PUB - Publikationen an der Universität Bielefeld

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  2024 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2989112

  Struck, B., Wiersma, S.J., Ortseifen, V., Pühler, A. & Niehaus, K. (2024). Comprehensive Proteome Profiling of a Xanthomonas campestris pv. Campestris B100 Culture Grown in Minimal Medium with a Specific Focus on Nutrient Consumption and Xanthan Biosynthesis. Proteomes, 12(2): 12. MDPI. doi:10.3390/proteomes12020012.

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• [19]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2961451

  Hahn, J., Koch, D., Niehaus, K. & Ortseifen, V. (2022). Analysis of Gum proteins involved in xanthan biosynthesis throughout multiple cell fractions in a "single-tube". Journal of Proteomics , 257: 104513. Elsevier. doi:10.1016/j.jprot.2022.104513.

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• [18]
  

  2022 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2961446

  Steffens, T., Vorhölter, F.-J., Teckentrup, J., Hublik, G., Walhorn, V., Anselmetti, D., Pühler, A., Niehaus, K. & Ortseifen, V. (2022). Two Flagellar mutants of Xanthomonas campestris are characterized by enhanced xanthan production and higher xanthan viscosity. Journal of Biotechnology , 347, 9-17. Elsevier. doi:10.1016/j.jbiotec.2022.02.002.

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• [17]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2958751

  Ostaszewski, M., Niarakis, A., Mazein, A., Kuperstein, I., Phair, R., Orta-Resendiz, A., Singh, V., Aghamiri, S.S., Acencio, M.L., Glaab, E., Ruepp, A., Fobo, G., Montrone, C., Brauner, B., Frishman, G., Monraz Gomez, L.C., Somers, J., Hoch, M., Kumar Gupta, S., Scheel, J., Borlinghaus, H., Czauderna, T., Schreiber, F., Montagud, A., Ponce de Leon, M., Funahashi, A., Hiki, Y., Hiroi, N., Yamada, T.G., Drager, A., Renz, A., Naveez, M., Bocskei, Z., Messina, F., Bornigen, D., Fergusson, L., Conti, M., Rameil, M., Nakonecnij, V., Vanhoefer, J., Schmiester, L., Wang, M., Ackerman, E.E., Shoemaker, J.E., Zucker, J., Oxford, K., Teuton, J., Kocakaya, E., Summak, G.Y., Hanspers, K., Kutmon, M., Coort, S., Eijssen, L., Ehrhart, F., Rex, D.A.B., Slenter, D., Martens, M., Pham, N., Haw, R., Jassal, B., Matthews, L., Orlic-Milacic, M., Senff Ribeiro, A., Rothfels, K., Shamovsky, V., Stephan, R., Sevilla, C., Varusai, T., Ravel, J.-M., Fraser, R., Ortseifen, V., Marchesi, S., Gawron, P., Smula, E., Heirendt, L., Satagopam, V., Wu, G., Riutta, A., Golebiewski, M., Owen, S., Goble, C., Hu, X., Overall, R.W., Maier, D., Bauch, A., Gyori, B.M., Bachman, J.A., Vega, C., Groues, V., Vazquez, M., Porras, P., Licata, L., Iannuccelli, M., Sacco, F., Nesterova, A., Yuryev, A., de Waard, A., Turei, D., Luna, A., Babur, O., Soliman, S., Valdeolivas, A., Esteban-Medina, M., Pena-Chilet, M., Rian, K., Helikar, T., Puniya, B.L., Modos, D., Treveil, A., Olbei, M., De Meulder, B., Ballereau, S., Dugourd, A., Naldi, A., Noel, V., Calzone, L., Sander, C., Demir, E., Korcsmaros, T., Freeman, T.C., Auge, F., Beckmann, J.S., Hasenauer, J., Wolkenhauer, O., Wilighagen, E.L., Pico, A.R., Evelo, C.T., Gillespie, M.E., Stein, L.D., Hermjakob, H., D'Eustachio, P., Saez-Rodriguez, J., Dopazo, J., Valencia, A., Kitano, H., Barillot, E., Auffray, C., Balling, R. & Schneider, R. (2021). COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus-host interaction mechanisms. Molecular systems biology, 17(10): e10387. Wiley. doi:10.15252/msb.202110387.

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• [16]
  

  2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2956600

  Schaffert, L., Ruwe, M., Milse, J., Hanuschka, K., Ortseifen, V., Droste, J., Brandt, D., Schlüter, L., Kutter, Y., Vinke, S., Viehöfer, P., Jacob, L., Lübke, N.-C., Schulte-Berndt, E., Hain, C., Linder, M., Schmidt, P., Wollenschläger, L., Luttermann, T., Thieme, E., Hassa, J., Haak, M., Wittchen, M., Mentz, A., Persicke, M., Busche, T. & Rückert, C. (2021). Classification of three corynebacterial strains isolated from a small paddock in North Rhine-Westphalia: proposal of Corynebacterium kalinowskii sp. nov., Corynebacterium comes sp. nov. and Corynebacterium occultum sp. nov. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 71(8). Microbiology Society. doi:10.1099/ijsem.0.004933.

  PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
   
• [15]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2948721

  Ortseifen, V., Viefhues, M., Wobbe, L. & Grünberger, A. (2020). Microfluidics for Biotechnology: Bridging Gaps to Foster Microfluidic Applications. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 8: 589074. Frontiers Media . doi:10.3389/fbioe.2020.589074.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [14]
  

  2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2949080

  Droste, J., Ortseifen, V., Schaffert, L., Persicke, M., Schneiker-Bekel, S., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2020). The expression of the acarbose biosynthesis gene cluster in Actinoplanes sp. SE50/110 is dependent on the growth phase. BMC genomics, 21: 818. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-020-07194-6.

  PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
   
• [13]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936329

  Ismail, M., Frese, M., Patschkowski, T., Ortseifen, V., Niehaus, K. & Sewald, N. (2019). Flavin-Dependent Halogenases from Xanthomonas campestris pv. campestris B100 Prefer Bromination over Chlorination. ADVANCED SYNTHESIS & CATALYSIS, 361(11), 2475-2486. Wiley-v C H Verlag Gmbh. doi:10.1002/adsc.201801591.

  PUB | DOI | WoS
   
• [12]
  

  2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933337

  Schulte, F., Leßmeier, L., Voß, J., Ortseifen, V., Vorhölter, F.-J. & Niehaus, K. (2019). Regulatory associations between the metabolism of sulfur-containing amino acids and xanthan biosynthesis in Xanthomonas campestris pv. campestris B100. FEMS microbiology letters, 366(2): fnz005. Wiley. doi:10.1093/femsle/fnz005.

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• [11]
  

  2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2930510

  Alkhateeb, R., Vorhölter, F.-J., Steffens, T., Rückert, C., Ortseifen, V., Hublik, G., Niehaus, K. & Pühler, A. (2018). Comparative transcription profiling of two fermentation cultures of Xanthomonas campestris pv. campestris B100 sampled in the growth and in the stationary phase. Applied Microbiology and Biotechnology, 102(15), 6613-6625. Springer. doi:10.1007/s00253-018-9106-2.

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• [10]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913116

  Wolf, T., Droste, J., Gren, T., Ortseifen, V., Schneiker-Bekel, S., Zemke, T., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2017). The MalR type regulator AcrC is a transcriptional repressor of acarbose biosynthetic genes in Actinoplanes sp. SE50/110. BMC Genomics, 18(1): 562. Springer Nature. doi:10.1186/s12864-017-3941-x.

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• [9]
  

  2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2914538

  Ortseifen, V., Kalinowski, J., Pühler, A. & Rückert, C. (2017). The complete genome sequence of the actinobacterium Streptomyces glaucescens GLA.O (DSM 40922) carrying gene clusters for the biosynthesis of tetracenomycin C, 5`-hydroxy streptomycin, and acarbose. J Biotechnol, 262, 84-88. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2017.09.008.

