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  • [27]
    2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2985702
    Dias Vieira Braga, M.; Brockmann, L. R.; Klerx, K.; Stoye, J. (2024): Investigating the complexity of the double distance problems Algorithms for Molecular Biology,19:1
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [26]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983338 OA
    Rubert, D.; Dias Vieira Braga, M. (2023): Efficient gene orthology inference via large-scale rearrangements Algorithms for Molecular Biology ,18:(1):14
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [25]
    2023 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2981606
    Dias Vieira Braga, M.; Brockmann, L. R.; Klerx, K.; Stoye, J. (2023): On the Class of Double Distance Problems. In: Katharina Jahn; Tomáš Vinař (Hrsg.): Comparative Genomics. 20th International Conference, RECOMB-CG 2023, Istanbul, Turkey, April 14–15, 2023, Proceedings. Cham: Springer Nature . (Lecture Notes in Computer Science, 13883). S. 35-50.
    PUB | DOI
     
  • [24]
    2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237 OA
    Rubert, D.; Dias Vieira Braga, M. (2022): Gene Orthology Inference via Large-Scale Rearrangements for Partially Assembled Genomes. In: Christina Boucher; Sven Rahmann (Hrsg.): 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 242).
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [23]
    2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965398
    Dias Vieira Braga, M.; Brockmann, L. R.; Klerx, K.; Stoye, J. (2022): A Linear Time Algorithm for an Extended Version of the Breakpoint Double Distance. In: Christina Boucher; Sven Rahmann (Hrsg.): 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (Leibniz International Proceedings in Informatics. LIPIcs, 242). S. 13:1-13:16.
    PUB | DOI
     
  • [22]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954832 OA
    Rubert, D.; Martinez, F. V.; Dias Vieira Braga, M. (2021): Natural family-free genomic distance. Algorithms for molecular biology : AMB,16:(1):4
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [21]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611
    Rubert, D.; Doerr, D.; Dias Vieira Braga, M. (2021): The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inference Journal of Bioinformatics and Computational Biology,19:(6):2140014
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [20]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942686
    Willing, E.; Stoye, J.; Dias Vieira Braga, M. (2021): Computing the Inversion-Indel Distance IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,18:(6): 2314-2326.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
     
  • [19]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2946303
    Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2021): Computing the rearrangement distance of natural genomes Journal of Computational Biology,28:(4): 410-431.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [18]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072 OA
    Rubert, D.; Martinez, F. V.; Dias Vieira Braga, M. (2020): Natural Family-Free Genomic Distance. In: Carl Kingsford; Nadia Pisanti (Hrsg.): 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020). Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), 172). S. 3:1-3:23.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [17]
    2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939861
    Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2020): Computing the rearrangement distance of natural genomes arXiv:2001.02139
    PUB | Download (ext.) | arXiv
     
  • [16]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2939729
    Bohnenkämper, L.; Dias Vieira Braga, M.; Dörr, D.; Stoye, J. (2020): Computing the rearrangement distance of natural genomes. In: Proceedings of RECOMB 2020. (LNBI, 12074). S. 3-18.
    PUB | DOI
     
  • [15]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
    Rubert, D.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2018): Computing the family-free DCJ similarity BMC Bioinformatics,19:(Suppl. 6):152
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
    Rubert, D.; Medeiros, G. L.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ. In: Joao Meidanis; Luay Nakhleh (Hrsg.): Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017. Cham: Springer Verlag. (Lecture Notes in Bioinformatics, 10562). S. 76-100.
    PUB | DOI
     
  • [13]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
    Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2017): Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time Algorithms for Molecular Biology,12:(1):3
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [12]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2916552
    da Silva, P. H.; Machado, R.; Dantas, S.; Dias Vieira Braga, M. (2017): Genomic Distance with High Indel Costs IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,14:(3): 728-732.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [11]
    2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
    Rubert, D.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2016): A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates. In: Martin Frith; Christian Nørgaard Storm Pedersen (Hrsg.): Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016. Cham: Springer. (Lecture Notes in Bioinformatics, 9838). S. 293-306.
    PUB | DOI
     
  • [10]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2726366 OA
    Viduani Martinez, F. H.; Feijão, P.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): On the family-free DCJ distance and similarity Algorithms for Molecular Biology,10:(1):13
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [9]
    2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2677844
    Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2015): Sorting linear genomes with rearrangements and indels IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,12:(3): 500-506.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [8]
    2013 | Sammelwerksbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611648
    Dias Vieira Braga, M.; Chauve, C.; Dörr, D.; Jahn, K.; Stoye, J.; Thévenin, A.; Wittler, R. (2013): The Potential of Family-Free Genome Comparison. In: Cedric Chauve; Nadia El-Mabrouk; Eric Tannier (Hrsg.): Models and Algorithms for Genome Evolution. London: Springer Verlag. (Computational Biology Series, 19). S. 287-307.
    PUB | DOI
     
  • [7]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091794
    Dias Vieira Braga, M.; Willing, E.; Stoye, J. (2011): Double Cut and Join with Insertions and Deletions Journal of Computational Biology,18:(9): 1167-1184.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091790
    Kovac, J.; Warren, R.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2011): Restricted DCJ Model. Rearrangement Problems with Chromosome Reincorporation Journal of Computational Biology,18:(9): 1231-1241.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [5]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919216
    Kovac, J.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2010): The Problem of Chromosome Reincorporation in DCJ Sorting and Halving. In: Proc. of Recomb-CG 2010. (LNBI, 6398). S. 13-24.
    PUB | DOI
     
  • [4]
    2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1898025
    Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2010): The Solution Space of Sorting by DCJ Journal of Computational Biology,17:(9): 1145-1165.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [3]
    2010 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919215
    Dias Vieira Braga, M.; Willing, E.; Stoye, J. (2010): Genomic Distance with DCJ and Indels. In: Proc. of WABI 2010. (LNBI, 6293). S. 90-101.
    PUB | DOI
     
  • [2]
    2009 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1919206
    Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J. (2009): Counting All DCJ Sorting Scenarios. In: Proc. of Recomb-CG 2009. (LNBI, 5817). S. 36-47.
    PUB | DOI
     
  • [1]
    2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588760 OA
    Dias Vieira Braga, M.; Gautier, C.; Sagot, M. - F. (2009): An asymmetric approach to preserve common intervals while sorting by reversals Algorithms for Molecular Biology,4:(1): 16.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     

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