PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [33]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2730423

  Chakarov, N., Linke, B., Boerner, M., Goesmann, A., Krüger, O., Hoffman, J.: Apparent vector-mediated parent-to-offspring transmission in an avian malaria-like parasite. Molecular Ecology. 24, 1355-1363 (2015).

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• [32]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581

  Brinkrolf, K., Rupp, O., Laux, H., Kollin, F., Ernst, W., Linke, B., Kofler, R., Romand, S., Hesse, F., Budach, W.E., Galosy, S., Müller, D., Noll, T., Wienberg, J., Jostock, T., Leonard, M., Grillari, J., Tauch, A., Goesmann, A., Helk, B., Mott, J.E., Pühler, A., Borth, N.: Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes. Nature Biotechnology. 31, 694-695 (2013).

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• [31]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535

  Heinl, S., Wibberg, D., Eikmeyer, F.G., Szczepanowski, R., Blom, J., Linke, B., Goesmann, A., Grabherr, R., Schwab, H., Pühler, A., Schlüter, A.: Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage. Journal of Biotechnology. 161, 153-166 (2012).

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• [30]
  

  2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2472937

  Linke, B.: Conveyor - a workflow engine for bioinformatics analyses. Universität, Bielefeld (2012).

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• [29]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281

  Zischka, M., Kuenne, C., Blom, J., Dabrowski, P.W., Linke, B., Hain, T., Nitsche, A., Goesmann, A., Larsen, J., Jensen, L.B., Witte, W., Werner, G.: Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32. Journal of Bacteriology. 194, 5490-5491 (2012).

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• [28]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445

  Schneider, J., Blom, J., Jaenicke, S., Linke, B., Brinkrolf, K., Neuweger, H., Tauch, A., Goesmann, A.: RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data. Journal of Biotechnology. 155, 118-126 (2011).

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• [27]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032

  Joseph, B., Schwarz, R.F., Linke, B., Blom, J., Becker, A., Claus, H., Goesmann, A., Frosch, M., Mueller, T., Vogel, U., Schoen, C.: Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome. PLoS ONE. 6, : e18441 (2011).

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• [26]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892

  Schneiker-Bekel, S., Wibberg, D., Bekel, T., Blom, J., Linke, B., Neuweger, H., Stiens, M., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Goesmann, A., Pühler, A., Schlüter, A.: The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome. Journal of Biotechnology. 155, 20-33 (In Press).

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• [25]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578

  Linke, B., Giegerich, R., Goesmann, A.: Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics. 27, 903-911 (2011).

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• [24]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275

  Trost, E., Götker, S., Schneider, J., Schneiker-Bekel, S., Szczepanowski, R., Tilker, A., Viehöver, P., Arnold, W., Bekel, T., Blom, J., Gartemann, K.-H., Linke, B., Goesmann, A., Pühler, A., Shukla, S.K., Tauch, A.: Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion. BMC Genomics. 11, : 91 (2010).

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• [23]
  

  2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907

  Mittard-Runte, V., Bekel, T., Blom, J., Dondrup, M., Henckel, K., Jaenicke, S., Krause, L., Linke, B., Neuweger, H., Schneiker-Bekel, S., Goesmann, A.: Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: Cock, J.M., Tessmar-Raible, K., Boyen, C., and Viard, F. (eds.) Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). 1, p. 315-396. Springer Netherlands, Netherlands (2010).

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• [22]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110

  Joseph, B., Schneiker-Bekel, S., Schramm-Glueck, A., Blom, J., Claus, H., Linke, B., Schwarz, R.F., Becker, A., Goesmann, A., Frosch, M., Schoen, C.: Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence. JOURNAL OF BACTERIOLOGY. 192, 5363-5377 (2010).

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• [21]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467

  Becker, A., Barnett, M.J., Capela, D., Dondrup, M., Kamp, P.-B., Krol, E., Linke, B., Rüberg, S., Runte, K., Schroeder, B.K., Weidner, S., Yurgel, S.N., Batut, J., Long, S.R., Pühler, A., Goesmann, A.: A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 140, 45-50 (2009).

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• [20]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321

  Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C.K., Kuester, H., Linke, B., Mertens, D., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Runte, K.J., Tauch, A., Tille, F., Pühler, A., Goesmann, A.: EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics. 10, : 50 (2009).

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• [19]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292

  Gross, R., Guzman, C.A., Sebaihia, M., Martins dos Santos, V.A.P., Pieper, D.H., Koebnik, R., Lechner, M., Bartels, D., Buhrmester, J., Choudhuri, J.V., Ebensen, T., Gaigalat, L., Herrmann, S., Khachane, A.N., Larisch, C., Link, S., Linke, B., Meyer, F., Mormann, S., Nakunst, D., Rückert, C., Schneiker-Bekel, S., Schulze, K., Vorhölter, F.-J., Yevsa, T., Engle, J.T., Goldman, W.E., Pühler, A., Göbel, U.B., Goesmann, A., Blöcker, H., Kaiser, O., Martinez-Arias, R.: The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae. BMC Genomics. 9, : 449 (2008).

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• [18]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024

  Vorhölter, F.-J., Schneiker-Bekel, S., Goesmann, A., Krause, L., Bekel, T., Kaiser, O., Linke, B., Patschkowski, T., Rückert, C., Schmid, J., Sidhu, V.K., Sieber, V., Tauch, A., Watt, S.A., Weisshaar, B., Becker, A., Niehaus, K., Pühler, A.: The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis. Journal of Biotechnology. 134, 33-45 (2008).

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• [17]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257

  Schoen, C., Blom, J., Claus, H., Schramm-Glueck, A., Brandt, P., Mueller, T., Goesmann, A., Joseph, B., Konietzny, S., Kurzai, O., Schmitt, C., Friedrich, T., Linke, B., Vogel, U., Frosch, M.: Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 105, 3473-3478 (2008).

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• [16]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327

  Schneiker-Bekel, S., Perlova, O., Kaiser, O., Gerth, K., Alici, A., Altmeyer, M.O., Bartels, D., Bekel, T., Beyer, S., Bode, E., Bode, H.B., Bolten, C.J., Choudhuri, J.V., Doss, S., Elnakady, Y.A., Frank, B., Gaigalat, L., Goesmann, A., Groeger, C., Gross, F., Jelsbak, L., Jelsbak, L., Kalinowski, J., Kegler, C., Knauber, T., Konietzny, S., Kopp, M., Krause, L., Krug, D., Linke, B., Mahmud, T., Martinez-Arias, R., McHardy, A.C., Merai, M., Meyer, F., Mormann, S., Munoz-Dorado, J., Perez, J., Pradella, S., Rachid, S., Raddatz, G., Rosenau, F., Rückert, C., Sasse, F., Scharfe, M., Schuster, S.C., Suen, G., Treuner-Lange, A., Velicer, G.J., Vorhölter, F.-J., Weissman, K.J., Welch, R.D., Wenzel, S.C., Whitworth, D.E., Wilhelm, S., Wittmann, C., Bloecker, H., Pühler, A., Mueller, R.: Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum. Nature Biotechnology. 25, 1281-1289 (2007).

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• [15]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047

  Meisinger-Henschel, C., Schmidt, M., Lukassen, S., Linke, B., Krause, L., Konietzny, S., Goesmann, A., Howley, P., Chaplin, P., Suter, M., Hausmann, J.: Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY. 88, 3249-3259 (2007).

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• [14]
  

  2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1632609

  Martens, M., Weidner, S., Linke, B., de Vos, P., Gillis, M., Willems, A.: A prototype taxonomic microarray targeting the rpsA housekeeping gene permits species identification within the rhizobial genus Ensifer. SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY. 30, 390-400 (2007).

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• [13]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976

  Krause, A., Ramakumar, A., Bartels, D., Battistoni, F., Bekel, T., Boch, J., Boehm, M., Friedrich, F., Hurek, T., Krause, L., Linke, B., McHardy, A.C., Sarkar, A., Schneiker-Bekel, S., Syed, A.A., Thauer, R., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Pühler, A., Reinhold-Hurek, B., Kaiser, O., Goesmann, A.: Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72. Nature Biotechnology. 24, 1385-1391 (2006).

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• [12]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182

  Schneiker-Bekel, S., dos Santos, V.A.P.M., Bartels, D., Bekel, T., Brecht, M., Buhrmester, J., Chernikova, T.N., Denaro, R., Ferrer, M., Gertler, C., Goesmann, A., Golyshina, O.V., Kaminski, F., Khachane, A.N., Lang, S., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Nechitaylo, T., Pühler, A., Regenhardt, D., Rupp, O., Sabirova, J.S., Selbitschka, W., Yakimov, M.M., Timmis, K.N., Vorhölter, F.-J., Weidner, S., Kaiser, O., Golyshin, P.N.: Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis. Nature Biotechnology. 24, 997-1004 (2006).

