20 Publikationen

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  • [20]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303
    Bohnenkämper, L., Dias Vieira Braga, M., Dörr, D. & Stoye, J. (2021). Computing the rearrangement distance of natural genomes. Journal of Computational Biology, 28(4), 410-431. Mary Ann Liebert. doi:10.1089/cmb.2020.0434.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [19]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712 OA
    Rubert, D., Martinez, F.H.V., Stoye, J. & Dörr, D. (2020). Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC Genomics, 21(Suppl. 2): 273. BioMed Central. doi:10.1186/s12864-020-6609-x.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2943733
    Nützmann, H.-W., Dörr, D., Ramírez-Colmenero, A., Sotelo-Fonseca, J.E., Wegel, E., Di Stefano, M., Wingett, S.W., Fraser, P., Hurst, L., Fernandez-Valverde, S.L. & Osbourn, A. (2020). Active and repressed biosynthetic gene clusters have spatially distinct chromosome states. Proceedings of the National Academy of Sciences: 201920474. National Academy of Sciences. doi:10.1073/pnas.1920474117.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [17]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598
    Sevillya, G., Dörr, D., Lerner, Y., Stoye, J., Steel, M. & Snir, S. (2020). Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach. Molecular Biology and Evolution, 37(5), 1470–1479. Oxford University Press. doi:10.1093/molbev/msz302.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [16]
    2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861
    Bohnenkämper, L., Dias Vieira Braga, M., Dörr, D. & Stoye, J. (2020). Computing the rearrangement distance of natural genomes. arXiv:2001.02139.
    PUB | Download (ext.) | arXiv
     
  • [15]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729
    Bohnenkämper, L., Dias Vieira Braga, M., Dörr, D. & Stoye, J. (2020). Computing the rearrangement distance of natural genomes (LNBI). Proceedings of RECOMB 2020 (S. 3-18). Gehalten auf der RECOMB 2020. doi:10.1007/978-3-030-45257-5_1.
    PUB | DOI
     
  • [14]
    2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848 OA
    Dörr, D. & Rubert, D. (2019). Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants". Bielefeld University. doi:10.4119/unibi/2936848.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI
     
  • [13]
    2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883
    Dörr, D. & Stoye, J. (2019). A Perspective on Comparative and Functional Genomics (Computational Biology). In T. Warnow (Hrsg.), Bioinformatics and Phylogenetics (S. 361-372). Cham: Springer . doi:10.1007/978-3-030-10837-3_14.
    PUB | DOI
     
  • [12]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005 OA
    Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2018). GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics, 19(Suppl. 5): 308. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-018-4622-0.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922
    Dörr, D., Feijão, P. & Stoye, J. (2018). Family-Free Genome Comparison (Methods in Molecular Biology). In J.C. Setubal, P. Stadler & J. Stoye (Hrsg.), Comparative Genomics: Methods and Protocols (S. 331-342). New York: Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4939-7463-4_12.
    PUB | DOI
     
  • [10]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814
    Dörr, D., Balaban, M., Feijão, P. & Chauve, C. (2017). The gene family-free median of three. Algorithms for Molecular Biology, 12(1): 14. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-017-0106-z.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492
    Luhmann, N., Dörr, D. & Chauve, C. (2017). Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes. Microbial Genomics, 3(9), e000123. Microbiology Society. doi:10.1099/mgen.0.000123.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016
    Schulz, T., Stoye, J. & Dörr, D. (2017). Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery (Lecture Notes in Bioinformatics). Proceedings of RECOMB-CG 2017 (S. 197-212). Gehalten auf der RECOMB-CG 2017, Berlin: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_11.
    PUB | DOI
     
  • [7]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967
    Dörr, D., Kowada, L.A.B., Soares de Araujo, F.E., Deshpande, S., Dantas, S., Moret, B.M.E. & Stoye, J. (2017). New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology, 24(6), 616-634. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2017.0065.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049 OA
    Dörr, D. (2016). Gene family-free genome comparison. Bielefeld: Universität Bielefeld.
    PUB | PDF
     
  • [5]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362 OA
    Lechner, M., Hernandez-Rosales, M., Dörr, D., Wieseke, N., Thévenin, A., Stoye, J., Hartmann, R.K., Prohaska, S.J. & Stadler, P.F. (2014). Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets. PLoS ONE, 9(8): e105015. Public Library of Science (PLoS). doi:10.1371/journal.pone.0105015.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [4]
    2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033 OA
    Dörr, D., Stoye, J., Böcker, S. & Jahn, K. (2014). Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings. BMC Genomics, 15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2164-15-S6-S2.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
    Dias Vieira Braga, M., Chauve, C., Dörr, D., Jahn, K., Stoye, J., Thévenin, A. & Wittler, R. (2013). The Potential of Family-Free Genome Comparison (Computational Biology Series). In C. Chauve, N. El-Mabrouk & E. Tannier (Hrsg.), Models and Algorithms for Genome Evolution (S. 287-307). London: Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4471-5298-9_13.
    PUB | DOI
     
  • [2]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642 OA
    Dörr, D., Thévenin, A. & Stoye, J. (2012). Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics, 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S3.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [1]
    2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353 OA
    Dörr, D., Gronau, I., Moran, S. & Yavneh, I. (2012). Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions. Algorithms for Molecular Biology, 7(1): 22. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1748-7188-7-22.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     

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