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50 Publikationen

2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D., Hoshino, E. A., Dias Vieira Braga, M., Stoye, J., & Martinez, F. H. V. (2018). Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics, 19(Suppl. 6), 152. doi:10.1186/s12859-018-2130-5
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493
Romano, P., Hofestädt, R., Lange, M., & D'Elia, D. (2017). The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes. BMC BIOINFORMATICS, 18, 101. doi:10.1186/s12859-017-1532-0
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907670
Feijão, P., & Soares de Araujo, F. E. (2016). Fast ancestral gene order reconstruction of genomes with unequal gene content. BMC Bioinformatics, 17(S14), 413. doi:10.1186/s12859-016-1261-9
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2775617
Stadermann, K. B., Weisshaar, B., & Holtgräwe, D. (2015). SMRT sequencing only de novo assembly of the sugar beet (Beta vulgaris) chloroplast genome. BMC Bioinformatics, 16, 295. doi:10.1186/s12859-015-0726-6
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888
Janssen, S., & Giegerich, R. (2015). Ambivalent covariance models. BMC Bioinformatics, 16, 178. doi:10.1186/s12859-015-0569-1
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2783101
Feijão, P. (2015). Reconstruction of ancestral gene orders using intermediate genomes. BMC Bioinformatics, 16(Suppl 14), S3. doi:10.1186/1471-2105-16-S14-S3
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900856
Feijão, P., Martinez, F., & Thévenin, A. (2015). On the distribution of cycles and paths in multichromosomal breakpoint graphs and the expected value of rearrangement distance. BMC Bioinformatics, 16(Suppl 19), S1. doi:10.1186/1471-2105-16-s19-s1
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C., Schulz-Trieglaff, O. B., Stoye, J., & Cox, A. J. (2013). metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013), S2. doi:10.1186/1471-2105-14-S5-S2
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K., Winter, S., Stoye, J., & Böcker, S. (2013). Statistics for approximate gene clusters. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013), S14. doi:10.1186/1471-2105-14-S15-S14
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D., Thévenin, A., & Stoye, J. (2012). Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics, 13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012), S3. doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S3
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N., Keck, M., Neuweger, H., Wilhelm, M., Högy, P., Niehaus, K., & Stoye, J. (2012). Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics, 13(1), 21. doi:10.1186/1471-2105-13-21
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch, J., Patterson, M., Wittler, R., Chauve, C., & Tannier, E. (2012). Linearization of ancestral multichromosomal genomes. BMC Bioinformatics, 13(Proc. of RECOMB-CG 2012). doi:10.1186/1471-2105-13-S19-S11
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby, M., Abouelhoda, M., Krüger, J., Giegerich, R., Sczyrba, A., Wall, D. P., & Tonellato, P. (2012). Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package. BMC Bioinformatics, 13(Suppl 17), S22. doi:10.1186/1471-2105-13-S17-S22
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Janssen, S., Schudoma, C., Steger, G., & Giegerich, R. (2011). Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics, 12(1), 429. doi:10.1186/1471-2105-12-429
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082
Loyek, C., Khan, M., Rajpoot, N., & Nattkemper, T. W. (2011). BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data. BMC Bioinformatics, 12(1), 297. doi:10.1186/1471-2105-12-297
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603576
Thomas, P. E., Klinger, R., Furlong, L. I., Hofmann-Apitius, M., & Friedrich, C. M. (2011). Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers. BMC Bioinformatics, 12(Suppl 4), S4. doi:10.1186/1471-2105-12-S4-S4
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler, R., & Chauve, C. (2011). Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes. BMC Bioinformatics, 12(Suppl. 9), S21. doi:10.1186/1471-2105-12-S9-S21
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425310
Wolfsheimer, S., Herms, I., Rahmann, S., & Hartmann, A. K. (2011). Accurate statistics for local sequence alignment with position-dependent scoring by rare-event sampling. BMC Bioinformatics, 12(1), 47-2105. doi:10.1186/1471-2105-12-47
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky, F., Kuchenbecker, L., Jahn, K., Stoye, J., & Böcker, S. (2011). Swiftly Computing Center Strings. BMC Bioinformatics, 12(1), 106. doi:10.1186/1471-2105-12-106
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges, A., Schirmer, S., & Giegerich, R. (2010). Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics, 11(1), 222. doi:10.1186/1471-2105-11-222
