231 Publikationen
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2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2024)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Investigating the complexity of the double distance problems.
Algorithms for Molecular Biology 19: 1. -
2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2023)PUB | DOI
On the Class of Double Distance Problems.
In: Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings. Jahn K, Vinař T (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 13883. Cham: Springer Nature : 35-50. -
2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2984551Förstner KU, Becker A, Blom J, Bork P, Clavel T, Dieckmann M, Goesmann A, Götz B, Gübitz T, Hufsky F, Jünemann S, Körner M-L, Marz M, Da Rocha UN, Overmann J, Pühler A, Rebholz-Schuhmann D, Sczyrba A, Stoye J, Vandendorpe J, Van Rossum T, McHardy A (2023)PUB | DOI
NFDI4Microbiota – national research data infrastructure for microbiota research.
Research Ideas and Outcomes 9. -
2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2969065Kirsch-Gerweck B, Bohnenkämper L, Henrichs MT, Alanko JN, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Burger J, Stoye J, Diekmann Y (2023)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
HaploBlocks: efficient detection of positive selection in large population genomic datasets.
Molecular Biology and Evolution 40(3): msad027. -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963777Bonizzoni P, Costantini M, De Felice C, Petescia A, Pirola Y, Previtali M, Rizzi R, Stoye J, Zaccagnino R, Zizza R (2022)PUB | DOI | WoS
Numeric Lyndon-based feature embedding of sequencing reads for machine learning approaches.
Information Sciences 607: 458-476. -
2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659Schulz T, Wittler R, Stoye J (2022)PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Sequence-based pangenomic core detection.
iScience 25(6): 104413. -
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2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2022)PUB | DOI
A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double Distance.
In: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Boucher C, Rahmann S (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 13:1-13:16. -
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2021 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2952705Bonizzoni P, De Felice C, Petescia A, Pirola Y, Rizzi R, Stoye J, Zaccagnino R, Zizza R (2021)PUB
Can We Replace Reads by Numeric Signatures? Lyndon Fingerprints as Representations of Sequencing Reads for Machine Learning.
In: Proceedings of AlCoB 2021. LNBI, 12715. 16-28. -
2021 | Sonderausgabe Zeitschrift | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949108Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (Eds) (2021)PUB | DOI | Download (ext.)
Computational Methods for Microbiome Analysis.
Frontiers in Genetics Research Topic. -
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2021)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Computing the rearrangement distance of natural genomes.
Journal of Computational Biology 28(4): 410-431. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945991Sundermann LK, Wintersinger J, Rätsch G, Stoye J, Morris Q (2021)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
Reconstructing Tumor Evolutionary Histories and Clone Trees in Polynomial-time with SubMARine.
PLOS Computational Biology 17(1): e1008400. -
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2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2943670Rubert D, Araujo E, Stefanes MA, Stoye J, Martinez FV (2020)PUB | Download (ext.) | arXiv
On motifs in colored graphs.
arXiv:2005.13634. -
2020 | Report | PUB-ID: 2944669Glöckner FO, Diepenbroek M, Felden J, Güntsch A, Stoye J, Overmann J, Wimmers K, Kostadinov I, Yahyapour R, Müller W, Scholz U, Triebel D, Frenzel M, Gemeinholzer B, Goesmann A, König-Ries B, Bonn A, Seeger B (2020)PUB | DOI
NFDI4BioDiversity - A Consortium for the National Research Data Infrastructure (NFDI) : Proposal.
Zenodo. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945430Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long Reads.
iScience 23(8): 101389. -
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2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)PUB | Download (ext.) | arXiv
Computing the rearrangement distance of natural genomes.
arXiv:2001.02139. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S (2020)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach.
Molecular Biology and Evolution 37(5): 1470–1479. -
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2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940602Haghshenas E, Asghari H, Stoye J, Chauve C, Hach F (2020)PUB | DOI | Download (ext.) | Preprint
HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long Reads.
bioRxiv. -
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2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2953267Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, De Domenico E, Wendisch D, Grasshoff M, Kapellos TS, Beckstette M, Pecht T, Saglam A, Dietrich O, Mei HE, Schulz AR, Conrad C, Kunkel D, Vafadarnejad E, Xu C-J, Horne A, Herbert M, Drews A, Thibeault C, Pfeiffer M, Hippenstiel S, Hocke A, Müller-Redetzky H, Heim K-M, Machleidt F, Uhrig A, Bosquillon de Jarcy L, Jürgens L, Stegemann M, Glösenkamp CR, Volk H-D, Goffinet C, Landthaler M, Wyler E, Georg P, Schneider M, Dang-Heine C, Neuwinger N, Kappert K, Tauber R, Corman V, Raabe J, Kaiser KM, Vinh MT, Rieke G, Meisel C, Ulas T, Becker M, Geffers R, Witzenrath M, Drosten C, Suttorp N, von Kalle C, Kurth F, Händler K, Schultze JL, Aschenbrenner AC, Li Y, Nattermann J, Sawitzki B, Saliba A-E, Sander LE, Angelov A, Bals R, Bartholomäus A, Becker A, Bezdan D, Bonifacio E, Bork P, Clavel T, Colome-Tatche M, Diefenbach A, Dilthey A, Fischer N, Förstner K, Frick J-S, Gagneur J, Goesmann A, Hain T, Hummel M, Janssen S, Kalinowski J, Kallies R, Kehr B, Keller A, Kim-Hellmuth S, Klein C, Kohlbacher O, Korbel JO, Kurth I, Landthaler M, Li Y, Ludwig K, Makarewicz O, Marz M, McHardy A, Mertes C, Nöthen M, Nürnberg P, Ohler U, Ossowski S, Overmann J, Peter S, Pfeffer K, Poetsch AR, Pühler A, Rajewsky N, Ralser M, Rieß O, Ripke S, Nunes da Rocha U, Rosenstiel P, Saliba A-E, Sander LE, Sawitzki B, Schiffer P, Schulte E-C, Schultze JL, Sczyrba A, Stegle O, Stoye J, Theis F, Vehreschild J, Vogel J, von Kleist M, Walker A, Walter J, Wieczorek D, Ziebuhr J (2020)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Severe COVID-19 Is Marked by a Dysregulated Myeloid Cell Compartment.
Cell 182(6): 1419-1440.e23. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2948972Setubal JC, Stoye J, Dutilh BE (2020)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Editorial: Computational Methods for Microbiome Analysis.
Frontiers in Genetics 11: 623897. -
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932884Oey H, Zakrzewski M, Gravermann K, Young ND, Korhonen PK, Gobert GN, Nawaratna S, Hasan S, Martínez DM, You H, Lavin M, Jones M, Ragan MA, Stoye J, Oleaga A, Emery AM, Webster B, Rollinson D, Gasser RB, McManus DP, Krause L (2019)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium.
PLOS Pathogens 15(1): e1007513. -
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937148Alanko J, Bannai H, Cazaux B, Peterlongo P, Stoye J (2019)PUB | DOI
Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time.
In: Proceedings of WABI 2019. Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 143. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik : 8:1-8:9. -
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2018)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression.
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 25(7): 825-836. -
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2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913921Zekic T, Holley G, Stoye J (2018)PUB | DOI
Pan-genome Storage and Analysis Techniques.
In: Comparative Genomics. Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 29-53. -
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919012Jaenicke S, Albaum S, Blumenkamp P, Linke B, Stoye J, Goesmann A (2018)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Flexible metagenome analysis using the MGX framework.
Microbiome 6(1): 76. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2018)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15(6): 2094-2100. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, Deshpande S, Dantas S, Moret BME, Stoye J (2017)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies.
Journal of Computational Biology 24(6): 616-634. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)PUB | DOI
Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ.
In: Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Meidanis J, Nakhleh L (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 10562. Cham: Springer Verlag: 76-100. -
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556Jünemann S, Kleinbölting N, Jaenicke S, Henke C, Hassa J, Nelkner J, Stolze Y, Albaum S, Schlüter A, Goesmann A, Sczyrba A, Stoye J (2017)PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research.
Journal of Biotechnology 261(SI): 10-23. -
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)PUB | Download (ext.) | arXiv
Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings.
arXiv: 1702.01280. -
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930Winter S, Jahn K, Wehner S, Kuchenbecker L, Marz M, Stoye J, Böcker S (2016)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Finding approximate gene clusters with GECKO 3.
