20 Publikationen
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2021)
Journal of Computational Biology 28(4): 410-431. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712
Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plantsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D (2020)
BMC Genomics 21(Suppl. 2): 273. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2943733Active and repressed biosynthetic gene clusters have spatially distinct chromosome statesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Nützmann H-W, Dörr D, Ramírez-Colmenero A, Sotelo-Fonseca JE, Wegel E, Di Stefano M, Wingett SW, Fraser P, Hurst L, Fernandez-Valverde SL, Osbourn A (2020)
Proceedings of the National Academy of Sciences: 201920474. -
2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk ApproachPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S (2020)
Molecular Biology and Evolution 37(5): 1470–1479. -
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | Download (ext.) | arXiv
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
arXiv:2001.02139. -
2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | DOI
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI, 12074. 3-18. -
2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848
Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants"PUB | Dateien verfügbar | DOI
Dörr D, Rubert D (2019)
Bielefeld University. -
2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883A Perspective on Comparative and Functional GenomicsPUB | DOI
Dörr D, Stoye J (2019)
In: Bioinformatics and Phylogenetics. Warnow T (Ed); Computational Biology, 29. Cham: Springer : 361-372. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005
GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing dataPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2018)
BMC Genomics 19(Suppl. 5): 308. -
2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dörr D, Feijão P, Stoye J (2018)
In: Comparative Genomics: Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 331-342. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814The gene family-free median of threePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Balaban M, Feijão P, Chauve C (2017)
Algorithms for Molecular Biology 12(1): 14. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Luhmann N, Dörr D, Chauve C (2017)
Microbial Genomics 3(9): e000123. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster DiscoveryPUB | DOI
Schulz T, Stoye J, Dörr D (2017)
In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 1704. Berlin: Springer Verlag: 197-212. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene AdjacenciesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, Deshpande S, Dantas S, Moret BME, Stoye J (2017)
Journal of Computational Biology 24(6): 616-634. -
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362
Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large DatasetsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, Wieseke N, Thévenin A, Stoye J, Hartmann RK, Prohaska SJ, Stadler PF (2014)
PLoS ONE 9(8): e105015. -
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033
Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate StringsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K (2014)
BMC Genomics 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2. -
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648The Potential of Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Gene family assignment-free comparative genomicsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Thévenin A, Stoye J (2012)
BMC Bioinformatics 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3. -
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353
Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructionsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dörr D, Gronau I, Moran S, Yavneh I (2012)
Algorithms for Molecular Biology 7(1): 22.