Diego Rubert

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PEVZ-ID
332097280

18 Publikationen

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  • [18]
    2023 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2983338 OA
    Rubert, D. & Dias Vieira Braga, M. (2023). Efficient gene orthology inference via large-scale rearrangements. Algorithms for Molecular Biology , 18(1): 14. BioMed Central. doi:10.1186/s13015-023-00238-y.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [17]
    2022 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2968237 OA
    Rubert, D. & Dias Vieira Braga, M. (2022). Gene Orthology Inference via Large-Scale Rearrangements for Partially Assembled Genomes (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). In C. Boucher & S. Rahmann (Hrsg.), 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022). Gehalten auf der 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Dagstuhl: Schloss Dagstuhl, Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/LIPIcs.WABI.2022.24.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [16]
    2022 | Kurzbeitrag Konferenz / Poster | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965058 OA
    Silva, H.O.M., Rubert, D., Araujo, E. & Martinez, F.V. (2022). Algorithms for a Restricted Genome Median Problem. In M. Bezerra Campêlo Neto, C. Gomes Fernandes & V. Fernandes dos Santos (Hrsg.), Anais do VII Encontro de Teoria da Computação (ETC 2022) = Proceedings of the 7th Theory of Computation Meeting (S. 45-48). Gehalten auf der VII Encontro de Teoria da Computação, Porto Alegre, RS: Sociedade Brasileira de Computação - SBC. doi:10.5753/etc.2022.222734.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [15]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2954832 OA
    Rubert, D., Martinez, F.V. & Dias Vieira Braga, M. (2021). Natural family-free genomic distance. Algorithms for molecular biology : AMB, 16(1): 4. BioMed Central. doi:10.1186/s13015-021-00183-8.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [14]
    2021 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2959611
    Rubert, D., Doerr, D. & Dias Vieira Braga, M. (2021). The potential of family-free rearrangements towards gene orthology inference. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 19(6): 2140014. World Scientific. doi:10.1142/S021972002140014X.
    PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [13]
    2021 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965069 OA
    Araujo, E., Rozante, L.C., Rubert, D. & Martinez, F.V. (2021). Algorithms for Normalized Multiple Sequence Alignments (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). In H.-K. Ahn & K. Sadakane (Hrsg.), 32nd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2021) (S. 40:1-40:16). Gehalten auf der 32nd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2021), Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/LIPIcs.ISAAC.2021.40.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [12]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965062
    Stefanes, M.A., Rubert, D. & Soares, J. (2020). Scalable parallel algorithms for maximum matching and Hamiltonian circuit in convex bipartite graphs. Theoretical Computer Science, 804, 58-71. Elsevier BV. doi:10.1016/j.tcs.2019.10.042.
    PUB | DOI | Download (ext.) | WoS
     
  • [11]
    2020 | Preprint | Veröffentlicht | PUB-ID: 2943670
    Rubert, D., Araujo, E., Stefanes, M.A., Stoye, J. & Martinez, F.V. (2020). On motifs in colored graphs. arXiv:2005.13634.
    PUB | Download (ext.) | arXiv
     
  • [10]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2942995
    Rubert, D., Araujo, E., Stefanes, M.A., Stoye, J. & Martinez, F. (2020). Searching and Inferring Colorful Topological Motifs in Vertex-Colored Graphs. Journal of Combinatorial Optimization, 40, 379–411. Springer. doi:10.1007/s10878-020-00590-4.
    PUB | DOI | WoS
     
  • [9]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965072 OA
    Rubert, D., Martinez, F.V. & Dias Vieira Braga, M. (2020). Natural Family-Free Genomic Distance (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs). In C. Kingsford & N. Pisanti (Hrsg.), 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020) (S. 3:1-3:23). Gehalten auf der 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020) , Dagstuhl, Germany: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik. doi:10.4230/LIPIcs.WABI.2020.3.
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  • [8]
    2020 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965061 OA
    Rubert, D., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2020). Distance and Similarity Measures in Comparative Genomics. In D. Avila Vecchiato (Hrsg.), Anais do Concurso de Teses e Dissertações da SBC (CTD-SBC 2020) = Proceedings of the 33rd Thesis and Dissertation Contest (S. 7-12). Gehalten auf der 33rd Thesis and Dissertation Contest (CTD 2020), Porto Alegre, RS: Sociedade Brasileira de Computação - SBC. doi:10.5753/ctd.2020.11361.
    PUB | PDF | DOI | Download (ext.)
     
  • [7]
    2020 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2937712 OA
    Rubert, D., Martinez, F.H.V., Stoye, J. & Dörr, D. (2020). Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants. BMC Genomics, 21(Suppl. 2): 273. BioMed Central. doi:10.1186/s12864-020-6609-x.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [6]
    2019 | Datenpublikation | PUB-ID: 2936848 OA
    Dörr, D. & Rubert, D. (2019). Supplementary Data for "Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants". Bielefeld University. doi:10.4119/unibi/2936848.
    PUB | Dateien verfügbar | DOI
     
  • [5]
    2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006 OA
    Rubert, D., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2018). Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics, 19(Suppl. 6): 152. BioMed Central. doi:10.1186/s12859-018-2130-5.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [4]
    2017 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2913015
    Rubert, D., Medeiros, G.L., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Algorithms for Computing the Family-Free Genomic Similarity under DCJ (Lecture Notes in Bioinformatics). In J. Meidanis & L. Nakhleh (Hrsg.), Comparative Genomics. RECOMB-CG 2017 (S. 76-100). Gehalten auf der 15th International Workshop, RECOMB CG 2017, Cham: Springer Verlag. doi:10.1007/978-3-319-67979-2_5.
    PUB | DOI
     
  • [3]
    2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2909057 OA
    Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2017). Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time. Algorithms for Molecular Biology, 12(1): 3. Springer Nature. doi:10.1186/s13015-017-0095-y.
    PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
     
  • [2]
    2016 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2903708
    Rubert, D., Feijão, P., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J. & Martinez, F.H.V. (2016). A Linear Time Approximation Algorithm for the DCJ Distance for Genomes with Bounded Number of Duplicates (Lecture Notes in Bioinformatics). In M. Frith & C.N. Storm Pedersen (Hrsg.), Algorithms in Bioinformatics. WABI 2016 (S. 293-306). Gehalten auf der 16th International Workshop, WABI 2016, Cham: Springer. doi:10.1007/978-3-319-43681-4_24.
    PUB | DOI
     
  • [1]
    2015 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2965063
    Rubert, D., Araujo, E. & Stefanes, M.A. (2015). SIMBio: Searching and inferring colorful motifs in biological networks. 2015 IEEE 15th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE) (S. 1-6). Gehalten auf der 2015 IEEE 15th International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), IEEE. doi:10.1109/BIBE.2015.7367733.
    PUB | DOI | Download (ext.)
     
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