205 Publikationen

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[205]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
D. Rubert, F. H. V. Martinez, J. Stoye, and D. Dörr, “Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants”, BMC Genomics, In Press.
PUB
 
[204]
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
J. Alanko, H. Bannai, B. Cazaux, P. Peterlongo, and J. Stoye, in Proceedings of WABI 2019, Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum Für Informatik , Dagstuhl, 2019, p. 8:1-8:9.
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[203]
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Computational Methods for Microbiome Analysis, Frontiers Media, Lausanne, 2019.
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[202]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
D. Dörr, and J. Stoye, in Bioinformatics and Phylogenetics (Ed.: T. Warnow), Springer , Cham, 2019, p. 361-372.
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[201]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
H. Oey, M. Zakrzewski, K. Gravermann, N. D. Young, P. K. Korhonen, G. N. Gobert, S. Nawaratna, S. Hasan, D. M. Martínez, H. You, et al., “Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium”, PLOS Pathogens, 2019, 15, : e1007513.
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[200]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, “GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data”, BMC Genomics, 2018, 19, : 308.
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[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
D. Rubert, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Computing the family-free DCJ similarity”, BMC Bioinformatics, 2018, 19, : 152.
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[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, “Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, 15, 2094-2100.
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[197]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
L. Cunha, Y. Diekmann, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of BSB 2018, Springer Verlag, 2018, p. 26-37.
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[196]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, “Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression”, JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2018, 25, 825-836.
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[195]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
T. Zekic, G. Holley, and J. Stoye, in Comparative Genomics. Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 29-53.
PUB
 
[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
D. Dörr, P. Feijão, and J. Stoye, in Comparative Genomics: Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 331-342.
PUB
 
[193]
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols, Springer Verlag, New York, 2018.
PUB
 
[192]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
S. Jaenicke, S. Albaum, P. Blumenkamp, B. Linke, J. Stoye, and A. Goesmann, “Flexible metagenome analysis using the MGX framework”, Microbiome, 2018, 6, : 76.
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[191]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
S. Jünemann, N. Kleinbölting, S. Jaenicke, C. Henke, J. Hassa, J. Nelkner, Y. Stolze, S. Albaum, A. Schlüter, A. Goesmann, et al., “Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research”, Journal of Biotechnology, 2017, 261, 10-23.
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[190]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
D. Rubert, G. L. Medeiros, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (Eds.: J. Meidanis, L. Nakhleh), Springer Verlag, Cham, 2017, p. 76-100.
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[189]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time”, Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, : 3.
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[188]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of CPM 2017, 2017, p. 19:1-19:9.
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[187]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, “Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings”, arXiv: 1702.01280, 2017.
PUB
 
[186]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, in Proceedings of RECOMB 2017, 2017, p. 50-65.
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[185]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, in Proceedings of RECOMB-CG 2017, Springer Verlag, Berlin, 2017, p. 197-212.
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[184]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
D. Dörr, L. A. B. Kowada, F. E. Soares de Araujo, S. Deshpande, S. Dantas, B. M. E. Moret, and J. Stoye, “New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies”, Journal of Computational Biology, 2017, 24, 616-634.
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[183]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
S. Winter, K. Jahn, S. Wehner, L. Kuchenbecker, M. Marz, J. Stoye, and S. Böcker, “Finding approximate gene clusters with GECKO 3”, Nucleic Acids Research, 2016, 44, 9600-9610.
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[182]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (Eds.: M. Frith, C.N. Storm Pedersen), Springer, Cham, 2016, p. 293-306.
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[181]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, “Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage”, Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11, : 3.
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[180]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
L. A. B. Kowada, D. Doerr, S. Dantas, and J. Stoye, in Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016 (Ed.: M. Singh), Springer, 2016, p. 204-224.
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[179]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
L. Krause, K. Nones, K. A. Loffler, D. Nancarrow, H. Oey, Y. H. Tang, N. J. Wayte, A. M. Patch, K. Patel, S. Brosda, et al., “Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma”, Carcinogenesis, 2016, 37, 356-365.
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[178]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “Sorting linear genomes with rearrangements and indels”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2015, 12, 500-506.
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[177]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
F. H. Viduani Martinez, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “On the family-free DCJ distance and similarity”, Algorithms for Molecular Biology, 2015, 10, : 13.
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[176]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, in Proceedings of WABI 2015, 2015, p. 217-230.
PUB
 
[175]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
“Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics”, BMC Bioinformatics, 2015, 16.
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[174]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
“Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics”, BMC Genomics, 2015, 16.
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[173]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
F. H. Viduani Martinez, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014 (Eds.: D. Brown, B. Morgenstern), Springer Verlag, Berlin ; Heidelberg, 2014, p. 174-186.
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[172]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
D. Dörr, J. Stoye, S. Böcker, and K. Jahn, “Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings”, BMC Genomics, 2014, 15, S2.
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[171]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
M. Lechner, M. Hernandez-Rosales, D. Dörr, N. Wieseke, A. Thévenin, J. Stoye, R. K. Hartmann, S. J. Prohaska, and P. F. Stadler, “Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets”, PLoS ONE, 2014, 9, e105015.
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[170]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
S. Jünemann, K. Prior, A. Albersmeier, S. Albaum, J. Kalinowski, A. Goesmann, J. Stoye, and D. Harmsen, “GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers”, PLOS ONE, 2014, 9, e107014.
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[169]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
R. Hilker, K. B. Stadermann, D. Doppmeier, J. Kalinowski, J. Stoye, J. Straube, J. Winnebald, and A. Goesmann, “ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences”, Bioinformatics, 2014, 30, 2247-2254.
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[168]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
P. Schwientek, A. Neshat, J. Kalinowski, A. Klein, C. Rückert, S. Schneiker-Bekel, S. Wendler, J. Stoye, and A. Pühler, “Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts”, Journal of Biotechnology, 2014, 190, 85-95.
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[167]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
T. Jakobi, K. Brinkrolf, A. Tauch, T. Noll, J. Stoye, A. Pühler, and A. Goesmann, “Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing”, Journal of Biotechnology, 2014, 190, 64-75.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[166]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, in Proc. of BSB 2014 (Ed.: C. Sérgio), Springer Verlag, 2014, p. 135-143.
PUB | DOI
 
[165]
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
J. Stoye, in Encyclopedia of Algorithms (Ed.: M.-Y. Kao), Springer Verlag, 2014.
PUB | DOI
 
[164]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
E. Fredrich, C. Ander, J. Stoye, I. Brune, and A. Tauch, “Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle”, BIOspektrum, 2014, 20, 294-296.
PUB | DOI
 
[163]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
N. Hoffmann, M. Wilhelm, A. Doebbe, K. Niehaus, and J. Stoye, “BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry”, Bioinformatics, 2014, 30, 988-995.
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[162]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
B. Henrich, M. Rumming, A. Sczyrba, E. Velleuer, R. Dietrich, W. Gerlach, M. Gombert, S. Rahn, J. Stoye, A. Borkhardt, et al., “Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma”, PLoS ONE, 2014, 9, e92297.
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[161]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, in Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013 (Eds.: J.C. Setubal, N.F. Almeida), Springer Verlag, Cham, 2013, p. 36-46.
PUB | DOI
 
[160]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
E. Willing, S. Zaccaria, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “On the Inversion-Indel Distance”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, : S3.
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[159]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
M. Dias Vieira Braga, C. Chauve, D. Dörr, K. Jahn, J. Stoye, A. Thévenin, and R. Wittler, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, 2013, p. 287-307.
PUB | DOI
 
[158]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
C. Ander, O. B. Schulz-Trieglaff, J. Stoye, and A. J. Cox, “metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, S2.
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[157]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
S. Jünemann, F. J. Sedlazeck, K. Prior, A. Albersmeier, U. John, J. Kalinowski, A. Mellmann, A. Goesmann, A. von Haeseler, J. Stoye, et al., “Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison”, Nature biotechnology, 2013, 31, 1148.
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[156]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
A. Bergeron, and J. Stoye, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, 2013, p. 63-81.
PUB | DOI
 
[155]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
P. Krell, S. Reuther, U. Fischer, T. Keller, S. Weber, M. Gombert, F. R. Schuster, C. Asang, P. Stepensky, B. Strahm, et al., “Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis”, Haematologica, 2013, 98, 1388-1396.
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[154]
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
W. Gerlach, and J. Stoye, in Encyclopedia of Metagenomics (Ed.: K.E. Nelson), Springer Verlag, 2013.
PUB | DOI
 
[153]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
S. Jünemann, F. J. Sedlazeck, K. Prior, A. Albersmeier, U. John, J. Kalinowski, A. Mellmann, A. Goesmann, A. von Haeseler, J. Stoye, et al., “Updating benchtop sequencing performance comparison”, Nature Biotechnology, 2013, 31, 294-296.
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[152]
2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
“Algorithms in Bioinformatics”, Lecture Notes in Bioinformatics, 2013, 8126.
PUB | DOI
 
[151]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
K. Jahn, S. Winter, J. Stoye, and S. Böcker, “Statistics for approximate gene clusters”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, S14.
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[150]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
P. Schwientek, S. Wendler, A. Neshat, C. Eirich, C. Rückert, A. Klein, U. F. Wehmeier, J. Kalinowski, J. Stoye, and A. Pühler, “Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media”, Journal of Biotechnology, 2013, 167, 166-177.
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[149]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
M. Zakrzewski, T. Bekel, C. Ander, A. Pühler, O. Rupp, J. Stoye, A. Schlüter, and A. Goesmann, “MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets”, Journal of Biotechnology, 2013, 167, 156-165.
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[148]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
D. Dörr, A. Thévenin, and J. Stoye, “Gene family assignment-free comparative genomics”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, S3.
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[147]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
N. Hoffmann, M. Keck, H. Neuweger, M. Wilhelm, P. Högy, K. Niehaus, and J. Stoye, “Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, 21.
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[146]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
K. Jahn, H. Sudek, and J. Stoye, “Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, S7.
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[145]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
P. Schwientek, R. Szczepanowski, C. Rückert, J. Kalinowski, A. Klein, K. Selber, U. F. Wehmeier, J. Stoye, and A. Pühler, “The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110”, BMC Genomics, 2012, 13, : 112.
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[144]
2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
“Combinatorial Pattern Matching”, Lecture Notes in Computer Science, 2012, 7354.
PUB | DOI
 
[143]
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
N. Hoffmann, and J. Stoye, in Metabolomics (Ed.: U. Roessner), Intech, 2012, p. 73-98.
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[142]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
R. Hilker, C. Sickinger, C. N. S. Pedersen, and J. Stoye, “UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ”, Bioinformatics, 2012, 28, 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[141]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
S. Jünemann, K. Prior, R. Szczepanowski, I. Harks, B. Ehmke, A. Goesmann, J. Stoye, and D. Harmsen, “Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing”, PLoS ONE, 2012, 7, e41606.
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[140]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
M. Dias Vieira Braga, R. Machado, L. C. Ribeiro, and J. Stoye, “On the weight of indels in genomic distances”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, : S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[139]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
M. Dias Vieira Braga, R. Machado, L. C. Ribeiro, and J. Stoye, “Genomic distance under gene substitutions”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, : S8.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[138]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
M. Dias Vieira Braga, E. Willing, and J. Stoye, “Double Cut and Join with Insertions and Deletions”, Journal of Computational Biology, 2011, 18, 1167-1184.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[137]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
J. Kovac, R. Warren, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation”, Journal of Computational Biology, 2011, 18, 1231-1241.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[136]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
P. Schwientek, R. Szczepanowski, C. Rückert, J. Stoye, and A. Pühler, “Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology”, Journal of Biotechnology, 2011, 155, 68-77.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[135]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
J. Blom, T. Jakobi, D. Doppmeier, S. Jaenicke, J. Kalinowski, J. Stoye, and A. Goesmann, “Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming”, Bioinformatics, 2011, 27, 1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918550
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
A. Bergeron, J. Mixtacki, and J. Stoye, in Proc. of CPM 2004, Springer-Verlag Berlin, 2004, p. 388-399.
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2003 | Report | PUB-ID: 1970475
K. - B. Schürmann, and J. Stoye, Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Bielefeld, 2003.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
S. Heber, and J. Stoye, “The European Conference on Computational Biology”, Drug Discovery Today, 2003, 8, 113-114.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
R. Giegerich, and J. Stoye, “Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik”, Forschung an der Universität Bielefeld, 2003, 26, 63-68.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005
C. Bannert, and J. Stoye, in Proc. of GCB 2003, 2003, p. 21-25.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
R. Giegerich, S. Kurtz, and J. Stoye, “Efficient implementation of lazy suffix trees”, SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 2003, 33, 1035-1049.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
M. Sammeth, B. Morgenstern, and J. Stoye, “Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints”, BIOINFORMATICS, 2003, 19, ii189-ii195.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
A. Bergeron, and J. Stoye, in Proc. of COCOON 2003, 2003, p. 68-79.
PUB | DOI | WoS
 
