Robert Giegerich

PEVZ-ID
147565

111 Publikationen

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  • [111]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
    Löwes B, Chauve C, Ponty Y, Giegerich R. The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation. Briefings in Bioinformatics. 2017;18(2):306-311.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [110]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044
    Gatter T, Giegerich R, Saule C. Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming. ALGORITHMS. 2016;9(1): 12.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [109]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888 OA
    Janssen S, Giegerich R. Ambivalent covariance models. BMC Bioinformatics. 2015;16(1): 178.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [108]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2763075 OA
    Saule C, Giegerich R. Pareto optimization in algebraic dynamic programming. Algorithms for Molecular Biology. 2015;10(1): 22.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [107]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733607
    Reinkensmeier J, Giegerich R. Thermodynamic matchers for the construction of the cuckoo RNA family. RNA Biology. 2015;12(2):197-207.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [106]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757
    Giegerich R, Touzet H. Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems. Algorithms. 2014;7(1):62-144.
    PUB | DOI
     
  • [105]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
    Janssen S, Giegerich R. The RNA shapes studio. Bioinformatics. 2014;31(3):423-425.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [104]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802
    Torres-Quesada O, Reinkensmeier J, Schlueter J-P, et al. Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti. RNA Biology. 2014;11(5):563-579.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [103]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698
    Sauthoff G, Giegerich R. Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming. Science of Computer Programming. 2014;87:2-22.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [102]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792
    Becker A, Overloeper A, Schlueter J-P, et al. Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria. RNA Biology. 2014;11(5):550-562.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [101]
    2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695
    Giegerich R, Hofestädt R, Nattkemper TW, eds. German Conference on Bioinformatics 2014. GI-Edition: lecture notes in informatics. 2014;235.
    PUB
     
  • [100]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661
    Schlueter J-P, Reinkensmeier J, Barnett MJ, et al. Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021. Bmc Genomics. 2013;14(1): 156.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [99]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
    Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R. Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis. Bioinformatics. 2013;29(5):551-560.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [98]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
    Gillett A, Bergman P, Parsa R, Bremges A, Giegerich R, Jagodic M. A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. Plos One. 2013;8(12): e81912.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [97]
    2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275
    Löwes B, Giegerich R. Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment. In: Beißbarth T, Kollmar M, Leha A, et al., eds. German Conference on Bioinformatics 2013. OpenAccess Series in Informatics (OASIcs). Vol 34. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik; 2013: 110-124.
    PUB | DOI
     
  • [96]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289
    Schirmer S, Giegerich R. Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison. Theoretical Computer Science. 2013;483:51-67.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [95]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
    El-Kalioby M, Abouelhoda M, Krüger J, et al. Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl 17): S22.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [94]
    2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
    Janssen S, Giegerich R. Abstract Shape Analysis of RNA. In: Gorodkin J, Weinberg Z, eds. RNA Bioinformatics t.b.a. 2012: 1-35.
    PUB
     
  • [93]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
    Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R. Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics. 2011;12(1): 429.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [92]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
    Reinkensmeier J, Schlüter J-P, Giegerich R, Becker A. Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales. GENES. 2011;2(4):925-956.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [91]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357
    Giegerich R, Sauthoff G. Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler. In: Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM). 2011.
    PUB
     
  • [90]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363
    Schirmer S, Giegerich R. Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors. Combinatorial Pattern Matching. 2011:104-117.
    PUB | DOI
     
  • [89]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
    Sauthoff G, Janssen S, Giegerich R. Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming. In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM; 2011: 29-40.
    PUB | DOI | Download (ext.)
     
  • [88]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
    Giegerich R, Hoener Zu Siederdissen C. Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2011;8(2):499-516.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [87]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
    Linke B, Giegerich R, Goesmann A. Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics. 2011;27(7):903-911.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [86]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
    Bremges A, Schirmer S, Giegerich R. Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 2010;11(1): 222.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [85]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
    Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, et al. A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti. BMC Genomics. 2010;11(1): 245.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [84]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
    Brabrand C, Giegerich R, Moller A. Analyzing ambiguity of context-free grammars. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING. 2010;75(3):176-191.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [83]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
    Theis C, Janssen S, Giegerich R. Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs. In: Moulton V, Singh M, eds. Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 6293. Berlin: Springer; 2010: 52-64.
    PUB | Datei | DOI
     
  • [82]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
    Janssen S, Giegerich R. Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics. 2010;26(5):632-639.
    PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [81]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
    Abouelhoda M, El-Kalioby M, Giegerich R. WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps. BMC Evolutionary Biology. 2010;10(1): 167.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [80]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
    Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S. Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics. 2009;25(24):3251-3258.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [79]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
    Abouelhoda M, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM. Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2009;7(02):287-308.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [78]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
    Reeder J, Giegerich R. RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package. Current Protocols in Bioinformatics. 2009;26(1):Unit12.8.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [77]
    2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
    Steffen P, Giegerich R, Giraud M. GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming. In: Proceedings PPAM. Unpublished.
    PUB
     
