PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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• [28]
  

  2024 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990270

  M. Dias Vieira Braga, D. Doerr, D. P. Rubert, and J. Stoye, in Comparative Genomics. Methods and Protocols (Eds.: J.C. Setubal, P.F. Stadler, J. Stoye), Humana, New York, NY, 2024, p. 57-72.

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• [27]
  

  2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702

  M. Dias Vieira Braga, L. R. Brockmann, K. Klerx, and J. Stoye, “Investigating the complexity of the double distance problems”, Algorithms for Molecular Biology, 2024, 19, : 1.

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• [26]
  

  2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606

  M. Dias Vieira Braga, L. R. Brockmann, K. Klerx, and J. Stoye, in Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings (Eds.: K. Jahn, T. Vinař), Springer Nature , Cham, 2023, p. 35-50.

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• [25]
  

  2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983338

  D. Rubert, and M. Dias Vieira Braga, “Efficient gene orthology inference via large-scale rearrangements”, Algorithms for Molecular Biology , 2023, 18, : 14.

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• [24]
  

  2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237

  D. Rubert, and M. Dias Vieira Braga, in 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022) (Eds.: C. Boucher, S. Rahmann), Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum Für Informatik, Dagstuhl, 2022.

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• [23]
  

  2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398

  M. Dias Vieira Braga, L. R. Brockmann, K. Klerx, and J. Stoye, in 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022) (Eds.: C. Boucher, S. Rahmann), Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum Für Informatik, Dagstuhl, 2022, p. 13:1-13:16.

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• [22]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954832

  D. Rubert, F. V. Martinez, and M. Dias Vieira Braga, “Natural family-free genomic distance.”, Algorithms for molecular biology : AMB, 2021, 16, : 4.

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• [21]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611

  D. Rubert, D. Doerr, and M. Dias Vieira Braga, “The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inference”, Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2021, 19, : 2140014.

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• [20]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942686

  E. Willing, J. Stoye, and M. Dias Vieira Braga, “Computing the Inversion-Indel Distance”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021, 18, 2314-2326.

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• [19]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303

  L. Bohnenkämper, M. Dias Vieira Braga, D. Dörr, and J. Stoye, “Computing the rearrangement distance of natural genomes”, Journal of Computational Biology, 2021, 28, 410-431.

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• [18]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072

  D. Rubert, F. V. Martinez, and M. Dias Vieira Braga, in 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020) (Eds.: C. Kingsford, N. Pisanti), Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum Für Informatik, Dagstuhl, Germany, 2020, p. 3:1-3:23.

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• [17]
  

  2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861

  L. Bohnenkämper, M. Dias Vieira Braga, D. Dörr, and J. Stoye, “Computing the rearrangement distance of natural genomes”, arXiv:2001.02139, 2020.

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• [16]
  

  2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729

  L. Bohnenkämper, M. Dias Vieira Braga, D. Dörr, and J. Stoye, in Proceedings of RECOMB 2020, 2020, p. 3-18.

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• [15]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006

  D. Rubert, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Computing the family-free DCJ similarity”, BMC Bioinformatics, 2018, 19, : 152.

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• [14]
  

  2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015

  D. Rubert, G. L. Medeiros, E. A. Hoshino, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (Eds.: J. Meidanis, L. Nakhleh), Springer Verlag, Cham, 2017, p. 76-100.

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• [13]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057

  D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, “Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time”, Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, : 3.

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• [12]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552

  P. H. da Silva, R. Machado, S. Dantas, and M. Dias Vieira Braga, “Genomic Distance with High Indel Costs”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017, 14, 728-732.

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• [11]
  

  2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708

  D. Rubert, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, J. Stoye, and F. H. V. Martinez, in Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (Eds.: M. Frith, C.N. Storm Pedersen), Springer, Cham, 2016, p. 293-306.

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• [10]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366

  F. H. Viduani Martinez, P. Feijão, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “On the family-free DCJ distance and similarity”, Algorithms for Molecular Biology, 2015, 10, : 13.

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• [9]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844

  M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “Sorting linear genomes with rearrangements and indels”, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2015, 12, 500-506.

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• [8]
  

  2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648

  M. Dias Vieira Braga, C. Chauve, D. Dörr, K. Jahn, J. Stoye, A. Thévenin, and R. Wittler, in Models and Algorithms for Genome Evolution (Eds.: C. Chauve, N. El-Mabrouk, E. Tannier), Springer Verlag, London, 2013, p. 287-307.

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• [7]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794

  M. Dias Vieira Braga, E. Willing, and J. Stoye, “Double Cut and Join with Insertions and Deletions”, Journal of Computational Biology, 2011, 18, 1167-1184.

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• [6]
  

  2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790

  J. Kovac, R. Warren, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation”, Journal of Computational Biology, 2011, 18, 1231-1241.

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• [5]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216

  J. Kovac, M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, in Proc. of Recomb-CG 2010, 2010, p. 13-24.

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• [4]
  

  2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025

  M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, “The Solution Space of Sorting by DCJ”, Journal of Computational Biology, 2010, 17, 1145-1165.

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• [3]
  

  2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215

  M. Dias Vieira Braga, E. Willing, and J. Stoye, in Proc. of WABI 2010, 2010, p. 90-101.

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• [2]
  

  2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206

  M. Dias Vieira Braga, and J. Stoye, in Proc. of Recomb-CG 2009, 2009, p. 36-47.

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• [1]
  

  2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588760

  M. Dias Vieira Braga, C. Gautier, and M. - F. Sagot, “An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals”, Algorithms for Molecular Biology, 2009, 4, 16.

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