Robert Giegerich
PEVZ-ID
111 Publikationen
-
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and InterpretationPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Löwes B, Chauve C, Ponty Y, Giegerich R (2017)
Briefings in Bioinformatics 18(2): 306-311. -
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044Integrating Pareto Optimization into Dynamic ProgrammingPUB | DOI | WoS
Gatter T, Giegerich R, Saule C (2016)
ALGORITHMS 9(1): 12. -
-
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2763075
Pareto optimization in algebraic dynamic programmingPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Saule C, Giegerich R (2015)
Algorithms for Molecular Biology 10(1): 22. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733607Thermodynamic matchers for the construction of the cuckoo RNA familyPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reinkensmeier J, Giegerich R (2015)
RNA Biology 12(2): 197-207. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite SystemsPUB | DOI
Giegerich R, Touzet H (2014)
Algorithms 7(1): 62-144. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599 PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
-
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium melilotiPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Torres-Quesada O, Reinkensmeier J, Schlueter J-P, Robledo M, Peregrina A, Giegerich R, Toro N, Becker A, Jimenez-Zurdo JI (2014)
RNA Biology 11(5): 563-579. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programmingPUB | DOI | WoS
Sauthoff G, Giegerich R (2014)
Science of Computer Programming 87: 2-22. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteriaPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Becker A, Overloeper A, Schlueter J-P, Reinkensmeier J, Robledo M, Giegerich R, Narberhaus F, Evguenieva-Hackenberg E (2014)
RNA Biology 11(5): 550-562. -
2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695German Conference on Bioinformatics 2014PUB
Giegerich R, Hofestädt R, Nattkemper TW (Eds) (2014)
GI-Edition: lecture notes in informatics 235. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schlueter J-P, Reinkensmeier J, Barnett MJ, Lang C, Krol E, Giegerich R, Long SR, Becker A (2013)
Bmc Genomics 14(1): 156. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence AnalysisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R (2013)
Bioinformatics 29(5): 551-560. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune EncephalomyelitisPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Gillett A, Bergman P, Parsa R, Bremges A, Giegerich R, Jagodic M (2013)
Plos One 8(12): e81912. -
2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite AlignmentPUB | DOI
Löwes B, Giegerich R (2013)
In: German Conference on Bioinformatics 2013. Beißbarth T, Kollmar M, Leha A, Morgenstern B, Schultz A-K, Waack S, Wingender E (Eds); OpenAccess Series in Informatics (OASIcs), 34. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 110-124. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparisonPUB | DOI | WoS
Schirmer S, Giegerich R (2013)
Theoretical Computer Science 483: 51-67. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC packagePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
El-Kalioby M, Abouelhoda M, Krüger J, Giegerich R, Sczyrba A, Wall DP, Tonellato P (2012)
BMC Bioinformatics 13(Suppl 17): S22. -
2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665Abstract Shape Analysis of RNAPUB
Janssen S, Giegerich R (2012)
In: RNA Bioinformatics t.b.a. Gorodkin J, Weinberg Z (Eds); 1-35. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure predictionPUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R (2011)
BMC Bioinformatics 12(1): 429. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the RhizobialesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reinkensmeier J, Schlüter J-P, Giegerich R, Becker A (2011)
GENES 2(4): 925-956. -
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compilerPUB
Giegerich R, Sauthoff G (2011)
In: Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM). -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363Forest Alignment with Affine Gaps and AnchorsPUB | DOI
Schirmer S, Giegerich R (2011)
Combinatorial Pattern Matching: 104-117. -
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programmingPUB | DOI | Download (ext.)
Sauthoff G, Janssen S, Giegerich R (2011)
In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM: 29-40. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family ModelsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Giegerich R, Hoener Zu Siederdissen C (2011)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 8(2): 499-516. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analysesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Linke B, Giegerich R, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(7): 903-911. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zonePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
BMC Bioinformatics 11(1): 222. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497
A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium melilotiPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jaenicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (2010)
BMC Genomics 11(1): 245. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697Analyzing ambiguity of context-free grammarsPUB | DOI | WoS
Brabrand C, Giegerich R, Moller A (2010)
SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING 75(3): 176-191. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008
Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin MotifsPUB | Datei | DOI
Theis C, Janssen S, Giegerich R (2010)
In: Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Moulton V, Singh M (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 6293. Berlin: Springer: 52-64. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946
Faster computation of exact RNA shape probabilitiesPUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Janssen S, Giegerich R (2010)
Bioinformatics 26(5): 632-639. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581
WAMI: a web server for the analysis of minisatellite mapsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Abouelhoda M, El-Kalioby M, Giegerich R (2010)
BMC Evolutionary Biology 10(1): 167. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family modelsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
Bioinformatics 25(24): 3251-3258. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding schemePUB | DOI | PubMed | Europe PMC
Abouelhoda M, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2009)
Journal of Bioinformatics and Computational Biology 7(02): 287-308. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411RNA secondary structure analysis using the RNAshapes packagePUB | DOI | PubMed | Europe PMC
Reeder J, Giegerich R (2009)
Current Protocols in Bioinformatics 26(1): Unit12.8. -
2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425GPU Parallization of Algebraic Dynamic ProgrammingPUB
Steffen P, Giegerich R, Giraud M (Unpublished)
In: Proceedings PPAM. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374mkESA: enhanced suffix array construction toolPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M (2009)
Bioinformatics 25(8): 1084-1085. -
2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based ApproachPUB | DOI
Abouelhoda MI, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM (2008)
In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6. 261-272. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETIPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(Suppl 4): S13. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025
Efficient computation of absent words in genomic sequencesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Herold J, Kurtz S, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 167. -
2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicumPUB | WoS
Gkogkoglou K, Mentz A, Albersmeier A, Kalinowski J, Giegerich R (2008)
FEBS JOURNAL 275(Suppl. 1): 153. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics serverPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sczyrba A, Konermann S, Giegerich R (2008)
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 9(3): 243-249. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD educationPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Giegerich R, Brazma A, Jonassen I, Ukkonen E, Vingron M (2008)
Briefings in Bioinformatics 9(3): 250-253. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357
KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift eventsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Theis C, Reeder J, Giegerich R (2008)
Nucleic Acids Research 36(18): 6013-6020. -
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Shape based indexing for faster search of RNA family databasesPUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Janssen S, Reeder J, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 131. -
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132Locomotif: from graphical motif description to RNA motif searchPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reeder J, Reeder J, Giegerich R (2007)
In: Bioinformatics. Bioinformatics, 23(13). OXFORD UNIV PRESS: I392-I400. -
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428Analyzing Ambiguity of Context-Free GrammarsPUB | DOI
Brabrand C, Giegerich R, Moeller A (2007)
In: Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers. Holub J, Žďárek J (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 4783. Springer. -
2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and ProblemsPUB
Hartmeier S, Krüger J, Giegerich R (2007)
In: Proceedings. -
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974
pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windowsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2007)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35(Web Server): W320-W324. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864
Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matricesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2006)
BMC Bioinformatics 7(1): 389. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065Surprises in approximating Levenshtein distancesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Baake M, Grimm U, Giegerich R (2006)
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY 243(2): 279-282. -
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic ProgrammingPUB
Giegerich R, Steffen P (2006)
In: Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied Computing. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Gerlach W, Giegerich R (2006)
Bioinformatics 22(6): 762-764. -
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518A graphical programming system for molecular motif searchPUB
Reeder J, Giegerich R (2006)
In: Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering. ACM Press: 131-140. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energiesPUB | DOI | PubMed | Europe PMC
Höchsmann T, Höchsmann M, Giegerich R (2006)
Comput Syst Bioinformatics Conf: 111-121. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871
XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systemsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Seibel PN, Krüger J, Hartmeier S, Schwarzer K, Löwenthal K, Mersch H, Dandekar T, Giegerich R (2006)
BMC Bioinformatics 7(1): 490. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programmingPUB | DOI | WoS
Malde K, Giegerich R (2006)
Jornal of Functional Programming 16(01): 75-81. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640
Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebrasPUB | PDF | DOI | WoS
Steffen P, Giegerich R (2006)
BMC Bioinformatics 7(1): 214. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805Table design in dynamic programmingPUB | DOI | WoS
Steffen P, Giegerich R (2006)
INFORMATION AND COMPUTATION 204(9): 1325-1345. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Steffen P, Voss B, Rehmsmeier M, Reeder J, Giegerich R (2006)
Bioinformatics 22(4): 500-503. -
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637
Complete probabilistic analysis of RNA shapesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Voß B, Giegerich R, Rehmsmeier M (2006)
BMC Biology 4(1): 5. -
2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformaticsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reeder J, Höchsmann M, Rehmsmeier M, Voss B, Giegerich R (2006)
In: Journal of Biotechnology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 124(1). ELSEVIER SCIENCE BV: 41-55. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613
XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevisPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sczyrba A, Beckstette M, Brivanlou AH, Giegerich R, Altmann CR (2005)
BMC Genomics 6(1): 123. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure predictionPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reeder J, Giegerich R (2005)
BIOINFORMATICS 21(17): 3516-3523. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595
Effective ambiguity checking in biosequence analysisPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2005)
BMC Bioinformatics 6(1): 153. -
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598
Versatile and declarative dynamic programming using pair algebrasPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Steffen P, Giegerich R (2005)
BMC Bioinformatics 6(1): 224. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomicsPUB | DOI
Beckstette M, Mailänder JT, Marhöfer RJ, Sczyrba A, Ohlebusch E, Giegerich R, Selzer PM (2004)
Journal of Integrative Bioinformatics 1(1): 90-107. -
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence AnalysisPUB
Sczyrba A, Beckstette M, Giegerich R, Altman C (2004)
In: German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . Giegerich R, Stoye J (Eds); GI-Edition / Proceedings, 53. Bonn: Gesellschaft für Informatik: 6-7. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394
e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequencesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Krüger J, Sczyrba A, Kurtz S, Giegerich R (2004)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 32(Web Server): W301-W304. -
2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383543PoSSuMsearch: Fast and Sensitive Matching of Position Specific Scoring Matrices using Enhanced Suffix ArraysPUB
Beckstette M, Strothmann D, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2004)
In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI: 53-64. -
2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004PUB
Giegerich R, Stoye J (Eds) (2004)
Lecture Notes in Informatics P-53: 234. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606377Fast and effective prediction of microRNA/target duplexesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rehmsmeier M, Steffen P, Höchsmann M, Giegerich R (2004)
RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY 10(10): 1507-1517. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Choudhuri JV, Schleiermacher C, Kurtz S, Giegerich R (2004)
BIOINFORMATICS 20(12): 1964-1965. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419Evaluating the predictability of conformational switching in RNAPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Voss B, Meyer C, Giegerich R (2004)
Bioinformatics 20(10): 1573-1582. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607656A discipline of dynamic programming over sequence dataPUB | DOI | WoS
Giegerich R, Meyer C, Steffen P (2004)
SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING 51(3): 215-263. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393
Abstract shapes of RNAPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Giegerich R, Voss B, Rehmsmeier M (2004)
Nucleic Acids Research 32(16): 4843-4851. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758
Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamicsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Reeder J, Giegerich R (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 104. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747
A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approachesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Gardner PP, Giegerich R (2004)
BMC Bioinformatics 5(1): 140. -
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600293Pure multiple RNA secondary structure alignments: A progressive profile approachPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Höchsmann M, Voss B, Giegerich R (2004)
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATIOCS 1(1): 53-62. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844
RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics ServerPUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sczyrba A, Krüger J, Mersch H, Kurtz S, Giegerich R (2003)
Nucleic Acids Research 31(13): 3767-3770. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383602Fibonacci-Cayley-numbers and Repetition Pattern in Genomic DNAPUB
Dress A, Giegerich R, Grünewald S, Wagner H (2003)
Annals of Combinatorics: 259-279. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der BioinformatikPUB
Giegerich R, Stoye J (2003)
Forschung an der Universität Bielefeld 26: 63-68. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397
Efficient implementation of lazy suffix treesPUB | PDF | DOI | WoS
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (2003)
SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE 33(11): 1035-1049. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880
GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomesPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Meyer F, Goesmann A, McHardy AC, Bartels D, Bekel T, Clausen J, Kalinowski J, Linke B, Rupp O, Giegerich R, Pühler A (2003)
Nucleic Acids Research 31(8): 2187-2195. -
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1666680Local similarity in RNA secondary structures.PUB | PubMed | Europe PMC
