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50 Publikationen

2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D., Hoshino, E.A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J., Martinez, F.H.V.: Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics. 19, : 152 (2018).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493
Romano, P., Hofestädt, R., Lange, M., D'Elia, D.: The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes. BMC BIOINFORMATICS. 18, : 101 (2017).
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907670
Feijão, P., Soares de Araujo, F.E.: Fast ancestral gene order reconstruction of genomes with unequal gene content. BMC Bioinformatics. 17, : 413 (2016).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2775617
Stadermann, K.B., Weisshaar, B., Holtgräwe, D.: SMRT sequencing only de novo assembly of the sugar beet (Beta vulgaris) chloroplast genome. BMC Bioinformatics. 16, : 295 (2015).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888
Janssen, S., Giegerich, R.: Ambivalent covariance models. BMC Bioinformatics. 16, : 178 (2015).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900856
Feijão, P., Martinez, F., Thévenin, A.: On the distribution of cycles and paths in multichromosomal breakpoint graphs and the expected value of rearrangement distance. BMC Bioinformatics. 16, : S1 (2015).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2783101
Feijão, P.: Reconstruction of ancestral gene orders using intermediate genomes. BMC Bioinformatics. 16, : S3 (2015).
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C., Schulz-Trieglaff, O.B., Stoye, J., Cox, A.J.: metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences. BMC Bioinformatics. 14, S2 (2013).
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K., Winter, S., Stoye, J., Böcker, S.: Statistics for approximate gene clusters. BMC Bioinformatics. 14, S14 (2013).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D., Thévenin, A., Stoye, J.: Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics. 13, S3 (2012).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N., Keck, M., Neuweger, H., Wilhelm, M., Högy, P., Niehaus, K., Stoye, J.: Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics. 13, 21 (2012).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch, J., Patterson, M., Wittler, R., Chauve, C., Tannier, E.: Linearization of ancestral multichromosomal genomes. BMC Bioinformatics. 13, (2012).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby, M., Abouelhoda, M., Krüger, J., Giegerich, R., Sczyrba, A., Wall, D.P., Tonellato, P.: Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package. BMC Bioinformatics. 13, S22 (2012).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Janssen, S., Schudoma, C., Steger, G., Giegerich, R.: Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics. 12, 429 (2011).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082
Loyek, C., Khan, M., Rajpoot, N., Nattkemper, T.W.: BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data. BMC Bioinformatics. 12, 297 (2011).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603576
Thomas, P.E., Klinger, R., Furlong, L.I., Hofmann-Apitius, M., Friedrich, C.M.: Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers. BMC Bioinformatics. 12, S4 (2011).
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler, R., Chauve, C.: Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes. BMC Bioinformatics. 12, S21 (2011).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425310
Wolfsheimer, S., Herms, I., Rahmann, S., Hartmann, A.K.: Accurate statistics for local sequence alignment with position-dependent scoring by rare-event sampling. BMC Bioinformatics. 12, 47-2105 (2011).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky, F., Kuchenbecker, L., Jahn, K., Stoye, J., Böcker, S.: Swiftly Computing Center Strings. BMC Bioinformatics. 12, 106 (2011).
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges, A., Schirmer, S., Giegerich, R.: Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 11, : 222 (2010).
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2316624
Gurtowski, J., Cancio, A., Shah, H., Levovitz, C., George, A., Homann, R., Sachidanandam, R.: Geoseq: a tool for dissecting deep-sequencing datasets. BMC Bioinformatics. 11, 506 (2010).
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512
Bremges, A., Schirmer, S., Giegerich, R.: Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 11, 222 (2010).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603504
Corinna, K., Klinger, R., Hofmann-Apitius, M.: Identification of Histone Modifications in Biomedical Text for Supporting Epigenomic Research. BMC Bioinformatics. 10, S28 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187
Blom, J., Albaum, S., Doppmeier, D., Pühler, A., Vorhölter, F.-J., Zakrzewski, M., Goesmann, A.: EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes. BMC Bioinformatics. 10, : 154 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314
Diaz, N.N., Krause, L., Goesmann, A., Niehaus, K., Nattkemper, T.W.: TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach. BMC Bioinformatics. 10, 56 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321
Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C.K., Kuester, H., Linke, B., Mertens, D., Mittard-Runte, V., Neuweger, H., Runte, K.J., Tauch, A., Tille, F., Pühler, A., Goesmann, A.: EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics. 10, : 50 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach, W., Jünemann, S., Tille, F., Goesmann, A., Stoye, J.: WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics. 10, 430 (2009).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
Lamprecht, A.-L., Margaria, T., Steffen, B., Sczyrba, A., Hartmeier, S., Giegerich, R.: GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics. 9, S13 (2008).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025
Herold, J., Kurtz, S., Giegerich, R.: Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics. 9, 167 (2008).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783280
Tscherepanow, M., Jensen, N., Kummert, F.: An incremental approach to automated protein localisation. BMC Bioinformatics. 9, 445 (2008).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280
Timm, W., Scherbart, A., Boecker, S., Kohlbacher, O., Nattkemper, T.W.: Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics. BMC Bioinformatics. 9, 443 (2008).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611
Wei, N., Flaschel, E., Friehs, K., Nattkemper, T.W.: A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification. BMC Bioinformatics. 9, 449 (2008).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Janssen, S., Reeder, J., Giegerich, R.: Shape based indexing for faster search of RNA family databases. BMC Bioinformatics. 9, 131 (2008).
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132
Baumbach, J.: CoryneRegNet 4.0 – A reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics. 8, 429 (2007).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712
Kaltenbach, H.-M., Wilke, A., Böcker, S.: SAMPI: protein identification with mass spectra alignments. BMC Bioinformatics. 8, 102 (2007).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783743
Baumbach, J.: CoryneRegNet 4.0: a reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics. 8, 429 (2007).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784011
Wittkop, T., Baumbach, J., Lobo, F.P., Rahmann, S.: Large scale clustering of protein sequences with FORCE - a layout based heuristic for weighted cluster editing. BMC Bioinformatics. 8, 396 (2007).
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773701
Köhler, J., Munn, K., Rüegg, A., Skusa, A., Smith, B.: Quality control for terms and definitions in ontologies and taxonomies. BMC Bioinformatics. 7, 212 (2006).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864
Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., Kurtz, S.: Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices. BMC Bioinformatics. 7, 389 (2006).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871
Seibel, P.N., Krüger, J., Hartmeier, S., Schwarzer, K., Löwenthal, K., Mersch, H., Dandekar, T., Giegerich, R.: XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems. BMC Bioinformatics. 7, 490 (2006).
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640
Steffen, P., Giegerich, R.: Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics. 7, 214 (2006).
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756
Spitzer, M., Lorkowski, S., Cullen, P., Sczyrba, A., Fuellen, G.: IsoSVM - Distinguishing isoforms and paralogs on the protein level. BMC Bioinformatics. 7, 110 (2006).
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause, A., Stoye, J., Vingron, M.: Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics. 6, 15 (2005).
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595
Reeder, J., Steffen, P., Giegerich, R.: Effective ambiguity checking in biosequence analysis. BMC Bioinformatics. 6, 153 (2005).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598
Steffen, P., Giegerich, R.: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics. 6, 224 (2005).
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E., Eisen, M.B.: Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 5, 73 (2004).
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758
Reeder, J., Giegerich, R.: Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics. BMC Bioinformatics. 5, 104 (2004).
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard, D.A., Bergman, C.M., Stoye, J., Celniker, S.E., Eisen, M.B.: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 5, 6 (2004).
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747
Gardner, P.P., Giegerich, R.: A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches. BMC Bioinformatics. 5, 140 (2004).
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773767
Brudno, M., Chapman, M., Göttgens, B., Batzoglou, S., Morgenstern, B.: Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences. BMC Bioinformatics. 4, 66 (2003).
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