): On the weight of indels in genomic distances BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: RECOMB-CG 2011):S13
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Dias Vieira Braga, M.; Machado, R.; Ribeiro, L. C.; Stoye, J. (2011): Genomic distance under gene substitutions BMC Bioinformatics,12:(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011):S8
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Dias Vieira Braga, M.; Willing, E.; Stoye, J. (2011): Double Cut and Join with Insertions and Deletions Journal of Computational Biology,18:(9): 1167-1184.
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Kovac, J.; Warren, R.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2011): Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation Journal of Computational Biology,18:(9): 1231-1241.
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Schwientek, P.; Szczepanowski, R.; Rückert, C.; Stoye, J.; Pühler, A. (2011): Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology Journal of Biotechnology,155:(1): 68-77.
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Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
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Heber, S.; Mayr, R.; Stoye, J. (2011): Common Intervals of Multiple Permutations Algorithmica,60:(2): 175-206.
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Gerlach, W.; Stoye, J. (2011): Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. Nucleic Acids Res,39:(14): e91.
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Erdős, P. L.; Soukup, L.; Stoye, J. (2011): Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance Applied Mathematics Letters,24:(1): 82-86.
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Wittler, R.; Maňuch, J.; Patterson, M.; Stoye, J. (2011): Consistency of Sequence-Based Gene Clusters Journal of Computational Biology,18:(9): 1023-1039.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky, F.; Kuchenbecker, L.; Jahn, K.; Stoye, J.; Böcker, S. (2011): Swiftly Computing Center Strings BMC Bioinformatics,12:(1): 106.
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2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157
Bergeron, A.; Mixtacki, J.; Stoye, J. (2010): Computing the Genomic Distance in Linear Time. In: Alberto Apostolico; Andreas Dress; Laxmi Parida (Hrsg.): Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (10231). S. 18.
PUB | Download (ext.)
 
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893893
Husemann, P.; Stoye, J. (2010): Phylogenetic Comparative Assembly Algorithms for Molecular Biology,5:(1): 3.
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2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918836
Besenbacher, S.; Schwikowski, B.; Stoye, J. (2010): Indexing and Searching a Mass Spectrometry Database. In: Tapio Elomaa; Heikki Mannila; Pekka Orponen (Hrsg.): Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday. (LNCS, 6060). S. 62-76.
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2010 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966434
Erdős, P. L.; Soukup, L.; Stoye, J. (2010): Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance.
PUB | arXiv
 
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439
Trost, E.; Ott, L.; Schneider, J.; Schröder, J.; Jaenicke, S.; Goesmann, A.; Husemann, P.; Stoye, J.; Alves Dorella, F.; Souza Rocha, F.; de Castro Soares, S.; D'Afonseca, V.; Miyoshi, A.; Ruiz, J.; Silva, A.; Azevedo, V.; Burkovski, A.; Guiso, N.; Join-Lambert, O. F.; Kayal, S.; Tauch, A. (2010): The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence BMC Genomics,11:(1):728
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[123]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795670
Wittkop, T.; Emig, D.; Lange, S. J.; Rahmann, S.; Albrecht, M.; Morris, J. H.; Böcker, S.; Stoye, J.; Baumbach, J. (2010): Partitioning Biological Data with Transitivity Clustering Nature Methods,7:(6): 419-420.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898012
Blin, G.; Faye, D.; Stoye, J. (2010): Finding Nested Common Intervals Efficiently Journal of Computational Biology,17:(9): 1183-1194.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217
Wittler, R.; Stoye, J. (2010): Consistency of Sequence-based Gene Clusters. In: Proc. of Recomb-CG 2010. Springer Verlag. (LNBI, 6398). S. 252-263.
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Stoye, J. (2002): Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In: Sigrid Schubert; Bernd Reusch; Norbert Jesse (Hrsg.): Lecture Notes in Informatics. (P-20). S. 67-67.
PUB
 
[44]
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, M.; Lipták, Z.; Welzl, E.; Erlebach, T.; Stoye, J. (2002): Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. In: Proc. of IFIP TCS 2002. S. 143-156.
PUB
 
[43]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang, R.; Rehmsmeier, M.; Stoye, J. (2002): A novel approach to remote homology detection: jumping alignments Journal of Computational Biology,9:(5): 747-760.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[42]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye, J.; Gusfield, D. (2002): Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree Theoretical Computer Science,270:(1-2): 843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[41]
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron, A.; Heber, S.; Stoye, J. (2002): Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity Bioinformatics,18:(Suppl 2): S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[40]
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber, S.; Stoye, J.; Frohme, M.; Hoheisel, J.; Vingron, M. (2002): Resampling Methods in Physical Mapping. In: Proc. of GfKl 2000. S. 437-444.
PUB
 
[39]
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
Kurtz, S.; Choudhuri, J. V.; Ohlebusch, E.; Schleiermacher, C.; Stoye, J.; Giegerich, R. (2001): REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale Nucleic Acids Research,29:(22): 4633-4642.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[38]
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber, S.; Stoye, J. (2001): Finding all Common Intervals of k Permutations. In: Proc. of CPM 2001. (LNCS, 2089). S. 207-218.
PUB | DOI
 
[37]
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Heber, S.; Stoye, J. (2001): Algorithms for Finding Gene Clusters. In: Proc. of WABI 2001. Berlin: Sppringer. (LNCS, 2149). S. 252-263.
PUB | DOI
 
[36]
2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Cieliebak, M.; Erlebach, T.; Lipták, Z.; Stoye, J.; Welzl, E. (2001): Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings. ETH Zürich, Dept. of Computer Science.
PUB
 
