PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [31]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983072

  Wittler, R. (2023): General encoding of canonical k-mers Peer Community Journal,3:e87

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• [30]
  

  2022 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2967089

  Parmigiani, L.; Wittler, R.; Stoye, J. (2022): Revisiting pangenome openness with k-mers bioRxiv

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• [29]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659

  Schulz, T.; Wittler, R.; Stoye, J. (2022): Sequence-based pangenomic core detection iScience,25:(6):104413

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• [28]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2955595

  Rempel, A.; Wittler, R. (2021): SANS serif: alignment-free, whole-genome based phylogenetic reconstruction Bioinformatics,37:(24): 4868–4870.

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• [27]
  

  2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959449

  Jens Stoye; Roland Wittler (Hrsg.) (2021): The Bielefeld Institute for Bioinformatics Infrastructure. Bielefeld: Universität Bielefeld, Techn. Fakultät.

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• [26]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950825

  Schulz, T.; Wittler, R.; Rahmann, S.; Hach, F.; Stoye, J. (2021): Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs Bioinformatics,37:(16): 2266-2274.

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• [25]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720

  Schulz, T.; Wittler, R.; Rahmann, S.; Hach, F.; Stoye, J. (2020): Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs bioRxiv

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• [24]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942421

  Wittler, R. (2020): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs Algorithms for Molecular Biology,15:(1):4

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• [23]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574

  Luhmann, N.; Lafond, M.; Thévenin, A.; Ouangraoua, A.; Wittler, R.; Chauve, C. (2019): The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene Adjacencies IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,16:(4): 1364-1373.

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• [22]
  

  2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900

  Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs. In: Katharina Huber; Dan Gusfield (Hrsg.): Proceedings of WABI 2019. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik. (LIPIcs, 143).

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• [21]
  

  2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604

  Wittler, R. (2019): Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphs arXiv:1905.04165

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• [20]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268

  Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2018): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY,25:(7): 825-836.

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• [19]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481

  Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2018): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,15:(6): 2094-2100.

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• [18]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409

  Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings. In: Proceedings of CPM 2017. (LIPIcs, 78). S. 19:1-19:9.

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• [17]
  

  2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521

  Cunha, L.; Dantas, S.; Gagie, T.; Wittler, R.; Kowada, L.; Stoye, J. (2017): Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded Strings arXiv: 1702.01280

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• [16]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587

  Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J.; Hach, F. (2017): Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression. In: Proceedings of RECOMB 2017. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10229). S. 50-65.

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• [15]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129

  Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2016): Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage Algorithms for Molecular Biology,11:(1):3

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• [14]
  

  2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740

  Luhmann, N.; Thévenin, A.; Ouangraoua, A.; Wittler, R.; Chauve, C. (2016): The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacencies. In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Springer International Publishing. (Lecture Notes in Computer Science, 9683). S. 200-210.

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• [13]
  

  2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497

  Holley, G.; Wittler, R.; Stoye, J. (2015): Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storage. In: Mihai Pop; Hélène Touzet (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings. Berlin, Heidelberg: Springer. ( Lecture Notes in Computer Science , 9289). S. 217-230.

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• [12]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612

  Wittler, R.; Marschall, T.; Schönhuth, A.; Makinen, V. (2015): Repeat- and error-aware comparison of deletions Bioinformatics,31:(18): 2947-2954.

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• [11]
  

  2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122

  Luhmann, N.; Chauve, C.; Stoye, J.; Wittler, R. (2014): Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework. In: Campos Sérgio (Hrsg.): Proc. of BSB 2014. Springer Verlag. (LNBI, 8826). S. 135-143.

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• [10]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942198

  Wittler, R. (2013): Correction: Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering BMC Genomics,14:(Suppl 1):S16

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• [9]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092

  Wittler, R. (2013): Unraveling overlapping deletions by agglomerative clustering BMC Genomics,14:(Suppl 1):S12

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• [8]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  Dias Vieira Braga, M.; Chauve, C.; Dörr, D.; Jahn, K.; Stoye, J.; Thévenin, A.; Wittler, R. (2013): The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. London: Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 287-307.

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• [7]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300

  Manuch, J.; Patterson, M.; Wittler, R.; Chauve, C.; Tannier, E. (2012): Linearization of ancestral multichromosomal genomes BMC Bioinformatics,13:(Proc. of RECOMB-CG 2012):S11

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• [6]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973

  Wittler, R.; Chauve, C. (2011): Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes BMC Bioinformatics,12:(Suppl. 9): S21.

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• [5]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613

  Chauve, C.; Maňuch, J.; Patterson, M.; Wittler, R. (2011): Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicity. In: Proceedings of CPM 2011. (6661). S. 90-103.

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• [4]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787

  Wittler, R.; Maňuch, J.; Patterson, M.; Stoye, J. (2011): Consistency of Sequence-Based Gene Clusters Journal of Computational Biology,18:(9): 1023-1039.

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• [3]
  

  2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939

  Wittler, R. (2010): Phylogeny-based analysis of gene clusters. Bielefeld (Germany): Bielefeld University.

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• [2]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217

  Wittler, R.; Stoye, J. (2010): Consistency of Sequence-based Gene Clusters. In: Proc. of Recomb-CG 2010. Springer Verlag. (LNBI, 6398). S. 252-263.

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• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507

  Stoye, J.; Wittler, R. (2009): A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene Clusters IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,6:(3): 387-400.

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