Marília Dias Vieira Braga

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61889960

28 Publikationen

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  • [28]
    2024 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2990270
    Dias Vieira Braga M, Doerr D, Rubert DP, Stoye J. Family-Free Genome Comparison. In: Setubal JC, Stadler PF, Stoye J, eds. Comparative Genomics. Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Vol 2802. 2nd ed. New York, NY: Humana; 2024: 57-72.
    PUB | DOI
     
  • [27]
    2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702 OA
    Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J. Investigating the complexity of the double distance problems. Algorithms for Molecular Biology. 2024;19: 1.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606
    Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J. On the Class of Double Distance Problems. In: Jahn K, Vinař T, eds. Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings. Lecture Notes in Computer Science. Vol 13883. Cham: Springer Nature ; 2023: 35-50.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [25]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983338 OA
    Rubert D, Dias Vieira Braga M. Efficient gene orthology inference via large-scale rearrangements. Algorithms for Molecular Biology . 2023;18(1): 14.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [24]
    2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237 OA
    Rubert D, Dias Vieira Braga M. Gene Orthology Inference via Large-Scale Rearrangements for Partially Assembled Genomes. In: Boucher C, Rahmann S, eds. 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). Vol 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik; 2022.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [23]
    2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398
    Dias Vieira Braga M, Brockmann LR, Klerx K, Stoye J. A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double Distance. In: Boucher C, Rahmann S, eds. 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs. Vol 242. Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik; 2022: 13:1-13:16.
    PUB | DOI
     
  • [22]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954832 OA
    Rubert D, Martinez FV, Dias Vieira Braga M. Natural family-free genomic distance. Algorithms for molecular biology : AMB. 2021;16(1): 4.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [21]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611
    Rubert D, Doerr D, Dias Vieira Braga M. The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inference. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2021;19(6): 2140014.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942686
    Willing E, Stoye J, Dias Vieira Braga M. Computing the Inversion-Indel Distance. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2021;18(6):2314-2326.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
     
  • [19]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303
    Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J. Computing the rearrangement distance of natural genomes. Journal of Computational Biology. 2021;28(4):410-431.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072 OA
    Rubert D, Martinez FV, Dias Vieira Braga M. Natural Family-Free Genomic Distance. In: Kingsford C, Pisanti N, eds. 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020). Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). Vol 172. Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik; 2020: 3:1-3:23.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [17]
    2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861
    Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J. Computing the rearrangement distance of natural genomes. arXiv:2001.02139. 2020.
    PUB | Download (ext.) | arXiv
     
  • [16]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729
    Bohnenkämper L, Dias Vieira Braga M, Dörr D, Stoye J. Computing the rearrangement distance of natural genomes. In: Proceedings of RECOMB 2020. LNBI. Vol 12074. 2020: 3-18.
    PUB | DOI
     
  • [15]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
    Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl. 6): 152.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
    Rubert D, Medeiros GL, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Meidanis J, Nakhleh L, eds. Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 10562. Cham: Springer Verlag; 2017: 76-100.
    PUB | DOI
     
  • [13]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
    Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology. 2017;12(1): 3.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
    da Silva PH, Machado R, Dantas S, Dias Vieira Braga M. Genomic Distance with High Indel Costs. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2017;14(3):728-732.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
    Rubert D, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Frith M, Storm Pedersen CN, eds. Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Lecture Notes in Bioinformatics. Vol 9838. Cham: Springer; 2016: 293-306.
    PUB | DOI
     
  • [10]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366 OA
    Viduani Martinez FH, Feijão P, Dias Vieira Braga M, Stoye J. On the family-free DCJ distance and similarity. Algorithms for Molecular Biology. 2015;10(1): 13.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
    Dias Vieira Braga M, Stoye J. Sorting linear genomes with rearrangements and indels. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2015;12(3):500-506.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
    Dias Vieira Braga M, Chauve C, Dörr D, et al. The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Chauve C, El-Mabrouk N, Tannier E, eds. Models and Algorithms for Genome Evolution. Computational Biology Series. Vol 19. London: Springer Verlag; 2013: 287-307.
    PUB | DOI
     
  • [7]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
    Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J. Double Cut and Join with Insertions and Deletions. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1167-1184.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
    Kovac J, Warren R, Dias Vieira Braga M, Stoye J. Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation. Journal of Computational Biology. 2011;18(9):1231-1241.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216
    Kovac J, Dias Vieira Braga M, Stoye J. The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving. In: Proc. of Recomb-CG 2010. LNBI. Vol 6398. 2010: 13-24.
    PUB | DOI
     
  • [4]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025
    Dias Vieira Braga M, Stoye J. The Solution Space of Sorting by DCJ. Journal of Computational Biology. 2010;17(9):1145-1165.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215
    Dias Vieira Braga M, Willing E, Stoye J. Genomic Distance with DCJ and Indels. In: Proc. of WABI 2010. LNBI. Vol 6293. 2010: 90-101.
    PUB | DOI
     
  • [2]
    2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206
    Dias Vieira Braga M, Stoye J. Counting All DCJ Sorting Scenarios. In: Proc. of Recomb-CG 2009. LNBI. Vol 5817. 2009: 36-47.
    PUB | DOI
     
  • [1]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588760 OA
    Dias Vieira Braga M, Gautier C, Sagot M-F. An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals. Algorithms for Molecular Biology. 2009;4(1):16.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
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