PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

Alle markieren

• [26]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934274

  F. Meyer, A. Bremges, P. Belmann, S. Janssen, A. C. McHardy, and D. Koslicki, “Assessing taxonomic metagenome profilers with OPAL”, Genome biology, 2019, 20, : 51.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | Preprint
   
• [25]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941280

  Q. Zhu, U. Mai, W. Pfeiffer, S. Janssen, F. Asnicar, J. G. Sanders, P. Belda-Ferre, G. A. Al-Ghalith, E. Kopylova, D. McDonald, et al., “Phylogenomics of 10,575 genomes reveals evolutionary proximity between domains Bacteria and Archaea”, Nature Communications, 2019, 10, : 5477.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [24]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941281

  A. Bouslimani, R. da Silva, T. Kosciolek, S. Janssen, C. Callewaert, A. Amir, K. Dorrestein, A. V. Melnik, L. S. Zaramela, J. - N. Kim, et al., “The impact of skin care products on skin chemistry and microbiome dynamics”, BMC Biology, 2019, 17, : 47.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [23]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934328

  N. Iszatt, S. Janssen, V. Lenters, C. Dahl, H. Stigum, R. Knight, S. Mandal, S. Peddada, A. González, T. Midtvedt, et al., “Environmental toxicants in breast milk of Norwegian mothers and gut bacteria composition and metabolites in their infants at 1 month”, Microbiome, 2019, 7, : 34.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [22]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921267

  D. McDonald, E. Hyde, J. W. Debelius, J. T. Morton, A. Gonzalez, G. Ackermann, A. A. Aksenov, B. Behsaz, C. Brennan, Y. Chen, et al., “American Gut: an Open Platform for Citizen Science Microbiome Research”, mSystems, 2018, 3, e00031-18.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [21]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921270

  J. J. Minich, Q. Zhu, S. Janssen, R. Hendrickson, A. Amir, R. Vetter, J. Hyde, M. M. Doty, K. Stillwell, J. Benardini, et al., “KatharoSeq Enables High-Throughput Microbiome Analysis from Low-Biomass Samples”, mSystems, 2018, 3, e00218-17.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [20]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921268

  S. Janssen, D. McDonald, A. Gonzalez, J. A. Navas-Molina, L. Jiang, Z. Z. Xu, K. Winker, D. M. Kado, E. Orwoll, M. Manary, et al., “Phylogenetic Placement of Exact Amplicon Sequences Improves Associations with Clinical Information”, mSystems, 2018, 3, e00021-18.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [19]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2921273

  C. A. Kapono, J. T. Morton, A. Bouslimani, A. V. Melnik, K. Orlinsky, T. L. Knaan, N. Garg, Y. Vázquez-Baeza, I. Protsyuk, S. Janssen, et al., “Creating a 3D microbial and chemical snapshot of a human habitat”, Scientific Reports, 2018, 8, : 3669.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [18]
  

  2018 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931839

  E. Bolyen, J. R. Rideout, M. R. Dillon, N. A. Bokulich, C. Abnet, G. A. Al-Ghalith, H. Alexander, E. J. Alm, M. Arumugam, F. Asnicar, et al., “QIIME 2: Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science”, PeerJ, 2018.

  PUB | DOI
   
• [17]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931438

  A. Gonzalez, J. A. Navas-Molina, T. Kosciolek, D. McDonald, Y. Vázquez-Baeza, G. Ackermann, J. DeReus, S. Janssen, A. D. Swafford, S. B. Orchanian, et al., “Qiita: rapid, web-enabled microbiome meta-analysis”, Nature Methods, 2018, 15, 796-798.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [16]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914868

  L. R. Thompson, J. G. Sanders, D. McDonald, A. Amir, J. Ladau, K. J. Locey, R. J. Prill, A. Tripathi, S. M. Gibbons, G. Ackermann, et al., “A communal catalogue reveals Earth’s multiscale microbial diversity”, Nature, 2017, 551, 457-463.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [15]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914367

