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50 Publikationen

2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV (2018)
Computing the family-free DCJ similarity.
BMC Bioinformatics 19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493
Romano P, Hofestädt R, Lange M, D'Elia D (2017)
The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes.
BMC BIOINFORMATICS 18: 101.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907670
Feijão P, Soares de Araujo FE (2016)
Fast ancestral gene order reconstruction of genomes with unequal gene content.
BMC Bioinformatics 17(S14): 413.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2775617
Stadermann KB, Weisshaar B, Holtgräwe D (2015)
SMRT sequencing only de novo assembly of the sugar beet (Beta vulgaris) chloroplast genome.
BMC Bioinformatics 16: 295.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888
Janssen S, Giegerich R (2015)
Ambivalent covariance models.
BMC Bioinformatics 16: 178.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2783101
Feijão P (2015)
Reconstruction of ancestral gene orders using intermediate genomes.
BMC Bioinformatics 16(Suppl 14): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900856
Feijão P, Martinez F, Thévenin A (2015)
On the distribution of cycles and paths in multichromosomal breakpoint graphs and the expected value of rearrangement distance.
BMC Bioinformatics 16(Suppl 19): S1.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ (2013)
metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences.
BMC Bioinformatics 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn K, Winter S, Stoye J, Böcker S (2013)
Statistics for approximate gene clusters.
BMC Bioinformatics 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr D, Thévenin A, Stoye J (2012)
Gene family assignment-free comparative genomics.
BMC Bioinformatics 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, Wilhelm M, Högy P, Niehaus K, Stoye J (2012)
Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets.
BMC Bioinformatics 13(1): 21.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E (2012)
Linearization of ancestral multichromosomal genomes.
BMC Bioinformatics 13(Proc. of RECOMB-CG 2012).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby M, Abouelhoda M, Krüger J, Giegerich R, Sczyrba A, Wall DP, Tonellato P (2012)
Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package.
BMC Bioinformatics 13(Suppl 17): S22.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R (2011)
Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction.
BMC Bioinformatics 12(1): 429.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082
Loyek C, Khan M, Rajpoot N, Nattkemper TW (2011)
BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data.
BMC Bioinformatics 12(1): 297.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603576
Thomas PE, Klinger R, Furlong LI, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM (2011)
Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers.
BMC Bioinformatics 12(Suppl 4): S4.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler R, Chauve C (2011)
Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes.
BMC Bioinformatics 12(Suppl. 9): S21.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425310
Wolfsheimer S, Herms I, Rahmann S, Hartmann AK (2011)
Accurate statistics for local sequence alignment with position-dependent scoring by rare-event sampling.
BMC Bioinformatics 12(1): 47-2105.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S (2011)
Swiftly Computing Center Strings.
BMC Bioinformatics 12(1): 106.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone.
BMC Bioinformatics 11(1): 222.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2316624
Gurtowski J, Cancio A, Shah H, Levovitz C, George A, Homann R, Sachidanandam R (2010)
Geoseq: a tool for dissecting deep-sequencing datasets.
BMC Bioinformatics 11(1): 506.
PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R (2010)
Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone.
BMC Bioinformatics 11(1): 222.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603504
Corinna K, Klinger R, Hofmann-Apitius M (2009)
Identification of Histone Modifications in Biomedical Text for Supporting Epigenomic Research.
BMC Bioinformatics 10(Suppl 1): S28.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187
Blom J, Albaum S, Doppmeier D, Pühler A, Vorhölter F-J, Zakrzewski M, Goesmann A (2009)
EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes.
BMC Bioinformatics 10(1): 154.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314
Diaz NN, Krause L, Goesmann A, Niehaus K, Nattkemper TW (2009)
TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach.
BMC Bioinformatics 10(1): 56.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321
Dondrup M, Albaum S, Griebel T, Henckel K, Jünemann S, Kahlke T, Kleindt CK, Kuester H, Linke B, Mertens D, Mittard-Runte V, Neuweger H, Runte KJ, Tauch A, Tille F, Pühler A, Goesmann A (2009)
EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data.
BMC Bioinformatics 10(1): 50.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach W, Jünemann S, Tille F, Goesmann A, Stoye J (2009)
WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads.
BMC Bioinformatics 10(1): 430.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R (2008)
GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI.
BMC Bioinformatics 9(Suppl 4): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025
Herold J, Kurtz S, Giegerich R (2008)
Efficient computation of absent words in genomic sequences.
BMC Bioinformatics 9(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783280
Tscherepanow M, Jensen N, Kummert F (2008)
An incremental approach to automated protein localisation.
BMC Bioinformatics 9(1): 445.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280
Timm W, Scherbart A, Boecker S, Kohlbacher O, Nattkemper TW (2008)
Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics.
BMC Bioinformatics 9(1): 443.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611
Wei N, Flaschel E, Friehs K, Nattkemper TW (2008)
A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification.
BMC Bioinformatics 9(1): 449.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Janssen S, Reeder J, Giegerich R (2008)
Shape based indexing for faster search of RNA family databases.
BMC Bioinformatics 9(1): 131.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132
Baumbach J (2007)
CoryneRegNet 4.0 – A reference database for corynebacterial gene regulatory networks.
BMC Bioinformatics 8(1): 429.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712
Kaltenbach H-M, Wilke A, Böcker S (2007)
SAMPI: protein identification with mass spectra alignments.
BMC Bioinformatics 8(1): 102.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783743
Baumbach J (2007)
CoryneRegNet 4.0: a reference database for corynebacterial gene regulatory networks.
BMC Bioinformatics 8(1): 429.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784011
Wittkop T, Baumbach J, Lobo FP, Rahmann S (2007)
Large scale clustering of protein sequences with FORCE - a layout based heuristic for weighted cluster editing.
BMC Bioinformatics 8(1): 396.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773701
Köhler J, Munn K, Rüegg A, Skusa A, Smith B (2006)
Quality control for terms and definitions in ontologies and taxonomies.
BMC Bioinformatics 7(1): 212.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2006)
Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices.
BMC Bioinformatics 7(1): 389.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871
Seibel PN, Krüger J, Hartmeier S, Schwarzer K, Löwenthal K, Mersch H, Dandekar T, Giegerich R (2006)
XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems.
BMC Bioinformatics 7(1): 490.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640
Steffen P, Giegerich R (2006)
Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras.
BMC Bioinformatics 7(1): 214.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756
Spitzer M, Lorkowski S, Cullen P, Sczyrba A, Fuellen G (2006)
IsoSVM - Distinguishing isoforms and paralogs on the protein level.
BMC Bioinformatics 7(1): 110.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause A, Stoye J, Vingron M (2005)
Large scale hierarchical clustering of protein sequences.
BMC Bioinformatics 6(1): 15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595
Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2005)
Effective ambiguity checking in biosequence analysis.
BMC Bioinformatics 6(1): 153.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598
Steffen P, Giegerich R (2005)
Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras.
BMC Bioinformatics 6(1): 224.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA.
BMC Bioinformatics 5(1): 73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758
Reeder J, Giegerich R (2004)
Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics.
BMC Bioinformatics 5(1): 104.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB (2004)
Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA.
BMC Bioinformatics 5(1): 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747
Gardner PP, Giegerich R (2004)
A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches.
BMC Bioinformatics 5(1): 140.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773767
Brudno M, Chapman M, Göttgens B, Batzoglou S, Morgenstern B (2003)
Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences.
BMC Bioinformatics 4(1): 66.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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