[35]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Heber, S.; Stoye, J.; Hoheisel, J.; Vingron, M. (2000): Contig Selection in Physical Mapping. In: Proc. of RECOMB 2000. S. 155-164.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[34]
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
Brodal, G. S.; Lyngsø, R. B.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2000): Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Maxime Crochemore; Leszek Gąsieniec (Hrsg.): Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). S. 77-104.
PUB
 
[33]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
Krause, A.; Stoye, J.; Vingron, M. (2000): The SYSTERS protein sequence cluster set Nucleic Acids Research,28:(1): 270-272.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[32]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
Heber, S.; Stoye, J.; Frohme, M.; Hoheisel, J.; Vingron, M. (2000): Contig selection in physical mapping Journal of Computational Biology,7:(3-4): 395-408.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[31]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
Spang, R.; Rehmsmeier, M.; Stoye, J. (2000): Sequence Database Search Using Jumping Alignments. In: Proc. of ISMB 2000. S. 367-375.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
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2000 | Report | PUB-ID: 1970490
Stoye, J. (2000): Affix Trees. Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB | PDF
 
[29]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341
Reinert, K.; Stoye, J.; Will, T. (2000): An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment Bioinformatics,16:(9): 808-814.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[28]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
Kurtz, S.; Ohlebusch, E.; Schleiermacher, C.; Stoye, J.; Giegerich, R. (2000): Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. In: Proc. of ISMB 2000. S. 228-238.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[27]
2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Erich Bornberg-Bauer; Ursula Rost; Jens Stoye; Martin Vingron (Hrsg.) (2000): Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000. Berlin: Logos Verlag.
PUB
 
[26]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
Giegerich, R.; Kurtz, S.; Stoye, J. (1999): Efficient implementation of lazy suffix trees. In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. (LNCS, 1668). S. 30-42.
PUB | DOI | WoS
 
[25]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978
Reinert, K.; Will, T.; Stoye, J. (1999): Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence Alignment. In: Proc. of GCB 1999. S. 17-24.
PUB | Download (ext.)
 
[24]
1999 | Report | PUB-ID: 1970495
Morgenstern, B.; Stoye, J.; Dress, A. (1999): Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[23]
1999 | Report | PUB-ID: 1970509
Brodal, G. S.; Lyngsø, R. B.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (1999): Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus.
PUB
 
[22]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
Brodal, G. S.; Lyngsø, R. B.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (1999): Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In: Proc. of CPM 1999. (LNCS, 1645). S. 134-149.
PUB | DOI
 
[21]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102
Dress, A.; Morgenstern, B.; Stoye, J. (1998): The Number of Standard and of Effective Multiple Alignments Appl. Math. Lett.,11:(4): 43-49.
PUB
 
[20]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538
Hildebrand, M.; Stoye, J. (1998): Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von Beispielen Der Mathematikunterricht,44:(6): 34-53.
PUB
 
[19]
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
Stoye, J. (1998): Multiple sequence alignment with the Divide-and-Conquer method. Gene,211:(2): GC45-GC56.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625402
Stoye, J.; Evers, D.; Meyer, F. (1998): Rose: generating sequence families BIOINFORMATICS,14:(2): 157-163.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970515
Stoye, J.; Gusfield, D. (1998): Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree. Department of Computer Science, University of California, Davis.
PUB
 
[16]
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
Stoye, J.; Gusfield, D. (1998): Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version). In: Proc. of CPM 1998. (LNCS, 1448). S. 140-152.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970513
Gusfield, D.; Stoye, J. (1998): Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String. Department of Computer Science, University of California, Davis.
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[14]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107
Stoye, J.; Moulton, V.; Dress, A. (1997): DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignment CABIOS,13:(6): 625-626.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970526
Perrey, S. W.; Stoye, J.; Moulton, V.; Dress, A. (1997): On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[12]
1997 | Report | PUB-ID: 1970517
Stoye, J.; Evers, D.; Meyer, F. (1997): Rose: Generating Sequence Families. Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB
 
[11]
1997 | Report | PUB-ID: 1970529
Brinkmann, G.; Dress, A.; Perrey, S. W.; Stoye, J. (1997): Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular Sciences. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[10]
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885
Stoye, J.; Evers, D.; Meyer, F. (1997): Generating benchmarks for multiple sequence alignments and phylogenetic reconstructions. In: Proc. of ISMB 1997. S. 303-306.
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
Stoye, J.; Perrey, S. W.; Dress, A. (1997): Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignment Applied mathematics letters,10:(2): 67-73.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[8]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358
Brinkmann, G.; Dress, A.; Perrey, S. W.; Stoye, J. (1997): Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciences Mathematical programming,79:(1-3): 71-97.
PUB | DOI | WoS
 
[7]
1997 | Report | PUB-ID: 1970523
Dress, A.; Morgenstern, B.; Stoye, J. (1997): On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[6]
1997 | Report | PUB-ID: 1970520
Perrey, S. W.; Stoye, J.; Moulton, V. (1997): FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[5]
1997 | Report | PUB-ID: 1970532
Stoye, J. (1997): Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment. Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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[4]
1996 | Report | PUB-ID: 1970533
Perrey, S. W.; Stoye, J. (1996): Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment. Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand.
PUB
 
[3]
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351
Tönges, U.; Perrey, S. W.; Stoye, J.; Dress, A. (1996): A general method for fast multiple sequence alignment Gene,172:(1): GC33-GC41.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
1996 | Report | PUB-ID: 1970535
Stoye, J.; Dress, A.; Perrey, S. W. (1996): Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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[1]
1996 | Report | PUB-ID: 1970537
Tönges, U.; Perrey, S. W.; Stoye, J.; Dress, A. (1996): A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment. Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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