  • [76]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
    Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M. mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics. 2009;25(8):1084-1085.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [75]
    2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
    Abouelhoda MI, Giegerich R, Behzadi B, Steyaert JM. Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach. In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6. 2008: 261-272.
    PUB | DOI
     
  • [74]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
    Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R. GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics. 2008;9(Suppl 4): S13.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [73]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
    Herold J, Kurtz S, Giegerich R. Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics. 2008;9(1): 167.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [72]
    2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496
    Gkogkoglou K, Mentz A, Albersmeier A, Kalinowski J, Giegerich R. Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicum. FEBS JOURNAL. 2008;275(Suppl. 1):153.
    PUB | WoS
     
  • [71]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
    Sczyrba A, Konermann S, Giegerich R. Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS. 2008;9(3):243-249.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [70]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308
    Giegerich R, Brazma A, Jonassen I, Ukkonen E, Vingron M. The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education. Briefings in Bioinformatics. 2008;9(3):250-253.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [69]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357 OA
    Theis C, Reeder J, Giegerich R. KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events. Nucleic Acids Research. 2008;36(18):6013-6020.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [68]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917 OA
    Janssen S, Reeder J, Giegerich R. Shape based indexing for faster search of RNA family databases. BMC Bioinformatics. 2008;9(1):131.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [67]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132
    Reeder J, Reeder J, Giegerich R. Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search. In: Bioinformatics. Bioinformatics. Vol 23. OXFORD UNIV PRESS; 2007: I392-I400.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [66]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428
    Brabrand C, Giegerich R, Moeller A. Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars. In: Holub J, Žďárek J, eds. Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers. Lecture Notes in Computer Science, 4783. Springer; 2007.
    PUB | DOI
     
  • [65]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462
    Hartmeier S, Krüger J, Giegerich R. Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems. In: Proceedings. 2007.
    PUB
     
  • [64]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974 OA
    Reeder J, Steffen P, Giegerich R. pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2007;35(Web Server):W320-W324.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [63]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864 OA
    Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S. Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices. BMC Bioinformatics. 2006;7(1): 389.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [62]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065
    Baake M, Grimm U, Giegerich R. Surprises in approximating Levenshtein distances. JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY. 2006;243(2):279-282.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [61]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464
    Giegerich R, Steffen P. Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic Programming. In: Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied Computing. 2006.
    PUB
     
  • [60]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179
    Gerlach W, Giegerich R. GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing. Bioinformatics. 2006;22(6):762-764.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [59]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336
    Höchsmann T, Höchsmann M, Giegerich R. Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energies. Comput Syst Bioinformatics Conf. 2006:111-121.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [58]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518
    Reeder J, Giegerich R. A graphical programming system for molecular motif search. In: Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering. ACM Press; 2006: 131-140.
    PUB
     
  • [57]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871 OA
    Seibel PN, Krüger J, Hartmeier S, et al. XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems. BMC Bioinformatics. 2006;7(1): 490.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [56]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726
    Malde K, Giegerich R. Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programming. Jornal of Functional Programming. 2006;16(01):75-81.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [55]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640 OA
    Steffen P, Giegerich R. Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics. 2006;7(1): 214.
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [54]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805
    Steffen P, Giegerich R. Table design in dynamic programming. INFORMATION AND COMPUTATION. 2006;204(9):1325-1345.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [53]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421
    Steffen P, Voss B, Rehmsmeier M, Reeder J, Giegerich R. RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes. Bioinformatics. 2006;22(4):500-503.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [52]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637 OA
    Voß B, Giegerich R, Rehmsmeier M. Complete probabilistic analysis of RNA shapes. BMC Biology. 2006;4(1): 5.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [51]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807
    Reeder J, Höchsmann M, Rehmsmeier M, Voss B, Giegerich R. Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics. In: Journal of Biotechnology. JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY. Vol 124. ELSEVIER SCIENCE BV; 2006: 41-55.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [50]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613 OA
    Sczyrba A, Beckstette M, Brivanlou AH, Giegerich R, Altmann CR. XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis. BMC Genomics. 2005;6(1): 123.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [49]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431
    Reeder J, Giegerich R. Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction. BIOINFORMATICS. 2005;21(17):3516-3523.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [48]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595 OA
    Reeder J, Steffen P, Giegerich R. Effective ambiguity checking in biosequence analysis. BMC Bioinformatics. 2005;6(1): 153.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [47]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598 OA
    Steffen P, Giegerich R. Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics. 2005;6(1): 224.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [46]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
    Beckstette M, Mailänder JT, Marhöfer RJ, et al. Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics. Journal of Integrative Bioinformatics. 2004;1(1):90-107.
    PUB | DOI
     
  • [45]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561
    Sczyrba A, Beckstette M, Giegerich R, Altman C. Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In: Giegerich R, Stoye J, eds. German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . GI-Edition / Proceedings. Vol 53. Bonn: Gesellschaft für Informatik; 2004: 6-7.
    PUB
     
  • [44]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394 OA
    Krüger J, Sczyrba A, Kurtz S, Giegerich R. e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 2004;32(Web Server):W301-W304.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [43]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383543
    Beckstette M, Strothmann D, Homann R, Giegerich R, Kurtz S. PoSSuMsearch: Fast and Sensitive Matching of Position Specific Scoring Matrices using Enhanced Suffix Arrays. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI; 2004: 53-64.
    PUB
     
  • [42]
    2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
    Giegerich R, Stoye J, eds. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004. Lecture Notes in Informatics. 2004;P-53:234.
    PUB
     
  • [41]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606377
    Rehmsmeier M, Steffen P, Höchsmann M, Giegerich R. Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes. RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY. 2004;10(10):1507-1517.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [40]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822
    Choudhuri JV, Schleiermacher C, Kurtz S, Giegerich R. GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes. BIOINFORMATICS. 2004;20(12):1964-1965.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [39]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419
    Voss B, Meyer C, Giegerich R. Evaluating the predictability of conformational switching in RNA. Bioinformatics. 2004;20(10):1573-1582.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [38]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607656
    Giegerich R, Meyer C, Steffen P. A discipline of dynamic programming over sequence data. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING. 2004;51(3):215-263.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [37]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393 OA
    Giegerich R, Voss B, Rehmsmeier M. Abstract shapes of RNA. Nucleic Acids Research. 2004;32(16):4843-4851.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [36]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758 OA
    Reeder J, Giegerich R. Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics. BMC Bioinformatics. 2004;5(1): 104.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [35]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747 OA
    Gardner PP, Giegerich R. A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches. BMC Bioinformatics. 2004;5(1): 140.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [34]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600293
    Höchsmann M, Voss B, Giegerich R. Pure multiple RNA secondary structure alignments: A progressive profile approach. IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATIOCS. 2004;1(1):53-62.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [33]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844 OA
    Sczyrba A, Krüger J, Mersch H, Kurtz S, Giegerich R. RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server. Nucleic Acids Research. 2003;31(13):3767-3770.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383602
    Dress A, Giegerich R, Grünewald S, Wagner H. Fibonacci-Cayley-numbers and Repetition Pattern in Genomic DNA. Annals of Combinatorics. 2003:259-279.
    PUB
     
  • [31]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
    Giegerich R, Stoye J. Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik. Forschung an der Universität Bielefeld. 2003;26:63-68.
    PUB
     
  • [30]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
    Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE. 2003;33(11):1035-1049.
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [29]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880 OA
    Meyer F, Goesmann A, McHardy AC, et al. GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research. 2003;31(8):2187-2195.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [28]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1666680
    Höchsmann M, Töller T, Giegerich R, Kurtz S. Local similarity in RNA secondary structures. Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf. 2003;2:159-168.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [27]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383608
    Giegerich R, Meyer C. Algebraic Dynamic Programming. In: Algebraic Methodology and Software Technology. Springer; 2002: 349-364.
    PUB
     
  • [26]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1614870
    Meyer C, Giegerich R. Matching and significance evaluation of combined sequence-structure motifs in RNA. ZEITSCHRIFT FÜR PHYSIKALISCHE CHEMIE-INTERNATIONAL JOURNAL OF RESEARCH IN PHYSICAL CHEMISTRY & CHEMICAL PHYSICS. 2002;216(2/2002):193-216.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [25]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366
    Goesmann A, Haubrock M, Meyer F, Kalinowski J, Giegerich R. PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways. BIOINFORMATICS. 2002;18(1):124-129.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612812
    Giegerich R, Steffen P. Implementing algebraic dynamic programming in the functional and the imperative programming paradigm. In: Boiten E, ed. MATHEMATICS OF PROGRAM CONSTRUCTION. Lecture Notes in Computer Science. Vol 2386. Berlin ; Heidelberg ; New York ; Barcelona ; Hong Kong ; London ; Milan ; Paris ; Tokyo: SPRINGER-VERLAG BERLIN; 2002: 1-20.
    PUB | WoS
     
  • [23]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383615
    Evers D, Giegerich R. Reducing the Conformation Space in RNA Structure Prediction. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. 2001: 118-124.
    PUB
     
  • [22]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615460
    Fuellen G, Wägele JW, Giegerich R. Best systematist practice transferred to molecular data. ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION. 2001;1(4):257-272.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [21]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572
    Fuellen G, Wägele JW, Giegerich R. Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimation. BIOINFORMATICS. 2001;17(12):1168-1178.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335 OA
    Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R. REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale. Nucleic Acids Research. 2001;29(22):4633-4642.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383618
    Giegerich R, Evers D. Bioinformatik: Jäger, Sammler und Forscher im Daten-Dschungel der Molekularbiologie. BIOforum. 2000;1-2:30-32.
    PUB
     
  • [18]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618572
    Giegerich R. Explaining and controlling ambiguity in dynamic programming. In: Giancarlo R, Sankoff D, eds. Combinatorial Pattern Matching. 11th Annual Symposium CPM 2000, Proceedings. Lecture Notes in Computer Science. Vol 1848. Berlin: Springer; 2000: 46-59.
    PUB | WoS
     
  • [17]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574
    Giegerich R. A systematic approach to dynamic programming in bioinformatics. BIOINFORMATICS. 2000;16(8):665-677.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
    Kurtz S, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R. Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. In: Proc. of ISMB 2000. 2000: 228-238.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947682
    Giegerich R, Haase D, Rehmsmeier M. Prediction and visualization of structural switches in RNA. Pac Symp Biocomput. 1999:126-137.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
    Giegerich R, Kurtz S, Stoye J. Efficient implementation of lazy suffix trees. In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. LNCS. Vol 1668. 1999: 30-42.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [13]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374
    Evers DJ, Giegerich R. RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces. BIOINFORMATICS. 1999;15(1):32-37.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    1998 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 1883741
    Lorenz D, Giegerich R. ViSeL: An interactive Virtual Laboratory for DNA Sequencing. In: Tagungsband zum Workshop "Multimedia-Systeme" im Rahmen der GI-Jahrestagung 1998. Magdeburg; 1998: 53-65.
    PUB
     
  • [11]
    1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383634
    Fuellen G, Giegerich R. International, interdisziplinär und interaaktiv: Der VSNS-Kurs über BioComputing. In: Proceedings: Virtueller Campus. 1997: 77-89.
    PUB
     
  • [10]
    1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1627522
    Giegerich R, Kurtz S. From Ukkonen to McCreight and Weiner: A unifying view of linear-time suffix tree construction. ALGORITHMICA. 1997;19(3):331-353.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [9]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639486
    Grüner W, Giegerich R, Strothmann D, et al. Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .2. structures of neutral networks and shape space covering. Monatshefte für Chemie. 1996;127(4):375-389.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [8]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639477
    Grüner W, Giegerich R, Strothmann D, et al. Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .1. Neutral networks. Monatshefte für Chemie. 1996;127(4):355-374.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [7]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947921
    Giegerich R, Meyer F, Schleiermacher C. GeneFisher--software support for the detection of postulated genes. Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol. 1996;4:68-77.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1628987
    Giegerich R, Kurtz S. A comparison of imperative and purely functional suffix tree constructions. In: Science of Computer Programming. SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING. Vol 25. ELSEVIER SCIENCE BV; 1995: 187-218.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [5]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639513
    Bütow B, Giegerich R, Ohlebusch E, Thesing S. A new calculus for semantic matching. In: Hermenegildo M, Swierstra SD, eds. Programming languages: implementations, logics and programs. 7th international symposium ; proceedings. Lecture Notes in Computer Science. Vol 982. Berlin: Springer; 1995: 81-96.
    PUB | WoS
     
  • [4]
    1992 | Report | PUB-ID: 2383632
    Giegerich R. Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasability Study. Report No. 8. Universität Bielefeld: Technische Fakultät; 1992.
    PUB
     
  • [3]
    1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383627
    Giegerich R, Ohlebusch E. An Implicit Representation of Infinite Sequences of Terms. Bulletin of the EATCS. 1991;43:174-182.
    PUB
     
  • [2]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651134
    Giegerich R. CODE SELECTION BY INVERSION OF ORDER-SORTED DERIVORS. In: Theoretical Computer Science. THEORETICAL COMPUTER SCIENCE. Vol 73. ELSEVIER SCIENCE BV; 1990: 177-211.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [1]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651466
    Giegerich R. ON THE STRUCTURE OF VERIFIABLE CODE GENERATOR SPECIFICATIONS. SIGPLAN NOTICES. 1990;25(6):1-8.
    PUB | WoS
     
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