111 Publikationen

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  • [111]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901460
    Löwes, B.; Chauve, C.; Ponty, Y.; Giegerich, R. (2017): The BRaliBase Dent – a Tale of Benchmark Design and Interpretation Briefings in Bioinformatics,18:(2): 306-311.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [110]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903044
    Gatter, T.; Giegerich, R.; Saule, C. (2016): Integrating Pareto Optimization into Dynamic Programming ALGORITHMS,9:(1):12
    PUB | DOI | WoS
     
  • [109]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888 OA
    Janssen, S.; Giegerich, R. (2015): Ambivalent covariance models BMC Bioinformatics,16:(1):178
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [108]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2763075 OA
    Saule, C.; Giegerich, R. (2015): Pareto optimization in algebraic dynamic programming Algorithms for Molecular Biology,10:(1):22
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [107]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2733607
    Reinkensmeier, J.; Giegerich, R. (2015): Thermodynamic matchers for the construction of the cuckoo RNA family RNA Biology,12:(2): 197-207.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [106]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905757
    Giegerich, R.; Touzet, H. (2014): Modeling Dynamic Programming Problems over Sequences and Trees with Inverse Coupled Rewrite Systems Algorithms,7:(1): 62-144.
    PUB | DOI
     
  • [105]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
    Janssen, S.; Giegerich, R. (2014): The RNA shapes studio Bioinformatics,31:(3): 423-425.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [104]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699802
    Torres-Quesada, O.; Reinkensmeier, J.; Schlueter, J. - P.; Robledo, M.; Peregrina, A.; Giegerich, R.; Toro, N.; Becker, A.; Jimenez-Zurdo, J. I. (2014): Genome-wide profiling of Hfq-binding RNAs uncovers extensive post-transcriptional rewiring of major stress response and symbiotic regulons in Sinorhizobium meliloti RNA Biology,11:(5): 563-579.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [103]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2681698
    Sauthoff, G.; Giegerich, R. (2014): Yield grammar analysis and product optimization in a domain-specific language for dynamic programming Science of Computer Programming,87: 2-22.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [102]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2699792
    Becker, A.; Overloeper, A.; Schlueter, J. - P.; Reinkensmeier, J.; Robledo, M.; Giegerich, R.; Narberhaus, F.; Evguenieva-Hackenberg, E. (2014): Riboregulation in plant-associated alpha-proteobacteria RNA Biology,11:(5): 550-562.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [101]
    2014 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901695
    Robert Giegerich; Ralf Hofestädt; Tim Wilhelm Nattkemper (Hrsg.) (2014): German Conference on Bioinformatics 2014, In: Robert Giegerich; Ralf Hofestädt; Tim Wilhelm Nattkemper (Hrsg.), GI-Edition: lecture notes in informatics,235
    PUB
     
  • [100]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2584661
    Schlueter, J. - P.; Reinkensmeier, J.; Barnett, M. J.; Lang, C.; Krol, E.; Giegerich, R.; Long, S. R.; Becker, A. (2013): Global mapping of transcription start sites and promoter motifs in the symbiotic a-proteobacterium Sinorhizobium meliloti 1021 Bmc Genomics,14:(1):156
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [99]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
    Sauthoff, G.; Mohl, M.; Janssen, S.; Giegerich, R. (2013): Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis Bioinformatics,29:(5): 551-560.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [98]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2645192
    Gillett, A.; Bergman, P.; Parsa, R.; Bremges, A.; Giegerich, R.; Jagodic, M. (2013): A Silent Exonic SNP in Kdm3a Affects Nucleic Acids Structure but Does Not Regulate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis Plos One,8:(12):e81912
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [97]
    2013 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901275
    Löwes, B.; Giegerich, R. (2013): Avoiding Ambiguity and Assessing Uniqueness in Minisatellite Alignment. In: Tim Beißbarth; Martin Kollmar; Andreas Leha; Burkhard Morgenstern; Anne-Kathrin Schultz; Stephan Waack; Edgar Wingender (Hrsg.): German Conference on Bioinformatics 2013. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (OpenAccess Series in Informatics (OASIcs), 34). S. 110-124.
    PUB | DOI
     
  • [96]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2607289
    Schirmer, S.; Giegerich, R. (2013): Forest alignment with affine gaps and anchors, applied in RNA structure comparison Theoretical Computer Science,483: 51-67.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [95]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
    El-Kalioby, M.; Abouelhoda, M.; Krüger, J.; Giegerich, R.; Sczyrba, A.; Wall, D. P.; Tonellato, P. (2012): Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package BMC Bioinformatics,13:(Suppl 17):S22
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [94]
    2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
    Janssen, S.; Giegerich, R. (2012): Abstract Shape Analysis of RNA. In: Jan Gorodkin; Zasha Weinberg (Hrsg.): RNA Bioinformatics t.b.a.. S. 1-35.
    PUB
     
  • [93]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526 OA
    Janssen, S.; Schudoma, C.; Steger, G.; Giegerich, R. (2011): Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction BMC Bioinformatics,12:(1):429
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [92]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2427226
    Reinkensmeier, J.; Schlüter, J. - P.; Giegerich, R.; Becker, A. (2011): Conservation and Occurrence of Trans-Encoded sRNAs in the Rhizobiales GENES,2:(4): 925-956.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [91]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383357
    Giegerich, R.; Sauthoff, G. (2011): Yield grammar analysis in the Bellman's GAP compiler. In: Proceedings of the Eleventh Workshop on Language Descriptions, Tools and Applications (ACM).
    PUB
     
  • [90]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383363
    Schirmer, S.; Giegerich, R. (2011): Forest Alignment with Affine Gaps and Anchors Combinatorial Pattern Matching, 104-117.
    PUB | DOI
     
  • [89]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
    Sauthoff, G.; Janssen, S.; Giegerich, R. (2011): Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming. In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM. S. 29-40.
    PUB | DOI | Download (ext.)
     
  • [88]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003355
    Giegerich, R.; Hoener Zu Siederdissen, C. (2011): Semantics and Ambiguity of Stochastic RNA Family Models IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,8:(2): 499-516.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [87]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
    Linke, B.; Giegerich, R.; Goesmann, A. (2011): Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses Bioinformatics,27:(7): 903-911.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [86]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512 OA
    Bremges, A.; Schirmer, S.; Giegerich, R. (2010): Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone BMC Bioinformatics,11:(1):222
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [85]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497 OA
    Schlüter, J. - P.; Reinkensmeier, J.; Daschkey, S.; Evguenieva-Hackenberg, E.; Janssen, S.; Jaenicke, S.; Becker, J. D.; Giegerich, R.; Becker, A. (2010): A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti BMC Genomics,11:(1):245
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [84]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1796697
    Brabrand, C.; Giegerich, R.; Moller, A. (2010): Analyzing ambiguity of context-free grammars SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING,75:(3): 176-191.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [83]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008 OA
    Theis, C.; Janssen, S.; Giegerich, R. (2010): Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs. In: Vincent Moulton; Mona Singh (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Berlin: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 6293). S. 52-64.
    PUB | Datei | DOI
     
  • [82]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
    Janssen, S.; Giegerich, R. (2010): Faster computation of exact RNA shape probabilities Bioinformatics,26:(5): 632-639.
    PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [81]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785581 OA
    Abouelhoda, M.; El-Kalioby, M.; Giegerich, R. (2010): WAMI: a web server for the analysis of minisatellite maps BMC Evolutionary Biology,10:(1):167
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [80]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
    Beckstette, M.; Homann, R.; Giegerich, R.; Kurtz, S. (2009): Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models Bioinformatics,25:(24): 3251-3258.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [79]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383365
    Abouelhoda, M.; Giegerich, R.; Behzadi, B.; Steyaert, J. M. (2009): Alignment of minisatellite maps based on run-length encoding scheme Journal of Bioinformatics and Computational Biology,7:(02): 287-308.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [78]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383411
    Reeder, J.; Giegerich, R. (2009): RNA secondary structure analysis using the RNAshapes package Current Protocols in Bioinformatics,26:(1): Unit12.8.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [77]
    2009 | Konferenzbeitrag | Entwurf | PUB-ID: 2383425
    Steffen, P.; Giegerich, R.; Giraud, M. (Unpublished): GPU Parallization of Algebraic Dynamic Programming. In: Proceedings PPAM.
    PUB
     
  • [76]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
    Homann, R.; Fleer, D.; Giegerich, R.; Rehmsmeier, M. (2009): mkESA: enhanced suffix array construction tool Bioinformatics,25:(8): 1084-1085.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [75]
    2008 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383382
    Abouelhoda, M. I.; Giegerich, R.; Behzadi, B.; Steyaert, J. M. (2008): Alignment of Minisatellite Maps: A Minimum Spanning Tree based Approach. In: Proceedings of the 6th Asia-Pacific Bioinformatics Conference. (Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 6, ). S. 261-272.
    PUB | DOI
     
  • [74]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020 OA
    Lamprecht, A. - L.; Margaria, T.; Steffen, B.; Sczyrba, A.; Hartmeier, S.; Giegerich, R. (2008): GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI BMC Bioinformatics,9:(Suppl 4):S13
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [73]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025 OA
    Herold, J.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2008): Efficient computation of absent words in genomic sequences BMC Bioinformatics,9:(1):167
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [72]
    2008 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587496
    Gkogkoglou, K.; Mentz, A.; Albersmeier, A.; Kalinowski, J.; Giegerich, R. (2008): Looking for non-coding RNAs in Corynebacterium glutamicum FEBS JOURNAL,275:(Suppl. 1): 153.
    PUB | WoS
     
  • [71]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588303
    Sczyrba, A.; Konermann, S.; Giegerich, R. (2008): Two interactive bioinformatics courses at the bielefeld university bioinformatics server BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS,9:(3): 243-249.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [70]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588308
    Giegerich, R.; Brazma, A.; Jonassen, I.; Ukkonen, E.; Vingron, M. (2008): The BREW workshop series: a stimulating experience in PhD education Briefings in Bioinformatics,9:(3): 250-253.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [69]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357 OA
    Theis, C.; Reeder, J.; Giegerich, R. (2008): KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events Nucleic Acids Research,36:(18): 6013-6020.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [68]
    2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917 OA
    Janssen, S.; Reeder, J.; Giegerich, R. (2008): Shape based indexing for faster search of RNA family databases BMC Bioinformatics,9:(1): 131.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [67]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132
    Reeder, J.; Reeder, J.; Giegerich, R. (2007): Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search. In: Bioinformatics. OXFORD UNIV PRESS. (Bioinformatics, 23). S. I392-I400.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [66]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383428
    Brabrand, C.; Giegerich, R.; Moeller, A. (2007): Analyzing Ambiguity of Context-Free Grammars. In: Jan Holub; Jan Žďárek (Hrsg.): Implementation and Application of Automata. 12th International Conference, CIAA 2007, July 16-18, 2007, Revised Selected Papers. Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 4783, ).
    PUB | DOI
     
  • [65]
    2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383462
    Hartmeier, S.; Krüger, J.; Giegerich, R. (2007): Webservices and Workflows on the Bielefeld Bioinformatics Server: Practices and Problems. In: Proceedings.
    PUB
     
  • [64]
    2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974 OA
    Reeder, J.; Steffen, P.; Giegerich, R. (2007): pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows NUCLEIC ACIDS RESEARCH,35:(Web Server): W320-W324.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [63]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864 OA
    Beckstette, M.; Homann, R.; Giegerich, R.; Kurtz, S. (2006): Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices BMC Bioinformatics,7:(1):389
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [62]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597065
    Baake, M.; Grimm, U.; Giegerich, R. (2006): Surprises in approximating Levenshtein distances JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY,243:(2): 279-282.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [61]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383464
    Giegerich, R.; Steffen, P. (2006): Challenges in the Compilation of a Domain Specific Language for Dynamic Programming. In: Proceedings of te 2006 ACM Symposium on Applied Computing.
    PUB
     
  • [60]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179
    Gerlach, W.; Giegerich, R. (2006): GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing. Bioinformatics,22:(6): 762-764.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [59]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1946336
    Höchsmann, T.; Höchsmann, M.; Giegerich, R. (2006): Thermodynamic matchers: strengthening the significance of RNA folding energies Comput Syst Bioinformatics Conf, 111-121.
    PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
     
  • [58]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383518
    Reeder, J.; Giegerich, R. (2006): A graphical programming system for molecular motif search. In: Proceedings of the 5th International Conference on Generative Programming and Component Engineering. ACM Press. S. 131-140.
    PUB
     
