PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2988343

  Maraci, Ö.; Antonatou-Papaioannou, A.; Jünemann, S.; Schneeberger, K.; Schulze, M.; Scheffler, I.; Caspers, B. (2024): Bats, Bacteria, and Bat Smell V.2.0: Repeatable Sex-Specific Differences in Scent Organ Microbiota Microbial Ecology ,87:(1):55

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• [24]
  

  2023 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2968940

  Jünemann, S. (2023): Quality is a Myth - Assessing and Addressing Errors in Sequencing Data. Bielefeld: Universität Bielefeld.

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• [23]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2963726

  Maraci, Ö.; Antonatou-Papaioannou, A.; Jünemann, S.; Engel, K.; Castillo-Gutiérrez, O.; Busche, T.; Kalinowski, J.; Caspers, B. (2022): Timing matters: Age-dependent impacts of the social environment and host selection on the avian gut microbiota Microbiome,10:(1): 202.

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• [22]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2962824

  Maraci, Ö.; Corsini, M.; Antonatou-Papaioannou, A.; Jünemann, S.; Sudyka, J.; Di Lecce, I.; Caspers, B.; Szulkin, M. (2022): Changes to the gut microbiota of a wild juvenile passerine in a multidimensional urban mosaic Scientific Reports,12:(1):6872

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• [21]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2957501

  Brandt, D.; Simunovic, M.; Busche, T.; Haak, M.; Belmann, P.; Jünemann, S.; Schulz, T.; Klages, L. J.; Vinke, S.; Beckstette, M.; Pohl, E.; Scherer, C.; Sczyrba, A.; Kalinowski, J. (2021): Multiple Occurrences of a 168-Nucleotide Deletion in SARS-CoV-2 ORF8, Unnoticed by Standard Amplicon Sequencing and Variant Calling Pipelines Viruses,13:(9):1870

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• [20]
  

  2021 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2955069

  Maraci, Ö.; Corsini, M.; Antonatou-Papaioannou, A.; Jünemann, S.; Sudyka, J.; Lecce, I. D.; Caspers, B.; Szulkin, M. (2021): Alterations to the Gut Microbiota of a Wild Juvenile Passerine in an Urban Mosaic bioRxiv

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• [19]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2951630

  Maraci, Ö.; Antonatou-Papaioannou, A.; Jünemann, S.; Castillo, O.; Busche, T.; Kalinowski, J.; Caspers, B. (2021): The Gut Microbial Composition Is Species-Specific and Individual-Specific in Two Species of Estrildid Finches, the Bengalese Finch and the Zebra Finch Frontiers in Microbiology,12:619141

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• [18]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949051

  Engel, K.; Pankoke, H.; Jünemann, S.; Brandl, H. B.; Sauer, J.; Griffith, S.; Kalinowski, J.; Caspers, B. (2020): Family matters: skin microbiome reflects the social group and spatial proximity in wild zebra finches BMC Ecology,20:(1):58

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• [17]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2944226

  Rettenmaier, R.; Schneider, M.; Munk, B.; Lebuhn, M.; Jünemann, S.; Sczyrba, A.; Maus, I.; Zverlov, V.; Liebl, W. (2020): Importance of Defluviitalea raffinosedens for Hydrolytic Biomass Degradation in Co-Culture with Hungateiclostridium thermocellum Microorganisms,8:(6):915

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• [16]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346

  Hagenfeld, D.; Koch, R.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harks, I.; Eickholz, P.; Hoffmann, T.; Kim, T. - S.; Kocher, T.; Meyle, J.; Kaner, D.; Schlagenhauf, U.; Ehmke, B.; Harmsen, D. (2018): Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis PLOS ONE,13:(4):e0195534

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• [15]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916925

  Engel, K.; Sauer, J.; Jünemann, S.; Winkler, A.; Wibberg, D.; Kalinowski, J.; Tauch, A.; Caspers, B. (2018): Individual- and Species-Specific Skin Microbiomes in Three Different Estrildid Finch Species Revealed by 16S Amplicon Sequencing Microbial Ecology,76:(2): 518-529.

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• [14]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556

  Jünemann, S.; Kleinbölting, N.; Jaenicke, S.; Henke, C.; Hassa, J.; Nelkner, J.; Stolze, Y.; Albaum, S.; Schlüter, A.; Goesmann, A.; Sczyrba, A.; Stoye, J. (2017): Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research Journal of Biotechnology,261:(SI): 10-23.

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• [13]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773

  Jünemann, S.; Prior, K.; Albersmeier, A.; Albaum, S.; Kalinowski, J.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2014): GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers PLOS ONE,9:(9):e107014

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• [12]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309

  Bolzan de Campos, S.; Youn, J. - W.; Farina, R.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Szczepanowski, R.; Beneduzi, A.; Vargas, L. K.; Goesmann, A.; Wendisch, V. F.; Passagilia, L. (2013): Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (Brassica napus L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing Microbial Ecology,65:(3): 593-601.

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• [11]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228

  Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison Nature biotechnology,31:(12): 1148.

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• [10]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922

  Jünemann, S.; Sedlazeck, F. J.; Prior, K.; Albersmeier, A.; John, U.; Kalinowski, J.; Mellmann, A.; Goesmann, A.; von Haeseler, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2013): Updating benchtop sequencing performance comparison Nature Biotechnology,31:(4): 294-296.

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• [9]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614207

  Eikmeyer, F. G.; Köfinger, P.; Poschenel, A.; Jünemann, S.; Zakrzewski, M.; Heinl, S.; Mayrhuber, E.; Grabherr, R.; Pühler, A.; Schwab, H.; Schlüter, A. (2013): Metagenome analyses reveal the influence of the inoculant Lactobacillus buchneri CD034 on the microbial community involved in grass silaging Journal of Biotechnology,167:(3): 334-343.

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• [8]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230

  Jünemann, S.; Prior, K.; Szczepanowski, R.; Harks, I.; Ehmke, B.; Goesmann, A.; Stoye, J.; Harmsen, D. (2012): Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing PLoS ONE,7:(8):e41606

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• [7]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618

  Zakrzewski, M.; Goesmann, A.; Jaenicke, S.; Jünemann, S.; Eikmeyer, F. G.; Szczepanowski, R.; Al-Soud, W. A.; Sørensen, S.; Pühler, A.; Schlüter, A. (2012): Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing Journal of Biotechnology,158:(4): 248-258.

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• [6]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933

  Dohrmann, A. B.; Küting, M.; Jünemann, S.; Jaenicke, S.; Schlüter, A.; Tebbe, C. C. (2012): Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties The ISME journal,7:(1): 37-49.

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• [5]
  

  2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286

  Vogel, U.; Szczepanowski, R.; Claus, H.; Jünemann, S.; Prior, K.; Harmsen, D. (2012): Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information Journal of clinical microbiology,50:(6): 1889-1894.

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• [4]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276

  Jaenicke, S.; Ander, C.; Bekel, T.; Bisdorf, R.; Dröge, M.; Gartemann, K. - H.; Jünemann, S.; Kaiser, O.; Krause, L.; Tille, F.; Zakrzewski, M.; Pühler, A.; Schlüter, A.; Goesmann, A. (2011): Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing PLoS ONE,6:(1):e14519

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• [3]
  

  2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751

  Jaenicke, S.; Zakrzewski, M.; Jünemann, S.; Pühler, A.; Goesmann, A.; Schlüter, A. (2011): Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: Frans J. de Bruijn (Hrsg.): Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. Hoboken, NJ, USA: Wiley-Blackwell. S. 403-414.

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• [2]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321

  Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50

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• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098

  Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.

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