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• [8]
  

  2016 | Bielefelder E-Dissertation | PUB-ID: 2904907

  Ortseifen, V. (2016). Genombasierte Modellbildung zur Biosynthese von Acarviostatin-Metaboliten in drei Actinoplanes sp. SE50/110-Stämmen. Bielefeld: Universität Bielefeld.

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• [7]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905630

  Gren, T., Ortseifen, V., Wibberg, D., Schneiker-Bekel, S., Bednarz, H., Niehaus, K., Zemke, T., Persicke, M., Pühler, A. & Kalinowski, J. (2016). Genetic engineering in Actinoplanes sp SE50/110-development of an intergeneric conjugation system for the introduction of actinophage-based integrative vectors. Journal of Biotechnology, 232, 79-88. Gehalten auf der 10th CeBiTec Symposium on Bioinformatics for Biotechnology and Biomedicine, Elsevier Science BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.05.012.

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• [6]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905632

  Walter, F., Grenz, S., Ortseifen, V., Persicke, M. & Kalinowski, J. (2016). Corynebacterium glutamicum ggtB encodes a functional gamma-glutamyl transpeptidase with gamma-glutamyl dipeptide synthetic and hydrolytic activity. Journal of Biotechnology, 232, 99-109. Gehalten auf der 10th CeBiTec Symposium on Bioinformatics for Biotechnology and Biomedicine, Elsevier Science Bv. doi:10.1016/j.jbiotec.2015.10.019.

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• [5]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901243

  Wendler, S., Otto, A., Ortseifen, V., Bonn, F., Neshat, A., Schneiker-Bekel, S., Wolf, T., Zemke, T., Wehmeier, U.F., Hecker, M., Kalinowski, J., Becher, D. & Pühler, A. (2016). Comparative proteome analysis of Actinoplanes sp SE50/110 grown with maltose or glucose shows Minor differences for acarbose biosynthesis proteins but major differences for saccharide transporters. Journal of Proteomics, 131, 140-148. Elsevier Science BV. doi:10.1016/j.jprot.2015.10.023.

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• [4]
  

  2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2904234

  Ortseifen, V., Stolze, Y., Maus, I., Sczyrba, A., Bremges, A., Albaum, S., Jaenicke, S., Fracowiak, J., Pühler, A. & Schlüter, A. (2016). An integrated metagenome and -proteome analysis of the microbial community residing in a biogas production plant. Journal of Biotechnology, 231, 268-279. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2016.06.014.

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• [3]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2709783

  Ortseifen, V., Winkler, A., Albersmeier, A., Wendler, S., Pühler, A., Kalinowski, J. & Rückert, C. (2015). Complete Genome Sequence of the Actinobacterium Streptomyces glaucescens GLA.O (DSM 40922) consisting of a linear chromosome and one linear plasmid. Journal of Biotechnology, 194, 81-83. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.11.036.

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• [2]
  

  2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764307

  Wendler, S., Otto, A., Ortseifen, V., Bonn, F., Neshat, A., Schneiker-Bekel, S., Walter, F., Wolf, T., Zemke, T., Wehmeier, U.F., Hecker, M., Kalinowski, J., Becher, D. & Pühler, A. (2015). Comprehensive proteome analysis of Actinoplanes sp SE50/110 highlighting the location of proteins encoded by the acarbose and the pyochelin biosynthesis gene cluster. Journal of Proteomics, 125, 1-16. Elsevier. doi:10.1016/j.jprot.2015.04.013.

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• [1]
  

  2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2710431

  Wendler, S., Ortseifen, V., Persicke, M., Klein, A., Neshat, A., Niehaus, K., Schneiker-Bekel, S., Walter, F., Wehmeier, U.F., Kalinowski, J. & Pühler, A. (2014). Carbon source dependent biosynthesis of acarviose metabolites in Actinoplanes sp SE50/110. Journal of Biotechnology, 191, 113-120. Elsevier BV. doi:10.1016/j.jbiotec.2014.08.019.

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