28 Publikationen
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2024 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990270Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Doerr D, Rubert DP, Stoye J (2024)
In: Comparative Genomics. Methods and Protocols. Setubal JC, Stadler PF, Stoye J (Eds); Methods in Molecular Biology, 2802 2nd ed. New York, NY: Humana: 57-72. -
2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702
Investigating the complexity of the double distance problemsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2024)
Algorithms for Molecular Biology 19: 1. -
2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606On the Class of Double Distance ProblemsPUB | DOI | WoS
Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2023)
In: Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings. Jahn K, Vinař T (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 13883. Cham: Springer Nature : 35-50. -
2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983338
Efficient gene orthology inference via large-scale rearrangementsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Dias Vieira Braga M (2023)
Algorithms for Molecular Biology 18(1): 14. -
2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237
Gene Orthology Inference via Large-Scale Rearrangements for Partially Assembled GenomesPUB | PDF | DOI | Download (ext.)
Rubert D, Dias Vieira Braga M (2022)
In: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Boucher C, Rahmann S (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik. -
2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double DistancePUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2022)
In: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Boucher C, Rahmann S (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 13:1-13:16. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954832
Natural family-free genomic distance.PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Martinez FV, Dias Vieira Braga M (2021)
Algorithms for molecular biology : AMB 16(1): 4. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inferencePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Doerr D, Dias Vieira Braga M (2021)
Journal of Bioinformatics and Computational Biology 19(6): 2140014. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942686Computing the Inversion-Indel DistancePUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
Willing E, Stoye J, Dias Vieira Braga M (2021)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 18(6): 2314-2326. -
2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2021)
Journal of Computational Biology 28(4): 410-431. -
2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072
Natural Family-Free Genomic DistancePUB | PDF | DOI | Download (ext.)
Rubert D, Martinez FV, Dias Vieira Braga M (2020)
In: 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020). Kingsford C, Pisanti N (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 172. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 3:1-3:23. -
2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | Download (ext.) | arXiv
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
arXiv:2001.02139. -
2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729Computing the rearrangement distance of natural genomesPUB | DOI
Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI, 12074. 3-18. -
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Computing the family-free DCJ similarityPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2018)
BMC Bioinformatics 19(Suppl. 6): 152. -
2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJPUB | DOI
Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
In: Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Meidanis J, Nakhleh L (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 10562. Cham: Springer Verlag: 76-100. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057
Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear timePUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
Algorithms for Molecular Biology 12(1): 3. -
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552Genomic Distance with High Indel CostsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
da Silva PH, Machado R, Dantas S, Dias Vieira Braga M (2017)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 14(3): 728-732. -
2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of DuplicatesPUB | DOI
Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2016)
In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Frith M, Storm Pedersen CN (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 9838. Cham: Springer: 293-306. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366
On the family-free DCJ distance and similarityPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
Algorithms for Molecular Biology 10(1): 13. -
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844Sorting linear genomes with rearrangements and indelsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12(3): 500-506. -
2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648The Potential of Family-Free Genome ComparisonPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794Double Cut and Join with Insertions and DeletionsPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1167-1184. -
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome ReincorporationPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2011)
Journal of Computational Biology 18(9): 1231-1241. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and HalvingPUB | DOI
Kovac J, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2010)
In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI, 6398. 13-24. -
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025The Solution Space of Sorting by DCJPUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2010)
Journal of Computational Biology 17(9): 1145-1165. -
2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215Genomic Distance with DCJ and IndelsPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2010)
In: Proc. of WABI 2010. LNBI, 6293. 90-101. -
2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206Counting All DCJ Sorting ScenariosPUB | DOI
Dias Vieira Braga M, Stoye J (2009)
In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI, 5817. 36-47. -
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588760
An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversalsPUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
Dias Vieira Braga M, Gautier C, Sagot M-F (2009)
Algorithms for Molecular Biology 4(1): 16.