PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [20]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303

  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J. Computing the rearrangement distance of natural genomes. Journal of Computational Biology. 2021;28(4):410-431.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [19]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712

  Rubert D, Martinez FHV, Stoye J, Dörr D. Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC Genomics. 2020;21(Suppl. 2): 273.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [18]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2943733

  Nützmann H-W, Dörr D, Ramírez-Colmenero A, et al. Active and repressed biosynthetic gene clusters have spatially distinct chromosome states. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2020: 201920474.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [17]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939598

  Sevillya G, Dörr D, Lerner Y, Stoye J, Steel M, Snir S. Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach. Molecular Biology and Evolution. 2020;37(5):1470–1479.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [16]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861

  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J. Computing the rearrangement distance of natural genomes. arXiv:2001.02139. 2020.

  PUB | Download (ext.) | arXiv
   
• [15]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729

  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J. Computing the rearrangement distance of natural genomes. In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI. Vol 12074. 2020: 3-18.

  PUB | DOI
   
• [14]
  

  2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848

  Dörr D, Rubert D. Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants". Bielefeld University; 2019.

  PUB | Dateien verfügbar | DOI
   
• [13]
  

  2019 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2932883

  Dörr D, Stoye J. A Perspective on Comparative and Functional Genomics. In: Warnow T, ed. Bioinformatics and Phylogenetics. Computational Biology. Vol 29. Cham: Springer ; 2019: 361-372.

  PUB | DOI
   
• [12]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919005

  Schulz T, Stoye J, Dörr D. GraphTeams. A method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data. BMC Genomics. 2018;19(Suppl. 5): 308.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [11]
  

  2018 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913922

  Dörr D, Feijão P, Stoye J. Family-Free Genome Comparison. In: Setubal JC, Stadler P, Stoye J, eds. Comparative Genomics: Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 1704. New York: Springer Verlag; 2018: 331-342.

  PUB | DOI
   
• [10]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2911814

  Dörr D, Balaban M, Feijão P, Chauve C. The gene family-free median of three. Algorithms for Molecular Biology. 2017;12(1): 14.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [9]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912492

  Luhmann N, Dörr D, Chauve C. Comparative scaffolding and gap filling of ancient bacterial genomes applied to two ancient Yersinia pestis genomes. Microbial Genomics. 2017;3(9):e000123.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [8]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913016

  Schulz T, Stoye J, Dörr D. Finding Teams in Graphs and its Application to Spatial Gene Cluster Discovery. In: Proceedings of RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 1704. Berlin: Springer Verlag; 2017: 197-212.

  PUB | DOI
   
• [7]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909967

  Dörr D, Kowada LAB, Soares de Araujo FE, et al. New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies. Journal of Computational Biology. 2017;24(6):616-634.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [6]
  

  2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2902049

  Dörr D. Gene family-free genome comparison. Bielefeld: Universität Bielefeld; 2016.

  PUB | PDF
   
• [5]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2685362

  Lechner M, Hernandez-Rosales M, Dörr D, et al. Orthology Detection Combining Clustering and Synteny for Very Large Datasets. PLoS ONE. 2014;9(8): e105015.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [4]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2687033

  Dörr D, Stoye J, Böcker S, Jahn K. Identifying Gene Clusters by Discovering Common Intervals in Indeterminate Strings. BMC Genomics. 2014;15(Suppl. 6: Proc. of RECOMB-CG 2014): S2.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [3]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, et al. The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. London: Springer Verlag; 2013: 287-307.

  PUB | DOI
   
• [2]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642

  Dörr D, Thévenin A, Stoye J. Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [1]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2560353

  Dörr D, Gronau I, Moran S, Yavneh I. Stochastic errors vs. modeling errors in distance based phylogenetic reconstructions. Algorithms for Molecular Biology. 2012;7(1): 22.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC