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[16]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919346
Hagenfeld, D., Koch, R., Jünemann, S., Prior, K., Harks, I., Eickholz, P., Hoffmann, T., Kim, T.-S., Kocher, T., Meyle, J., Kaner, D., Schlagenhauf, U., Ehmke, B., Harmsen, D.: Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis. PLOS ONE. 13, : e0195534 (2018).
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[15]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916925
Engel, K., Sauer, J., Jünemann, S., Winkler, A., Wibberg, D., Kalinowski, J., Tauch, A., Caspers, B.: Individual- and Species-Specific Skin Microbiomes in Three Different Estrildid Finch Species Revealed by 16S Amplicon Sequencing. Microbial Ecology. 76, 518-529 (2018).
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[14]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913556 OA
Jünemann, S., Kleinbölting, N., Jaenicke, S., Henke, C., Hassa, J., Nelkner, J., Stolze, Y., Albaum, S., Schlüter, A., Goesmann, A., Sczyrba, A., Stoye, J.: Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology. 261, 10-23 (2017).
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[13]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann, S., Prior, K., Albersmeier, A., Albaum, S., Kalinowski, J., Goesmann, A., Stoye, J., Harmsen, D.: GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers. PLOS ONE. 9, e107014 (2014).
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[12]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J., Harmsen, D.: Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology. 31, 1148 (2013).
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[11]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2566922
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J., Harmsen, D.: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology. 31, 294-296 (2013).
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[10]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2614207
Eikmeyer, F.G., Köfinger, P., Poschenel, A., Jünemann, S., Zakrzewski, M., Heinl, S., Mayrhuber, E., Grabherr, R., Pühler, A., Schwab, H., Schlüter, A.: Metagenome analyses reveal the influence of the inoculant Lactobacillus buchneri CD034 on the microbial community involved in grass silaging. Journal of Biotechnology. 167, 334-343 (2013).
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[9]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Bolzan de Campos, S., Youn, J.-W., Farina, R., Jaenicke, S., Jünemann, S., Szczepanowski, R., Beneduzi, A., Vargas, L.K., Wendisch, V.F., Passaglia, L.: Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing. Microbial Ecology. 65, 593-601 (2013).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[8]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M., Goesmann, A., Jaenicke, S., Jünemann, S., Eikmeyer, F.G., Szczepanowski, R., Al-Soud, W.A., Sørensen, S., Pühler, A., Schlüter, A.: Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing. Journal of Biotechnology. 158, 248-258 (2012).
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[7]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2526933
Dohrmann, A.B., Küting, M., Jünemann, S., Jaenicke, S., Schlüter, A., Tebbe, C.C.: Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties. The ISME journal. 7, 37-49 (2012).
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[6]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517230
Jünemann, S., Prior, K., Szczepanowski, R., Harks, I., Ehmke, B., Goesmann, A., Stoye, J., Harmsen, D.: Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing. PLoS ONE. 7, e41606 (2012).
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[5]
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2490286
Vogel, U., Szczepanowski, R., Claus, H., Jünemann, S., Prior, K., Harmsen, D.: Ion Torrent PGM sequencing for genomic typing of Neisseria meningitidis for rapid determination of multiple layers of typing information. Journal of clinical microbiology. 50, 1889-1894 (2012).
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[4]
2011 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2447751
Jaenicke, S., Zakrzewski, M., Jünemann, S., Pühler, A., Goesmann, A., Schlüter, A.: Analysis of the Metagenome from a Biogas-Producing Microbial Community by Means of Bioinformatics Methods. In: de Bruijn, F.J. (ed.) Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats. p. 403-414. Wiley-Blackwell (2011).
PUB | DOI
 
[3]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2003276
Jaenicke, S., Ander, C., Bekel, T., Bisdorf, R., Dröge, M., Gartemann, K.-H., Jünemann, S., Kaiser, O., Krause, L., Tille, F., Zakrzewski, M., Pühler, A., Schlüter, A., Goesmann, A.: Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing. PLoS ONE. 6, e14519 (2011).
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[2]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321 OA
Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C.K., Kuester, H., Linke, B., Mertens, D., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Runte, K.J., Tauch, A., Tille, F., Pühler, A., Goesmann, A.: EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics. 10, : 50 (2009).
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[1]
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098 OA
Gerlach, W., Jünemann, S., Tille, F., Goesmann, A., Stoye, J.: WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics. 10, 430 (2009).
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Hagenfeld, D., Koch, R., Jünemann, S., Prior, K., Harks, I., Eickholz, P., Hoffmann, T., Kim, T.-S., Kocher, T., Meyle, J., Kaner, D., Schlagenhauf, U., Ehmke, B., Harmsen, D.: Do we treat our patients or rather periodontal microbes with adjunctive antibiotics in periodontal therapy? A 16S rDNA microbial community analysis. PLOS ONE. 13, : e0195534 (2018).
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Engel, K., Sauer, J., Jünemann, S., Winkler, A., Wibberg, D., Kalinowski, J., Tauch, A., Caspers, B.: Individual- and Species-Specific Skin Microbiomes in Three Different Estrildid Finch Species Revealed by 16S Amplicon Sequencing. Microbial Ecology. 76, 518-529 (2018).
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Jünemann, S., Kleinbölting, N., Jaenicke, S., Henke, C., Hassa, J., Nelkner, J., Stolze, Y., Albaum, S., Schlüter, A., Goesmann, A., Sczyrba, A., Stoye, J.: Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research. Journal of Biotechnology. 261, 10-23 (2017).
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2689773
Jünemann, S., Prior, K., Albersmeier, A., Albaum, S., Kalinowski, J., Goesmann, A., Stoye, J., Harmsen, D.: GABenchToB: A Genome Assembly Benchmark Tuned on Bacteria and Benchtop Sequencers. PLOS ONE. 9, e107014 (2014).
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2641228
Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J., Harmsen, D.: Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature biotechnology. 31, 1148 (2013).
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Jünemann, S., Sedlazeck, F.J., Prior, K., Albersmeier, A., John, U., Kalinowski, J., Mellmann, A., Goesmann, A., von Haeseler, A., Stoye, J., Harmsen, D.: Updating benchtop sequencing performance comparison. Nature Biotechnology. 31, 294-296 (2013).
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Eikmeyer, F.G., Köfinger, P., Poschenel, A., Jünemann, S., Zakrzewski, M., Heinl, S., Mayrhuber, E., Grabherr, R., Pühler, A., Schwab, H., Schlüter, A.: Metagenome analyses reveal the influence of the inoculant Lactobacillus buchneri CD034 on the microbial community involved in grass silaging. Journal of Biotechnology. 167, 334-343 (2013).
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2529309
Bolzan de Campos, S., Youn, J.-W., Farina, R., Jaenicke, S., Jünemann, S., Szczepanowski, R., Beneduzi, A., Vargas, L.K., Wendisch, V.F., Passaglia, L.: Changes in Root Bacterial Communities Associated to Two Different Development Stages of Canola (*Brassica napus* L. var oleifera) Evaluated through Next-Generation Sequencing. Microbial Ecology. 65, 593-601 (2013).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2484618
Zakrzewski, M., Goesmann, A., Jaenicke, S., Jünemann, S., Eikmeyer, F.G., Szczepanowski, R., Al-Soud, W.A., Sørensen, S., Pühler, A., Schlüter, A.: Profiling of the metabolically active community from a production-scale biogas plant by means of high-throughput metatranscriptome sequencing. Journal of Biotechnology. 158, 248-258 (2012).
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Dohrmann, A.B., Küting, M., Jünemann, S., Jaenicke, S., Schlüter, A., Tebbe, C.C.: Importance of rare taxa for bacterial diversity in the rhizosphere of Bt- and conventional maize varieties. The ISME journal. 7, 37-49 (2012).
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Jünemann, S., Prior, K., Szczepanowski, R., Harks, I., Ehmke, B., Goesmann, A., Stoye, J., Harmsen, D.: Bacterial Community Shift in Treated Periodontitis Patients Revealed by Ion Torrent 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing. PLoS ONE. 7, e41606 (2012).
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Jaenicke, S., Ander, C., Bekel, T., Bisdorf, R., Dröge, M., Gartemann, K.-H., Jünemann, S., Kaiser, O., Krause, L., Tille, F., Zakrzewski, M., Pühler, A., Schlüter, A., Goesmann, A.: Comparative and Joint Analysis of Two Metagenomic Datasets from a Biogas Fermenter Obtained by 454-Pyrosequencing. PLoS ONE. 6, e14519 (2011).
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Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C.K., Kuester, H., Linke, B., Mertens, D., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Runte, K.J., Tauch, A., Tille, F., Pühler, A., Goesmann, A.: EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics. 10, : 50 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098 OA
Gerlach, W., Jünemann, S., Tille, F., Goesmann, A., Stoye, J.: WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics. 10, 430 (2009).
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