[47]
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
M. Sammeth, J. Rothgänger, W. Esser, J. Albert, J. Stoye, and D. Harmsen, “QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis”, BIOINFORMATICS, 2003, 19, 1592-1593.
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2003 | Report | PUB-ID: 1970477
A. Bergeron, and J. Stoye, On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison, Technische Fakultät Der Universität Bielefeld, Bielefeld, 2003.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
J. Stoye, in Lecture Notes in Informatics (Eds.: S. Schubert, B. Reusch, N. Jesse), 2002, p. 67-67.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
M. Cieliebak, Z. Lipták, E. Welzl, T. Erlebach, and J. Stoye, in Proc. of IFIP TCS 2002, 2002, p. 143-156.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
R. Spang, M. Rehmsmeier, and J. Stoye, “A novel approach to remote homology detection: jumping alignments”, Journal of Computational Biology, 2002, 9, 747-760.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
J. Stoye, and D. Gusfield, “Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree”, Theoretical Computer Science, 2002, 270, 843-856.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
A. Bergeron, S. Heber, and J. Stoye, “Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity”, Bioinformatics, 2002, 18, S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
S. Heber, J. Stoye, M. Frohme, J. Hoheisel, and M. Vingron, in Proc. of GfKl 2000, 2002, p. 437-444.
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2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
S. Kurtz, J. V. Choudhuri, E. Ohlebusch, C. Schleiermacher, J. Stoye, and R. Giegerich, “REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale”, Nucleic Acids Research, 2001, 29, 4633-4642.
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
S. Heber, and J. Stoye, in Proc. of CPM 2001, 2001, p. 207-218.
PUB | DOI
 
[37]
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
S. Heber, and J. Stoye, in Proc. of WABI 2001, Sppringer, Berlin, 2001, p. 252-263.
PUB | DOI
 
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2001 | Report | PUB-ID: 1970479
M. Cieliebak, T. Erlebach, Z. Lipták, J. Stoye, and E. Welzl, Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings, ETH Zürich, Dept. of Computer Science, 2001.
PUB
 
[35]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
S. Heber, J. Stoye, J. Hoheisel, and M. Vingron, in Proc. of RECOMB 2000, 2000, p. 155-164.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[34]
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
G. S. Brodal, R. B. Lyngsø, C. N. S. Pedersen, and J. Stoye, in Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms) (Eds.: M. Crochemore, L. Gąsieniec), 2000, p. 77-104.
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
A. Krause, J. Stoye, and M. Vingron, “The SYSTERS protein sequence cluster set”, Nucleic Acids Research, 2000, 28, 270-272.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[32]
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
S. Heber, J. Stoye, M. Frohme, J. Hoheisel, and M. Vingron, “Contig selection in physical mapping”, Journal of Computational Biology, 2000, 7, 395-408.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[31]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
R. Spang, M. Rehmsmeier, and J. Stoye, in Proc. of ISMB 2000, 2000, p. 367-375.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[30]
2000 | Report | PUB-ID: 1970490
J. Stoye, Affix Trees, Technische Fakultät der Universität Bielefeld, 2000.
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341
K. Reinert, J. Stoye, and T. Will, “An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment”, Bioinformatics, 2000, 16, 808-814.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
S. Kurtz, E. Ohlebusch, C. Schleiermacher, J. Stoye, and R. Giegerich, in Proc. of ISMB 2000, 2000, p. 228-238.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
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2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000, Logos Verlag, Berlin, 2000.
PUB
 
[26]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
R. Giegerich, S. Kurtz, and J. Stoye, in Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings, 1999, p. 30-42.
PUB | DOI | WoS
 
[25]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978
K. Reinert, T. Will, and J. Stoye, in Proc. of GCB 1999, 1999, p. 17-24.
PUB | Download (ext.)
 
[24]
1999 | Report | PUB-ID: 1970495
B. Morgenstern, J. Stoye, and A. Dress, Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1999.
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1999 | Report | PUB-ID: 1970509
G. S. Brodal, R. B. Lyngsø, C. N. S. Pedersen, and J. Stoye, Finding Maximal Pairs with Bounded Gap, BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus, 1999.
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[22]
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
G. S. Brodal, R. B. Lyngsø, C. N. S. Pedersen, and J. Stoye, in Proc. of CPM 1999, 1999, p. 134-149.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102
A. Dress, B. Morgenstern, and J. Stoye, “The Number of Standard and of Effective Multiple Alignments”, Appl. Math. Lett., 1998, 11, 43-49.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538
M. Hildebrand, and J. Stoye, “Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von Beispielen”, Der Mathematikunterricht, 1998, 44, 34-53.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
J. Stoye, “Multiple sequence alignment with the Divide-and-Conquer method.”, Gene, 1998, 211, GC45-GC56.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625402
J. Stoye, D. Evers, and F. Meyer, “Rose: generating sequence families”, BIOINFORMATICS, 1998, 14, 157-163.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970515
J. Stoye, and D. Gusfield, Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree, Department of Computer Science, University of California, Davis, 1998.
PUB
 
[16]
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
J. Stoye, and D. Gusfield, in Proc. of CPM 1998, 1998, p. 140-152.
PUB | DOI
 
[15]
1998 | Report | PUB-ID: 1970513
D. Gusfield, and J. Stoye, Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String, Department of Computer Science, University of California, Davis, 1998.
PUB
 
[14]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107
J. Stoye, V. Moulton, and A. Dress, “DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignment”, CABIOS, 1997, 13, 625-626.
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[13]
1997 | Report | PUB-ID: 1970526
S. W. Perrey, J. Stoye, V. Moulton, and A. Dress, On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1997.
PUB
 
[12]
1997 | Report | PUB-ID: 1970517
J. Stoye, D. Evers, and F. Meyer, Rose: Generating Sequence Families, Technische Fakultät der Universität Bielefeld, 1997.
PUB
 
[11]
1997 | Report | PUB-ID: 1970529
G. Brinkmann, A. Dress, S. W. Perrey, and J. Stoye, Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular Sciences, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1997.
PUB
 
[10]
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885
J. Stoye, D. Evers, and F. Meyer, in Proc. of ISMB 1997, 1997, p. 303-306.
PUB | PubMed | Europe PMC
 
[9]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
J. Stoye, S. W. Perrey, and A. Dress, “Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignment”, Applied mathematics letters, 1997, 10, 67-73.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[8]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358
G. Brinkmann, A. Dress, S. W. Perrey, and J. Stoye, “Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciences”, Mathematical programming, 1997, 79, 71-97.
PUB | DOI | WoS
 
[7]
1997 | Report | PUB-ID: 1970523
A. Dress, B. Morgenstern, and J. Stoye, On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1997.
PUB
 
[6]
1997 | Report | PUB-ID: 1970520
S. W. Perrey, J. Stoye, and V. Moulton, FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1997.
PUB
 
[5]
1997 | Report | PUB-ID: 1970532
J. Stoye, Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment, Technische Fakultät der Universität Bielefeld, 1997.
PUB
 
[4]
1996 | Report | PUB-ID: 1970533
S. W. Perrey, and J. Stoye, Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment, Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand, 1996.
PUB
 
[3]
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351
U. Tönges, S. W. Perrey, J. Stoye, and A. Dress, “A general method for fast multiple sequence alignment”, Gene, 1996, 172, GC33-GC41.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
1996 | Report | PUB-ID: 1970535
J. Stoye, A. Dress, and S. W. Perrey, Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1996.
PUB
 
[1]
1996 | Report | PUB-ID: 1970537
U. Tönges, S. W. Perrey, J. Stoye, and A. Dress, A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1996.
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[205]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
D. Rubert, F. H. V. Martinez, J. Stoye, and D. Dörr, “Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants”, BMC Genomics, In Press.
PUB
 
[204]
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
J. Alanko, H. Bannai, B. Cazaux, P. Peterlongo, and J. Stoye, in Proceedings of WABI 2019, Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum Für Informatik , Dagstuhl, 2019, p. 8:1-8:9.
PUB | DOI
 
[203]
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Computational Methods for Microbiome Analysis, Frontiers Media, Lausanne, 2019.
PUB | Download (ext.)
 
