Burkhard Linke
PEVZ-ID
33 Publikationen
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2730423Chakarov, N., Linke, B., Boerner, M., Goesmann, A., Krüger, O. & Hoffman, J. (2015). Apparent vector-mediated parent-to-offspring transmission in an avian malaria-like parasite. Molecular Ecology, 24(6), 1355-1363. Wiley. doi:10.1111/mec.13115.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581Brinkrolf, K., Rupp, O., Laux, H., Kollin, F., Ernst, W., Linke, B., Kofler, R., Romand, S., Hesse, F., Budach, W.E., Galosy, S., Müller, D., Noll, T., Wienberg, J., Jostock, T., Leonard, M., Grillari, J., Tauch, A., Goesmann, A., Helk, B., Mott, J.E., Pühler, A. & Borth, N. (2013). Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes. Nature Biotechnology, 31(8), 694-695. Nature Publishing Group. doi:10.1038/nbt.2645.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535Heinl, S., Wibberg, D., Eikmeyer, F.G., Szczepanowski, R., Blom, J., Linke, B., Goesmann, A., Grabherr, R., Schwab, H., Pühler, A. & Schlüter, A. (2012). Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage. Journal of Biotechnology, 161(2), 153-166. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2012.03.007.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281Zischka, M., Kuenne, C., Blom, J., Dabrowski, P.W., Linke, B., Hain, T., Nitsche, A., Goesmann, A., Larsen, J., Jensen, L.B., Witte, W. & Werner, G. (2012). Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32. Journal of Bacteriology, 194(19), 5490-5491. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.01298-12.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445Schneider, J., Blom, J., Jaenicke, S., Linke, B., Brinkrolf, K., Neuweger, H., Tauch, A. & Goesmann, A. (2011). RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data. Journal of Biotechnology, 155(1), 118-126. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.10.076.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032Joseph, B., Schwarz, R.F., Linke, B., Blom, J., Becker, A., Claus, H., Goesmann, A., Frosch, M., Mueller, T., Vogel, U. & Schoen, C. (2011). Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome. PLoS ONE, 6(4): e18441. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0018441.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892Schneiker-Bekel, S., Wibberg, D., Bekel, T., Blom, J., Linke, B., Neuweger, H., Stiens, M., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Goesmann, A., Pühler, A. & Schlüter, A. (In Press). The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome. Journal of Biotechnology, 155(1), 20-33. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2010.12.018.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578Linke, B., Giegerich, R. & Goesmann, A. (2011). Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics, 27(7), 903-911. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btr040.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275Trost, E., Götker, S., Schneider, J., Schneiker-Bekel, S., Szczepanowski, R., Tilker, A., Viehöver, P., Arnold, W., Bekel, T., Blom, J., Gartemann, K.-H., Linke, B., Goesmann, A., Pühler, A., Shukla, S.K. & Tauch, A. (2010). Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion. BMC Genomics, 11(1): 91. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-11-91.
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2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907Mittard-Runte, V., Bekel, T., Blom, J., Dondrup, M., Henckel, K., Jaenicke, S., Krause, L., Linke, B., Neuweger, H., Schneiker-Bekel, S. & Goesmann, A. (2010). Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In J.M. Cock, K. Tessmar-Raible, C. Boyen & F. Viard (Hrsg.), Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics) (S. 315-396). Netherlands: Springer Netherlands. doi:10.1007/978-90-481-8639-6_9.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110Joseph, B., Schneiker-Bekel, S., Schramm-Glueck, A., Blom, J., Claus, H., Linke, B., Schwarz, R.F., Becker, A., Goesmann, A., Frosch, M. & Schoen, C. (2010). Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence. JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 192(20), 5363-5377. American Society for Microbiology. doi:10.1128/JB.00883-10.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467Becker, A., Barnett, M.J., Capela, D., Dondrup, M., Kamp, P.-B., Krol, E., Linke, B., Rüberg, S., Runte, K., Schroeder, B.K., Weidner, S., Yurgel, S.N., Batut, J., Long, S.R., Pühler, A. & Goesmann, A. (2009). A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 140(1-2), 45-50. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2008.11.006.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C.K., Kuester, H., Linke, B., Mertens, D., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Runte, K.J., Tauch, A., Tille, F., Pühler, A. & Goesmann, A. (2009). EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics, 10(1): 50. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-10-50.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292Gross, R., Guzman, C.A., Sebaihia, M., Martins dos Santos, V.A.P., Pieper, D.H., Koebnik, R., Lechner, M., Bartels, D., Buhrmester, J., Choudhuri, J.V., Ebensen, T., Gaigalat, L., Herrmann, S., Khachane, A.N., Larisch, C., Link, S., Linke, B., Meyer, F., Mormann, S., Nakunst, D., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Schulze, K., Vorhölter, F.