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  • [27]
    2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702
    Dias Vieira Braga, M., Brockmann, L.R., Klerx, K. & Stoye, J. (2024). Investigating the complexity of the double distance problems. Algorithms for Molecular Biology, 19: 1. Biomed Central. doi:10.1186/s13015-023-00246-y.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983338 OA
    Rubert, D. & Dias Vieira Braga, M. (2023). Efficient gene orthology inference via large-scale rearrangements. Algorithms for Molecular Biology , 18(1): 14. BioMed Central. doi:10.1186/s13015-023-00238-y.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [25]
    2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606
    Dias Vieira Braga, M., Brockmann, L.R., Klerx, K. & Stoye, J. (2023). On the Class of Double Distance Problems (Lecture Notes in Computer Science). In K. Jahn & T. Vinař (Hrsg.), Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings (S. 35-50). Cham: Springer Nature . doi:10.1007/978-3-031-36911-7_3.
    PUB | DOI
     
  • [24]
    2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237 OA
    Rubert, D. & Dias Vieira Braga, M. (2022). Gene Orthology Inference via Large-Scale Rearrangements for Partially Assembled Genomes (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). In C. Boucher & S. Rahmann (Hrsg.), 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Gehalten auf der 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/LIPIcs.WABI.2022.24.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [23]
    2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398
    Dias Vieira Braga, M., Brockmann, L.R., Klerx, K. & Stoye, J. (2022). A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double Distance (Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs). In C. Boucher & S. Rahmann (Hrsg.), 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022) (S. 13:1-13:16). Gehalten auf der WABI 2022, Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/LIPICS.WABI.2022.13.
    PUB | DOI
     
  • [22]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954832 OA
    Rubert, D., Martinez, F.V. & Dias Vieira Braga, M. (2021). Natural family-free genomic distance. Algorithms for molecular biology : AMB, 16(1): 4. BioMed Central. doi:10.1186/s13015-021-00183-8.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [21]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611
    Rubert, D., Doerr, D. & Dias Vieira Braga, M. (2021). The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inference. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 19(6): 2140014. World Scientific. doi:10.1142/S021972002140014X.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942686
    Willing, E., Stoye, J. & Dias Vieira Braga, M. (2021). Computing the Inversion-Indel Distance. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 18(6), 2314-2326. IEEE. doi:10.1109/TCBB.2020.2988950.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
     
  • [19]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303
    Bohnenkämper, L., Dias Vieira Braga, M., Dörr, D. & Stoye, J. (2021). Computing the rearrangement distance of natural genomes. Journal of Computational Biology, 28(4), 410-431. Mary Ann Liebert. doi:10.1089/cmb.2020.0434.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072 OA
    Rubert, D., Martinez, F.V. & Dias Vieira Braga, M. (2020). Natural Family-Free Genomic Distance (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). In C. Kingsford & N. Pisanti (Hrsg.), 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020) (S. 3:1-3:23). Gehalten auf der 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020) , Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/LIPIcs.WABI.2020.3.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [17]
    2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861
    Bohnenkämper, L., Dias Vieira Braga, M., Dörr, D. & Stoye, J. (2020). Computing the rearrangement distance of natural genomes. arXiv:2001.02139.
    PUB | Download (ext.) | arXiv
     
  • [16]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729
    Bohnenkämper, L., Dias Vieira Braga, M., Dörr, D. & Stoye, J. (2020). Computing the rearrangement distance of natural genomes (LNBI). Proceedings of RECOMB 2020 (S. 3-18). Gehalten auf der RECOMB 2020. doi:10.1007/978-3-030-45257-5_1.
    PUB | DOI
     
  • [15]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
    Rubert, D., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2018). Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics, 19(Suppl. 6): 152. BioMed Central. doi:10.1186/s12859-018-2130-5.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
    Rubert, D., Medeiros, G.L., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ (Lecture Notes in Bioinformatics). In J. Meidanis & L. Nakhleh (Hrsg.), Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (S. 76-100). Gehalten auf der 15th International Workshop, RECOMB CG 2017, Cham: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_5.
    PUB | DOI
     
  • [13]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
    Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology, 12(1): 3. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-017-0095-y.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
    da Silva, P.H., Machado, R., Dantas, S. & Dias Vieira Braga, M. (2017). Genomic Distance with High Indel Costs. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 14(3), 728-732. Ieee Computer Soc. doi:10.1109/TCBB.2016.2555301.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
    Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2016). A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates (Lecture Notes in Bioinformatics). In M. Frith & C.N. Storm Pedersen (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (S. 293-306). Gehalten auf der 16th International Workshop, WABI 2016, Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-319-43681-4_24.
    PUB | DOI
     
  • [10]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366 OA
    Viduani Martinez, F.H., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2015). On the family-free DCJ distance and similarity. Algorithms for Molecular Biology, 10(1): 13. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/s13015-015-0041-9.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
    Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2015). Sorting linear genomes with rearrangements and indels. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 12(3), 500-506. Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). doi:10.1109/TCBB.2014.2329297.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
    Dias Vieira Braga, M., Chauve, C., Dörr, D., Jahn, K., Stoye, J., Thévenin, A. & Wittler, R. (2013). The Potential of Family-Free Genome Comparison (Computational Biology Series). In C. Chauve, N. El-Mabrouk & E. Tannier (Hrsg.), Models and Algorithms for Genome Evolution (S. 287-307). London: Springer Verlag. doi:10.1007/978-1-4471-5298-9_13.
    PUB | DOI
     
  • [7]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
    Dias Vieira Braga, M., Willing, E. & Stoye, J. (2011). Double Cut and Join with Insertions and Deletions. Journal of Computational Biology, 18(9), 1167-1184. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0118.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
    Kovac, J., Warren, R., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2011). Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation. Journal of Computational Biology, 18(9), 1231-1241. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2011.0116.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216
    Kovac, J., Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2010). The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2010 (S. 13-24). Gehalten auf der Recomb-CG 2010. doi:10.1007/978-3-642-16181-0_2.
    PUB | DOI
     
  • [4]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025
    Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2010). The Solution Space of Sorting by DCJ. Journal of Computational Biology, 17(9), 1145-1165. Mary Ann Liebert Inc. doi:10.1089/cmb.2010.0109.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215
    Dias Vieira Braga, M., Willing, E. & Stoye, J. (2010). Genomic Distance with DCJ and Indels (LNBI). Proc. of WABI 2010 (S. 90-101). Gehalten auf der WABI 2010. doi:10.1007/978-3-642-15294-8_8.
    PUB | DOI
     
  • [2]
    2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206
    Dias Vieira Braga, M. & Stoye, J. (2009). Counting All DCJ Sorting Scenarios (LNBI). Proc. of Recomb-CG 2009 (S. 36-47). Gehalten auf der Recomb-CG 2009. doi:10.1007/978-3-642-04744-2_4.
    PUB | DOI
     
  • [1]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588760 OA
    Dias Vieira Braga, M., Gautier, C. & Sagot, M.-F. (2009). An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals. Algorithms for Molecular Biology, 4(1), 16. Springer Science + Business Media. doi:10.1186/1748-7188-4-16.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     

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