25 Publikationen

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[25]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934328
Environmental toxicants in breast milk of Norwegian mothers and gut bacteria composition and metabolites in their infants at 1 month
Iszatt N, Janssen S, Lenters V, Dahl C, Stigum H, Knight R, Mandal S, Peddada S, González A, Midtvedt T, Eggesbø M (2019)
Microbiome 7(1): 34.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[24]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934274
Assessing taxonomic metagenome profilers with OPAL.
Meyer F, Bremges A, Belmann P, Janssen S, McHardy AC, Koslicki D (2019)
Genome biology 20(1): 51.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[23]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921273
Creating a 3D microbial and chemical snapshot of a human habitat
Kapono CA, Morton JT, Bouslimani A, Melnik AV, Orlinsky K, Knaan TL, Garg N, Vázquez-Baeza Y, Protsyuk I, Janssen S, Zhu Q, et al. (2018)
Scientific Reports 8(1).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[22]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921268
Phylogenetic Placement of Exact Amplicon Sequences Improves Associations with Clinical Information
Janssen S, McDonald D, Gonzalez A, Navas-Molina JA, Jiang L, Xu ZZ, Winker K, Kado DM, Orwoll E, Manary M, Mirarab S, et al. (2018)
mSystems 3(3): e00021-18.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[21]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921270
KatharoSeq Enables High-Throughput Microbiome Analysis from Low-Biomass Samples
Minich JJ, Zhu Q, Janssen S, Hendrickson R, Amir A, Vetter R, Hyde J, Doty MM, Stillwell K, Benardini J, Kim JH, et al. (2018)
mSystems 3(3): e00218-17.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[20]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921267
American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research
McDonald D, Hyde E, Debelius JW, Morton JT, Gonzalez A, Ackermann G, Aksenov AA, Behsaz B, Brennan C, Chen Y, DeRight Goldasich L, et al. (2018)
mSystems 3(3): e00031-18.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[19]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931438
Qiita: rapid, web-enabled microbiome meta-analysis
Gonzalez A, Navas-Molina JA, Kosciolek T, McDonald D, Vázquez-Baeza Y, Ackermann G, DeReus J, Janssen S, Swafford AD, Orchanian SB, Sanders JG, et al. (2018)
Nature Methods 15(10): 796-798.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
2018 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931839
QIIME 2: Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science
Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet C, Al-Ghalith GA, Alexander H, Alm EJ, Arumugam M, Asnicar F, Bai Y, et al. (2018)
PeerJ.
PUB | DOI
 
[17]
2018 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931838
Assessing taxonomic metagenome profilers with OPAL
Meyer F, Bremges A, Belmann P, Janssen S, McHardy AC, Koslicki D (2018)
bioRxiv.
PUB | DOI
 
[16]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914868
A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity
Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J, Locey KJ, Prill RJ, Tripathi A, Gibbons SM, Ackermann G, Navas-Molina JA, et al. (2017)
Nature.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[15]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software
Sczyrba A, Hofmann P, Belmann P, Koslicki D, Janssen S, Dröge J, Gregor I, Majda S, Fiedler J, Dahms E, Bremges A, et al. (2017)
Nature Methods 14(11): 1063-1071.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[14]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907305
Gut Microbiota Regulate Motor Deficits and Neuroinflammation in a Model of Parkinson's Disease
Sampson TR, Debelius JW, Thron T, Janssen S, Shastri GG, Ilhan ZE, Challis C, Schretter CE, Rocha S, Gradinaru V, Chesselet M-F, et al. (2016)
Cell 167(6): 1469-1480.e12.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[13]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888
Ambivalent covariance models
Janssen S, Giegerich R (2015)
BMC Bioinformatics 16: 178.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[12]
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2682131 PUB | PDF
 
[11]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
The RNA shapes studio
Janssen S, Giegerich R (2014)
Bioinformatics 31(3): 423-425.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[10]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis
Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R (2013)
Bioinformatics 29(5): 551-560.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[9]
2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
Abstract Shape Analysis of RNA
Janssen S, Giegerich R (2012)
In: RNA Bioinformatics t.b.a. Gorodkin J, Weinberg Z (Eds); 1-35.
PUB
 
[8]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction
Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R (2011)
BMC Bioinformatics 12(1): 429.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[7]
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming
Sauthoff G, Janssen S, Giegerich R (2011)
In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM: 29-40.
PUB | DOI | Download (ext.)
 