-J., Yevsa, T., Engle, J.T., Goldman, W.E., Pühler, A., Göbel, U.B., Goesmann, A., Blöcker, H., Kaiser, O. & Martinez-Arias, R. (2008). The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae. BMC Genomics, 9(1): 449. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.1186/1471-2164-9-449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024Vorhölter, F.-J., Schneiker-Bekel, S., Goesmann, A., Krause, L., Bekel, T., Kaiser, O., Linke, B., Patschkowski, T., Rückert, C., Schmid, J., Sidhu, V.K., Sieber, V., Tauch, A., Watt, S.A., Weisshaar, B., Becker, A., Niehaus, K. & Pühler, A. (2008). The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis. Journal of Biotechnology, 134(1-2), 33-45. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2007.12.013.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257Schoen, C., Blom, J., Claus, H., Schramm-Glueck, A., Brandt, P., Mueller, T., Goesmann, A., Joseph, B., Konietzny, S., Kurzai, O., Schmitt, C., Friedrich, T., Linke, B., Vogel, U. & Frosch, M. (2008). Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 105(9), 3473-3478. NATL ACAD SCIENCES. doi:10.1073/pnas.0800151105.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327Schneiker-Bekel, S., Perlova, O., Kaiser, O., Gerth, K., Alici, A., Altmeyer, M.O., Bartels, D., Bekel, T., Beyer, S., Bode, E., Bode, H.B., Bolten, C.J., Choudhuri, J.V., Doss, S., Elnakady, Y.A., Frank, B., Gaigalat, L., Goesmann, A., Groeger, C., Gross, F., Jelsbak, L., Jelsbak, L., Kalinowski, J., Kegler, C., Knauber, T., Konietzny, S., Kopp, M., Krause, L., Krug, D., Linke, B., Mahmud, T., Martinez-Arias, R., McHardy, A.C., Merai, M., Meyer, F., Mormann, S., Munoz-Dorado, J., Perez, J., Pradella, S., Rachid, S., Raddatz, G., Rosenau, F., Rückert, C., Sasse, F., Scharfe, M., Schuster, S.C., Suen, G., Treuner-Lange, A., Velicer, G.J., Vorhölter, F.-J., Weissman, K.J., Welch, R.D., Wenzel, S.C., Whitworth, D.E., Wilhelm, S., Wittmann, C., Bloecker, H., Pühler, A. & Mueller, R. (2007). Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum. Nature Biotechnology, 25(11), 1281-1289. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1354.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047Meisinger-Henschel, C., Schmidt, M., Lukassen, S., Linke, B., Krause, L., Konietzny, S., Goesmann, A., Howley, P., Chaplin, P., Suter, M. & Hausmann, J. (2007). Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, 88(12), 3249-3259. SOC GENERAL MICROBIOLOGY. doi:10.1099/vir.0.83156-0.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1632609Martens, M., Weidner, S., Linke, B., de Vos, P., Gillis, M. & Willems, A. (2007). A prototype taxonomic microarray targeting the rpsA housekeeping gene permits species identification within the rhizobial genus Ensifer. SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY, 30(5), 390-400. ELSEVIER GMBH, URBAN & FISCHER VERLAG. doi:10.1016/j.syapm.2007.01.002.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976Krause, A., Ramakumar, A., Bartels, D., Battistoni, F., Bekel, T., Boch, J., Boehm, M., Friedrich, F., Hurek, T., Krause, L., Linke, B., McHardy, A.C., Sarkar, A., Schneiker-Bekel, S., Syed, A.A., Thauer, R., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Pühler, A., Reinhold-Hurek, B., Kaiser, O. & Goesmann, A. (2006). Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72. Nature Biotechnology, 24(11), 1385-1391. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1243.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182Schneiker-Bekel, S., dos Santos, V.A.P.M., Bartels, D., Bekel, T., Brecht, M., Buhrmester, J., Chernikova, T.N., Denaro, R., Ferrer, M., Gertler, C., Goesmann, A., Golyshina, O.V., Kaminski, F., Khachane, A.N., Lang, S., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Nechitaylo, T., Pühler, A., Regenhardt, D., Rupp, O., Sabirova, J.S., Selbitschka, W., Yakimov, M.M., Timmis, K.N., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Kaiser, O. & Golyshin, P.N. (2006). Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis. Nature Biotechnology, 24(8), 997-1004. Nature Publ. Group. doi:10.1038/nbt1232.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2382786Linke, B., McHardy, A.C., Neuweger, H., Krause, L. & Meyer, F. (2006). The REGANOR gene prediction server for prokaryotic genomes and a database of high quality gene predictions for prokaryotes. Applied Bioinformatics, 5(3), 193-198. Springer Science and Business Media LLC. doi:10.2165/00822942-200605030-00008.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652Overbeek, R., Begley, T., Butler, R.M., Choudhuri, J.V., Chuang, H.-Y., Cohoon, M., Crécy-Lagard, V. de, Diaz, N.N., Disz, T., Edwards, R., Fonstein, M., Frank, E.D., Gerdes, S., Glass, E.M., Goesmann, A., Hanson, A., Iwata-Reuyl, D., Jensen, R., Jamshidi, N., Krause, L., Kubal, M., Larsen, N., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Neuweger, H., Olsen, G., Olson, R., Osterman, A., Portnoy, V., Pusch, G.D., Rodionov, D.A., Rückert, C., Steiner, J., Stevens, R., Thiele, I., Vassieva, O., Ye, Y., Zagnitko, O. & Vonstein, V. (2005). The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes. Nucleic Acids Research, 33(17), 5691-5702. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gki866.