Höchsmann M, Töller T, Giegerich R, Kurtz S (2003)
Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf 2: 159-168. -
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383608Algebraic Dynamic ProgrammingPUB
Giegerich R, Meyer C (2002)
In: Algebraic Methodology and Software Technology. Springer: 349-364. -
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1614870Matching and significance evaluation of combined sequence-structure motifs in RNAPUB | DOI | WoS
Meyer C, Giegerich R (2002)
ZEITSCHRIFT FÜR PHYSIKALISCHE CHEMIE-INTERNATIONAL JOURNAL OF RESEARCH IN PHYSICAL CHEMISTRY & CHEMICAL PHYSICS 216(2/2002): 193-216. -
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathwaysPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Goesmann A, Haubrock M, Meyer F, Kalinowski J, Giegerich R (2002)
BIOINFORMATICS 18(1): 124-129. -
2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612812Implementing algebraic dynamic programming in the functional and the imperative programming paradigmPUB | WoS
Giegerich R, Steffen P (2002)
In: MATHEMATICS OF PROGRAM CONSTRUCTION. Boiten E (Ed); Lecture Notes in Computer Science, 2386. Berlin ; Heidelberg ; New York ; Barcelona ; Hong Kong ; London ; Milan ; Paris ; Tokyo: SPRINGER-VERLAG BERLIN: 1-20. -
2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383615Reducing the Conformation Space in RNA Structure PredictionPUB
Evers D, Giegerich R (2001)
In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. 118-124. -
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615460Best systematist practice transferred to molecular dataPUB | DOI | WoS
Fuellen G, Wägele JW, Giegerich R (2001)
ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION 1(4): 257-272. -
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimationPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Fuellen G, Wägele JW, Giegerich R (2001)
BIOINFORMATICS 17(12): 1168-1178. -
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scalePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2001)
Nucleic Acids Research 29(22): 4633-4642. -
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383618Bioinformatik: Jäger, Sammler und Forscher im Daten-Dschungel der MolekularbiologiePUB
Giegerich R, Evers D (2000)
BIOforum 1-2: 30-32. -
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618572Explaining and controlling ambiguity in dynamic programmingPUB | WoS
Giegerich R (2000)
In: Combinatorial Pattern Matching. 11th Annual Symposium CPM 2000, Proceedings. Giancarlo R, Sankoff D (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 1848. Berlin: Springer: 46-59. -
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574A systematic approach to dynamic programming in bioinformaticsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Giegerich R (2000)
BIOINFORMATICS 16(8): 665-677. -
2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete GenomesPUB | PubMed | Europe PMC
Kurtz S, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2000)
In: Proc. of ISMB 2000. 228-238. -
1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947682Prediction and visualization of structural switches in RNAPUB | PubMed | Europe PMC
Giegerich R, Haase D, Rehmsmeier M (1999)
Pac Symp Biocomput: 126-137. -
1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435Efficient implementation of lazy suffix treesPUB | DOI | WoS
Giegerich R, Kurtz S, Stoye J (1999)
In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. LNCS, 1668. 30-42. -
1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374RNA movies: visualizing RNA secondary structure spacesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Evers DJ, Giegerich R (1999)
BIOINFORMATICS 15(1): 32-37. -
1998 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 1883741ViSeL: An interactive Virtual Laboratory for DNA SequencingPUB
Lorenz D, Giegerich R (1998)
In: Tagungsband zum Workshop "Multimedia-Systeme" im Rahmen der GI-Jahrestagung 1998. Magdeburg: 53-65. -
1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383634International, interdisziplinär und interaaktiv: Der VSNS-Kurs über BioComputingPUB
Fuellen G, Giegerich R (1997)
In: Proceedings: Virtueller Campus. 77-89. -
1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1627522From Ukkonen to McCreight and Weiner: A unifying view of linear-time suffix tree constructionPUB | DOI | WoS
Giegerich R, Kurtz S (1997)
ALGORITHMICA 19(3): 331-353. -
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639486Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .2. structures of neutral networks and shape space coveringPUB | DOI | WoS
Grüner W, Giegerich R, Strothmann D, Reidys C, Weber J, Hofacker IL, Stadler P, Schuster P (1996)
Monatshefte für Chemie 127(4): 375-389. -
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639477Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .1. Neutral networksPUB | DOI | WoS
Grüner W, Giegerich R, Strothmann D, Reidys C, Weber J, Hofacker IL, Stadler P, Schuster P (1996)
Monatshefte für Chemie 127(4): 355-374. -
1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947921GeneFisher--software support for the detection of postulated genesPUB | PubMed | Europe PMC
Giegerich R, Meyer F, Schleiermacher C (1996)
Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol 4: 68-77. -
1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1628987A comparison of imperative and purely functional suffix tree constructionsPUB | DOI | WoS
Giegerich R, Kurtz S (1995)
In: Science of Computer Programming. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 25(2-3). ELSEVIER SCIENCE BV: 187-218. -
1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639513A new calculus for semantic matchingPUB | WoS
Bütow B, Giegerich R, Ohlebusch E, Thesing S (1995)
In: Programming languages: implementations, logics and programs. 7th international symposium ; proceedings. Hermenegildo M, Swierstra SD (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 982. Berlin: Springer: 81-96. -
1992 | Report | PUB-ID: 2383632Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasability StudyPUB
Giegerich R (1992) Report No. 8.
Universität Bielefeld: Technische Fakultät. -
1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383627An Implicit Representation of Infinite Sequences of TermsPUB
Giegerich R, Ohlebusch E (1991)
Bulletin of the EATCS 43: 174-182. -
1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651134CODE SELECTION BY INVERSION OF ORDER-SORTED DERIVORSPUB | DOI | WoS
Giegerich R (1990)
In: Theoretical Computer Science. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 73(2). ELSEVIER SCIENCE BV: 177-211. -
1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651466ON THE STRUCTURE OF VERIFIABLE CODE GENERATOR SPECIFICATIONSPUB | WoS
Giegerich R (1990)
SIGPLAN NOTICES 25(6): 1-8.