  • [57]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871 OA
    Seibel, P. N.; Krüger, J.; Hartmeier, S.; Schwarzer, K.; Löwenthal, K.; Mersch, H.; Dandekar, T.; Giegerich, R. (2006): XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems BMC Bioinformatics,7:(1):490
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [56]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600726
    Malde, K.; Giegerich, R. (2006): Calculating PSSM probabilities with lazy dynamic programming Jornal of Functional Programming,16:(01): 75-81.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [55]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640 OA
    Steffen, P.; Giegerich, R. (2006): Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras BMC Bioinformatics,7:(1):214
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [54]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1597805
    Steffen, P.; Giegerich, R. (2006): Table design in dynamic programming INFORMATION AND COMPUTATION,204:(9): 1325-1345.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [53]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421
    Steffen, P.; Voss, B.; Rehmsmeier, M.; Reeder, J.; Giegerich, R. (2006): RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes Bioinformatics,22:(4): 500-503.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [52]
    2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773637 OA
    Voß, B.; Giegerich, R.; Rehmsmeier, M. (2006): Complete probabilistic analysis of RNA shapes BMC Biology,4:(1):5
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [51]
    2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1598807
    Reeder, J.; Höchsmann, M.; Rehmsmeier, M.; Voss, B.; Giegerich, R. (2006): Beyond Mfold: recent advances in RNA bioinformatics. In: Journal of Biotechnology. ELSEVIER SCIENCE BV. (JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 124). S. 41-55.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [50]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773613 OA
    Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Brivanlou, A. H.; Giegerich, R.; Altmann, C. R. (2005): XenDB: Full length cDNA prediction and cross species mapping in Xenopus laevis BMC Genomics,6:(1):123
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [49]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1602431
    Reeder, J.; Giegerich, R. (2005): Consensus shapes: an alternative to the Sankoff algorithm for RNA consensus structure prediction BIOINFORMATICS,21:(17): 3516-3523.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [48]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595 OA
    Reeder, J.; Steffen, P.; Giegerich, R. (2005): Effective ambiguity checking in biosequence analysis BMC Bioinformatics,6:(1):153
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [47]
    2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598 OA
    Steffen, P.; Giegerich, R. (2005): Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras BMC Bioinformatics,6:(1):224
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [46]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383529
    Beckstette, M.; Mailänder, J. T.; Marhöfer, R. J.; Sczyrba, A.; Ohlebusch, E.; Giegerich, R.; Selzer, P. M. (2004): Genlight: Interactive high-throughput sequence analysis and comparative genomics Journal of Integrative Bioinformatics,1:(1): 90-107.
    PUB | DOI
     
  • [45]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383561
    Sczyrba, A.; Beckstette, M.; Giegerich, R.; Altman, C. (2004): Identification of 10,500 Xenopus laevis Full Length Clones through EST Clustering and Sequence Analysis. In: Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.): German Conference on Bioinformatics 2004 : GCB 2004, October 4 - 6, 2004, Bielefeld, Germany . Bonn: Gesellschaft für Informatik. (GI-Edition / Proceedings, 53). S. 6-7.
    PUB
     
  • [44]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394 OA
    Krüger, J.; Sczyrba, A.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2004): e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences NUCLEIC ACIDS RESEARCH,32:(Web Server): W301-W304.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [43]
    2004 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383543
    Beckstette, M.; Strothmann, D.; Homann, R.; Giegerich, R.; Kurtz, S. (2004): PoSSuMsearch: Fast and Sensitive Matching of Position Specific Scoring Matrices using Enhanced Suffix Arrays. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. Lecture Notes in Informatics: GI. S. 53-64.
    PUB
     
  • [42]
    2004 | Konferenzband | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918823
    Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.) (2004): Proceedings of the German Conference on Bioinformatics, GCB 2004, In: Robert Giegerich; Jens Stoye (Hrsg.), Lecture Notes in Informatics,P-53: 234.
    PUB
     
  • [41]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606377
    Rehmsmeier, M.; Steffen, P.; Höchsmann, M.; Giegerich, R. (2004): Fast and effective prediction of microRNA/target duplexes RNA-A PUBLICATION OF THE RNA SOCIETY,10:(10): 1507-1517.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [40]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822
    Choudhuri, J. V.; Schleiermacher, C.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2004): GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes BIOINFORMATICS,20:(12): 1964-1965.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [39]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419
    Voss, B.; Meyer, C.; Giegerich, R. (2004): Evaluating the predictability of conformational switching in RNA Bioinformatics,20:(10): 1573-1582.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [38]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607656
    Giegerich, R.; Meyer, C.; Steffen, P. (2004): A discipline of dynamic programming over sequence data SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING,51:(3): 215-263.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [37]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393 OA
    Giegerich, R.; Voss, B.; Rehmsmeier, M. (2004): Abstract shapes of RNA Nucleic Acids Research,32:(16): 4843-4851.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [36]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758 OA
    Reeder, J.; Giegerich, R. (2004): Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics BMC Bioinformatics,5:(1):104
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [35]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747 OA
    Gardner, P. P.; Giegerich, R. (2004): A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches BMC Bioinformatics,5:(1):140
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [34]
    2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600293
    Höchsmann, M.; Voss, B.; Giegerich, R. (2004): Pure multiple RNA secondary structure alignments: A progressive profile approach IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATIOCS,1:(1): 53-62.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [33]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844 OA
    Sczyrba, A.; Krüger, J.; Mersch, H.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2003): RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server Nucleic Acids Research,31:(13): 3767-3770.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [32]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383602
    Dress, A.; Giegerich, R.; Grünewald, S.; Wagner, H. (2003): Fibonacci-Cayley-numbers and Repetition Pattern in Genomic DNA Annals of Combinatorics, 259-279.
    PUB
     
  • [31]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918949
    Giegerich, R.; Stoye, J. (2003): Finden, fast ohne zu suchen: Indexstrukturen in der Bioinformatik Forschung an der Universität Bielefeld,26: 63-68.
    PUB
     
  • [30]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610397 OA
    Giegerich, R.; Kurtz, S.; Stoye, J. (2003): Efficient implementation of lazy suffix trees SOFTWARE-PRACTICE & EXPERIENCE,33:(11): 1035-1049.
    PUB | PDF | DOI | WoS
     
  • [29]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880 OA
    Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Pühler, A. (2003): GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes Nucleic Acids Research,31:(8): 2187-2195.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [28]
    2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1666680
    Höchsmann, M.; Töller, T.; Giegerich, R.; Kurtz, S. (2003): Local similarity in RNA secondary structures. Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf,2: 159-168.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [27]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383608
    Giegerich, R.; Meyer, C. (2002): Algebraic Dynamic Programming. In: Algebraic Methodology and Software Technology. Springer. S. 349-364.
    PUB
     
  • [26]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1614870
    Meyer, C.; Giegerich, R. (2002): Matching and significance evaluation of combined sequence-structure motifs in RNA ZEITSCHRIFT FÜR PHYSIKALISCHE CHEMIE-INTERNATIONAL JOURNAL OF RESEARCH IN PHYSICAL CHEMISTRY & CHEMICAL PHYSICS,216:(2/2002): 193-216.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [25]
    2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366
    Goesmann, A.; Haubrock, M.; Meyer, F.; Kalinowski, J.; Giegerich, R. (2002): PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways BIOINFORMATICS,18:(1): 124-129.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2002 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612812
    Giegerich, R.; Steffen, P. (2002): Implementing algebraic dynamic programming in the functional and the imperative programming paradigm. In: Eerke Boiten (Hrsg.): MATHEMATICS OF PROGRAM CONSTRUCTION. Berlin ; Heidelberg ; New York ; Barcelona ; Hong Kong ; London ; Milan ; Paris ; Tokyo: SPRINGER-VERLAG BERLIN. (Lecture Notes in Computer Science, 2386). S. 1-20.
    PUB | WoS
     
  • [23]
    2001 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383615
    Evers, D.; Giegerich, R. (2001): Reducing the Conformation Space in RNA Structure Prediction. In: Proceedings of the German Conference on Bioinformatics. S. 118-124.
    PUB
     
  • [22]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615460
    Fuellen, G.; Wägele, J. W.; Giegerich, R. (2001): Best systematist practice transferred to molecular data ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION,1:(4): 257-272.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [21]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572
    Fuellen, G.; Wägele, J. W.; Giegerich, R. (2001): Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimation BIOINFORMATICS,17:(12): 1168-1178.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335 OA
    Kurtz, S.; Choudhuri, J. V.; Ohlebusch, E.; Schleiermacher, C.; Stoye, J.; Giegerich, R. (2001): REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale Nucleic Acids Research,29:(22): 4633-4642.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383618
    Giegerich, R.; Evers, D. (2000): Bioinformatik: Jäger, Sammler und Forscher im Daten-Dschungel der Molekularbiologie BIOforum,1-2: 30-32.
    PUB
     
  • [18]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618572
    Giegerich, R. (2000): Explaining and controlling ambiguity in dynamic programming. In: Raffaele Giancarlo; David Sankoff (Hrsg.): Combinatorial Pattern Matching. 11th Annual Symposium CPM 2000, Proceedings. Berlin: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 1848). S. 46-59.
    PUB | WoS
     
  • [17]
    2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574
    Giegerich, R. (2000): A systematic approach to dynamic programming in bioinformatics BIOINFORMATICS,16:(8): 665-677.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2000 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1918988
    Kurtz, S.; Ohlebusch, E.; Schleiermacher, C.; Stoye, J.; Giegerich, R. (2000): Computation and Visualization of Degenerate Repeats in Complete Genomes. In: Proc. of ISMB 2000. S. 228-238.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [15]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947682
    Giegerich, R.; Haase, D.; Rehmsmeier, M. (1999): Prediction and visualization of structural switches in RNA Pac Symp Biocomput, 126-137.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    1999 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1620435
    Giegerich, R.; Kurtz, S.; Stoye, J. (1999): Efficient implementation of lazy suffix trees. In: Algorithm Engineering. 3rd International Workshop, WAE’99 London, UK, July 19–21, 1999 Proceedings. (LNCS, 1668). S. 30-42.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [13]
    1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374
    Evers, D. J.; Giegerich, R. (1999): RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces BIOINFORMATICS,15:(1): 32-37.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    1998 | Konferenzbeitrag | PUB-ID: 1883741
    Lorenz, D.; Giegerich, R. (1998): ViSeL: An interactive Virtual Laboratory for DNA Sequencing. In: Tagungsband zum Workshop "Multimedia-Systeme" im Rahmen der GI-Jahrestagung 1998. Magdeburg. S. 53-65.
    PUB
     
  • [11]
    1997 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383634
    Fuellen, G.; Giegerich, R. (1997): International, interdisziplinär und interaaktiv: Der VSNS-Kurs über BioComputing. In: Proceedings: Virtueller Campus. S. 77-89.
    PUB
     
  • [10]
    1997 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1627522
    Giegerich, R.; Kurtz, S. (1997): From Ukkonen to McCreight and Weiner: A unifying view of linear-time suffix tree construction ALGORITHMICA,19:(3): 331-353.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [9]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639486
    Grüner, W.; Giegerich, R.; Strothmann, D.; Reidys, C.; Weber, J.; Hofacker, I. L.; Stadler, P.; Schuster, P. (1996): Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .2. structures of neutral networks and shape space covering Monatshefte für Chemie,127:(4): 375-389.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [8]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639477
    Grüner, W.; Giegerich, R.; Strothmann, D.; Reidys, C.; Weber, J.; Hofacker, I. L.; Stadler, P.; Schuster, P. (1996): Analysis of RNA sequence structure maps by exhaustive enumeration .1. Neutral networks Monatshefte für Chemie,127:(4): 355-374.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [7]
    1996 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1947921
    Giegerich, R.; Meyer, F.; Schleiermacher, C. (1996): GeneFisher--software support for the detection of postulated genes Proc Int Conf Intell Syst Mol Biol,4: 68-77.
    PUB | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1628987
    Giegerich, R.; Kurtz, S. (1995): A comparison of imperative and purely functional suffix tree constructions. In: Science of Computer Programming. ELSEVIER SCIENCE BV. (SCIENCE OF COMPUTER PROGRAMMING, 25). S. 187-218.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [5]
    1995 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1639513
    Bütow, B.; Giegerich, R.; Ohlebusch, E.; Thesing, S. (1995): A new calculus for semantic matching. In: Manuel Hermenegildo; S. Doaitse Swierstra (Hrsg.): Programming languages: implementations, logics and programs. 7th international symposium ; proceedings. Berlin: Springer. (Lecture Notes in Computer Science, 982). S. 81-96.
    PUB | WoS
     
  • [4]
    1992 | Report | PUB-ID: 2383632
    Giegerich, R. (1992): Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasability Study. Universität Bielefeld: Technische Fakultät.
    PUB
     
  • [3]
    1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383627
    Giegerich, R.; Ohlebusch, E. (1991): An Implicit Representation of Infinite Sequences of Terms Bulletin of the EATCS,43: 174-182.
    PUB
     
  • [2]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651134
    Giegerich, R. (1990): CODE SELECTION BY INVERSION OF ORDER-SORTED DERIVORS. In: Theoretical Computer Science. ELSEVIER SCIENCE BV. (THEORETICAL COMPUTER SCIENCE, 73). S. 177-211.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [1]
    1990 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1651466
    Giegerich, R. (1990): ON THE STRUCTURE OF VERIFIABLE CODE GENERATOR SPECIFICATIONS SIGPLAN NOTICES,25:(6): 1-8.
    PUB | WoS
     

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