Roland Wittler

roland.wittler@uni-bielefeld.de
ORCID logo https://orcid.org/0000-0002-2249-9880

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3721521

31 Publikationen

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  • [31]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983072
    Wittler R (2023)
    General encoding of canonical k-mers.
    Peer Community Journal 3: e87.
    PUB | DOI | Preprint
     
  • [30]
    2022 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967089
    Parmigiani L, Wittler R, Stoye J (2022)
    Revisiting pangenome openness with k-mers.
    bioRxiv.
    PUB | DOI
     
  • [29]
    2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659 OA
    Schulz T, Wittler R, Stoye J (2022)
    Sequence-based pangenomic core detection.
    iScience 25(6): 104413.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [28]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2955595
    Rempel A, Wittler R (2021)
    SANS serif: alignment-free, whole-genome based phylogenetic reconstruction.
    Bioinformatics 37(24): 4868–4870.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
     
  • [27]
    2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959449 OA
    Stoye J, Wittler R (Eds) (2021)
    The Bielefeld Institute for Bioinformatics Infrastructure.
    Bielefeld: Universität Bielefeld, Techn. Fakultät.
    PUB | PDF | DOI
     
  • [26]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950825 OA
    Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J (2021)
    Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs.
    Bioinformatics 37(16): 2266-2274.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [25]
    2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720
    Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J (2020)
    Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs.
    bioRxiv.
    PUB | DOI | Preprint
     
  • [24]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942421 OA
    Wittler R (2020)
    Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs.
    Algorithms for Molecular Biology 15(1): 4.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
     
  • [23]
    2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574
    Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2019)
    The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies.
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16(4): 1364-1373.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [22]
    2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900
    Wittler R (2019)
    Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs.
    In: Proceedings of WABI 2019. Huber K, Gusfield D (Eds); LIPIcs, 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik.
    PUB | DOI | Download (ext.)
     
  • [21]
    2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604 OA
    Wittler R (2019)
    Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs.
    arXiv:1905.04165.
    PUB | PDF
     
  • [20]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268
    Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2018)
    Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression.
    JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 25(7): 825-836.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481
    Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2018)
    Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework.
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15(6): 2094-2100.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409
    Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
    Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings.
    In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs, 78. 19:1-19:9.
    PUB | DOI
     
  • [17]
    2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521
    Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
    Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings.
    arXiv: 1702.01280.
    PUB | Download (ext.) | arXiv
     
  • [16]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587
    Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2017)
    Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression.
    In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 10229. 50-65.
    PUB | DOI
     
  • [15]
    2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129 OA
    Holley G, Wittler R, Stoye J (2016)
    Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage.
    Algorithms for Molecular Biology 11(1): 3.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740
    Luhmann N, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2016)
    The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies.
    In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Lecture Notes in Computer Science, 9683. Springer International Publishing: 200-210.
    PUB | DOI | Download (ext.) | arXiv
     
  • [13]
    2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497
    Holley G, Wittler R, Stoye J (2015)
    Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage.
    In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings. Pop M, Touzet H (Eds); Lecture Notes in Computer Science , 9289. Berlin, Heidelberg: Springer: 217-230.
    PUB | DOI
     
  • [12]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
    Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V (2015)
    Repeat- and error-aware comparison of deletions.
    Bioinformatics 31(18): 2947-2954.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122
    Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2014)
    Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework.
    In: Proc. of BSB 2014. Sérgio C (Ed); LNBI, 8826. Springer Verlag: 135-143.
    PUB | DOI
     
  • [10]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942198
    Wittler R (2013)
    Correction: Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering.
    BMC Genomics 14(Suppl 1): S16.
    PUB | DOI
     
  • [9]
    2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092 OA
    Wittler R (2013)
    Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering.
    BMC Genomics 14(Suppl 1): S12.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
    Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
    The Potential of Family-Free Genome Comparison.
    In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307.
    PUB | DOI
     
  • [7]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
    Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E (2012)
    Linearization of ancestral multichromosomal genomes.
    BMC Bioinformatics 13(Proc. of RECOMB-CG 2012): S11.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
    Wittler R, Chauve C (2011)
    Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes.
    BMC Bioinformatics 12(Suppl. 9): S21.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613
    Chauve C, Maňuch J, Patterson M, Wittler R (2011)
    Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicity.
    In: Proceedings of CPM 2011. 6661. 90-103.
    PUB | DOI | Download (ext.)
     
  • [4]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787
    Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J (2011)
    Consistency of Sequence-Based Gene Clusters.
    Journal of Computational Biology 18(9): 1023-1039.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939 OA
    Wittler R (2010)
    Phylogeny-based analysis of gene clusters.
    Bielefeld (Germany): Bielefeld University.
    PUB | PDF | Download (ext.)
     
  • [2]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217
    Wittler R, Stoye J (2010)
    Consistency of Sequence-based Gene Clusters.
    In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI, 6398. Springer Verlag: 252-263.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [1]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507
    Stoye J, Wittler R (2009)
    A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters.
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 6(3): 387-400.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
     
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