Nucleic Acids Research 44(20): 9600-9610. -
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900111Kowada LAB, Doerr D, Dantas S, Stoye J (2016)PUB | DOI
New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies.
In: Research in Computational Molecular Biology. RECOMB 2016. Singh M (Ed); Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI), 9649. Springer: 204-224. -
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900421Krause L, Nones K, Loffler KA, Nancarrow D, Oey H, Tang YH, Wayte NJ, Patch AM, Patel K, Brosda S, Manning S, Lampe G, Clouston A, Thomas J, Stoye J, Hussey DJ, Watson DI, Lord RV, Phillips WA, Gotley D, Smithers BM, Whiteman DC, Hayward NK, Grimmond SM, Waddell N, Barbour AP (2016)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma.
Carcinogenesis 37(4): 356-365. -
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2016)PUB | DOI
A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates.
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Frith M, Storm Pedersen CN (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 9838. Cham: Springer: 293-306. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sorting linear genomes with rearrangements and indels.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12(3): 500-506. -
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2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780229Meidanis J, Stoye J (Eds) (2015)PUB | Download (ext.)
Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Bioinformatics.
BMC Bioinformatics 16(Supplement 14). -
2015 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2780232Meidanis J, Stoye J (Eds) (2015)PUB | Download (ext.)
Proceedings of the 13th Annual Research in Computational Molecular Biology (RECOMB) Satellite Workshop on Comparative Genomics: Genomics.
BMC Genomics 16(Supplement 10). -
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497Holley G, Wittler R, Stoye J (2015)PUB | DOI
Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage.
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings. Pop M, Touzet H (Eds); Lecture Notes in Computer Science , 9289. Berlin, Heidelberg: Springer: 217-230. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry.
Bioinformatics 30(7): 988-995. -
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665038Schwientek P, Neshat A, Kalinowski J, Klein A, Rückert C, Schneiker-Bekel S, Wendler S, Stoye J, Pühler A (2014)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts.
Journal of Biotechnology 190: 85-95. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2665333Henrich B, Rumming M, Sczyrba A, Velleuer E, Dietrich R, Gerlach W, Gombert M, Rahn S, Stoye J, Borkhardt A, Fischer U (2014)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Mycoplasma salivarium as a Dominant Coloniser of Fanconi Anaemia Associated Oral Carcinoma.
PLoS ONE 9(3): e92297. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences.
Bioinformatics 30(16): 2247-2254. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685988Jakobi T, Brinkrolf K, Tauch A, Noll T, Stoye J, Pühler A, Goesmann A (2014)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing.
Journal of Biotechnology 190: 64-75. -
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773Jünemann S, Prior K, Albersmeier A, Albaum S, Kalinowski J, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2014)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers.
PLOS ONE 9(9): e107014. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, Wieseke N, Thévenin A, Stoye J, Hartmann RK, Prohaska SJ, Stadler PF (2014)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets.
PLoS ONE 9(8): e105015. -
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2684241Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2014)PUB | DOI
On the family-free DCJ distance.
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2014. Brown D, Morgenstern B (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8701. Berlin ; Heidelberg: Springer Verlag: 174-186. -
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ (2013)PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences.
BMC Bioinformatics 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575361Krell P, Reuther S, Fischer U, Keller T, Weber S, Gombert M, Schuster FR, Asang C, Stepensky P, Strahm B, Meisel R, Stoye J, Borkhardt A (2013)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a beta chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis.
Haematologica 98(9): 1388-1396. -
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2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611641Dias Vieira Braga M, Stoye J (2013)PUB | DOI
Restricted DCJ-Indel Model Revisited.
In: Advances in Bioinformatics and Computational Biology. BSB 2013. Setubal JC, Almeida NF (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 8213. Cham: Springer Verlag: 36-46. -
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)PUB | DOI
The Potential of Family-Free Genome Comparison.
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307. -
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison.
Nature biotechnology 31(12): 1148. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548236Schwientek P, Wendler S, Neshat A, Eirich C, Rückert C, Klein A, Wehmeier UF, Kalinowski J, Stoye J, Pühler A (2013)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media.
