27 Publikationen
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2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702Dias Vieira Braga, M.; Brockmann, L. R.; Klerx, K.; Stoye, J. (2024): Investigating the complexity of the double distance problems Algorithms for Molecular Biology,19:1PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606Dias Vieira Braga, M.; Brockmann, L. R.; Klerx, K.; Stoye, J. (2023): On the Class of Double Distance Problems. In: Katharina Jahn; Tomáš Vinař (Hrsg.): Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings. Cham: Springer Nature . (Lecture Notes in Computer Science, 13883). S. 35-50.PUB | DOI
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2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237Rubert, D.; Dias Vieira Braga, M. (2022): Gene Orthology Inference via Large-Scale Rearrangements for Partially Assembled Genomes. In: Christina Boucher; Sven Rahmann (Hrsg.): 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 242).PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
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2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398Dias Vieira Braga, M.; Brockmann, L. R.; Klerx, K.; Stoye, J. (2022): A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double Distance. In: Christina Boucher; Sven Rahmann (Hrsg.): 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 242). S. 13:1-13:16.PUB | DOI
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611Rubert, D.; Doerr, D.; Dias Vieira Braga, M. (2021): The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inference Journal of Bioinformatics and Computational Biology,19:(6):2140014PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2021): Computing the rearrangement distance of natural genomes Journal of Computational Biology,28:(4): 410-431.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072Rubert, D.; Martinez, F. V.; Dias Vieira Braga, M. (2020): Natural Family-Free Genomic Distance. In: Carl Kingsford; Nadia Pisanti (Hrsg.): 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020). Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 172). S. 3:1-3:23.PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
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2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2020): Computing the rearrangement distance of natural genomes arXiv:2001.02139PUB | Download (ext.) | arXiv
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2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015Rubert, D.; Medeiros, G. L.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Joao Meidanis; Luay Nakhleh (Hrsg.): Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10562). S. 76-100.PUB | DOI
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552da Silva, P. H.; Machado, R.; Dantas, S.; Dias Vieira Braga, M. (2017): Genomic Distance with High Indel Costs IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14:(3): 728-732.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2016): A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Martin Frith; Christian Nørgaard Storm Pedersen (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Cham: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 9838). S. 293-306.PUB | DOI
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): Sorting linear genomes with rearrangements and indels IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,12:(3): 500-506.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648Dias Vieira Braga, M.; Chauve, C.; Dörr, D.; Jahn, K.; Stoye, J.; Thévenin, A.; Wittler, R. (2013): The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. London: Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 287-307.PUB | DOI
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794Dias Vieira Braga, M.; Willing, E.; Stoye, J. (2011): Double Cut and Join with Insertions and Deletions Journal of Computational Biology,18:(9): 1167-1184.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790Kovac, J.; Warren, R.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2011): Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation Journal of Computational Biology,18:(9): 1231-1241.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2010): The Solution Space of Sorting by DCJ Journal of Computational Biology,17:(9): 1145-1165.PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
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