205 Publikationen

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[205]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Rubert, D., Martinez, F.H.V., Stoye, J. & Dörr, D. (In Press). Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC Genomics. BioMed Central.
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[204]
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Alanko, J., Bannai, H., Cazaux, B., Peterlongo, P. & Stoye, J. (2019). Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time (Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs). Proceedings of WABI 2019 (S. 8:1-8:9). Gehalten auf der WABI 2019, Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik . doi:10.4230/LIPICS.WABI.2019.8.
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[203]
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Computational Methods for Microbiome Analysis (Frontiers Research Topics). (2019). Computational Methods for Microbiome Analysis (Frontiers Research Topics). (J.C. Setubal, J. Stoye & B.E. Dutilh, Hrsg.). Lausanne: Frontiers Media.
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[202]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D. & Stoye, J. (2019). A Perspective on Comparative and Functional Genomics (Computational Biology). In T. Warnow (Hrsg.), Bioinformatics and Phylogenetics (S. 361-372). Cham: Springer . doi:10.1007/978-3-030-10837-3_14.
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[201]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey, H., Zakrzewski, M., Gravermann, K., Young, N.D., Korhonen, P.K., Gobert, G.N., Nawaratna, S., Hasan, S., Martínez, D.M., You, H., Lavin, M., Jones, M., Ragan, M.A., Stoye, J., Oleaga, A., Emery, A.M., Webster, B., Rollinson, D., Gasser, R.B., McManus, D.P. & Krause, L. (2019). Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium. PLOS Pathogens, 15(1): e1007513. Public Library of Science. doi:10.1371/journal.ppat.1007513.
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[200]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2018). GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics, 19(Suppl. 5): 308. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-018-4622-0.
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[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2018). Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics, 19(Suppl. 6): 152. BioMed Central. doi:10.1186/s12859-018-2130-5.
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[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann, N., Chauve, C., Stoye, J. & Wittler, R. (2018). Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 15(6), 2094-2100. IEEE. doi:10.1109/TCBB.2018.2816034.
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[197]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha, L., Diekmann, Y., Kowada, L. & Stoye, J. (2018). Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks (LNBI). Proceedings of BSB 2018 (S. 26-37). Gehalten auf der BSB 2018. 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-030-01722-4_3.
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[196]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2018). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 25(7), 825-836. Gehalten auf der 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Mary Ann Liebert, Inc. doi:10.1089/cmb.2018.0068.
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[195]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic, T., Holley, G. & Stoye, J. (2018). Pan-genome Storage and Analysis Techniques (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics. Methods and Protocols (S. 29-53). New York: Springer Verlag.
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[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr, D., Feijão, P. & Stoye, J. (2018). Family-Free Genome Comparison (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics: Methods and Protocols (S. 331-342). New York: Springer Verlag.
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[193]
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (2018). Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye, Hrsg.). New York: Springer Verlag.
PUB
 
[192]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S., Albaum, S., Blumenkamp, P., Linke, B., Stoye, J. & Goesmann, A. (2018). Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome, 6: 76. doi:10.1186/s40168-018-0460-1.
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[191]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S., Kleinbölting, N., Jaenicke, S., Henke, C., Hassa, J., Nelkner, J., Stolze, Y., Albaum, S., Schlüter, A., Goesmann, A., Sczyrba, A. & Stoye, J. (2017). Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology, 261(SI), 10-23. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.08.012.
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[190]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D., Medeiros, G.L., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ (Lecture Notes in Bioinformatics). In J. Meidanis & L. Nakhleh (Hrsg.), Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (S. 76-100). Gehalten auf der 15th International Workshop, RECOMB CG 2017, Cham: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_5.
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[189]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology, 12: 3. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-017-0095-y.
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[188]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings (LIPIcs). Proceedings of CPM 2017 (S. 19:1-19:9). Gehalten auf der CPM 2017. doi:10.4230/LIPIcs.CPM.2017.19.
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[187]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280.
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[186]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2017). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB 2017 (S. 50-65). Gehalten auf der RECOMB 2017. doi:10.1007/978-3-319-56970-3_4.
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[185]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2017). Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB-CG 2017 (S. 197-212). Gehalten auf der RECOMB-CG 2017, Berlin: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_11.
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[184]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D., Kowada, L.A.B., Soares de Araujo, F.E., Deshpande, S., Dantas, S., Moret, B.M.E. & Stoye, J. (2017). New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology, 24(6), 616-634. doi:10.1089/cmb.2017.0065.
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[183]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S., Jahn, K., Wehner, S., Kuchenbecker, L., Marz, M., Stoye, J. & Böcker, S. (2016). Finding approximate gene clusters with GECKO 3. Nucleic Acids Research, 44(20), 9600-9610. doi:10.1093/nar/gkw843.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[182]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2016). A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates (Lecture Notes in Bioinformatics). In M. Frith & C.N. Storm Pedersen (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (S. 293-306). Gehalten auf der 16th International Workshop, WABI 2016, Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-319-43681-4_24.
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[181]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley, G., Wittler, R. & Stoye, J. (2016). Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology, 11: 3. BioMedCentral. doi:10.1186/s13015-016-0066-8.
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[180]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
Kowada, L.A.B., Doerr, D., Dantas, S. & Stoye, J. (2016). New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies (Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI). In M. Singh (Hrsg.), Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016 (S. 204-224). Gehalten auf der 20th Annual Conference, RECOMB 2016 April 17-21, 2016, Springer. doi:10.1007/978-3-319-31957-5_15.
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[179]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
Krause, L., Nones, K., Loffler, K.A., Nancarrow, D., Oey, H., Tang, Y.H., Wayte, N.J., Patch, A.M., Patel, K., Brosda, S., Manning, S., Lampe, G., Clouston, A., Thomas, J., Stoye, J., Hussey, D.J., Watson, D.I., Lord, R.V., Phillips, W.A., Gotley, D., Smithers, B.M., Whiteman, D.C., Hayward, N.K., Grimmond, S.M., Waddell, N. & Barbour, A.P. (2016). Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma. Carcinogenesis, 37(4), 356-365. Oxford Univ Press. doi:10.1093/carcin/bgw018.
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[178]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2015). Sorting linear genomes with rearrangements and indels. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 12(3), 500-506. doi:10.1109/TCBB.2014.2329297.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[177]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
Viduani Martinez, F.H., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2015). On the family-free DCJ distance and similarity. Algorithms for Molecular Biology, 10: 13. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/s13015-015-0041-9.
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[176]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley, G., Wittler, R. & Stoye, J. (2015). Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage (LNBI). Proceedings of WABI 2015 (S. 217-230).
PUB
 
[175]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics (BMC Bioinformatics). (2015). Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics (BMC Bioinformatics). (J. Meidanis & J. Stoye, Hrsg.), 16(Supplement 14). Gehalten auf der RECOMB-CG 2015, BMC.
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[174]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics (BMC Genomics). (2015). Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics (BMC Genomics). (J. Meidanis & J. Stoye, Hrsg.), 16(Supplement 10). Gehalten auf der RECOMB-CG 2015, BMC.
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[173]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
Viduani Martinez, F.H., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2014). On the family-free DCJ distance (Lecture Notes in Bioinformatics). In D. Brown & B. Morgenstern (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014 (S. 174-186). Gehalten auf der 14th International Workshop, WABI 2014, Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-662-44753-6_14.
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[172]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Dörr, D., Stoye, J., Böcker, S. & Jahn, K. (2014). Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings. BMC Genomics, 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014), S2. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-15-S6-S2.
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[171]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Lechner, M., Hernandez-Rosales, M., Dörr, D., Wieseke, N., Thévenin, A., Stoye, J., Hartmann, R.K., Prohaska, S.J. & Stadler, P.F. (2014). Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets. PLoS ONE, 9(8), e105015. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0105015.
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[170]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann, S., Prior, K., Albersmeier, A., Albaum, S., Kalinowski, J., Goesmann, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2014). GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers. PLOS ONE, 9(9), e107014. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0107014.
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[169]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R., Stadermann, K.B., Doppmeier, D., Kalinowski, J., Stoye, J., Straube, J., Winnebald, J. & Goesmann, A. (2014). ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics, 30(16), 2247-2254. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btu205.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[168]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek, P., Neshat, A., Kalinowski, J., Klein, A., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Wendler, S., Stoye, J. & Pühler, A. (2014). Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts. Journal of Biotechnology, 190, 85-95. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.03.013.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[167]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann, N., Chauve, C., Stoye, J. & Wittler, R. (2014). Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework (LNBI). In C. Sérgio (Hrsg.), Proc. of BSB 2014 (S. 135-143). Gehalten auf der BSB 2014, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-12418-6_17.
PUB | DOI
 