[202]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
D. Dörr, and J. Stoye, in Bioinformatics and Phylogenetics (Ed.: T. Warnow), Springer , Cham, 2019, p. 361-372.
PUB | DOI
 
[201]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
H. Oey, M. Zakrzewski, K. Gravermann, N. D. Young, P. K. Korhonen, G. N. Gobert, S. Nawaratna, S. Hasan, D. M. Martínez, H. You, et al., “Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium”, PLOS Pathogens, 2019, 15, : e1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[200]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, “GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data”, BMC Genomics, 2018, 19, : 308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
D. Rubert, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Computing the family-free DCJ similarity”, BMC Bioinformatics, 2018, 19, : 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, “Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, 15, 2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[197]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
L. Cunha, Y. Diekmann, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of BSB 2018, Springer Verlag, 2018, p. 26-37.
PUB | DOI
 
[196]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, “Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression”, JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2018, 25, 825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[195]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
T. Zekic, G. Holley, and J. Stoye, in Comparative Genomics. Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 29-53.
PUB
 
[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
D. Dörr, P. Feijão, and J. Stoye, in Comparative Genomics: Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 331-342.
PUB
 
[193]
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols, Springer Verlag, New York, 2018.
PUB
 
[192]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
S. Jaenicke, S. Albaum, P. Blumenkamp, B. Linke, J. Stoye, and A. Goesmann, “Flexible metagenome analysis using the MGX framework”, Microbiome, 2018, 6, : 76.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[191]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
S. Jünemann, N. Kleinbölting, S. Jaenicke, C. Henke, J. Hassa, J. Nelkner, Y. Stolze, S. Albaum, A. Schlüter, A. Goesmann, et al., “Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research”, Journal of Biotechnology, 2017, 261, 10-23.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[190]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
D. Rubert, G. L. Medeiros, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (Eds.: J. Meidanis, L. Nakhleh), Springer Verlag, Cham, 2017, p. 76-100.
PUB | DOI
 
[189]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time”, Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, : 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[188]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of CPM 2017, 2017, p. 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
[187]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, “Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings”, arXiv: 1702.01280, 2017.
PUB
 
[186]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, in Proceedings of RECOMB 2017, 2017, p. 50-65.
PUB | DOI
 
[185]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, in Proceedings of RECOMB-CG 2017, Springer Verlag, Berlin, 2017, p. 197-212.
PUB | DOI
 
[184]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
D. Dörr, L. A. B. Kowada, F. E. Soares de Araujo, S. Deshpande, S. Dantas, B. M. E. Moret, and J. Stoye, “New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies”, Journal of Computational Biology, 2017, 24, 616-634.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[183]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
S. Winter, K. Jahn, S. Wehner, L. Kuchenbecker, M. Marz, J. Stoye, and S. Böcker, “Finding approximate gene clusters with GECKO 3”, Nucleic Acids Research, 2016, 44, 9600-9610.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[182]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (Eds.: M. Frith, C.N. Storm Pedersen), Springer, Cham, 2016, p. 293-306.
PUB | DOI
 
[181]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, “Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage”, Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11, : 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[180]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
L. A. B. Kowada, D. Doerr, S. Dantas, and J. Stoye, in Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016 (Ed.: M. Singh), Springer, 2016, p. 204-224.
PUB | DOI
 
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
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R. Hilker, K. B. Stadermann, D. Doppmeier, J. Kalinowski, J. Stoye, J. Straube, J. Winnebald, and A. Goesmann, “ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences”, Bioinformatics, 2014, 30, 2247-2254.
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B. Henrich, M. Rumming, A. Sczyrba, E. Velleuer, R. Dietrich, W. Gerlach, M. Gombert, S. Rahn, J. Stoye, A. Borkhardt, et al., “Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma”, PLoS ONE, 2014, 9, e92297.
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E. Willing, S. Zaccaria, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “On the Inversion-Indel Distance”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, : S3.
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M. Dias Vieira Braga, C. Chauve, D. Dörr, K. Jahn, J. Stoye, A. Thévenin, and R. Wittler, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, 2013, p. 287-307.
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C. Ander, O. B. Schulz-Trieglaff, J. Stoye, and A. J. Cox, “metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences”, BMC Bioinformatics, 2013, 14, S2.
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S. Jünemann, F. J. Sedlazeck, K. Prior, A. Albersmeier, U. John, J. Kalinowski, A. Mellmann, A. Goesmann, A. von Haeseler, J. Stoye, et al., “Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison”, Nature biotechnology, 2013, 31, 1148.
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A. Bergeron, and J. Stoye, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, 2013, p. 63-81.
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P. Krell, S. Reuther, U. Fischer, T. Keller, S. Weber, M. Gombert, F. R. Schuster, C. Asang, P. Stepensky, B. Strahm, et al., “Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis”, Haematologica, 2013, 98, 1388-1396.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
S. Jünemann, F. J. Sedlazeck, K. Prior, A. Albersmeier, U. John, J. Kalinowski, A. Mellmann, A. Goesmann, A. von Haeseler, J. Stoye, et al., “Updating benchtop sequencing performance comparison”, Nature Biotechnology, 2013, 31, 294-296.
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P. Schwientek, S. Wendler, A. Neshat, C. Eirich, C. Rückert, A. Klein, U. F. Wehmeier, J. Kalinowski, J. Stoye, and A. Pühler, “Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media”, Journal of Biotechnology, 2013, 167, 166-177.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
M. Zakrzewski, T. Bekel, C. Ander, A. Pühler, O. Rupp, J. Stoye, A. Schlüter, and A. Goesmann, “MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets”, Journal of Biotechnology, 2013, 167, 156-165.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
P. Schwientek, R. Szczepanowski, C. Rückert, J. Kalinowski, A. Klein, K. Selber, U. F. Wehmeier, J. Stoye, and A. Pühler, “The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110”, BMC Genomics, 2012, 13, : 112.
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N. Hoffmann, and J. Stoye, in Metabolomics (Ed.: U. Roessner), Intech, 2012, p. 73-98.
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S. Jünemann, K. Prior, R. Szczepanowski, I. Harks, B. Ehmke, A. Goesmann, J. Stoye, and D. Harmsen, “Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing”, PLoS ONE, 2012, 7, e41606.
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A. Bergeron, J. Mixtacki, and J. Stoye, in Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies (Eds.: A. Apostolico, A. Dress, L. Parida), Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum Für Informatik, Dagstuhl, 2010, p. 18.
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S. Besenbacher, B. Schwikowski, and J. Stoye, in Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday (Eds.: T. Elomaa, H. Mannila, P. Orponen), 2010, p. 62-76.
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E. Trost, L. Ott, J. Schneider, J. Schröder, S. Jaenicke, A. Goesmann, P. Husemann, J. Stoye, F. Alves Dorella, F. Souza Rocha, et al., “The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence”, BMC Genomics, 2010, 11, : 728.
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978
K. Reinert, T. Will, and J. Stoye, in Proc. of GCB 1999, 1999, p. 17-24.
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1999 | Report | PUB-ID: 1970509
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
G. S. Brodal, R. B. Lyngsø, C. N. S. Pedersen, and J. Stoye, in Proc. of CPM 1999, 1999, p. 134-149.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625402
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J. Stoye, and D. Gusfield, in Proc. of CPM 1998, 1998, p. 140-152.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970513
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107
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S. W. Perrey, J. Stoye, V. Moulton, and A. Dress, On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1997.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970517
J. Stoye, D. Evers, and F. Meyer, Rose: Generating Sequence Families, Technische Fakultät der Universität Bielefeld, 1997.
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1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885
J. Stoye, D. Evers, and F. Meyer, in Proc. of ISMB 1997, 1997, p. 303-306.
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
J. Stoye, S. W. Perrey, and A. Dress, “Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignment”, Applied mathematics letters, 1997, 10, 67-73.
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1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358
G. Brinkmann, A. Dress, S. W. Perrey, and J. Stoye, “Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciences”, Mathematical programming, 1997, 79, 71-97.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970523
A. Dress, B. Morgenstern, and J. Stoye, On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1997.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970520
S. W. Perrey, J. Stoye, and V. Moulton, FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1997.
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1997 | Report | PUB-ID: 1970532
J. Stoye, Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment, Technische Fakultät der Universität Bielefeld, 1997.
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1996 | Report | PUB-ID: 1970533
S. W. Perrey, and J. Stoye, Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment, Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand, 1996.
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1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351
U. Tönges, S. W. Perrey, J. Stoye, and A. Dress, “A general method for fast multiple sequence alignment”, Gene, 1996, 172, GC33-GC41.
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1996 | Report | PUB-ID: 1970535
J. Stoye, A. Dress, and S. W. Perrey, Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1996.
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1996 | Report | PUB-ID: 1970537
U. Tönges, S. W. Perrey, J. Stoye, and A. Dress, A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment, Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld, 1996.
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