PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303

  Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2021): Computing the rearrangement distance of natural genomes Journal of Computational Biology,28:(4): 410-431.

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• [19]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712

  Rubert, D.; Martinez, F. H. V.; Stoye, J.; Dörr, D. (2020): Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants BMC Genomics,21:(Suppl. 2):273

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• [18]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2943733

  Nützmann, H. - W.; Dörr, D.; Ramírez-Colmenero, A.; Sotelo-Fonseca, J. E.; Wegel, E.; Di Stefano, M.; Wingett, S. W.; Fraser, P.; Hurst, L.; Fernandez-Valverde, S. L.; Osbourn, A. (2020): Active and repressed biosynthetic gene clusters have spatially distinct chromosome states Proceedings of the National Academy of Sciences,201920474

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• [17]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598

  Sevillya, G.; Dörr, D.; Lerner, Y.; Stoye, J.; Steel, M.; Snir, S. (2020): Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach Molecular Biology and Evolution,37:(5): 1470–1479.

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• [16]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861

  Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2020): Computing the rearrangement distance of natural genomes arXiv:2001.02139

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• [15]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729

  Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2020): Computing the rearrangement distance of natural genomes. In: Proceedings of RECOMB 2020. (LNBI, 12074). S. 3-18.

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• [14]
  

  2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848

  Dörr, D.; Rubert, D. (2019): Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants". Bielefeld University.

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• [13]
  

  2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883

  Dörr, D.; Stoye, J. (2019): A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Tandy Warnow (Hrsg.): Bioinformatics and Phylogenetics. Cham: Springer . (Computational Biology, 29). S. 361-372.

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• [12]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005

  Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2018): GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data BMC Genomics,19:(Suppl. 5):308

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• [11]
  

  2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922

  Dörr, D.; Feijão, P.; Stoye, J. (2018): Family-Free Genome Comparison. In: João C. Setubal; Peter Stadler; Jens Stoye (Hrsg.): Comparative Genomics: Methods and Protocols. New York: Springer Verlag. (Methods in Molecular Biology, 1704). S. 331-342.

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• [10]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814

  Dörr, D.; Balaban, M.; Feijão, P.; Chauve, C. (2017): The gene family-free median of three Algorithms for Molecular Biology,12:(1):14

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• [9]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492

  Luhmann, N.; Dörr, D.; Chauve, C. (2017): Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes Microbial Genomics,3:(9): e000123.

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• [8]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016

  Schulz, T.; Stoye, J.; Dörr, D. (2017): Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Berlin: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 1704). S. 197-212.

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• [7]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967

  Dörr, D.; Kowada, L. A. B.; Soares de Araujo, F. E.; Deshpande, S.; Dantas, S.; Moret, B. M. E.; Stoye, J. (2017): New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies Journal of Computational Biology,24:(6): 616-634.

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• [6]
  

  2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049

  Dörr, D. (2016): Gene family-free genome comparison. Bielefeld: Universität Bielefeld.

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• [5]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362

  Lechner, M.; Hernandez-Rosales, M.; Dörr, D.; Wieseke, N.; Thévenin, A.; Stoye, J.; Hartmann, R. K.; Prohaska, S. J.; Stadler, P. F. (2014): Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets PLoS ONE,9:(8):e105015

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• [4]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033

  Dörr, D.; Stoye, J.; Böcker, S.; Jahn, K. (2014): Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings BMC Genomics,15:(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014):S2

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• [3]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  Dias Vieira Braga, M.; Chauve, C.; Dörr, D.; Jahn, K.; Stoye, J.; Thévenin, A.; Wittler, R. (2013): The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. London: Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 287-307.

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  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642

  Dörr, D.; Thévenin, A.; Stoye, J. (2012): Gene family assignment-free comparative genomics BMC Bioinformatics,13:(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012):S3

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• [1]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353

  Dörr, D.; Gronau, I.; Moran, S.; Yavneh, I. (2012): Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions Algorithms for Molecular Biology,7:(1):22

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