PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [20]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303

  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2021)
  Computing the rearrangement distance of natural genomes.
  Journal of Computational Biology 28(4): 410-431.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [19]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712

  Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D (2020)
  Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants.
  BMC Genomics 21(Suppl. 2): 273.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [18]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2943733

  Nützmann H-W, Dörr D, Ramírez-Colmenero A, Sotelo-Fonseca JE, Wegel E, Di Stefano M, Wingett SW, Fraser P, Hurst L, Fernandez-Valverde SL, Osbourn A (2020)
  Active and repressed biosynthetic gene clusters have spatially distinct chromosome states.
  Proceedings of the National Academy of Sciences: 201920474.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [17]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598

  Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S (2020)
  Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach.
  Molecular Biology and Evolution 37(5): 1470–1479.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [16]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861

  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
  Computing the rearrangement distance of natural genomes.
  arXiv:2001.02139.

  PUB | Download (ext.) | arXiv
   
• [15]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729

  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
  Computing the rearrangement distance of natural genomes.
  In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI, 12074. 3-18.

  PUB | DOI
   
• [14]
  

  2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848

  Dörr D, Rubert D (2019)
  Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants".
  Bielefeld University.

  PUB | Dateien verfügbar | DOI
   
• [13]
  

  2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883

  Dörr D, Stoye J (2019)
  A Perspective on Comparative and Functional Genomics.
  In: Bioinformatics and Phylogenetics. Warnow T (Ed); Computational Biology, 29. Cham: Springer : 361-372.

  PUB | DOI
   
• [12]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005

  Schulz T, Stoye J, Dörr D (2018)
  GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data.
  BMC Genomics 19(Suppl. 5): 308.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [11]
  

  2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922

  Dörr D, Feijão P, Stoye J (2018)
  Family-Free Genome Comparison.
  In: Comparative Genomics: Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler P, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 1704. New York: Springer Verlag: 331-342.

  PUB | DOI
   
• [10]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814

  Dörr D, Balaban M, Feijão P, Chauve C (2017)
  The gene family-free median of three.
  Algorithms for Molecular Biology 12(1): 14.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [9]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492

  Luhmann N, Dörr D, Chauve C (2017)
  Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes.
  Microbial Genomics 3(9): e000123.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [8]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016

  Schulz T, Stoye J, Dörr D (2017)
  Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery.
  In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics, 1704. Berlin: Springer Verlag: 197-212.

  PUB | DOI
   
• [7]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967

  Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, Deshpande S, Dantas S, Moret BME, Stoye J (2017)
  New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies.
  Journal of Computational Biology 24(6): 616-634.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [6]
  

  2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049

  Dörr D (2016)
  Gene family-free genome comparison.
  Bielefeld: Universität Bielefeld.

  PUB | PDF
   
• [5]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362

  Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, Wieseke N, Thévenin A, Stoye J, Hartmann RK, Prohaska SJ, Stadler PF (2014)
  Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets.
  PLoS ONE 9(8): e105015.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [4]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033

  Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K (2014)
  Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings.
  BMC Genomics 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [3]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
  The Potential of Family-Free Genome Comparison.
  In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307.

  PUB | DOI
   
• [2]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642

  Dörr D, Thévenin A, Stoye J (2012)
  Gene family assignment-free comparative genomics.
  BMC Bioinformatics 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [1]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353

  Dörr D, Gronau I, Moran S, Yavneh I (2012)
  Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions.
  Algorithms for Molecular Biology 7(1): 22.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC