21 Publikationen

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[21]
2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604
Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs. arXiv:1905.04165. 2019.
PUB | PDF
 
[20]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018;15(6):2094-2100.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[19]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2018;25(7):825-836.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs. Vol 78. 2017: 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
[17]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280. 2017.
PUB
 
[16]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10229. 2017: 50-65.
PUB | DOI
 
[15]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C. The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2017;14.
PUB | DOI | PubMed | Europe PMC
 
[14]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology. 2016;11: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[13]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
Luhmann N, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C. The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies. In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Lecture Notes in Computer Science. Vol 9683. Springer International Publishing; 2016: 200-210.
PUB | DOI | Download (ext.) | arXiv
 
[12]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V. Repeat- and error-aware comparison of deletions. Bioinformatics. 2015;31(18):2947-2954.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[11]
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Proceedings of WABI 2015. LNBI. Vol 9289. 2015: 217-230.
PUB
 
[10]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Sérgio C, ed. Proc. of BSB 2014. LNBI. Vol 8826. Springer Verlag; 2014: 135-143.
PUB | DOI
 
[9]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, et al. The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. Springer Verlag; 2013: 287-307.
PUB | DOI
 
[8]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092
Wittler R. Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering. BMC Genomics. 2013;14(Suppl 1):S12.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[7]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E. Linearization of ancestral multichromosomal genomes. BMC Bioinformatics. 2012;13(Proc. of RECOMB-CG 2012).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[6]
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler R, Chauve C. Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl. 9):S21.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[5]
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613
Chauve C, Maňuch J, Patterson M, Wittler R. Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicity. In: Proceedings of CPM 2011. Vol 6661. 2011: 90-103.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
[4]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J. Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1023-1039.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[3]
2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939
Wittler R. Phylogeny-based analysis of gene clusters. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2010.
PUB | PDF | Download (ext.)
 
[2]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217
Wittler R, Stoye J. Consistency of Sequence-based Gene Clusters. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. Springer Verlag; 2010: 252-263.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[1]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507
Stoye J, Wittler R. A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2009;6(3):387-400.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604
Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs. arXiv:1905.04165. 2019.
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[20]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018;15(6):2094-2100.
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[19]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2018;25(7):825-836.
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[18]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs. Vol 78. 2017: 19:1-19:9.
PUB | DOI
 
[17]
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280. 2017.
PUB
 
[16]
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10229. 2017: 50-65.
PUB | DOI
 
[15]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2908574
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C. The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2017;14.
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[14]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology. 2016;11: 3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[13]
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
Luhmann N, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C. The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies. In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Lecture Notes in Computer Science. Vol 9683. Springer International Publishing; 2016: 200-210.
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[12]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V. Repeat- and error-aware comparison of deletions. Bioinformatics. 2015;31(18):2947-2954.
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2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Proceedings of WABI 2015. LNBI. Vol 9289. 2015: 217-230.
PUB
 
[10]
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Sérgio C, ed. Proc. of BSB 2014. LNBI. Vol 8826. Springer Verlag; 2014: 135-143.
PUB | DOI
 
[9]
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, et al. The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. Springer Verlag; 2013: 287-307.
PUB | DOI
 
[8]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092
Wittler R. Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering. BMC Genomics. 2013;14(Suppl 1):S12.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[7]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E. Linearization of ancestral multichromosomal genomes. BMC Bioinformatics. 2012;13(Proc. of RECOMB-CG 2012).
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[6]
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler R, Chauve C. Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl. 9):S21.
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[5]
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613
Chauve C, Maňuch J, Patterson M, Wittler R. Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicity. In: Proceedings of CPM 2011. Vol 6661. 2011: 90-103.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J. Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1023-1039.
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[3]
2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939
Wittler R. Phylogeny-based analysis of gene clusters. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2010.
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[2]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217
Wittler R, Stoye J. Consistency of Sequence-based Gene Clusters. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. Springer Verlag; 2010: 252-263.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[1]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507
Stoye J, Wittler R. A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2009;6(3):387-400.
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