[6]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893988
Browsing RNA Structures by Interactive Sonification
Grond F, Janssen S, Schirmer S, Hermann T (2010)
In: Proceedings of the 3rd Interactive Sonification Workshop. Bresin R, Hermann T, Hunt A (Eds); (Human Interaction with Auditory Displays). KTH, Stockholm, Sweden: KTH School of Computer Science and Communication (CSC): 11-16.
PUB | Datei | Download (ext.)
 
[5]
2010 | Datenpublikation | PUB-ID: 2698354
Supplementary Material for "Browsing RNA Structures by Interactive Sonification"
Grond F, Janssen S, Schirmer S, Hermann T (2010) : Bielefeld University. doi:10.4119/unibi/2698354.
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
[4]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008
Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs
Theis C, Janssen S, Giegerich R (2010)
In: Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Moulton V, Singh M (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 6293. Berlin: Springer: 52-64.
PUB | Datei | DOI
 
[3]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946
Faster computation of exact RNA shape probabilities
Janssen S, Giegerich R (2010)
Bioinformatics 26(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[2]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497
A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti
Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jaenicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (2010)
BMC Genomics 11(1): 245.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[1]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Shape based indexing for faster search of RNA family databases
Janssen S, Reeder J, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 131.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934328
Environmental toxicants in breast milk of Norwegian mothers and gut bacteria composition and metabolites in their infants at 1 month
Iszatt N, Janssen S, Lenters V, Dahl C, Stigum H, Knight R, Mandal S, Peddada S, González A, Midtvedt T, Eggesbø M (2019)
Microbiome 7(1): 34.
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[24]
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934274
Assessing taxonomic metagenome profilers with OPAL.
Meyer F, Bremges A, Belmann P, Janssen S, McHardy AC, Koslicki D (2019)
Genome biology 20(1): 51.
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[23]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921273
Creating a 3D microbial and chemical snapshot of a human habitat
Kapono CA, Morton JT, Bouslimani A, Melnik AV, Orlinsky K, Knaan TL, Garg N, Vázquez-Baeza Y, Protsyuk I, Janssen S, Zhu Q, et al. (2018)
Scientific Reports 8(1).
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[22]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921268
Phylogenetic Placement of Exact Amplicon Sequences Improves Associations with Clinical Information
Janssen S, McDonald D, Gonzalez A, Navas-Molina JA, Jiang L, Xu ZZ, Winker K, Kado DM, Orwoll E, Manary M, Mirarab S, et al. (2018)
mSystems 3(3): e00021-18.
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[21]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921270
KatharoSeq Enables High-Throughput Microbiome Analysis from Low-Biomass Samples
Minich JJ, Zhu Q, Janssen S, Hendrickson R, Amir A, Vetter R, Hyde J, Doty MM, Stillwell K, Benardini J, Kim JH, et al. (2018)
mSystems 3(3): e00218-17.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[20]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921267
American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research
McDonald D, Hyde E, Debelius JW, Morton JT, Gonzalez A, Ackermann G, Aksenov AA, Behsaz B, Brennan C, Chen Y, DeRight Goldasich L, et al. (2018)
mSystems 3(3): e00031-18.
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[19]
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931438
Qiita: rapid, web-enabled microbiome meta-analysis
Gonzalez A, Navas-Molina JA, Kosciolek T, McDonald D, Vázquez-Baeza Y, Ackermann G, DeReus J, Janssen S, Swafford AD, Orchanian SB, Sanders JG, et al. (2018)
Nature Methods 15(10): 796-798.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[18]
2018 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931839
QIIME 2: Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science
Bolyen E, Rideout JR, Dillon MR, Bokulich NA, Abnet C, Al-Ghalith GA, Alexander H, Alm EJ, Arumugam M, Asnicar F, Bai Y, et al. (2018)
PeerJ.
PUB | DOI
 
[17]
2018 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931838
Assessing taxonomic metagenome profilers with OPAL
Meyer F, Bremges A, Belmann P, Janssen S, McHardy AC, Koslicki D (2018)
bioRxiv.
PUB | DOI
 
[16]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914868
A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity
Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J, Locey KJ, Prill RJ, Tripathi A, Gibbons SM, Ackermann G, Navas-Molina JA, et al. (2017)
Nature.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[15]
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367
Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software
Sczyrba A, Hofmann P, Belmann P, Koslicki D, Janssen S, Dröge J, Gregor I, Majda S, Fiedler J, Dahms E, Bremges A, et al. (2017)
Nature Methods 14(11): 1063-1071.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[14]
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907305
Gut Microbiota Regulate Motor Deficits and Neuroinflammation in a Model of Parkinson's Disease
Sampson TR, Debelius JW, Thron T, Janssen S, Shastri GG, Ilhan ZE, Challis C, Schretter CE, Rocha S, Gradinaru V, Chesselet M-F, et al. (2016)
Cell 167(6): 1469-1480.e12.
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[13]
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888
Ambivalent covariance models
Janssen S, Giegerich R (2015)
BMC Bioinformatics 16: 178.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[12]
2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2682131 PUB | PDF
 
[11]
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
The RNA shapes studio
Janssen S, Giegerich R (2014)
Bioinformatics 31(3): 423-425.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[10]
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis
Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R (2013)
Bioinformatics 29(5): 551-560.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[9]
2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665
Abstract Shape Analysis of RNA
Janssen S, Giegerich R (2012)
In: RNA Bioinformatics t.b.a. Gorodkin J, Weinberg Z (Eds); 1-35.
PUB
 
[8]
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction
Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R (2011)
BMC Bioinformatics 12(1): 429.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
[7]
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489
Bellman's GAP: a declarative language for dynamic programming
Sauthoff G, Janssen S, Giegerich R (2011)
In: Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming. New York, NY, USA: ACM: 29-40.
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[6]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893988
Browsing RNA Structures by Interactive Sonification
Grond F, Janssen S, Schirmer S, Hermann T (2010)
In: Proceedings of the 3rd Interactive Sonification Workshop. Bresin R, Hermann T, Hunt A (Eds); (Human Interaction with Auditory Displays). KTH, Stockholm, Sweden: KTH School of Computer Science and Communication (CSC): 11-16.
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[5]
2010 | Datenpublikation | PUB-ID: 2698354
Supplementary Material for "Browsing RNA Structures by Interactive Sonification"
Grond F, Janssen S, Schirmer S, Hermann T (2010) : Bielefeld University. doi:10.4119/unibi/2698354.
PUB | Dateien verfügbar | DOI
 
[4]
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008
Prediction of RNA Secondary Structure Including Kissing Hairpin Motifs
Theis C, Janssen S, Giegerich R (2010)
In: Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings. Moulton V, Singh M (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 6293. Berlin: Springer: 52-64.
PUB | Datei | DOI
 
[3]
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946
Faster computation of exact RNA shape probabilities
Janssen S, Giegerich R (2010)
Bioinformatics 26(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497
A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti
Schlüter J-P, Reinkensmeier J, Daschkey S, Evguenieva-Hackenberg E, Janssen S, Jaenicke S, Becker JD, Giegerich R, Becker A (2010)
BMC Genomics 11(1): 245.
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[1]
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Shape based indexing for faster search of RNA family databases
Janssen S, Reeder J, Giegerich R (2008)
BMC Bioinformatics 9(1): 131.
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