  A. Sczyrba, P. Hofmann, P. Belmann, D. Koslicki, S. Janssen, J. Dröge, I. Gregor, S. Majda, J. Fiedler, E. Dahms, et al., “Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software”, Nature Methods, 2017, 14, 1063-1071.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [14]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907305

  T. R. Sampson, J. W. Debelius, T. Thron, S. Janssen, G. G. Shastri, Z. E. Ilhan, C. Challis, C. E. Schretter, S. Rocha, V. Gradinaru, et al., “Gut Microbiota Regulate Motor Deficits and Neuroinflammation in a Model of Parkinson's Disease”, Cell, 2016, 167, 1469-1480.e12.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [13]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888

  S. Janssen, and R. Giegerich, “Ambivalent covariance models”, BMC Bioinformatics, 2015, 16, : 178.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [12]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599

  S. Janssen, and R. Giegerich, “The RNA shapes studio”, Bioinformatics, 2014, 31, 423-425.

  PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [11]
  

  2014 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2682131

  S. Janssen, Kisses, ambivalent models and more: Contributions to the analysis of RNA secondary structure., Universitätsbibliothek, Bielefeld, 2014.

  PUB | PDF
   
• [10]
  

  2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798

  G. Sauthoff, M. Mohl, S. Janssen, and R. Giegerich, “Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis”, Bioinformatics, 2013, 29, 551-560.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [9]
  

  2012 | Sammelwerksbeitrag | PUB-ID: 2439665

  S. Janssen, and R. Giegerich, in RNA Bioinformatics t.b.a. (Eds.: J. Gorodkin, Z. Weinberg), 2012, p. 1-35.

  PUB
   
• [8]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526

  S. Janssen, C. Schudoma, G. Steger, and R. Giegerich, “Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction”, BMC Bioinformatics, 2011, 12, : 429.

  PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [7]
  

  2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2310489

  G. Sauthoff, S. Janssen, and R. Giegerich, in Proceedings of the 13th international ACM SIGPLAN symposium on Principles and practices of declarative programming, Acm, New York, NY, USA, 2011, p. 29-40.

  PUB | DOI | Download (ext.)
   
• [6]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785497

  J. - P. Schlüter, J. Reinkensmeier, S. Daschkey, E. Evguenieva-Hackenberg, S. Janssen, S. Jaenicke, J. D. Becker, R. Giegerich, and A. Becker, “A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti”, BMC Genomics, 2010, 11, : 245.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [5]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893988

  F. Grond, S. Janssen, S. Schirmer, and T. Hermann, in Proceedings of the 3rd Interactive Sonification Workshop (Eds.: R. Bresin, T. Hermann, A. Hunt), Kth School Of Computer Science And Communication (Csc), KTH, Stockholm, Sweden, 2010, p. 11-16.

  PUB | Datei | Download (ext.)
   
• [4]
  

  2010 | Datenpublikation | PUB-ID: 2698354

  F. Grond, S. Janssen, S. Schirmer, and T. Hermann, Supplementary Material for "Browsing RNA Structures by Interactive Sonification", Bielefeld University, 2010.

  PUB | Dateien verfügbar | DOI
   
• [3]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1894008

  C. Theis, S. Janssen, and R. Giegerich, in Algorithms in Bioinformatics. 10th international workshop (WABI 2010), proceedings (Eds.: V. Moulton, M. Singh), Springer, Berlin, 2010, p. 52-64.

  PUB | Datei | DOI
   
• [2]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946

  S. Janssen, and R. Giegerich, “Faster computation of exact RNA shape probabilities”, Bioinformatics, 2010, 26, 632-639.

  PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [1]
  

  2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917

  S. Janssen, J. Reeder, and R. Giegerich, “Shape based indexing for faster search of RNA family databases”, BMC Bioinformatics, 2008, 9, 131.

  PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC