PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [31]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983072

  R. Wittler, “General encoding of canonical k-mers”, Peer Community Journal, 2023, 3, : e87.

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• [30]
  

  2022 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967089

  L. Parmigiani, R. Wittler, and J. Stoye, “Revisiting pangenome openness with k-mers”, bioRxiv, 2022.

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• [29]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659

  T. Schulz, R. Wittler, and J. Stoye, “Sequence-based pangenomic core detection”, iScience, 2022, 25, : 104413.

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• [28]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2955595

  A. Rempel, and R. Wittler, “SANS serif: alignment-free, whole-genome based phylogenetic reconstruction”, Bioinformatics, 2021, 37, 4868–4870.

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• [27]
  

  2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959449

  The Bielefeld Institute for Bioinformatics Infrastructure, Universität Bielefeld, Techn. Fakultät, Bielefeld, 2021.

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• [26]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950825

  T. Schulz, R. Wittler, S. Rahmann, F. Hach, and J. Stoye, “Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs”, Bioinformatics, 2021, 37, 2266-2274.

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• [25]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720

  T. Schulz, R. Wittler, S. Rahmann, F. Hach, and J. Stoye, “Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs”, bioRxiv, 2020.

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• [24]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942421

  R. Wittler, “Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs”, Algorithms for Molecular Biology, 2020, 15, : 4.

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• [23]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574

  N. Luhmann, M. Lafond, A. Thévenin, A. Ouangraoua, R. Wittler, and C. Chauve, “The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, 16, 1364-1373.

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• [22]
  

  2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900

  R. Wittler, in Proceedings of WABI 2019 (Eds.: K. Huber, D. Gusfield), Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum Fuer Informatik, Dagstuhl, Germany, 2019.

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• [21]
  

  2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604

  R. Wittler, “Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs”, arXiv:1905.04165, 2019.

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• [20]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268

  G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, “Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression”, JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2018, 25, 825-836.

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• [19]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481

  N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, “Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, 15, 2094-2100.

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• [18]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409

  L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, in Proceedings of CPM 2017, 2017, p. 19:1-19:9.

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• [17]
  

  2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521

  L. Cunha, S. Dantas, T. Gagie, R. Wittler, L. Kowada, and J. Stoye, “Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings”, arXiv: 1702.01280, 2017.

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• [16]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587

  G. Holley, R. Wittler, J. Stoye, and F. Hach, in Proceedings of RECOMB 2017, 2017, p. 50-65.

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• [15]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129

  G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, “Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage”, Algorithms for Molecular Biology, 2016, 11, : 3.

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• [14]
  

  2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740

  N. Luhmann, A. Thévenin, A. Ouangraoua, R. Wittler, and C. Chauve, in Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016, Springer International Publishing, 2016, p. 200-210.

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• [13]
  

  2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497

  G. Holley, R. Wittler, and J. Stoye, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings (Eds.: M. Pop, H. Touzet), Springer, Berlin, Heidelberg, 2015, p. 217-230.

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• [12]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612

  R. Wittler, T. Marschall, A. Schönhuth, and V. Makinen, “Repeat- and error-aware comparison of deletions”, Bioinformatics, 2015, 31, 2947-2954.

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• [11]
  

  2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122

  N. Luhmann, C. Chauve, J. Stoye, and R. Wittler, in Proc. of BSB 2014 (Ed.: C. Sérgio), Springer Verlag, 2014, p. 135-143.

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• [10]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942198

  R. Wittler, “Correction: Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering”, BMC Genomics, 2013, 14, : S16.

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• [9]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092

  R. Wittler, “Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering”, BMC Genomics, 2013, 14, : S12.

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• [8]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  M. Dias Vieira Braga, C. Chauve, D. Dörr, K. Jahn, J. Stoye, A. Thévenin, and R. Wittler, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, London, 2013, p. 287-307.

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• [7]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300

  J. Manuch, M. Patterson, R. Wittler, C. Chauve, and E. Tannier, “Linearization of ancestral multichromosomal genomes”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, : S11.

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• [6]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973

  R. Wittler, and C. Chauve, “Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, S21.

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• [5]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613

  C. Chauve, J. Maňuch, M. Patterson, and R. Wittler, in Proceedings of CPM 2011, 2011, p. 90-103.

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• [4]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787

  R. Wittler, J. Maňuch, M. Patterson, and J. Stoye, “Consistency of Sequence-Based Gene Clusters”, Journal of Computational Biology, 2011, 18, 1023-1039.

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• [3]
  

  2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939

  R. Wittler, Phylogeny-based analysis of gene clusters, Bielefeld University, Bielefeld (Germany), 2010.

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• [2]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217

  R. Wittler, and J. Stoye, in Proc. of Recomb-CG 2010, Springer Verlag, 2010, p. 252-263.

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• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507

  J. Stoye, and R. Wittler, “A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 6, 387-400.

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