Journal of Biotechnology 167(2): 166-177. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529202Zakrzewski M, Bekel T, Ander C, Pühler A, Rupp O, Stoye J, Schlüter A, Goesmann A (2013)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
MetaSAMS - A novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets.
Journal of Biotechnology 167(2): 156-165. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922Jünemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, John U, Kalinowski J, Mellmann A, Goesmann A, von Haeseler A, Stoye J, Harmsen D (2013)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Updating benchtop sequencing performance comparison.
Nature Biotechnology 31(4): 294-296. -
2012 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2468382Hoffmann N, Stoye J (2012)PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
Generic Software Frameworks for GC-MS Based Metabolomics.
In: Metabolomics. Roessner U (Ed); InTech: 73-98. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2486060Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Kalinowski J, Klein A, Selber K, Wehmeier UF, Stoye J, Pühler A (2012)PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110.
BMC Genomics 13(1): 112. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230Jünemann S, Prior K, Szczepanowski R, Harks I, Ehmke B, Goesmann A, Stoye J, Harmsen D (2012)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing.
PLoS ONE 7(8): e41606. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, Wilhelm M, Högy P, Niehaus K, Stoye J (2012)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets.
BMC Bioinformatics 13(1): 21. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J (2012)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ.
Bioinformatics 28(19): 2509-2511. -
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S (2011)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Swiftly Computing Center Strings.
BMC Bioinformatics 12(1): 106. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J (2011)PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Consistency of Sequence-Based Gene Clusters.
Journal of Computational Biology 18(9): 1023-1039. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2011)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation.
Journal of Computational Biology 18(9): 1231-1241. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2011)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Double Cut and Join with Insertions and Deletions.
Journal of Computational Biology 18(9): 1167-1184. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, Jaenicke S, Kalinowski J, Stoye J, Goesmann A (2011)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming.
Bioinformatics 27(10): 1351-1358. -
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2354746Schwientek P, Szczepanowski R, Rückert C, Stoye J, Pühler A (2011)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sequencing of high G + C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology.
Journal of Biotechnology 155(1): 68-77. -
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1795670Wittkop T, Emig D, Lange SJ, Rahmann S, Albrecht M, Morris JH, Böcker S, Stoye J, Baumbach J (2010)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Partitioning Biological Data with Transitivity Clustering.
Nature Methods 7(6): 419-420. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919211Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S (2010)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Swiftly Computing Center Strings.
In: Proc. of WABI 2010. LNBI, 6293. 325-336. -
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2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217Wittler R, Stoye J (2010)PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Consistency of Sequence-based Gene Clusters.
In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI, 6398. Springer Verlag: 252-263. -
2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918836Besenbacher S, Schwikowski B, Stoye J (2010)PUB | DOI
Indexing and Searching a Mass Spectrometry Database.
In: Algorithms and Applications: Essays Dedicated to Esko Ukkonen on the Occasion of His 60th Birthday. Elomaa T, Mannila H, Orponen P (Eds); LNCS, 6060. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg: 62-76. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1966439Trost E, Ott L, Schneider J, Schröder J, Jaenicke S, Goesmann A, Husemann P, Stoye J, Alves Dorella F, Souza Rocha F, de Castro Soares S, D'Afonseca V, Miyoshi A, Ruiz J, Silva A, Azevedo V, Burkovski A, Guiso N, Join-Lambert OF, Kayal S, Tauch A (2010)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence.
BMC Genomics 11(1): 728. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893890Husemann P, Stoye J (2010)PUB | Download (ext.)
Repeat-aware Comparative Genome Assembly.
In: Proc. of GCB 2010. LNI, P-173. 61-70. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893893Husemann P, Stoye J (2010)PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Phylogenetic Comparative Assembly.
Algorithms for Molecular Biology 5(1): 3. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1897997Bergeron A, Medvedev P, Stoye J (2010)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rearrangement Models and Single-Cut Operations.
Journal of Computational Biology 17(9): 1213-1225. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898012Blin G, Faye D, Stoye J (2010)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Finding Nested Common Intervals Efficiently.
Journal of Computational Biology 17(9): 1183-1194. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025Dias Vieira Braga M, Stoye J (2010)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
The Solution Space of Sorting by DCJ.
Journal of Computational Biology 17(9): 1145-1165. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556Husemann P, Stoye J (2010)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly.
Bioinformatics 26(4): 570-571. -
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2445157Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2010)PUB | Download (ext.)
Computing the Genomic Distance in Linear Time.
In: Dagstuhl Seminar Proceedings: 10231 Abstracts Collection : Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Apostolico A, Dress A, Parida L (Eds);10231. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 18. -
2010 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907492Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2010)PUB | Download (ext.)
A New Linear Time Algorithm to Compute the Genomic Distance Via the Double Cut and Join Distance.
In: Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies. Apostolico A, Dress A, Parida L, Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik (Eds); Dagstuhl Seminar Proceedings, 10231. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany: Online-Ressource. -
2009 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918945Stoye J (2009)PUB
Computational Short Read Metagenomics.
Presented at the JOBIM 2009, Nantes, France. -
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2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919207Blin G, Stoye J (2009)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Finding Nested Common Intervals Efficiently.
In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI, 5817. 59-69. -
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919209Medvedev P, Stoye J (2009)PUB | DOI
Rearrangement Models and Single-Cut Operations.
In: Comparative Genomics : International Workshop, RECOMB-CG 2009, Budapest, Hungary, September 27-29, 2009. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science, 5817. Berlin, Heidelberg: Springer: 84-97. -
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893884Husemann P, Stoye J (2009)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Phylogenetic Comparative Assembly.
In: Proc. of WABI 2009. LNBI, 5724. 145-156. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898105Böcker S, Jahn K, Mixtacki J, Stoye J (2009)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Computation of Median Gene Clusters.
Journal of Computational Biology 16(8): 1085-1099. -
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098Gerlach W, Jünemann S, Tille F, Goesmann A, Stoye J (2009)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads.
BMC Bioinformatics 10(1): 430. -
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM (2009)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG).
BIOINFORMATICS 25(21): 2863-2864. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319Hoffmann N, Stoye J (2009)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data.
Bioinformatics 25(16): 2080-2081. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507Stoye J, Wittler R (2009)PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 6(3): 387-400. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634447Bekel T, Henckel K, Küster H, Meyer F, Mittard-Runte V, Neuweger H, Paarmann D, Rupp O, Zakrzewski M, Pühler A, Stoye J, Goesmann A (2009)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
The Sequence Analysis and Management System - SAMS-2.0: Data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies.
Journal of Biotechnology 140(1-2): 3-12. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785Oehm S, Gilbert D, Tauch A, Stoye J, Goesmann A (2008)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36(Web Server): W433-W437. -
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586009Krause L, Diaz NN, Edwards RA, Gartemann K-H, Krömeke H, Neuweger H, Pühler A, Runte KJ, Schlüter A, Stoye J, Szczepanowski R, Tauch A, Goesmann A (2008)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor.
JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 136(1-2): 91-101. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364Krause L, Diaz NN, Goesmann A, Kelley S, Nattkemper TW, Rohwer F, Edwards RA, Stoye J (2008)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments.
Nucleic Acids Research 36(7): 2230-2239. -
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2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919195Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2008)PUB | DOI
HP Distance via Double Cut and Join Distance.
In: Combinatorial Pattern Matching. 19th Annual Symposium, CPM 2008, Pisa, Italy, June 18-20, 2008 Proceedings. Lecture Notes in Computer Science, 5029, 56-68. -
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, Persicke M, Watt T, Niehaus K, Stoye J, Goesmann A (2008)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data.
Bioinformatics 24(23): 2726-2732. -
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2007 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918828Schmidt T, Stoye J (2007)PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
Chapter 12: Gecko and GhostFam - Rigorous and Efficient Gene Cluster Detection in Prokaryotic Genomes.
In: Comparative Genomics, Volume 2. Bergman NH (Ed); Methods in Molecular Biology, 396. Totowa, NJ: Humana Press Inc.: 165-182. -
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1630781Mellmann A, Weniger T, Berssenbrügge C, Rothgänger J, Sammeth M, Stoye J, Harmsen D (2007)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms.
BMC MICROBIOLOGY 7(1): 98. -
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597213Sammeth M, Stoye J (2006)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 3(4): 395-407. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597313Bergeron A, Stoye J (2006)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison.
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(7): 1340-1354. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599570Rasmussen KR, Stoye J, Myers EW (2006)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length.
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(2): 296-308. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599574Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2006)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
On sorting by translocations.
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(2): 567-578. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943Sammeth M, Griebel T, Tille F, Stoye J (2006)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis.
BIOINFORMATICS 22(7): 889-890. -
2006 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918946Stoye J (2006)PUB
Index Structures in Biological Sequence Analysis: From Simplicity to Complexity and Back.
Presented at the JOBIM 2006, Bordeaux, France. -
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957Krause L, Diaz NN, Bartels D, Edwards RA, Pühler A, Rohwer F, Meyer F, Stoye J (2006)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment.
BIOINFORMATICS 22(14): e281-e289. -
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302Bartels D, Kespohl S, Albaum S, Drüke T, Goesmann A, Herold J, Kaiser O, Pühler A, Pfeiffer F, Raddatz G, Stoye J, Meyer F, Schuster SC (2005)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison.
Bioinformatics 21(7): 853-859. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918947Böcker S, Stoye J (2005)PUB
Informatische Methoden zur Protein-Identifikation.
LaborPraxis 29(10): 24-26. -
2005 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919012Schürmann K-B, Stoye J (2005)PUB
An Incomplex Algorithm for Fast Suffix Array Construction.
In: Proc. of ALENEX/ANALCO 2005. 77-85. -
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2005 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918824Bergeron A, Mixtacki J, Stoye J (2005)PUB
Chapter 10: The Inversion Distance Problem.
In: Mathematics of Evolution and Phylogeny. Gascuel O (Ed); Oxford University Press: 262-290. -
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2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823Giegerich R, Stoye J (Eds) (2004)PUB
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004.
Lecture Notes in Informatics P-53: 234. -
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612664Heber S, Stoye J (2003)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
The European Conference on Computational Biology.
Drug Discovery Today 8(3): 113-114. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949Giegerich R, Stoye J (2003)PUB
Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik.
Forschung an der Universität Bielefeld 26: 63-68. -
2003 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919005Bannert C, Stoye J (2003)PUB
Evaluation of the Jumping Alignment Algorithm with Artificial and Biological Data.
In: Proc. of GCB 2003. 21-25. -
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2002 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918951Stoye J (2002)PUB
Index Structures for Large Sequence Data: Suffix Trees and Affix Trees.
In: Lecture Notes in Informatics. Schubert S, Reusch B, Jesse N (Eds);P-20. 67-67. -
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918995Heber S, Stoye J, Frohme M, Hoheisel J, Vingron M (2002)PUB
Resampling Methods in Physical Mapping.
In: Proc. of GfKl 2000. 437-444. -
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919000Cieliebak M, Lipták Z, Welzl E, Erlebach T, Stoye J (2002)PUB
Algorithmic Complexity of Protein Identification: Searching in Weighted Strings.
In: Proc. of IFIP TCS 2002. 143-156. -
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2001)PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale.
Nucleic Acids Research 29(22): 4633-4642. -
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2001 | Report | PUB-ID: 1970479Cieliebak M, Erlebach T, Lipták Z, Stoye J, Welzl E (2001)PUB
Algorithmic Complexity of Protein Identification: Combinatorics of Weighted Strings. Technical Report.
ETH Zürich, Dept. of Computer Science. -
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2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918981Heber S, Stoye J, Hoheisel J, Vingron M (2000)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Contig Selection in Physical Mapping.
In: Proc. of RECOMB 2000. 155-164. -
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918985Spang R, Rehmsmeier M, Stoye J (2000)PUB | PubMed | Europe PMC
Sequence Database Search Using Jumping Alignments.
In: Proc. of ISMB 2000. 367-375. -
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988Kurtz S, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2000)PUB | PubMed | Europe PMC
Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes.
In: Proc. of ISMB 2000. 228-238. -
2000 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918813Bornberg-Bauer E, Rost U, Stoye J, Vingron M (Eds) (2000)PUB
Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2000.
Berlin: Logos Verlag. -
2000 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918817Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (2000)PUB
Finding Maximal Pairs with Bounded Gap.
In: Matching Patterns (Journal of Discrete Algorithms). Crochemore M, Gąsieniec L (Eds); 77-104. -
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1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918978Reinert K, Will T, Stoye J (1999)PUB | Download (ext.)
Combining Divide-and-Conquer, the A*-Algorithm, and Successive Realignment Approaches to Speed up Multiple Sequence Alignment.
In: Proc. of GCB 1999. 17-24. -
1999 | Report | PUB-ID: 1970495Morgenstern B, Stoye J, Dress A (1999)PUB
Consistent Equivalence Relations: A Set-Theoretical Framework for Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1999 | Report | PUB-ID: 1970509Brodal GS, Lyngsø RB, Pedersen CNS, Stoye J (1999)PUB
Finding Maximal Pairs with Bounded Gap. Report.
BRICS, Department of Computer Science, University of Aarhus. -
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1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918538Hildebrand M, Stoye J (1998)PUB
Die Bedeutung der Zusammenarbeit der Disziplinen in der Anwendung - erläutert anhand von Beispielen.
Der Mathematikunterricht 44(6): 34-53. -
1998 | Report | PUB-ID: 1970513Gusfield D, Stoye J (1998)PUB
Linear Time Algorithms for Finding and Representing all the Tandem Repeats in a String. Report.
Department of Computer Science, University of California, Davis. -
1998 | Report | PUB-ID: 1970515Stoye J, Gusfield D (1998)PUB
Simple and Flexible Detection of Contiguous Repeats Using a Suffix Tree. Report.
Department of Computer Science, University of California, Davis. -
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488102Dress A, Morgenstern B, Stoye J (1998)PUB
The Number of Standard and of Effective Multiple Alignments.
Appl. Math. Lett. 11(4): 43-49. -
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1667885Stoye J, Evers D, Meyer F (1997)PUB | PubMed | Europe PMC
Generating benchmarks for multiple sequence alignments and phylogenetic reconstructions.
In: Proc. of ISMB 1997. 303-306. -
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1997 | Report | PUB-ID: 1970517Stoye J, Evers D, Meyer F (1997)PUB
Rose: Generating Sequence Families. Forschungsberichte.
Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970520Perrey SW, Stoye J, Moulton V (1997)PUB
FDCA: Fast and Accurate Approximation to Sum-of-Pairs Score Optimal Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970523Dress A, Morgenstern B, Stoye J (1997)PUB
On the Number of Standard and Effective Multiple Alignments. Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970526Perrey SW, Stoye J, Moulton V, Dress A (1997)PUB
On Simultaneous versus Iterative Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970529Brinkmann G, Dress A, Perrey SW, Stoye J (1997)PUB
Two Applications of the Divide & Conquer Principle in the Molecular Sciences. Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1997 | Report | PUB-ID: 1970532Stoye J (1997)PUB
Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment. Forschungsberichte.
Technische Fakultät der Universität Bielefeld. -
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2488107Stoye J, Moulton V, Dress A (1997)PUB
DCA: An efficient implementation of the divide-and-conquer approach to simultaneous multiple sequence alignment.
CABIOS 13(6): 625-626. -
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773351Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A (1996)PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
A general method for fast multiple sequence alignment.
Gene 172(1): GC33-GC41. -
1996 | Report | PUB-ID: 1970533Perrey SW, Stoye J (1996)PUB
Fast Approximation to the NP-hard Problem of Multiple Sequence Alignment. Information and Mathematical Sciences Reports, Series B.
Dept. of Mathematics, Massey University, Palmerston North, New Zealand. -
1996 | Report | PUB-ID: 1970535Stoye J, Dress A, Perrey SW (1996)PUB
Improving the Divide-and-Conquer Approach to Sum-of-Pairs Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld. -
1996 | Report | PUB-ID: 1970537Tönges U, Perrey SW, Stoye J, Dress A (1996)PUB
A General Method for Fast Multiple Sequence Alignment. Materialien/Preprints.
Forschungsschwerpunkt Mathematisierung, Universität Bielefeld.