[166]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi, T., Brinkrolf, K., Tauch, A., Noll, T., Stoye, J., Pühler, A. & Goesmann, A. (2014). Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing. Journal of Biotechnology, 190, 64-75. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.07.437.
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[165]
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Stoye, J. (2014). Suffix Tree Construction. In M.-Y. Kao (Hrsg.), Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-642-27848-8_414-2.
PUB | DOI
 
[164]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N., Wilhelm, M., Doebbe, A., Niehaus, K. & Stoye, J. (2014). BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics, 30(7), 988-995. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btt738.
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[163]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich, E., Ander, C., Stoye, J., Brune, I. & Tauch, A. (2014). Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle. BIOspektrum, 20(5), 294-296. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s12268-014-0468-4.
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[162]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B., Rumming, M., Sczyrba, A., Velleuer, E., Dietrich, R., Gerlach, W., Gombert, M., Rahn, S., Stoye, J., Borkhardt, A. & Fischer, U. (2014). Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma. PLoS ONE, 9(3), e92297. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0092297.
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[161]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2013). Restricted DCJ-Indel Model Revisited (Lecture Notes in Bioinformatics). In J.C. Setubal & N.F. Almeida (Hrsg.), Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013 (S. 36-46). Gehalten auf der 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2013, Cham: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-02624-4_4.
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[160]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
Willing, E., Zaccaria, S., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2013). On the Inversion-Indel Distance. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S3. Springer Nature. doi:10.1186/1471-2105-14-S15-S3.
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[159]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga, M., Chauve, C., Dörr, D., Jahn, K., Stoye, J., Thévenin, A. & Wittler, R. (2013). The Potential of Family-Free Genome Comparison (Computational Biology Series). In C. Chauve, N. El-Mabrouk & E. Tannier (Hrsg.), Models and Algorithms for Genome Evolution (S. 287-307). Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4471-5298-9_13.
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[158]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C., Schulz-Trieglaff, O.B., Stoye, J. & Cox, A.J. (2013). metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013), S2. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-14-S5-S2.
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[157]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2013). Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology, 31(12), 1148. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt1213-1148e.
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[156]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron, A. & Stoye, J. (2013). The Genesis of the DCJ Formula (Computational Biology Series). In C. Chauve, N. El-Mabrouk & E. Tannier (Hrsg.), Models and Algorithms for Genome Evolution (S. 63-81). Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4471-5298-9_5.
PUB | DOI
 
[155]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell, P., Reuther, S., Fischer, U., Keller, T., Weber, S., Gombert, M., Schuster, F.R., Asang, C., Stepensky, P., Strahm, B., Meisel, R., Stoye, J. & Borkhardt, A. (2013). Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis. Haematologica, 98(9), 1388-1396. Ferrata Storti Foundation (Haematologica). doi:10.3324/haematol.2012.069708.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[154]
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach, W. & Stoye, J. (2013). Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In K.E. Nelson (Hrsg.), Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4614-6418-1_751-2.
PUB | DOI
 
[153]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2013). Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology, 31(4), 294-296. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt.2522.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K., Winter, S., Stoye, J. & Böcker, S. (2013). Statistics for approximate gene clusters. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013), S14. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-14-S15-S14.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P., Wendler, S., Neshat, A., Eirich, C., Rückert, C., Klein, A., Wehmeier, U.F., Kalinowski, J., Stoye, J. & Pühler, A. (2013). Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media. Journal of Biotechnology, 167(2), 166-177. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.10.019.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M., Bekel, T., Ander, C., Pühler, A., Rupp, O., Stoye, J., Schlüter, A. & Goesmann, A. (2013). MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets. Journal of Biotechnology, 167(2), 156-165. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.09.013.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D., Thévenin, A. & Stoye, J. (2012). Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics, 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012), S3. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S3.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N., Keck, M., Neuweger, H., Wilhelm, M., Högy, P., Niehaus, K. & Stoye, J. (2012). Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics, 13(1), 21. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-21.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn, K., Sudek, H. & Stoye, J. (2012). Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments. BMC Bioinformatics, 13(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012), S7. BioMed Central. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S7.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek, P., Szczepanowski, R., Rückert, C., Kalinowski, J., Klein, A., Selber, K., Wehmeier, U.F., Stoye, J. & Pühler, A. (2012). The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics, 13(1): 112. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-13-112.
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2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Combinatorial Pattern Matching (Lecture Notes in Computer Science). (2012). Combinatorial Pattern Matching (Lecture Notes in Computer Science). (J. Kärkkäinen & J. Stoye, Hrsg.), 7354. Gehalten auf der Combinatorial Pattern Matching, Heidelberg: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-642-31265-6.
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2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Hoffmann, N. & Stoye, J. (2012). Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In U. Roessner (Hrsg.), Metabolomics (S. 73-98). InTech. doi:10.5772/31224.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R., Sickinger, C., Pedersen, C.N.S. & Stoye, J. (2012). UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ. Bioinformatics, 28(19), 2509-2511. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/bts440.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S., Prior, K., Szczepanowski, R., Harks, I., Ehmke, B., Goesmann, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2012). Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing. PLoS ONE, 7(8), e41606. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0041606.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga, M., Machado, R., Ribeiro, L.C. & Stoye, J. (2011). On the weight of indels in genomic distances. BMC Bioinformatics, 12(Suppl 9: RECOMB-CG 2011): S13. Springer Nature. doi:10.1186/1471-2105-12-S9-S13.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Dias Vieira Braga, M., Machado, R., Ribeiro, L.C. & Stoye, J. (2011). Genomic distance under gene substitutions. BMC Bioinformatics, 12(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011): S8. Springer Nature. doi:10.1186/1471-2105-12-S9-S8.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
Dias Vieira Braga, M., Willing, E. & Stoye, J. (2011). Double Cut and Join with Insertions and Deletions. Journal of Computational Biology, 18(9), 1167-1184. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0118.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
Kovac, J., Warren, R., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2011). Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation. Journal of Computational Biology, 18(9), 1231-1241. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0116.
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[136]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
Schwientek, P., Szczepanowski, R., Rückert, C., Stoye, J. & Pühler, A. (2011). Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology. Journal of Biotechnology, 155(1), 68-77. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.04.010.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J., Jakobi, T., Doppmeier, D., Jaenicke, S., Kalinowski, J., Stoye, J. & Goesmann, A. (2011). Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming. Bioinformatics, 27(10), 1351-1358. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btr151.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918550
Heber, S., Mayr, R. & Stoye, J. (2011). Common Intervals of Multiple Permutations. Algorithmica, 60(2), 175-206. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00453-009-9332-1.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2298170
Gerlach, W. & Stoye, J. (2011). Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. Nucleic Acids Res, 39(14), e91. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gkr225.
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[132]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897974
Erdős, P.L., Soukup, L. & Stoye, J. (2011). Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance. Applied Mathematics Letters, 24(1), 82-86. Elsevier BV. doi:10.1016/j.aml.2010.08.021.
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[131]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
Wittler, R., Maňuch, J., Patterson, M. & Stoye, J. (2011). Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology, 18(9), 1023-1039. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0083.
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[130]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky, F., Kuchenbecker, L., Jahn, K., Stoye, J. & Böcker, S. (2011). Swiftly Computing Center Strings. BMC Bioinformatics, 12(1), 106. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-12-106.
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[129]
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907492
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2010). A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance Via the Double Cut and Join Distance (Dagstuhl Seminar Proceedings). In A. Apostolico, A. Dress & L. Parida (Hrsg.), Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany.
PUB | Download (ext.)
 
[128]
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2010). Computing the Genomic Distance in Linear Time. In A. Apostolico, A. Dress & L. Parida (Hrsg.), Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies (S. 18). Gehalten auf der Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies, Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893893
Husemann, P. & Stoye, J. (2010). Phylogenetic Comparative Assembly. Algorithms for Molecular Biology, 5(1), 3. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1748-7188-5-3.
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2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918836
Besenbacher, S., Schwikowski, B. & Stoye, J. (2010). Indexing and Searching a Mass Spectrometry Database (LNCS). In T. Elomaa, H. Mannila & P. Orponen (Hrsg.), Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday (S. 62-76). doi:10.1007/978-3-642-12476-1_4.
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2010 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966434
Erdős, P.L., Soukup, L. & Stoye, J. (2010). Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439
Trost, E., Ott, L., Schneider, J., Schröder, J., Jaenicke, S., Goesmann, A., Husemann, P., Stoye, J., Alves Dorella, F., Souza Rocha, F., de Castro Soares, S., D'Afonseca, V., Miyoshi, A., Ruiz, J., Silva, A., Azevedo, V., Burkovski, A., Guiso, N., Join-Lambert, O.F., Kayal, S. & Tauch, A. (2010). The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence. BMC Genomics, 11(1): 728. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-11-728.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795670
Wittkop, T., Emig, D., Lange, S.J., Rahmann, S., Albrecht, M., Morris, J.H., Böcker, S., Stoye, J. & Baumbach, J. (2010). Partitioning Biological Data with Transitivity Clustering. Nature Methods, 7(6), 419-420. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nmeth0610-419.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898012
Blin, G., Faye, D. & Stoye, J. (2010). Finding Nested Common Intervals Efficiently. Journal of Computational Biology, 17(9), 1183-1194. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2010.0089.
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217
Wittler, R. & Stoye, J. (2010). Consistency of Sequence-based Gene Clusters (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2010 (S. 252-263). Gehalten auf der Recomb-CG 2010, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-642-16181-0_21.
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893890
Husemann, P. & Stoye, J. (2010). Repeat-aware Comparative Genome Assembly (LNI). Proc. of GCB 2010 (S. 61-70). Gehalten auf der GCB 2010.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann, P. & Stoye, J. (2010). r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly. Bioinformatics, 26(4), 570-571. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp690.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897997
Bergeron, A., Medvedev, P. & Stoye, J. (2010). Rearrangement Models and Single-Cut Operations. Journal of Computational Biology, 17(9), 1213-1225. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2010.0091.
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919211
Hufsky, F., Kuchenbecker, L., Jahn, K., Stoye, J. & Böcker, S. (2010). Swiftly Computing Center Strings (LNBI). Proc. of WABI 2010 (S. 325-336). Gehalten auf der WABI 2010. doi:10.1007/978-3-642-15294-8_27.
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216
Kovac, J., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2010). The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2010 (S. 13-24). Gehalten auf der Recomb-CG 2010. doi:10.1007/978-3-642-16181-0_2.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025
Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2010). The Solution Space of Sorting by DCJ. Journal of Computational Biology, 17(9), 1145-1165. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2010.0109.
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215
Dias Vieira Braga, M., Willing, E. & Stoye, J. (2010). Genomic Distance with DCJ and Indels (LNBI). Proc. of WABI 2010 (S. 90-101). Gehalten auf der WABI 2010. doi:10.1007/978-3-642-15294-8_8.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589663
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2009). A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance via the Double Cut and Join Distance. Theoretical Computer Science, 410(51), 5300-5316. Elsevier BV. doi:10.1016/j.tcs.2009.09.008.
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Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2009). Counting All DCJ Sorting Scenarios (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2009 (S. 36-47). Gehalten auf der Recomb-CG 2009. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_4.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919207
Blin, G. & Stoye, J. (2009). Finding Nested Common Intervals Efficiently (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2009 (S. 59-69). Gehalten auf der Recomb-CG 2009. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_6.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898137
Jahn, K. & Stoye, J. (2009). Approximative Gencluster und ihre Anwendung in der komparativen Genomik. Informatik-Spektrum, 32(4), 288-300. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00287-009-0350-9.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893884
Husemann, P. & Stoye, J. (2009). Phylogenetic Comparative Assembly (LNBI). Proc. of WABI 2009 (S. 145-156). Gehalten auf der WABI 2009. doi:10.1007/978-3-642-04241-6_13.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach, W., Jünemann, S., Tille, F., Goesmann, A. & Stoye, J. (2009). WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics, 10(1), 430. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-430.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno, M., Medvedev, P., Stoye, J. & De La Vega, F.M. (2009). A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS, 25(21), 2863-2864. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp525.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898105
Böcker, S., Jahn, K., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2009). Computation of Median Gene Clusters. Journal of Computational Biology, 16(8), 1085-1099. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2009.0098.
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Hoffmann, N. & Stoye, J. (2009). ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics, 25(16), 2080-2081. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btp343.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919209
Medvedev, P. & Stoye, J. (2009). Rearrangement Models and Single-Cut Operations (Lecture Notes in Computer Science). Comparative Genomics : International Workshop, RECOMB-CG 2009, Budapest, Hungary, September 27-29, 2009. Proceedings (S. 84-97). Gehalten auf der Recomb-CG 2009, Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_8.
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Stoye, J. (2009). Computational Short Read Metagenomics (S. 3-4). Gehalten auf der JOBIM 2009.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447
Bekel, T., Henckel, K., Küster, H., Meyer, F., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Paarmann, D., Rupp, O., Zakrzewski, M., Pühler, A., Stoye, J. & Goesmann, A. (2009). The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies. Journal of Biotechnology, 140(1-2), 3-12. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2009.01.006.
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Ejaz, T., Rahmann, S. & Stoye, J. (2008). Online Abelian Pattern Matching (Forschungsberichte der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik / Universität Bielefeld). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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Böcker, S., Jahn, K., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2008). Computation of Median Gene Clusters (LNBI). Proc. of RECOMB 2008 (S. 331-345). Gehalten auf der RECOMB 2008. doi:10.1007/978-3-540-78839-3_28.
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919200
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2008). On Computing the Breakpoint Reuse Rate in Rearrangement Scenarios (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2008 (S. 226-240). Gehalten auf der Recomb-CG 2008. doi:10.1007/978-3-540-87989-3_17.
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Krause, L., Diaz, N.N., Edwards, R.A., Gartemann, K.-H., Krömeke, H., Neuweger, H., Pühler, A., Runte, K.J., Schlüter, A., Stoye, J., Szczepanowski, R., Tauch, A. & Goesmann, A. (2008). Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 136(1-2), 91-101. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.06.003.
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Krause, L., Diaz, N.N., Goesmann, A., Kelley, S., Nattkemper, T.W., Rohwer, F., Edwards, R.A. & Stoye, J. (2008). Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments. Nucleic Acids Research, 36(7), 2230-2239. doi:10.1093/nar/gkn038.
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Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2008). HP Distance via Double Cut and Join Distance (Lecture Notes in Computer Science, 5029). Combinatorial Pattern Matching. 19th Annual Symposium, CPM 2008, Pisa, Italy, June 18-20, 2008 Proceedings (S. 56-68). Gehalten auf der 19th Annual Symposium, CPM 2008. doi:10.1007/978-3-540-69068-9_8.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918432
Didier, G., Schmidt, T., Stoye, J. & Tsur, D. (2007). Character Sets of Strings. Journal of Discrete Algorithms, 5(2), 330-340. doi:10.1016/j.jda.2006.03.021.
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Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2007). An incomplex algorithm for fast suffix array construction. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 37(3), 309-329. JOHN WILEY & SONS LTD. doi:10.1002/spe.768.
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Krause, L., McHardy, A.C., Nattkemper, T.W., Pühler, A., Stoye, J. & Meyer, F. (2007). GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification. Nucleic Acids Research, 35(2), 540-549. doi:10.1093/nar/gkl1083.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781
Mellmann, A., Weniger, T., Berssenbrügge, C., Rothgänger, J., Sammeth, M., Stoye, J. & Harmsen, D. (2007). Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms. BMC MICROBIOLOGY, 7(1), 98. BIOMED CENTRAL LTD. doi:10.1186/1471-2180-7-98.
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Sammeth, M., Griebel, T., Tille, F. & Stoye, J. (2006). Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis. BIOINFORMATICS, 22(7), 889-890. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btl007.
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Rasmussen, K.R., Stoye, J. & Myers, E.W. (2006). Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 13(2), 296-308. MARY ANN LIEBERT INC. doi:10.1089/cmb.2006.13.296.
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Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2006). On sorting by translocations. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 13(2), 567-578. MARY ANN LIEBERT INC. doi:10.1089/cmb.2006.13.567.
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2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596811
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2006). A Unifying View of Genome Rearrangements (LNBI). Proc. of WABI 2006 (S. 163-173). Gehalten auf der WABI 2006, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11851561_16.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213
Sammeth, M. & Stoye, J. (2006). Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 3(4), 395-407. IEEE COMPUTER SOC. doi:10.1109/TCBB.2006.46.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313
Bergeron, A. & Stoye, J. (2006). On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 13(7), 1340-1354. MARY ANN LIEBERT INC. doi:10.1089/cmb.2006.13.1340.
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2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946
Stoye, J. (2006). Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and Back (S. 3-3). Gehalten auf der JOBIM 2006.
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2006 | Report | PUB-ID: 1970464
Chauve, C., Diekmann, Y., Heber, S., Mixtacki, J., Rahmann, S. & Stoye, J. (2006). On Common Intervals with Errors (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Krause, L., Diaz, N.N., Bartels, D., Edwards, R.A., Pühler, A., Rohwer, F., Meyer, F. & Stoye, J. (2006). Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment. BIOINFORMATICS, 22(14), e281-e289. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btl247.
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2005 | Report | PUB-ID: 1970470
Sammeth, M. & Stoye, J. (2005). Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI) (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld. doi:10.1007/11557067_23.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2005). An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction. Proc. of ALENEX/ANALCO 2005 (S. 77-85). Gehalten auf der ALENEX/ANALCO 2005.
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2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2005). Chapter 10: The Inversion Distance Problem. In O. Gascuel (Hrsg.), Mathematics of Evolution and Phylogeny (S. 262-290). Oxford University Press.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603220
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2005). On Sorting by Translocations (LNBI). Proc. of RECOMB 2005 (S. 615-629). Gehalten auf der RECOMB 2005, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11415770_47.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause, A., Stoye, J. & Vingron, M. (2005). Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics, 6(1), 15. doi:10.1186/1471-2105-6-15.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302
Bartels, D., Kespohl, S., Albaum, S., Drüke, T., Goesmann, A., Herold, J., Kaiser, O., Pühler, A., Pfeiffer, F., Raddatz, G., Stoye, J., Meyer, F. & Schuster, S.C. (2005). BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison. Bioinformatics, 21(7), 853-859. Oxford University Press. doi:10.1093/bioinformatics/bti091.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601348
Bannert, C. & Stoye, J. (2005). Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA) (LNBI). Proc. of CompLife 2005 (S. 79-90). Gehalten auf der CompLife 2005, Springer-Verlag. doi:10.1007/11560500_8.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen, K.R., Stoye, J. & Myers, E.W. (2005). Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length (LNBI). Proc. of RECOMB 2005 (S. 189-203). Gehalten auf der RECOMB 2005, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11415770_15.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth, M., Weniger, T., Harmsen, D. & Stoye, J. (2005). Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI) (LNBI). Proc. of WABI 2005 (S. 276-290). Gehalten auf der WABI 2005, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11557067_23.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2005). Counting Suffix Arrays and Strings (LNCS). Proc. of SPIRE 2005 (S. 55-66). Gehalten auf der SPIRE 2005. doi:10.1007/11575832_8.
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2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2005). Counting Suffix Arrays and Strings (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael, M., Dieterich, C. & Stoye, J. (2004). Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes (LNBI). Proc. of WABI 2004 (S. 99-110). Gehalten auf der WABI 2004, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/978-3-540-30219-3_9.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt, T. & Stoye, J. (2004). Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences (LNCS). Proc. of CPM 2004 (S. 347-358). Gehalten auf der CPM 2004. doi:10.1007/978-3-540-27801-6_26.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E. & Eisen, M.B. (2004). Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 73. doi:10.1186/1471-2105-5-73.
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Cieliebak, M., Erlebach, T., Lipták, Z., Stoye, J. & Welzl, E. (2004). Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics, 137(1), 27-46. doi:10.1016/S0166-218X(03)00187-2.
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Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E. & Eisen, M.B. (2004). Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 6. doi:10.1186/1471-2105-5-6.
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Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2004). Reversal Distance without Hurdles and Fortresses (LNCS). Proc. of CPM 2004 (S. 388-399). Gehalten auf der CPM 2004, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/978-3-540-27801-6_29.
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Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2003). Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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Giegerich, R., Kurtz, S. & Stoye, J. (2003). Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 33(11), 1035-1049. JOHN WILEY & SONS LTD. doi:10.1002/spe.535.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth, M., Rothgänger, J., Esser, W., Albert, J., Stoye, J. & Harmsen, D. (2003). QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS, 19(12), 1592-1593. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btg197.
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Cieliebak, M., Lipták, Z., Welzl, E., Erlebach, T. & Stoye, J. (2002). Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. Proc. of IFIP TCS 2002 (S. 143-156). Gehalten auf der IFIP TCS 2002.
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Cieliebak, M., Erlebach, T., Lipták, Z., Stoye, J. & Welzl, E. (2001). Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings (Technical Report). ETH Zürich, Dept. of Computer Science.
PUB
 
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
Heber, S., Stoye, J., Hoheisel, J. & Vingron, M. (2000). Contig Selection in Physical Mapping. Proc. of RECOMB 2000 (S. 155-164). Gehalten auf der RECOMB 2000. doi:10.1089/106652700750050853.
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2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817
Brodal, G.S., Lyngsø, R.B., Pedersen, C.N.S. & Stoye, J. (2000). Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. In M. Crochemore & L. Gąsieniec (Hrsg.), Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms) (S. 77-104).
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
Krause, A., Stoye, J. & Vingron, M. (2000). The SYSTERS protein sequence cluster set. Nucleic Acids Research, 28(1), 270-272. doi:10.1093/nar/28.1.270.
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773572
Heber, S., Stoye, J., Frohme, M., Hoheisel, J. & Vingron, M. (2000). Contig selection in physical mapping. Journal of Computational Biology, 7(3-4), 395-408. doi:10.1089/106652700750050853.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[31]
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985
Spang, R., Rehmsmeier, M. & Stoye, J. (2000). Sequence Database Search Using Jumping Alignments. Proc. of ISMB 2000 (S. 367-375). Gehalten auf der ISMB 2000.
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2000 | Report | PUB-ID: 1970490
Stoye, J. (2000). Affix Trees (Forschungsberichte). Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341
Reinert, K., Stoye, J. & Will, T. (2000). An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment. Bioinformatics, 16(9), 808-814. Oxford University Press. doi:10.1093/bioinformatics/16.9.808.
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
Kurtz, S., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J. & Giegerich, R. (2000). Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. Proc. of ISMB 2000 (S. 228-238). Gehalten auf der ISMB 2000.
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2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000. (2000). Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000. (E. Bornberg-Bauer, U. Rost, J. Stoye & M. Vingron, Hrsg.). Berlin: Logos Verlag.
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
Giegerich, R., Kurtz, S. & Stoye, J. (1999). Efficient implementation of lazy suffix trees (LNCS). Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings (S. 30-42). Gehalten auf der 3rd International Workshop, WAE’99. doi:10.1007/3-540-48318-7_5.
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978
Reinert, K., Will, T. & Stoye, J. (1999). Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence Alignment. Proc. of GCB 1999 (S. 17-24). Gehalten auf der GCB 1999.
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1999 | Report | PUB-ID: 1970495
Morgenstern, B., Stoye, J. & Dress, A. (1999). Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence Alignment (Materialien/Preprints). Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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1999 | Report | PUB-ID: 1970509
Brodal, G.S., Lyngsø, R.B., Pedersen, C.N.S. & Stoye, J. (1999). Finding Maximal Pairs with Bounded Gap (Report). BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus.
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918971
Brodal, G.S., Lyngsø, R.B., Pedersen, C.N.S. & Stoye, J. (1999). Finding Maximal Pairs with Bounded Gap (LNCS). Proc. of CPM 1999 (S. 134-149). Gehalten auf der CPM 1999. doi:10.1007/3-540-48452-3_11.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102
Dress, A., Morgenstern, B. & Stoye, J. (1998). The Number of Standard and of Effective Multiple Alignments. Appl. Math. Lett., 11(4), 43-49.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538
Hildebrand, M. & Stoye, J. (1998). Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von Beispielen. Der Mathematikunterricht, 44(6), 34-53.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667771
Stoye, J. (1998). Multiple sequence alignment with the Divide-and-Conquer method. Gene, 211(2), GC45-GC56. doi:10.1016/S0378-1119(98)00097-3.
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625402
Stoye, J., Evers, D. & Meyer, F. (1998). Rose: generating sequence families. BIOINFORMATICS, 14(2), 157-163. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/14.2.157.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970515
Stoye, J. & Gusfield, D. (1998). Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Report). Department of Computer Science, University of California, Davis.
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[16]
1998 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918964
Stoye, J. & Gusfield, D. (1998). Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree (Preliminary Version) (LNCS). Proc. of CPM 1998 (S. 140-152). Gehalten auf der CPM 1998. doi:10.1007/BFb0030787.
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1998 | Report | PUB-ID: 1970513
Gusfield, D. & Stoye, J. (1998). Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String (Report). Department of Computer Science, University of California, Davis.
PUB
 
