PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303

  L. Bohnenkämper, M. Dias Vieira Braga, D. Dörr, and J. Stoye, “Computing the rearrangement distance of natural genomes”, Journal of Computational Biology, 2021, 28, 410-431.

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• [19]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712

  D. Rubert, F. H. V. Martinez, J. Stoye, and D. Dörr, “Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants”, BMC Genomics, 2020, 21, : 273.

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• [18]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2943733

  H. - W. Nützmann, D. Dörr, A. Ramírez-Colmenero, J. E. Sotelo-Fonseca, E. Wegel, M. Di Stefano, S. W. Wingett, P. Fraser, L. Hurst, S. L. Fernandez-Valverde, et al., “Active and repressed biosynthetic gene clusters have spatially distinct chromosome states”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 2020, : 201920474.

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• [17]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598

  G. Sevillya, D. Dörr, Y. Lerner, J. Stoye, M. Steel, and S. Snir, “Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach”, Molecular Biology and Evolution, 2020, 37, 1470–1479.

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• [16]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861

  L. Bohnenkämper, M. Dias Vieira Braga, D. Dörr, and J. Stoye, “Computing the rearrangement distance of natural genomes”, arXiv:2001.02139, 2020.

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• [15]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729

  L. Bohnenkämper, M. Dias Vieira Braga, D. Dörr, and J. Stoye, in Proceedings of RECOMB 2020, 2020, p. 3-18.

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• [14]
  

  2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848

  D. Dörr, and D. Rubert, Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants", Bielefeld University, 2019.

  PUB | Dateien verfügbar | DOI
   
• [13]
  

  2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883

  D. Dörr, and J. Stoye, in Bioinformatics and Phylogenetics (Ed.: T. Warnow), Springer , Cham, 2019, p. 361-372.

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• [12]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005

  T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, “GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data”, BMC Genomics, 2018, 19, : 308.

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• [11]
  

  2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922

  D. Dörr, P. Feijão, and J. Stoye, in Comparative Genomics: Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P. Stadler, J. Stoye), Springer Verlag, New York, 2018, p. 331-342.

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• [10]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814

  D. Dörr, M. Balaban, P. Feijão, and C. Chauve, “The gene family-free median of three”, Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, : 14.

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• [9]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492

  N. Luhmann, D. Dörr, and C. Chauve, “Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes”, Microbial Genomics, 2017, 3, e000123.

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• [8]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016

  T. Schulz, J. Stoye, and D. Dörr, in Proceedings of RECOMB-CG 2017, Springer Verlag, Berlin, 2017, p. 197-212.

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• [7]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967

  D. Dörr, L. A. B. Kowada, F. E. Soares de Araujo, S. Deshpande, S. Dantas, B. M. E. Moret, and J. Stoye, “New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies”, Journal of Computational Biology, 2017, 24, 616-634.

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• [6]
  

  2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049

  D. Dörr, Gene family-free genome comparison, Universität Bielefeld, Bielefeld, 2016.

  PUB | PDF
   
• [5]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362

  M. Lechner, M. Hernandez-Rosales, D. Dörr, N. Wieseke, A. Thévenin, J. Stoye, R. K. Hartmann, S. J. Prohaska, and P. F. Stadler, “Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets”, PLoS ONE, 2014, 9, : e105015.

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• [4]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033

  D. Dörr, J. Stoye, S. Böcker, and K. Jahn, “Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings”, BMC Genomics, 2014, 15, : S2.

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• [3]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  M. Dias Vieira Braga, C. Chauve, D. Dörr, K. Jahn, J. Stoye, A. Thévenin, and R. Wittler, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, London, 2013, p. 287-307.

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• [2]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642

  D. Dörr, A. Thévenin, and J. Stoye, “Gene family assignment-free comparative genomics”, BMC Bioinformatics, 2012, 13, : S3.

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• [1]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353

  D. Dörr, I. Gronau, S. Moran, and I. Yavneh, “Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions”, Algorithms for Molecular Biology, 2012, 7, : 22.

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