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• [11]
  

  2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2382786

  Linke, B., McHardy, A.C., Neuweger, H., Krause, L., Meyer, F.: The REGANOR gene prediction server for prokaryotic genomes and a database of high quality gene predictions for prokaryotes. Applied Bioinformatics. 5, 193-198 (2006).

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• [10]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652

  Overbeek, R., Begley, T., Butler, R.M., Choudhuri, J.V., Chuang, H.-Y., Cohoon, M., Crécy-Lagard, V. de, Diaz, N.N., Disz, T., Edwards, R., Fonstein, M., Frank, E.D., Gerdes, S., Glass, E.M., Goesmann, A., Hanson, A., Iwata-Reuyl, D., Jensen, R., Jamshidi, N., Krause, L., Kubal, M., Larsen, N., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Neuweger, H., Olsen, G., Olson, R., Osterman, A., Portnoy, V., Pusch, G.D., Rodionov, D.A., Rückert, C., Steiner, J., Stevens, R., Thiele, I., Vassieva, O., Ye, Y., Zagnitko, O., Vonstein, V.: The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes. Nucleic Acids Research. 33, 5691-5702 (2005).

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• [9]
  

  2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644

  Goesmann, A., Linke, B., Bartels, D., Dondrup, M., Krause, L., Neuweger, H., Oehm, S., Paczian, T., Wilke, A., Meyer, F.: BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser. Nucleic Acids Research. 33, W710-W716 (2005).

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• [8]
  

  2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1605656

  Szczepanowski, R., Krahn, I., Linke, B., Goesmann, A., Pühler, A., Schlüter, A.: Antibiotic multiresistance plasmid pRSB101 isolated from a wastewater treatment plant is related to plasmids residing in phytopathogenic bacteria and carries eight different resistance determinants including a multidrug transport system. Microbiology. 150, 3613-3630 (2004).

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• [7]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260

  Dondrup, M., Goesmann, A., Bartels, D., Kalinowski, J., Krause, L., Linke, B., Rupp, O., Sczyrba, A., Pühler, A., Meyer, F.: EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 106, 135-146 (2003).

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• [6]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609286

  Goesmann, A., Linke, B., Rupp, O., Krause, L., Bartels, D., Dondrup, M., McHardy, A.C., Wilke, A., Pühler, A., Meyer, F.: Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 106, 157-167 (2003).

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• [5]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610023

  Baar, C., Eppinger, M., Raddatz, G., Simon, J., Lanz, C., Klimmek, O., Nandakumar, R., Gross, R., Rosinus, A., Keller, H., Jagtap, P., Linke, B., Meyer, F., Lederer, H., Schuster, S.C.: Complete genome sequence and analysis of Wolinella succinogenes. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 100, 11690-11695 (2003).

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• [4]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609328

  Rüberg, S., Tian, Z.X., Krol, E., Linke, B., Meyer, F., Wang, Y.P., Pühler, A., Weidner, S., Becker, A.: Construction and validation of a Sinorhizobium meliloti whole genome DNA microarray: genome-wide profiling of osmoadaptive gene expression. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. 106, 255-268 (2003).

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• [3]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880

  Meyer, F., Goesmann, A., McHardy, A.C., Bartels, D., Bekel, T., Clausen, J., Kalinowski, J., Linke, B., Rupp, O., Giegerich, R., Pühler, A.: GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research. 31, 2187-2195 (2003).

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• [2]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612236

  Wulf, A., Manthey, K., Doll, J., Perlick, A.M., Linke, B., Bekel, T., Meyer, F., Franken, P., Küster, H., Krajinski, F.: Transcriptional changes in response to arbuscular mycorrhiza development in the model plant Medicago truncatula. Mol Plant Microbe Interact. 16, 306-314 (2003).

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• [1]
  

  2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035

  Kalinowski, J., Bathe, B., Bartels, D., Bischoff, N., Bott, M., Burkovski, A., Dusch, N., Eggeling, L., Eikmanns, B.J., Gaigalat, L., Goesmann, A., Hartmann, M., Huthmacher, K., Kramer, R., Linke, B., McHardy, A.C., Meyer, F., Mockel, B., Pfefferle, W., Pühler, A., Rey, D.A., Rückert, C., Rupp, O., Sahm, H., Wendisch, V.F., Wiegrabe, I., Tauch, A.: The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins. Journal of Biotechnology. 104, 5-25 (2003).

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