[14]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107
Stoye, J., Moulton, V. & Dress, A. (1997). DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignment. CABIOS, 13(6), 625-626.
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[13]
1997 | Report | PUB-ID: 1970526
Perrey, S.W., Stoye, J., Moulton, V. & Dress, A. (1997). On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment (Materialien/Preprints). Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[12]
1997 | Report | PUB-ID: 1970517
Stoye, J., Evers, D. & Meyer, F. (1997). Rose: Generating Sequence Families (Forschungsberichte). Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB
 
[11]
1997 | Report | PUB-ID: 1970529
Brinkmann, G., Dress, A., Perrey, S.W. & Stoye, J. (1997). Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular Sciences (Materialien/Preprints). Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[10]
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885
Stoye, J., Evers, D. & Meyer, F. (1997). Generating benchmarks for multiple sequence alignments and phylogenetic reconstructions. Proc. of ISMB 1997 (S. 303-306). Gehalten auf der ISMB 1997.
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[9]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773355
Stoye, J., Perrey, S.W. & Dress, A. (1997). Improving the divide-and-conquer approach to sum-of-pairs multiple sequence alignment. Applied mathematics letters, 10(2), 67-73. doi:10.1016/S0893-9659(97)00013-X.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
[8]
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773358
Brinkmann, G., Dress, A., Perrey, S.W. & Stoye, J. (1997). Two applications of the Divide & Conquer principle in the molecular sciences. Mathematical programming, 79(1-3), 71-97. doi:10.1007/BF02614312.
PUB | DOI | WoS
 
[7]
1997 | Report | PUB-ID: 1970523
Dress, A., Morgenstern, B. & Stoye, J. (1997). On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments (Materialien/Preprints). Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[6]
1997 | Report | PUB-ID: 1970520
Perrey, S.W., Stoye, J. & Moulton, V. (1997). FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment (Materialien/Preprints). Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[5]
1997 | Report | PUB-ID: 1970532
Stoye, J. (1997). Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment (Forschungsberichte). Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
PUB
 
[4]
1996 | Report | PUB-ID: 1970533
Perrey, S.W. & Stoye, J. (1996). Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment (Information and Mathematical Sciences Reports, Series B). Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand.
PUB
 
[3]
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351
Tönges, U., Perrey, S.W., Stoye, J. & Dress, A. (1996). A general method for fast multiple sequence alignment. Gene, 172(1), GC33-GC41. doi:10.1016/0378-1119(96)00123-0.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
1996 | Report | PUB-ID: 1970535
Stoye, J., Dress, A. & Perrey, S.W. (1996). Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment (Materialien/Preprints). Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
PUB
 
[1]
1996 | Report | PUB-ID: 1970537
Tönges, U., Perrey, S.W., Stoye, J. & Dress, A. (1996). A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment (Materialien/Preprints). Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.
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[205]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2937712
Rubert, D., Martinez, F.H.V., Stoye, J. & Dörr, D. (In Press). Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC Genomics. BioMed Central.
PUB
 
[204]
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148
Alanko, J., Bannai, H., Cazaux, B., Peterlongo, P. & Stoye, J. (2019). Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time (Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs). Proceedings of WABI 2019 (S. 8:1-8:9). Gehalten auf der WABI 2019, Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik . doi:10.4230/LIPICS.WABI.2019.8.
PUB | DOI
 
[203]
2019 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935998
Computational Methods for Microbiome Analysis (Frontiers Research Topics). (2019). Computational Methods for Microbiome Analysis (Frontiers Research Topics). (J.C. Setubal, J. Stoye & B.E. Dutilh, Hrsg.). Lausanne: Frontiers Media.
PUB | Download (ext.)
 
[202]
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
Dörr, D. & Stoye, J. (2019). A Perspective on Comparative and Functional Genomics (Computational Biology). In T. Warnow (Hrsg.), Bioinformatics and Phylogenetics (S. 361-372). Cham: Springer . doi:10.1007/978-3-030-10837-3_14.
PUB | DOI
 
[201]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884
Oey, H., Zakrzewski, M., Gravermann, K., Young, N.D., Korhonen, P.K., Gobert, G.N., Nawaratna, S., Hasan, S., Martínez, D.M., You, H., Lavin, M., Jones, M., Ragan, M.A., Stoye, J., Oleaga, A., Emery, A.M., Webster, B., Rollinson, D., Gasser, R.B., McManus, D.P. & Krause, L. (2019). Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium. PLOS Pathogens, 15(1): e1007513. Public Library of Science. doi:10.1371/journal.ppat.1007513.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[200]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2018). GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics, 19(Suppl. 5): 308. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-018-4622-0.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[199]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2018). Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics, 19(Suppl. 6): 152. BioMed Central. doi:10.1186/s12859-018-2130-5.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[198]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann, N., Chauve, C., Stoye, J. & Wittler, R. (2018). Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 15(6), 2094-2100. IEEE. doi:10.1109/TCBB.2018.2816034.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[197]
2018 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930445
Cunha, L., Diekmann, Y., Kowada, L. & Stoye, J. (2018). Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks (LNBI). Proceedings of BSB 2018 (S. 26-37). Gehalten auf der BSB 2018. 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-030-01722-4_3.
PUB | DOI
 
[196]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2018). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 25(7), 825-836. Gehalten auf der 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Mary Ann Liebert, Inc. doi:10.1089/cmb.2018.0068.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[195]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921
Zekic, T., Holley, G. & Stoye, J. (2018). Pan-genome Storage and Analysis Techniques (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics. Methods and Protocols (S. 29-53). New York: Springer Verlag.
PUB
 
[194]
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
Dörr, D., Feijão, P. & Stoye, J. (2018). Family-Free Genome Comparison (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics: Methods and Protocols (S. 331-342). New York: Springer Verlag.
PUB
 
[193]
2018 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913920
Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (2018). Comparative Genomics: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology). (J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye, Hrsg.). New York: Springer Verlag.
PUB
 
[192]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012
Jaenicke, S., Albaum, S., Blumenkamp, P., Linke, B., Stoye, J. & Goesmann, A. (2018). Flexible metagenome analysis using the MGX framework. Microbiome, 6: 76. doi:10.1186/s40168-018-0460-1.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[191]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556
Jünemann, S., Kleinbölting, N., Jaenicke, S., Henke, C., Hassa, J., Nelkner, J., Stolze, Y., Albaum, S., Schlüter, A., Goesmann, A., Sczyrba, A. & Stoye, J. (2017). Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology, 261(SI), 10-23. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.08.012.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[190]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
Rubert, D., Medeiros, G.L., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ (Lecture Notes in Bioinformatics). In J. Meidanis & L. Nakhleh (Hrsg.), Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (S. 76-100). Gehalten auf der 15th International Workshop, RECOMB CG 2017, Cham: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_5.
PUB | DOI
 
[189]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology, 12: 3. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-017-0095-y.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[188]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings (LIPIcs). Proceedings of CPM 2017 (S. 19:1-19:9). Gehalten auf der CPM 2017. doi:10.4230/LIPIcs.CPM.2017.19.
PUB | DOI
 
[187]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280.
PUB
 
[186]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2017). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB 2017 (S. 50-65). Gehalten auf der RECOMB 2017. doi:10.1007/978-3-319-56970-3_4.
PUB | DOI
 
[185]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2017). Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB-CG 2017 (S. 197-212). Gehalten auf der RECOMB-CG 2017, Berlin: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_11.
PUB | DOI
 
[184]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
Dörr, D., Kowada, L.A.B., Soares de Araujo, F.E., Deshpande, S., Dantas, S., Moret, B.M.E. & Stoye, J. (2017). New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology, 24(6), 616-634. doi:10.1089/cmb.2017.0065.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[183]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Winter, S., Jahn, K., Wehner, S., Kuchenbecker, L., Marz, M., Stoye, J. & Böcker, S. (2016). Finding approximate gene clusters with GECKO 3. Nucleic Acids Research, 44(20), 9600-9610. doi:10.1093/nar/gkw843.
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[182]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2016). A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates (Lecture Notes in Bioinformatics). In M. Frith & C.N. Storm Pedersen (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (S. 293-306). Gehalten auf der 16th International Workshop, WABI 2016, Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-319-43681-4_24.
PUB | DOI
 
[181]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley, G., Wittler, R. & Stoye, J. (2016). Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology, 11: 3. BioMedCentral. doi:10.1186/s13015-016-0066-8.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[180]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111
Kowada, L.A.B., Doerr, D., Dantas, S. & Stoye, J. (2016). New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies (Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI). In M. Singh (Hrsg.), Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016 (S. 204-224). Gehalten auf der 20th Annual Conference, RECOMB 2016 April 17-21, 2016, Springer. doi:10.1007/978-3-319-31957-5_15.
PUB | DOI
 
[179]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421
Krause, L., Nones, K., Loffler, K.A., Nancarrow, D., Oey, H., Tang, Y.H., Wayte, N.J., Patch, A.M., Patel, K., Brosda, S., Manning, S., Lampe, G., Clouston, A., Thomas, J., Stoye, J., Hussey, D.J., Watson, D.I., Lord, R.V., Phillips, W.A., Gotley, D., Smithers, B.M., Whiteman, D.C., Hayward, N.K., Grimmond, S.M., Waddell, N. & Barbour, A.P. (2016). Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma. Carcinogenesis, 37(4), 356-365. Oxford Univ Press. doi:10.1093/carcin/bgw018.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[178]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2015). Sorting linear genomes with rearrangements and indels. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 12(3), 500-506. doi:10.1109/TCBB.2014.2329297.
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[177]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
Viduani Martinez, F.H., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2015). On the family-free DCJ distance and similarity. Algorithms for Molecular Biology, 10: 13. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/s13015-015-0041-9.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[176]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley, G., Wittler, R. & Stoye, J. (2015). Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage (LNBI). Proceedings of WABI 2015 (S. 217-230).
PUB
 
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2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229
Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics (BMC Bioinformatics). (2015). Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics (BMC Bioinformatics). (J. Meidanis & J. Stoye, Hrsg.), 16(Supplement 14). Gehalten auf der RECOMB-CG 2015, BMC.
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[174]
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232
Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics (BMC Genomics). (2015). Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics (BMC Genomics). (J. Meidanis & J. Stoye, Hrsg.), 16(Supplement 10). Gehalten auf der RECOMB-CG 2015, BMC.
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[173]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241
Viduani Martinez, F.H., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2014). On the family-free DCJ distance (Lecture Notes in Bioinformatics). In D. Brown & B. Morgenstern (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014 (S. 174-186). Gehalten auf der 14th International Workshop, WABI 2014, Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-662-44753-6_14.
PUB | DOI
 
[172]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Dörr, D., Stoye, J., Böcker, S. & Jahn, K. (2014). Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings. BMC Genomics, 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014), S2. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-15-S6-S2.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[171]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Lechner, M., Hernandez-Rosales, M., Dörr, D., Wieseke, N., Thévenin, A., Stoye, J., Hartmann, R.K., Prohaska, S.J. & Stadler, P.F. (2014). Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets. PLoS ONE, 9(8), e105015. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0105015.
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[170]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann, S., Prior, K., Albersmeier, A., Albaum, S., Kalinowski, J., Goesmann, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2014). GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers. PLOS ONE, 9(9), e107014. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0107014.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[169]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R., Stadermann, K.B., Doppmeier, D., Kalinowski, J., Stoye, J., Straube, J., Winnebald, J. & Goesmann, A. (2014). ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics, 30(16), 2247-2254. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btu205.
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[168]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038
Schwientek, P., Neshat, A., Kalinowski, J., Klein, A., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Wendler, S., Stoye, J. & Pühler, A. (2014). Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts. Journal of Biotechnology, 190, 85-95. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.03.013.
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[167]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann, N., Chauve, C., Stoye, J. & Wittler, R. (2014). Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework (LNBI). In C. Sérgio (Hrsg.), Proc. of BSB 2014 (S. 135-143). Gehalten auf der BSB 2014, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-12418-6_17.
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[166]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988
Jakobi, T., Brinkrolf, K., Tauch, A., Noll, T., Stoye, J., Pühler, A. & Goesmann, A. (2014). Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing. Journal of Biotechnology, 190, 64-75. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.07.437.
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[165]
2014 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693552
Stoye, J. (2014). Suffix Tree Construction. In M.-Y. Kao (Hrsg.), Encyclopedia of Algorithms. Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-642-27848-8_414-2.
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[164]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N., Wilhelm, M., Doebbe, A., Niehaus, K. & Stoye, J. (2014). BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics, 30(7), 988-995. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btt738.
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[163]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2693409
Fredrich, E., Ander, C., Stoye, J., Brune, I. & Tauch, A. (2014). Metatranskriptomik der Mikrobiota aus der menschlichen Achselhöhle. BIOspektrum, 20(5), 294-296. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s12268-014-0468-4.
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[162]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333
Henrich, B., Rumming, M., Sczyrba, A., Velleuer, E., Dietrich, R., Gerlach, W., Gombert, M., Rahn, S., Stoye, J., Borkhardt, A. & Fischer, U. (2014). Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma. PLoS ONE, 9(3), e92297. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0092297.
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[161]
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641
Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2013). Restricted DCJ-Indel Model Revisited (Lecture Notes in Bioinformatics). In J.C. Setubal & N.F. Almeida (Hrsg.), Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013 (S. 36-46). Gehalten auf der 8th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2013, Cham: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-02624-4_4.
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[160]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611630
Willing, E., Zaccaria, S., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2013). On the Inversion-Indel Distance. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S3. Springer Nature. doi:10.1186/1471-2105-14-S15-S3.
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[159]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga, M., Chauve, C., Dörr, D., Jahn, K., Stoye, J., Thévenin, A. & Wittler, R. (2013). The Potential of Family-Free Genome Comparison (Computational Biology Series). In C. Chauve, N. El-Mabrouk & E. Tannier (Hrsg.), Models and Algorithms for Genome Evolution (S. 287-307). Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4471-5298-9_13.
PUB | DOI
 
