PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [33]
  

  2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988749

  Parmigiani L, Wittler R, Stoye J. Revisiting pangenome openness with k-mers. Peer Community Journal. 2024;4: e47.

  PUB | DOI | WoS
   
• [32]
  

  2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990552

  Frolova D, Lima L, Roberts L, et al. Applying rearrangement distances to enable plasmid epidemiology with pling. Microbial Genomics . 2024;10(10): 001300.

  PUB | DOI | PubMed | Europe PMC | Preprint
   
• [31]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983072

  Wittler R. General encoding of canonical k-mers. Peer Community Journal. 2023;3: e87.

  PUB | DOI | Preprint
   
• [30]
  

  2022 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967089

  Parmigiani L, Wittler R, Stoye J. Revisiting pangenome openness with k-mers. bioRxiv. 2022.

  PUB | DOI
   
• [29]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659

  Schulz T, Wittler R, Stoye J. Sequence-based pangenomic core detection. iScience. 2022;25(6): 104413.

  PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [28]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2955595

  Rempel A, Wittler R. SANS serif: alignment-free, whole-genome based phylogenetic reconstruction. Bioinformatics. 2021;37(24):4868–4870.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
   
• [27]
  

  2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959449

  Stoye J, Wittler R, eds. The Bielefeld Institute for Bioinformatics Infrastructure. Bielefeld: Universität Bielefeld, Techn. Fakultät; 2021.

  PUB | PDF | DOI
   
• [26]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950825

  Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J. Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs. Bioinformatics. 2021;37(16):2266-2274.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [25]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720

  Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J. Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs. bioRxiv. 2020.

  PUB | DOI | Preprint
   
• [24]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942421

  Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. Algorithms for Molecular Biology. 2020;15(1): 4.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
   
• [23]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574

  Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C. The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2019;16(4):1364-1373.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [22]
  

  2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900

  Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. In: Huber K, Gusfield D, eds. Proceedings of WABI 2019. LIPIcs. Vol 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik; 2019.

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• [21]
  

  2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604

  Wittler R. Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs. arXiv:1905.04165. 2019.

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• [20]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268

  Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2018;25(7):825-836.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [19]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481

  Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2018;15(6):2094-2100.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [18]
  

  2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521

  Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280. 2017.

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• [17]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409

  Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J. Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs. Vol 78. 2017: 19:1-19:9.

  PUB | DOI
   
• [16]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587

  Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F. Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10229. 2017: 50-65.

  PUB | DOI
   
• [15]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129

  Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology. 2016;11(1): 3.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [14]
  

  2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740

  Luhmann N, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C. The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies. In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Lecture Notes in Computer Science. Vol 9683. Springer International Publishing; 2016: 200-210.

  PUB | DOI | Download (ext.) | arXiv
   
• [13]
  

  2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497

  Holley G, Wittler R, Stoye J. Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Pop M, Touzet H, eds. Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings. Lecture Notes in Computer Science . Vol 9289. Berlin, Heidelberg: Springer; 2015: 217-230.

  PUB | DOI
   
• [12]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612

  Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V. Repeat- and error-aware comparison of deletions. Bioinformatics. 2015;31(18):2947-2954.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [11]
  

  2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122

  Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R. Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Sérgio C, ed. Proc. of BSB 2014. LNBI. Vol 8826. Springer Verlag; 2014: 135-143.

  PUB | DOI
   
• [10]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942198

  Wittler R. Correction: Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering. BMC Genomics. 2013;14(Suppl 1): S16.

  PUB | DOI
   
• [9]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092

  Wittler R. Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering. BMC Genomics. 2013;14(Suppl 1): S12.

  PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [8]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, et al. The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. London: Springer Verlag; 2013: 287-307.

  PUB | DOI
   
• [7]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300

  Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E. Linearization of ancestral multichromosomal genomes. BMC Bioinformatics. 2012;13(Proc. of RECOMB-CG 2012): S11.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [6]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973

  Wittler R, Chauve C. Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl. 9):S21.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [5]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613

  Chauve C, Maňuch J, Patterson M, Wittler R. Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicity. In: Proceedings of CPM 2011. Vol 6661. 2011: 90-103.

  PUB | DOI | Download (ext.)
   
• [4]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787

  Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J. Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1023-1039.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [3]
  

  2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939

  Wittler R. Phylogeny-based analysis of gene clusters. Bielefeld (Germany): Bielefeld University; 2010.

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• [2]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217

  Wittler R, Stoye J. Consistency of Sequence-based Gene Clusters. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. Springer Verlag; 2010: 252-263.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507

  Stoye J, Wittler R. A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2009;6(3):387-400.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC