PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [25]
  

  2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606

  On the Class of Double Distance Problems
  Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2023)
  In: Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings. Jahn K, Vinař T (Eds); Lecture Notes in Computer Science, 13883. Cham: Springer Nature : 35-50.

  PUB | DOI
   
• [24]
  

  2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237

  Gene Orthology Inference via Large-Scale Rearrangements for Partially Assembled Genomes
  Rubert D, Dias Vieira Braga M (2022)
  In: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Boucher C, Rahmann S (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik.

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• [23]
  

  2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398

  A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double Distance
  Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J (2022)
  In: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Boucher C, Rahmann S (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 13:1-13:16.

  PUB | DOI
   
• [22]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954832

  Natural family-free genomic distance.
  Rubert D, Martinez FV, Dias Vieira Braga M (2021)
  Algorithms for molecular biology : AMB 16(1): 4.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [21]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611

  The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inference
  Rubert D, Doerr D, Dias Vieira Braga M (2021)
  Journal of Bioinformatics and Computational Biology 19(6): 2140014.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [20]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942686

  Computing the Inversion-Indel Distance
  Willing E, Stoye J, Dias Vieira Braga M (2021)
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 18(6): 2314-2326.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
   
• [19]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303

  Computing the rearrangement distance of natural genomes
  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2021)
  Journal of Computational Biology 28(4): 410-431.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [18]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072

  Natural Family-Free Genomic Distance
  Rubert D, Martinez FV, Dias Vieira Braga M (2020)
  In: 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020). Kingsford C, Pisanti N (Eds); Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 172. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik: 3:1-3:23.

  PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
   
• [17]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861

  Computing the rearrangement distance of natural genomes
  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
  arXiv:2001.02139.

  PUB | Download (ext.) | arXiv
   
• [16]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729

  Computing the rearrangement distance of natural genomes
  Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J (2020)
  In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI, 12074. 3-18.

  PUB | DOI
   
• [15]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006

  Computing the family-free DCJ similarity
  Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2018)
  BMC Bioinformatics 19(Suppl. 6): 152.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [14]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015

  Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ
  Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
  In: Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Meidanis J, Nakhleh L (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 10562. Cham: Springer Verlag: 76-100.

  PUB | DOI
   
• [13]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057

  Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time
  Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2017)
  Algorithms for Molecular Biology 12(1): 3.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [12]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552

  Genomic Distance with High Indel Costs
  da Silva PH, Machado R, Dantas S, Dias Vieira Braga M (2017)
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 14(3): 728-732.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [11]
  

  2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708

  A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates
  Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2016)
  In: Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Frith M, Storm Pedersen CN (Eds); Lecture Notes in Bioinformatics, 9838. Cham: Springer: 293-306.

  PUB | DOI
   
• [10]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366

  On the family-free DCJ distance and similarity
  Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
  Algorithms for Molecular Biology 10(1): 13.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [9]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844

  Sorting linear genomes with rearrangements and indels
  Dias Vieira Braga M, Stoye J (2015)
  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12(3): 500-506.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [8]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  The Potential of Family-Free Genome Comparison
  Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, Jahn K, Stoye J, Thévenin A, Wittler R (2013)
  In: Models and Algorithms for Genome Evolution. Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E (Eds); Computational Biology Series, 19. London: Springer Verlag: 287-307.

  PUB | DOI
   
• [7]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794

  Double Cut and Join with Insertions and Deletions
  Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2011)
  Journal of Computational Biology 18(9): 1167-1184.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [6]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790

  Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation
  Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2011)
  Journal of Computational Biology 18(9): 1231-1241.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [5]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216

  The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving
  Kovac J, Dias Vieira Braga M, Stoye J (2010)
  In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI, 6398. 13-24.

  PUB | DOI
   
• [4]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025

  The Solution Space of Sorting by DCJ
  Dias Vieira Braga M, Stoye J (2010)
  Journal of Computational Biology 17(9): 1145-1165.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [3]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215

  Genomic Distance with DCJ and Indels
  Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J (2010)
  In: Proc. of WABI 2010. LNBI, 6293. 90-101.

  PUB | DOI
   
• [2]
  

  2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206

  Counting All DCJ Sorting Scenarios
  Dias Vieira Braga M, Stoye J (2009)
  In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI, 5817. 36-47.

  PUB | DOI
   
• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588760

  An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals
  Dias Vieira Braga M, Gautier C, Sagot M-F (2009)
  Algorithms for Molecular Biology 4(1): 16.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC