31 Publikationen
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2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963659Sequence-based pangenomic core detectionPUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulz T, Wittler R, Stoye J (2022)
iScience 25(6): 104413. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2955595SANS serif: alignment-free, whole-genome based phylogenetic reconstructionPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
Rempel A, Wittler R (2021)
Bioinformatics 37(24): 4868–4870. -
2021 | Herausgeber*in Sammelwerk | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959449The Bielefeld Institute for Bioinformatics InfrastructurePUB | PDF | DOI
Stoye J, Wittler R (Eds) (2021)
Bielefeld: Universität Bielefeld, Techn. Fakultät. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2950825Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome GraphsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J (2021)
Bioinformatics 37(16): 2266-2274. -
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2945720Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome GraphsPUB | DOI | Preprint
Schulz T, Wittler R, Rahmann S, Hach F, Stoye J (2020)
bioRxiv. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942421Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
Wittler R (2020)
Algorithms for Molecular Biology 15(1): 4. -
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908574The SCJ Small Parsimony Problem for Weighted Gene AdjacenciesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Luhmann N, Lafond M, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2019)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16(4): 1364-1373. -
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936900Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphsPUB | DOI | Download (ext.)
Wittler R (2019)
In: Proceedings of WABI 2019. Huber K, Gusfield D (Eds); LIPIcs, 143. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik. -
2019 | Preprint | PUB-ID: 2935604Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de-Bruijn graphsPUB | PDF
Wittler R (2019)
arXiv:1905.04165. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930268Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read CompressionPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2018)
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY 25(7): 825-836. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918481Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic FrameworkPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2018)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 15(6): 2094-2100. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909409Fast and Simple Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded StringsPUB | DOI
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
In: Proceedings of CPM 2017. LIPIcs, 78. 19:1-19:9. -
2017 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2908521Faster Jumbled Indexing for Binary Run-Length Encoded StringsPUB | Download (ext.) | arXiv
Cunha L, Dantas S, Gagie T, Wittler R, Kowada L, Stoye J (2017)
arXiv: 1702.01280. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907587Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read CompressionPUB | DOI
Holley G, Wittler R, Stoye J, Hach F (2017)
In: Proceedings of RECOMB 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 10229. 50-65. -
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900129Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storagePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Holley G, Wittler R, Stoye J (2016)
Algorithms for Molecular Biology 11(1): 3. -
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901740The SCJ small parsimony problem for weighted gene adjacenciesPUB | DOI | Download (ext.) | arXiv
Luhmann N, Thévenin A, Ouangraoua A, Wittler R, Chauve C (2016)
In: Proceedings 12th International Symposium, ISBRA 2016. Lecture Notes in Computer Science, 9683. Springer International Publishing: 200-210. -
2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2757497Bloom Filter Trie - a data structure for pan-genome storagePUB | DOI
Holley G, Wittler R, Stoye J (2015)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2015. Proceedings. Pop M, Touzet H (Eds); Lecture Notes in Computer Science , 9289. Berlin, Heidelberg: Springer: 217-230. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612Repeat- and error-aware comparison of deletionsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V (2015)
Bioinformatics 31(18): 2947-2954. -
2014 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2690122Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic FrameworkPUB | DOI
Luhmann N, Chauve C, Stoye J, Wittler R (2014)
In: Proc. of BSB 2014. Sérgio C (Ed); LNBI, 8826. Springer Verlag: 135-143. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942198Correction: Unraveling overlapping deletions by agglomerative clusteringPUB | DOI
Wittler R (2013)
BMC Genomics 14(Suppl 1): S16. -
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2552092Unraveling overlapping deletions by agglomerative clusteringPUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittler R (2013)
BMC Genomics 14(Suppl 1): S12. -
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648The Potential of Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300Linearization of ancestral multichromosomal genomesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E (2012)
BMC Bioinformatics 13(Proc. of RECOMB-CG 2012): S11. -
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomesPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittler R, Chauve C (2011)
BMC Bioinformatics 12(Suppl. 9): S21. -
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310613Tractability results for the Consecutive-Ones Property with multiplicityPUB | DOI | Download (ext.)
Chauve C, Maňuch J, Patterson M, Wittler R (2011)
In: Proceedings of CPM 2011., 6661. 90-103. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091787Consistency of Sequence-Based Gene ClustersPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittler R, Maňuch J, Patterson M, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1023-1039. -
2010 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2301939Phylogeny-based analysis of gene clustersPUB | PDF | Download (ext.)
Wittler R (2010)
Bielefeld (Germany): Bielefeld University. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919217Consistency of Sequence-based Gene ClustersPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Wittler R, Stoye J (2010)
In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI, 6398. Springer Verlag: 252-263. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591507A Unified Approach for Reconstructing Ancient Gene ClustersPUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
Stoye J, Wittler R (2009)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 6(3): 387-400.