PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [31]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983072

  Wittler, R. (2023). General encoding of canonical k-mers. Peer Community Journal, 3: e87. Peer Community In. doi:10.24072/pcjournal.323.

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• [30]
  

  2022 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967089

  Parmigiani, L., Wittler, R. & Stoye, J. (2022). Revisiting pangenome openness with k-mers. bioRxiv. Cold Spring Harbor Laboratory. doi:10.1101/2022.11.15.516472.

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• [29]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659

  Schulz, T., Wittler, R. & Stoye, J. (2022). Sequence-based pangenomic core detection. iScience, 25(6): 104413. Elsevier . doi:10.1016/j.isci.2022.104413.

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• [28]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2955595

  Rempel, A. & Wittler, R. (2021). SANS serif: alignment-free, whole-genome based phylogenetic reconstruction. Bioinformatics, 37(24), 4868–4870. Oxford University Press (OUP). doi:10.1093/bioinformatics/btab444.

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• [27]
  

  2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959449

  The Bielefeld Institute for Bioinformatics Infrastructure. (2021). The Bielefeld Institute for Bioinformatics Infrastructure. (J. Stoye & R. Wittler, Hrsg.). Bielefeld: Universität Bielefeld, Techn. Fakultät. doi:10.4119/unibi/2959449.

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• [26]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950825

  Schulz, T., Wittler, R., Rahmann, S., Hach, F. & Stoye, J. (2021). Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs. Bioinformatics, 37(16), 2266-2274. Oxford University Press. doi:10.1093/bioinformatics/btab077.

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• [25]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720

  Schulz, T., Wittler, R., Rahmann, S., Hach, F. & Stoye, J. (2020). Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs. bioRxiv. Cold Spring Harbor Laboratory. doi:10.1101/2020.09.03.280958.

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• [24]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942421

  Wittler, R. (2020). Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. Algorithms for Molecular Biology, 15(1): 4. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-020-00164-3.

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• [23]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574

  Luhmann, N., Lafond, M., Thévenin, A., Ouangraoua, A., Wittler, R. & Chauve, C. (2019). The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 16(4), 1364-1373. Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). doi:10.1109/TCBB.2017.2661761.

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• [22]
  

  2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900

  Wittler, R. (2019). Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs (LIPIcs). In K. Huber & D. Gusfield (Hrsg.), Proceedings of WABI 2019. Gehalten auf der International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik. doi:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.2.

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• [21]
  

  2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604

  Wittler, R. (2019). Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs. arXiv:1905.04165.

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• [20]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268

  Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2018). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 25(7), 825-836. Gehalten auf der 21st Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), Mary Ann Liebert, Inc. doi:10.1089/cmb.2018.0068.

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• [19]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481

  Luhmann, N., Chauve, C., Stoye, J. & Wittler, R. (2018). Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 15(6), 2094-2100. IEEE. doi:10.1109/TCBB.2018.2816034.

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• [18]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409

  Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings (LIPIcs). Proceedings of CPM 2017 (S. 19:1-19:9). Gehalten auf der CPM 2017. doi:10.4230/LIPIcs.CPM.2017.19.

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• [17]
  

  2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521

  Cunha, L., Dantas, S., Gagie, T., Wittler, R., Kowada, L. & Stoye, J. (2017). Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. arXiv: 1702.01280.

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• [16]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587

  Holley, G., Wittler, R., Stoye, J. & Hach, F. (2017). Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB 2017 (S. 50-65). Gehalten auf der RECOMB 2017. doi:10.1007/978-3-319-56970-3_4.

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• [15]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129

  Holley, G., Wittler, R. & Stoye, J. (2016). Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage. Algorithms for Molecular Biology, 11(1): 3. BioMedCentral. doi:10.1186/s13015-016-0066-8.

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• [14]
  

  2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740

  Luhmann, N., Thévenin, A., Ouangraoua, A., Wittler, R. & Chauve, C. (2016). The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies (Lecture Notes in Computer Science). Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016 (S. 200-210). Gehalten auf der ISBRA 2016, Springer International Publishing. doi:10.1007/978-3-319-38782-6_17.

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• [13]
  

  2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497

  Holley, G., Wittler, R. & Stoye, J. (2015). Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage ( Lecture Notes in Computer Science ). In M. Pop & H. Touzet (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings (S. 217-230). Berlin, Heidelberg: Springer. doi:10.1007/978-3-662-48221-6_16.

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• [12]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612

  Wittler, R., Marschall, T., Schönhuth, A. & Makinen, V. (2015). Repeat- and error-aware comparison of deletions. Bioinformatics, 31(18), 2947-2954. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btv304.

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• [11]
  

  2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122

  Luhmann, N., Chauve, C., Stoye, J. & Wittler, R. (2014). Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework (LNBI). In C. Sérgio (Hrsg.), Proc. of BSB 2014 (S. 135-143). Gehalten auf der BSB 2014, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-12418-6_17.

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• [10]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942198

  Wittler, R. (2013). Correction: Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering. BMC Genomics, 14(Suppl 1): S16. BioMed Central. doi:10.1186/1471-2164-14-s1-s16.

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• [9]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092

  Wittler, R. (2013). Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering. BMC Genomics, 14(Suppl 1): S12. BioMed Central. doi:10.1186/1471-2164-14-S1-S12.

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• [8]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  Dias Vieira Braga, M., Chauve, C., Dörr, D., Jahn, K., Stoye, J., Thévenin, A. & Wittler, R. (2013). The Potential of Family-Free Genome Comparison (Computational Biology Series). In C. Chauve, N. El-Mabrouk & E. Tannier (Hrsg.), Models and Algorithms for Genome Evolution (S. 287-307). London: Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4471-5298-9_13.

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• [7]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300

  Manuch, J., Patterson, M., Wittler, R., Chauve, C. & Tannier, E. (2012). Linearization of ancestral multichromosomal genomes. BMC Bioinformatics, 13(Proc. of RECOMB-CG 2012): S11. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S11.

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• [6]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973

  Wittler, R. & Chauve, C. (2011). Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes (BMC Bioinformatics), 12(Suppl. 9), S21. Gehalten auf der RECOMB-CG 2011, BMC. doi:10.1186/1471-2105-12-S9-S21.

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• [5]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613

  Chauve, C., Maňuch, J., Patterson, M. & Wittler, R. (2011). Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicity. Proceedings of CPM 2011 (S. 90-103). Gehalten auf der CPM 2011. doi:10.1007/978-3-642-21458-5_10.

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• [4]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787

  Wittler, R., Maňuch, J., Patterson, M. & Stoye, J. (2011). Consistency of Sequence-Based Gene Clusters. Journal of Computational Biology, 18(9), 1023-1039. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0083.

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• [3]
  

  2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939

  Wittler, R. (2010). Phylogeny-based analysis of gene clusters. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.

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• [2]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217

  Wittler, R. & Stoye, J. (2010). Consistency of Sequence-based Gene Clusters (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2010 (S. 252-263). Gehalten auf der Recomb-CG 2010, Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-642-16181-0_21.

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• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507

  Stoye, J. & Wittler, R. (2009). A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 6(3), 387-400. Institute of Electrical & Electronics Engineers (IEEE). doi:10.1109/TCBB.2008.135.

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