33 Publikationen

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  • [33]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2730423
    Chakarov, N.; Linke, B.; Boerner, M.; Goesmann, A.; Krüger, O.; Hoffman, J. (2015): Apparent vector-mediated parent-to-offspring transmission in an avian malaria-like parasite Molecular Ecology,24:(6): 1355-1363.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2615581
    Brinkrolf, K.; Rupp, O.; Laux, H.; Kollin, F.; Ernst, W.; Linke, B.; Kofler, R.; Romand, S.; Hesse, F.; Budach, W. E.; Galosy, S.; Müller, D.; Noll, T.; Wienberg, J.; Jostock, T.; Leonard, M.; Grillari, J.; Tauch, A.; Goesmann, A.; Helk, B.; Mott, J. E.; Pühler, A.; Borth, N. (2013): Chinese hamster genome sequenced from sorted chromosomes Nature Biotechnology,31:(8): 694-695.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [31]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490535
    Heinl, S.; Wibberg, D.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Blom, J.; Linke, B.; Goesmann, A.; Grabherr, R.; Schwab, H.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Insights into the completely annotated genome of Lactobacillus buchneri CD034, a strain isolated from stable grass silage Journal of Biotechnology,161:(2): 153-166.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [30]
    2012 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2472937 OA
    Linke, B. (2012): Conveyor - a workflow engine for bioinformatics analyses. Bielefeld: Universität.
    PUB | PDF
     
  • [29]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526281
    Zischka, M.; Kuenne, C.; Blom, J.; Dabrowski, P. W.; Linke, B.; Hain, T.; Nitsche, A.; Goesmann, A.; Larsen, J.; Jensen, L. B.; Witte, W.; Werner, G. (2012): Complete Genome Sequence of the Porcine Isolate Enterococcus faecalis D32 Journal of Bacteriology,194:(19): 5490-5491.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [28]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2326445
    Schneider, J.; Blom, J.; Jaenicke, S.; Linke, B.; Brinkrolf, K.; Neuweger, H.; Tauch, A.; Goesmann, A. (2011): RAPYD - Rapid Annotation Platform for Yeast Data Journal of Biotechnology,155:(1): 118-126.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [27]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2290032
    Joseph, B.; Schwarz, R. F.; Linke, B.; Blom, J.; Becker, A.; Claus, H.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Mueller, T.; Vogel, U.; Schoen, C. (2011): Virulence Evolution of the Human Pathogen Neisseria meningitidis by Recombination in the Core and Accessory Genome PLoS ONE,6:(4):e18441
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Im Druck | PUB-ID: 2017892
    Schneiker-Bekel, S.; Wibberg, D.; Bekel, T.; Blom, J.; Linke, B.; Neuweger, H.; Stiens, M.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (In Press): The complete genome sequence of the dominant Sinorhizobium meliloti field isolate SM11 extends the S. meliloti pan-genome Journal of Biotechnology,155:(1): 20-33.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [25]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
    Linke, B.; Giegerich, R.; Goesmann, A. (2011): Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses Bioinformatics,27:(7): 903-911.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785275 OA
    Trost, E.; Götker, S.; Schneider, J.; Schneiker-Bekel, S.; Szczepanowski, R.; Tilker, A.; Viehöver, P.; Arnold, W.; Bekel, T.; Blom, J.; Gartemann, K. - H.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Shukla, S. K.; Tauch, A. (2010): Complete genome sequence and lifestyle of black-pigmented Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 (formerly C. nigricans CN-1) isolated from a vaginal swab of a woman with spontaneous abortion BMC Genomics,11:(1):91
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [23]
    2010 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894907
    Mittard-Runte, V.; Bekel, T.; Blom, J.; Dondrup, M.; Henckel, K.; Jaenicke, S.; Krause, L.; Linke, B.; Neuweger, H.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A. (2010): Practical Guide: Genomic Techniques and How to Apply Them to Marine Questions. In: J. Mark Cock; Kristin Tessmar-Raible; Catherine Boyen; Frédérique Viard (Hrsg.): Introduction to Marine Genomics (Advances in Marine Genomics). Netherlands: Springer Netherlands. (1). S. 315-396.
    PUB | DOI
     
  • [22]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1930110
    Joseph, B.; Schneiker-Bekel, S.; Schramm-Glueck, A.; Blom, J.; Claus, H.; Linke, B.; Schwarz, R. F.; Becker, A.; Goesmann, A.; Frosch, M.; Schoen, C. (2010): Comparative Genome Biology of a Serogroup B Carriage and Disease Strain Supports a Polygenic Nature of Meningococcal Virulence JOURNAL OF BACTERIOLOGY,192:(20): 5363-5377.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [21]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634467
    Becker, A.; Barnett, M. J.; Capela, D.; Dondrup, M.; Kamp, P. - B.; Krol, E.; Linke, B.; Rüberg, S.; Runte, K.; Schroeder, B. K.; Weidner, S.; Yurgel, S. N.; Batut, J.; Long, S. R.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): A portal for rhizobial genomes: RhizoGATE integrates a Sinorhizobium meliloti genome annotation update with postgenome data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,140:(1-2): 45-50.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321 OA
    Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783292 OA
    Gross, R.; Guzman, C. A.; Sebaihia, M.; Martins dos Santos, V. A. P.; Pieper, D. H.; Koebnik, R.; Lechner, M.; Bartels, D.; Buhrmester, J.; Choudhuri, J. V.; Ebensen, T.; Gaigalat, L.; Herrmann, S.; Khachane, A. N.; Larisch, C.; Link, S.; Linke, B.; Meyer, F.; Mormann, S.; Nakunst, D.; Rückert, C.; Schneiker-Bekel, S.; Schulze, K.; Vorhölter, F. - J.; Yevsa, T.; Engle, J. T.; Goldman, W. E.; Pühler, A.; Göbel, U. B.; Goesmann, A.; Blöcker, H.; Kaiser, O.; Martinez-Arias, R. (2008): The missing link: Bordetella petrii is endowed with both the metabolic versatility of environmental bacteria and virulence traits of pathogenic Bordetellae BMC Genomics,9:(1):449
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592024
    Vorhölter, F. - J.; Schneiker-Bekel, S.; Goesmann, A.; Krause, L.; Bekel, T.; Kaiser, O.; Linke, B.; Patschkowski, T.; Rückert, C.; Schmid, J.; Sidhu, V. K.; Sieber, V.; Tauch, A.; Watt, S. A.; Weisshaar, B.; Becker, A.; Niehaus, K.; Pühler, A. (2008): The genome of Xanthomonas campestris pv. campestris B 100 and its use for the reconstruction of metabolic pathways involved in xanthan biosynthesis Journal of Biotechnology,134:(1-2): 33-45.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [17]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592257
    Schoen, C.; Blom, J.; Claus, H.; Schramm-Glueck, A.; Brandt, P.; Mueller, T.; Goesmann, A.; Joseph, B.; Konietzny, S.; Kurzai, O.; Schmitt, C.; Friedrich, T.; Linke, B.; Vogel, U.; Frosch, M. (2008): Whole-genome comparison of disease and carriage strains provides insights into virulence evolution in Neisseria meningitidis PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA,105:(9): 3473-3478.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
     
  • [16]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631327
    Schneiker-Bekel, S.; Perlova, O.; Kaiser, O.; Gerth, K.; Alici, A.; Altmeyer, M. O.; Bartels, D.; Bekel, T.; Beyer, S.; Bode, E.; Bode, H. B.; Bolten, C. J.; Choudhuri, J. V.; Doss, S.; Elnakady, Y. A.; Frank, B.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Groeger, C.; Gross, F.; Jelsbak, L.; Jelsbak, L.; Kalinowski, J.; Kegler, C.; Knauber, T.; Konietzny, S.; Kopp, M.; Krause, L.; Krug, D.; Linke, B.; Mahmud, T.; Martinez-Arias, R.; McHardy, A. C.; Merai, M.; Meyer, F.; Mormann, S.; Munoz-Dorado, J.; Perez, J.; Pradella, S.; Rachid, S.; Raddatz, G.; Rosenau, F.; Rückert, C.; Sasse, F.; Scharfe, M.; Schuster, S. C.; Suen, G.; Treuner-Lange, A.; Velicer, G. J.; Vorhölter, F. - J.; Weissman, K. J.; Welch, R. D.; Wenzel, S. C.; Whitworth, D. E.; Wilhelm, S.; Wittmann, C.; Bloecker, H.; Pühler, A.; Mueller, R. (2007): Complete genome sequence of the myxobacterium Sorangium cellulosum Nature Biotechnology,25:(11): 1281-1289.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631047
    Meisinger-Henschel, C.; Schmidt, M.; Lukassen, S.; Linke, B.; Krause, L.; Konietzny, S.; Goesmann, A.; Howley, P.; Chaplin, P.; Suter, M.; Hausmann, J. (2007): Genomic sequence of chorioallantois vaccinia virus Ankara, the ancestor of modified vaccinia virus Ankara JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY,88:(12): 3249-3259.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1632609
    Martens, M.; Weidner, S.; Linke, B.; de Vos, P.; Gillis, M.; Willems, A. (2007): A prototype taxonomic microarray targeting the rpsA housekeeping gene permits species identification within the rhizobial genus Ensifer SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY,30:(5): 390-400.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [13]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596976
    Krause, A.; Ramakumar, A.; Bartels, D.; Battistoni, F.; Bekel, T.; Boch, J.; Boehm, M.; Friedrich, F.; Hurek, T.; Krause, L.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Sarkar, A.; Schneiker-Bekel, S.; Syed, A. A.; Thauer, R.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Pühler, A.; Reinhold-Hurek, B.; Kaiser, O.; Goesmann, A. (2006): Complete genome of the mutualistic, N-2-fixing grass endophyte Azoarcus sp strain BH72 Nature Biotechnology,24:(11): 1385-1391.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598182
    Schneiker-Bekel, S.; dos Santos, V. A. P. M.; Bartels, D.; Bekel, T.; Brecht, M.; Buhrmester, J.; Chernikova, T. N.; Denaro, R.; Ferrer, M.; Gertler, C.; Goesmann, A.; Golyshina, O. V.; Kaminski, F.; Khachane, A. N.; Lang, S.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Nechitaylo, T.; Pühler, A.; Regenhardt, D.; Rupp, O.; Sabirova, J. S.; Selbitschka, W.; Yakimov, M. M.; Timmis, K. N.; Vorhölter, F. - J.; Weidner, S.; Kaiser, O.; Golyshin, P. N. (2006): Genome sequence of the ubiquitous hydrocarbon-degrading marine bacterium Alcanivorax borkumensis Nature Biotechnology,24:(8): 997-1004.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2382786
    Linke, B.; McHardy, A. C.; Neuweger, H.; Krause, L.; Meyer, F. (2006): The REGANOR gene prediction server for prokaryotic genomes and a database of high quality gene predictions for prokaryotes Applied Bioinformatics,5:(3): 193-198.
    PUB | DOI
     
  • [10]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652 OA
    Overbeek, R.; Begley, T.; Butler, R. M.; Choudhuri, J. V.; Chuang, H. - Y.; Cohoon, M.; Crécy-Lagard, V. de; Diaz, N. N.; Disz, T.; Edwards, R.; Fonstein, M.; Frank, E. D.; Gerdes, S.; Glass, E. M.; Goesmann, A.; Hanson, A.; Iwata-Reuyl, D.; Jensen, R.; Jamshidi, N.; Krause, L.; Kubal, M.; Larsen, N.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Neuweger, H.; Olsen, G.; Olson, R.; Osterman, A.; Portnoy, V.; Pusch, G. D.; Rodionov, D. A.; Rückert, C.; Steiner, J.; Stevens, R.; Thiele, I.; Vassieva, O.; Ye, Y.; Zagnitko, O.; Vonstein, V. (2005): The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes Nucleic Acids Research,33:(17): 5691-5702.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644 OA
    Goesmann, A.; Linke, B.; Bartels, D.; Dondrup, M.; Krause, L.; Neuweger, H.; Oehm, S.; Paczian, T.; Wilke, A.; Meyer, F. (2005): BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser Nucleic Acids Research,33:(Web Server): W710-W716.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1605656
    Szczepanowski, R.; Krahn, I.; Linke, B.; Goesmann, A.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2004): Antibiotic multiresistance plasmid pRSB101 isolated from a wastewater treatment plant is related to plasmids residing in phytopathogenic bacteria and carries eight different resistance determinants including a multidrug transport system Microbiology,150:(11): 3613-3630.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
     
  • [7]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609260
    Dondrup, M.; Goesmann, A.; Bartels, D.; Kalinowski, J.; Krause, L.; Linke, B.; Rupp, O.; Sczyrba, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): EMMA: a platform for consistent storage and efficient analysis of microarray data JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 135-146.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609286
    Goesmann, A.; Linke, B.; Rupp, O.; Krause, L.; Bartels, D.; Dondrup, M.; McHardy, A. C.; Wilke, A.; Pühler, A.; Meyer, F. (2003): Building a BRIDGE for the integration of heterogeneous data from functional genomics into a platform for systems biology JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 157-167.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610023
    Baar, C.; Eppinger, M.; Raddatz, G.; Simon, J.; Lanz, C.; Klimmek, O.; Nandakumar, R.; Gross, R.; Rosinus, A.; Keller, H.; Jagtap, P.; Linke, B.; Meyer, F.; Lederer, H.; Schuster, S. C. (2003): Complete genome sequence and analysis of Wolinella succinogenes PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA,100:(20): 11690-11695.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
     
  • [4]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609328
    Rüberg, S.; Tian, Z. X.; Krol, E.; Linke, B.; Meyer, F.; Wang, Y. P.; Pühler, A.; Weidner, S.; Becker, A. (2003): Construction and validation of a Sinorhizobium meliloti whole genome DNA microarray: genome-wide profiling of osmoadaptive gene expression JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY,106:(2-3): 255-268.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880 OA
    Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Pühler, A. (2003): GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes Nucleic Acids Research,31:(8): 2187-2195.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [2]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612236
    Wulf, A.; Manthey, K.; Doll, J.; Perlick, A. M.; Linke, B.; Bekel, T.; Meyer, F.; Franken, P.; Küster, H.; Krajinski, F. (2003): Transcriptional changes in response to arbuscular mycorrhiza development in the model plant Medicago truncatula Mol Plant Microbe Interact,16:(4): 306-314.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
     
  • [1]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1895035
    Kalinowski, J.; Bathe, B.; Bartels, D.; Bischoff, N.; Bott, M.; Burkovski, A.; Dusch, N.; Eggeling, L.; Eikmanns, B. J.; Gaigalat, L.; Goesmann, A.; Hartmann, M.; Huthmacher, K.; Kramer, R.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Mockel, B.; Pfefferle, W.; Pühler, A.; Rey, D. A.; Rückert, C.; Rupp, O.; Sahm, H.; Wendisch, V. F.; Wiegrabe, I.; Tauch, A. (2003): The complete Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 genome sequence and its impact on the production of L-aspartate-derived amino acids and vitamins Journal of Biotechnology,104:(1-3): 5-25.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
     

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