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644Goesmann, A., Linke, B., Bartels, D., Dondrup, M., Krause, L., Neuweger, H., Oehm, S., Paczian, T., Wilke, A. & Meyer, F. (2005). BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser. Nucleic Acids Research, 33(Web Server), W710-W716. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gki400.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1605656Szczepanowski, R., Krahn, I., Linke, B., Goesmann, A., Pühler, A. & Schlüter, A. (2004). Antibiotic multiresistance plasmid pRSB101 isolated from a wastewater treatment plant is related to plasmids residing in phytopathogenic bacteria and carries eight different resistance determinants including a multidrug transport system. Microbiology, 150(11), 3613-3630. SOC GENERAL MICROBIOLOGY. doi:10.1099/mic.0.27317-0.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260Dondrup, M., Goesmann, A., Bartels, D., Kalinowski, J., Krause, L., Linke, B., Rupp, O., Sczyrba, A., Pühler, A. & Meyer, F. (2003). EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 135-146. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.010.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609286Goesmann, A., Linke, B., Rupp, O., Krause, L., Bartels, D., Dondrup, M., McHardy, A.C., Wilke, A., Pühler, A. & Meyer, F. (2003). Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 157-167. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.007.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610023Baar, C., Eppinger, M., Raddatz, G., Simon, J., Lanz, C., Klimmek, O., Nandakumar, R., Gross, R., Rosinus, A., Keller, H., Jagtap, P., Linke, B., Meyer, F., Lederer, H. & Schuster, S.C. (2003). Complete genome sequence and analysis of Wolinella succinogenes. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 100(20), 11690-11695. NATL ACAD SCIENCES. doi:10.1073/pnas.1932838100.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609328Rüberg, S., Tian, Z.X., Krol, E., Linke, B., Meyer, F., Wang, Y.P., Pühler, A., Weidner, S. & Becker, A. (2003). Construction and validation of a Sinorhizobium meliloti whole genome DNA microarray: genome-wide profiling of osmoadaptive gene expression. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 106(2-3), 255-268. ELSEVIER SCIENCE BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2003.08.005.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880Meyer, F., Goesmann, A., McHardy, A.C., Bartels, D., Bekel, T., Clausen, J., Kalinowski, J., Linke, B., Rupp, O., Giegerich, R. & Pühler, A. (2003). GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research, 31(8), 2187-2195. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/nar/gkg312.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612236Wulf, A., Manthey, K., Doll, J., Perlick, A.M., Linke, B., Bekel, T., Meyer, F., Franken, P., Küster, H. & Krajinski, F. (2003). Transcriptional changes in response to arbuscular mycorrhiza development in the model plant Medicago truncatula. Mol Plant Microbe Interact, 16(4), 306-314. AMER PHYTOPATHOLOGICAL SOC. doi:10.1094/MPMI.2003.16.4.306.
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035Kalinowski, J., Bathe, B., Bartels, D., Bischoff, N., Bott, M., Burkovski, A., Dusch, N., Eggeling, L., Eikmanns, B.J., Gaigalat, L., Goesmann, A., Hartmann, M., Huthmacher, K., Kramer, R., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Mockel, B., Pfefferle, W., Pühler, A., Rey, D.A., Rückert, C., Rupp, O., Sahm, H., Wendisch, V.F., Wiegrabe, I. & Tauch, A. (2003). The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins. Journal of Biotechnology, 104(1-3), 5-25. Elsevier BV. doi:10.1016/S0168-1656(03)00154-8.