[158]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C., Schulz-Trieglaff, O.B., Stoye, J. & Cox, A.J. (2013). metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013), S2. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-14-S5-S2.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[157]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2013). Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology, 31(12), 1148. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt1213-1148e.
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[156]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611643
Bergeron, A. & Stoye, J. (2013). The Genesis of the DCJ Formula (Computational Biology Series). In C. Chauve, N. El-Mabrouk & E. Tannier (Hrsg.), Models and Algorithms for Genome Evolution (S. 63-81). Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4471-5298-9_5.
PUB | DOI
 
[155]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361
Krell, P., Reuther, S., Fischer, U., Keller, T., Weber, S., Gombert, M., Schuster, F.R., Asang, C., Stepensky, P., Strahm, B., Meisel, R., Stoye, J. & Borkhardt, A. (2013). Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis. Haematologica, 98(9), 1388-1396. Ferrata Storti Foundation (Haematologica). doi:10.3324/haematol.2012.069708.
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[154]
2013 | Lexikoneintrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2577323
Gerlach, W. & Stoye, J. (2013). Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. In K.E. Nelson (Hrsg.), Encyclopedia of Metagenomics. Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4614-6418-1_751-2.
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[153]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2013). Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology, 31(4), 294-296. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt.2522.
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2013 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2616537
Algorithms in Bioinformatics (Lecture Notes in Bioinformatics). (2013). Algorithms in Bioinformatics (Lecture Notes in Bioinformatics). (A. Darling & J. Stoye, Hrsg.), 8126. Gehalten auf der Algorithms in Bioinformatics, Heidelberg: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-642-40453-5.
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[151]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K., Winter, S., Stoye, J. & Böcker, S. (2013). Statistics for approximate gene clusters. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013), S14. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-14-S15-S14.
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[150]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236
Schwientek, P., Wendler, S., Neshat, A., Eirich, C., Rückert, C., Klein, A., Wehmeier, U.F., Kalinowski, J., Stoye, J. & Pühler, A. (2013). Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media. Journal of Biotechnology, 167(2), 166-177. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.10.019.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202
Zakrzewski, M., Bekel, T., Ander, C., Pühler, A., Rupp, O., Stoye, J., Schlüter, A. & Goesmann, A. (2013). MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets. Journal of Biotechnology, 167(2), 156-165. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.09.013.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D., Thévenin, A. & Stoye, J. (2012). Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics, 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012), S3. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[147]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N., Keck, M., Neuweger, H., Wilhelm, M., Högy, P., Niehaus, K. & Stoye, J. (2012). Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics, 13(1), 21. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-21.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512644
Jahn, K., Sudek, H. & Stoye, J. (2012). Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments. BMC Bioinformatics, 13(Suppl. 19: Proc. of RECOMB-CG 2012), S7. BioMed Central. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S7.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[145]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060
Schwientek, P., Szczepanowski, R., Rückert, C., Kalinowski, J., Klein, A., Selber, K., Wehmeier, U.F., Stoye, J. & Pühler, A. (2012). The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics, 13(1): 112. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-13-112.
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2012 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510416
Combinatorial Pattern Matching (Lecture Notes in Computer Science). (2012). Combinatorial Pattern Matching (Lecture Notes in Computer Science). (J. Kärkkäinen & J. Stoye, Hrsg.), 7354. Gehalten auf der Combinatorial Pattern Matching, Heidelberg: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-642-31265-6.
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2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382
Hoffmann, N. & Stoye, J. (2012). Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics. In U. Roessner (Hrsg.), Metabolomics (S. 73-98). InTech. doi:10.5772/31224.
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[142]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R., Sickinger, C., Pedersen, C.N.S. & Stoye, J. (2012). UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ. Bioinformatics, 28(19), 2509-2511. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/bts440.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S., Prior, K., Szczepanowski, R., Harks, I., Ehmke, B., Goesmann, A., Stoye, J. & Harmsen, D. (2012). Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing. PLoS ONE, 7(8), e41606. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0041606.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396558
Dias Vieira Braga, M., Machado, R., Ribeiro, L.C. & Stoye, J. (2011). On the weight of indels in genomic distances. BMC Bioinformatics, 12(Suppl 9: RECOMB-CG 2011): S13. Springer Nature. doi:10.1186/1471-2105-12-S9-S13.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2396509
Dias Vieira Braga, M., Machado, R., Ribeiro, L.C. & Stoye, J. (2011). Genomic distance under gene substitutions. BMC Bioinformatics, 12(Suppl 9: Proc. of RECOMB-CG 2011): S8. Springer Nature. doi:10.1186/1471-2105-12-S9-S8.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
Dias Vieira Braga, M., Willing, E. & Stoye, J. (2011). Double Cut and Join with Insertions and Deletions. Journal of Computational Biology, 18(9), 1167-1184. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0118.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
Kovac, J., Warren, R., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2011). Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation. Journal of Computational Biology, 18(9), 1231-1241. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0116.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746
Schwientek, P., Szczepanowski, R., Rückert, C., Stoye, J. & Pühler, A. (2011). Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology. Journal of Biotechnology, 155(1), 68-77. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2011.04.010.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J., Jakobi, T., Doppmeier, D., Jaenicke, S., Kalinowski, J., Stoye, J. & Goesmann, A. (2011). Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming. Bioinformatics, 27(10), 1351-1358. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btr151.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918550
Heber, S., Mayr, R. & Stoye, J. (2011). Common Intervals of Multiple Permutations. Algorithmica, 60(2), 175-206. Springer Science + Business Media. doi:10.1007/s00453-009-9332-1.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2298170
Gerlach, W. & Stoye, J. (2011). Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3. Nucleic Acids Res, 39(14), e91. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gkr225.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897974
Erdős, P.L., Soukup, L. & Stoye, J. (2011). Balanced Vertices in Trees and a Simpler Algorithm to Compute the Genomic Distance. Applied Mathematics Letters, 24(1), 82-86. Elsevier BV. doi:10.1016/j.aml.2010.08.021.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
Wittler, R., Maňuch, J., Patterson, M. & Stoye, J. (2011). Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology, 18(9), 1023-1039. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0083.
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[130]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky, F., Kuchenbecker, L., Jahn, K., Stoye, J. & Böcker, S. (2011). Swiftly Computing Center Strings. BMC Bioinformatics, 12(1), 106. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-12-106.
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2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907492
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2010). A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance Via the Double Cut and Join Distance (Dagstuhl Seminar Proceedings). In A. Apostolico, A. Dress & L. Parida (Hrsg.), Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany.
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[128]
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2010). Computing the Genomic Distance in Linear Time. In A. Apostolico, A. Dress & L. Parida (Hrsg.), Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies (S. 18). Gehalten auf der Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies, Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik.
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[127]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893893
Husemann, P. & Stoye, J. (2010). Phylogenetic Comparative Assembly. Algorithms for Molecular Biology, 5(1), 3. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1748-7188-5-3.
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2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918836
Besenbacher, S., Schwikowski, B. & Stoye, J. (2010). Indexing and Searching a Mass Spectrometry Database (LNCS). In T. Elomaa, H. Mannila & P. Orponen (Hrsg.), Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday (S. 62-76). doi:10.1007/978-3-642-12476-1_4.
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2010 | Report | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966434
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Dias Vieira Braga, M., Willing, E. & Stoye, J. (2010). Genomic Distance with DCJ and Indels (LNBI). Proc. of WABI 2010 (S. 90-101). Gehalten auf der WABI 2010. doi:10.1007/978-3-642-15294-8_8.
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Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2009). Counting All DCJ Sorting Scenarios (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2009 (S. 36-47). Gehalten auf der Recomb-CG 2009. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_4.
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919207
Blin, G. & Stoye, J. (2009). Finding Nested Common Intervals Efficiently (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2009 (S. 59-69). Gehalten auf der Recomb-CG 2009. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_6.
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Bannert, C. & Stoye, J. (2005). Protein Annotation by Secondary Structure Based Alignments (PASSTA) (LNBI). Proc. of CompLife 2005 (S. 79-90). Gehalten auf der CompLife 2005, Springer-Verlag. doi:10.1007/11560500_8.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1603216
Rasmussen, K.R., Stoye, J. & Myers, E.W. (2005). Efficient q-Gram Filters for Finding All ε-Matches Over a Given Length (LNBI). Proc. of RECOMB 2005 (S. 189-203). Gehalten auf der RECOMB 2005, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11415770_15.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1601361
Sammeth, M., Weniger, T., Harmsen, D. & Stoye, J. (2005). Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI) (LNBI). Proc. of WABI 2005 (S. 276-290). Gehalten auf der WABI 2005, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/11557067_23.
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2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919026
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2005). Counting Suffix Arrays and Strings (LNCS). Proc. of SPIRE 2005 (S. 55-66). Gehalten auf der SPIRE 2005. doi:10.1007/11575832_8.
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2005 | Report | PUB-ID: 1970472
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2005). Counting Suffix Arrays and Strings (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606286
Michael, M., Dieterich, C. & Stoye, J. (2004). Suboptimal Local Alignments across Multiple Scoring Schemes (LNBI). Proc. of WABI 2004 (S. 99-110). Gehalten auf der WABI 2004, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/978-3-540-30219-3_9.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607260
Schmidt, T. & Stoye, J. (2004). Quadratic Time Algorithms for Finding Common Intervals in Two and More Sequences (LNCS). Proc. of CPM 2004 (S. 347-358). Gehalten auf der CPM 2004. doi:10.1007/978-3-540-27801-6_26.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E. & Eisen, M.B. (2004). Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 73. doi:10.1186/1471-2105-5-73.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773560
Cieliebak, M., Erlebach, T., Lipták, Z., Stoye, J. & Welzl, E. (2004). Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings. Discrete Applied Mathematics, 137(1), 27-46. doi:10.1016/S0166-218X(03)00187-2.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E. & Eisen, M.B. (2004). Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 6. doi:10.1186/1471-2105-5-6.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773569
Gusfield, D. & Stoye, J. (2004). Linear time algorithms for finding and representing all the tandem repeats in a string. Journal of computer and system sciences, 69(4), 525-546. doi:10.1016/j.jcss.2004.03.004.
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2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607263
Bergeron, A., Mixtacki, J. & Stoye, J. (2004). Reversal Distance without Hurdles and Fortresses (LNCS). Proc. of CPM 2004 (S. 388-399). Gehalten auf der CPM 2004, SPRINGER-VERLAG BERLIN. doi:10.1007/978-3-540-27801-6_29.
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2003 | Report | PUB-ID: 1970475
Schürmann, K.-B. & Stoye, J. (2003). Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664
Heber, S. & Stoye, J. (2003). The European Conference on Computational Biology. Drug Discovery Today, 8(3), 113-114. ELSEVIER SCI LTD. doi:10.1016/S1359-6446(02)02587-4.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
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Bannert, C. & Stoye, J. (2003). Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data. Proc. of GCB 2003 (S. 21-25). Gehalten auf der GCB 2003.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Giegerich, R., Kurtz, S. & Stoye, J. (2003). Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE, 33(11), 1035-1049. JOHN WILEY & SONS LTD. doi:10.1002/spe.535.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403
Sammeth, M., Morgenstern, B. & Stoye, J. (2003). Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints. BIOINFORMATICS, 19(Suppl 2), ii189-ii195. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btg1077.
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2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610433
Bergeron, A. & Stoye, J. (2003). On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison (LNCS). Proc. of COCOON 2003 (S. 68-79). Gehalten auf der COCOON 2003. doi:10.1007/3-540-45071-8_9.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503
Sammeth, M., Rothgänger, J., Esser, W., Albert, J., Stoye, J. & Harmsen, D. (2003). QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis. BIOINFORMATICS, 19(12), 1592-1593. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btg197.
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2003 | Report | PUB-ID: 1970477
Bergeron, A. & Stoye, J. (2003). On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison (Forschungsberichte). Bielefeld: Technische Fakultät der Universität Bielefeld.
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951
Stoye, J. (2002). Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees. In S. Schubert, B. Reusch & N. Jesse (Hrsg.), Lecture Notes in Informatics (S. 67-67). Gehalten auf der GI-Jahrestagung 2002: Informatik bewegt.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000
Cieliebak, M., Lipták, Z., Welzl, E., Erlebach, T. & Stoye, J. (2002). Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings. Proc. of IFIP TCS 2002 (S. 143-156). Gehalten auf der IFIP TCS 2002.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773578
Spang, R., Rehmsmeier, M. & Stoye, J. (2002). A novel approach to remote homology detection: jumping alignments. Journal of Computational Biology, 9(5), 747-760. doi:10.1089/106652702761034172.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773332
Stoye, J. & Gusfield, D. (2002). Simple and flexible detection of contiguous repeats using a suffix tree. Theoretical Computer Science, 270(1-2), 843-856. doi:10.1016/S0304-3975(01)00121-9.
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2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329
Bergeron, A., Heber, S. & Stoye, J. (2002). Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity. Bioinformatics, 18(Suppl 2), S54-S63. doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_2.S54.
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2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995
Heber, S., Stoye, J., Frohme, M., Hoheisel, J. & Vingron, M. (2002). Resampling Methods in Physical Mapping. Proc. of GfKl 2000 (S. 437-444). Gehalten auf der GfKl 2000.
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2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
Kurtz, S., Choudhuri, J.V., Ohlebusch, E., Schleiermacher, C., Stoye, J. & Giegerich, R. (2001). REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale. Nucleic Acids Research, 29(22), 4633-4642. doi:10.1093/nar/29.22.4633.
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918992
Heber, S. & Stoye, J. (2001). Finding all Common Intervals of k Permutations (LNCS). Proc. of CPM 2001 (S. 207-218). Gehalten auf der CPM 2001. doi:10.1007/3-540-48194-X_19.
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2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1880197
Heber, S. & Stoye, J. (2001). Algorithms for Finding Gene Clusters (LNCS). Proc. of WABI 2001 (S. 252-263). Gehalten auf der WABI 2001, Berlin: Sppringer. doi:10.1007/3-540-44696-6_20.
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2001 | Report | PUB-ID: 1970479
Cieliebak, M., Erlebach, T., Lipták, Z., Stoye, J. & Welzl, E. (2001). Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings (Technical Report). ETH Zürich, Dept. of Computer Science.
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981
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2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
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Heber, S., Stoye, J., Frohme, M., Hoheisel, J. & Vingron, M. (2000). Contig selection in physical mapping. Journal of Computational Biology, 7(3-4), 395-408. doi:10.1089/106652700750050853.
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Spang, R., Rehmsmeier, M. & Stoye, J. (2000). Sequence Database Search Using Jumping Alignments. Proc. of ISMB 2000 (S. 367-375). Gehalten auf der ISMB 2000.
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Reinert, K., Will, T. & Stoye, J. (1999). Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence Alignment. Proc. of GCB 1999 (S. 17-24). Gehalten auf der GCB 1999.
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Brodal, G.S., Lyngsø, R.B., Pedersen, C.N.S. & Stoye, J. (1999). Finding Maximal Pairs with Bounded Gap (LNCS). Proc. of CPM 1999 (S. 134-149). Gehalten auf der CPM 1999. doi:10.1007/3-540-48452-3_11.
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PUB
 

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