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2316624
Gurtowski, J., Cancio, A., Shah, H., Levovitz, C., George, A., Homann, R., & Sachidanandam, R. (2010). Geoseq: a tool for dissecting deep-sequencing datasets. BMC Bioinformatics, 11(1), 506. doi:10.1186/1471-2105-11-506
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512
Bremges, A., Schirmer, S., & Giegerich, R. (2010). Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics, 11(1), 222. doi:10.1186/1471-2105-11-222
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603504
Corinna, K., Klinger, R., & Hofmann-Apitius, M. (2009). Identification of Histone Modifications in Biomedical Text for Supporting Epigenomic Research. BMC Bioinformatics, 10(Suppl 1), S28. doi:10.1186/1471-2105-10-S1-S28
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187
Blom, J., Albaum, S., Doppmeier, D., Pühler, A., Vorhölter, F. - J., Zakrzewski, M., & Goesmann, A. (2009). EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes. BMC Bioinformatics, 10(1), 154. doi:10.1186/1471-2105-10-154
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314
Diaz, N. N., Krause, L., Goesmann, A., Niehaus, K., & Nattkemper, T. W. (2009). TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach. BMC Bioinformatics, 10(1), 56. doi:10.1186/1471-2105-10-56
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321
Dondrup, M., Albaum, S., Griebel, T., Henckel, K., Jünemann, S., Kahlke, T., Kleindt, C. K., et al. (2009). EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics, 10(1), 50. doi:10.1186/1471-2105-10-50
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach, W., Jünemann, S., Tille, F., Goesmann, A., & Stoye, J. (2009). WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics, 10(1), 430. doi:10.1186/1471-2105-10-430
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
Lamprecht, A. - L., Margaria, T., Steffen, B., Sczyrba, A., Hartmeier, S., & Giegerich, R. (2008). GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics, 9(Suppl 4), S13. doi:10.1186/1471-2105-9-S4-S13
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025
Herold, J., Kurtz, S., & Giegerich, R. (2008). Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics, 9(1), 167. doi:10.1186/1471-2105-9-167
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783280
Tscherepanow, M., Jensen, N., & Kummert, F. (2008). An incremental approach to automated protein localisation. BMC Bioinformatics, 9(1), 445. doi:10.1186/1471-2105-9-445
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280
Timm, W., Scherbart, A., Boecker, S., Kohlbacher, O., & Nattkemper, T. W. (2008). Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics. BMC Bioinformatics, 9(1), 443. doi:10.1186/1471-2105-9-443
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611
Wei, N., Flaschel, E., Friehs, K., & Nattkemper, T. W. (2008). A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification. BMC Bioinformatics, 9(1), 449. doi:10.1186/1471-2105-9-449
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Janssen, S., Reeder, J., & Giegerich, R. (2008). Shape based indexing for faster search of RNA family databases. BMC Bioinformatics, 9(1), 131. doi:10.1186/1471-2105-9-131
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132
Baumbach, J. (2007). CoryneRegNet 4.0 – A reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics, 8(1), 429. doi:10.1186/1471-2105-8-429
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712
Kaltenbach, H. - M., Wilke, A., & Böcker, S. (2007). SAMPI: protein identification with mass spectra alignments. BMC Bioinformatics, 8(1), 102. doi:10.1186/1471-2105-8-102
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783743
Baumbach, J. (2007). CoryneRegNet 4.0: a reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics, 8(1), 429. doi:10.1186/1471-2105-8-429
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784011
Wittkop, T., Baumbach, J., Lobo, F. P., & Rahmann, S. (2007). Large scale clustering of protein sequences with FORCE - a layout based heuristic for weighted cluster editing. BMC Bioinformatics, 8(1), 396. doi:10.1186/1471-2105-8-396
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773701
Köhler, J., Munn, K., Rüegg, A., Skusa, A., & Smith, B. (2006). Quality control for terms and definitions in ontologies and taxonomies. BMC Bioinformatics, 7(1), 212. doi:10.1186/1471-2105-7-212
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864
Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2006). Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices. BMC Bioinformatics, 7(1), 389. doi:10.1186/1471-2105-7-389
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871
Seibel, P. N., Krüger, J., Hartmeier, S., Schwarzer, K., Löwenthal, K., Mersch, H., Dandekar, T., et al. (2006). XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems. BMC Bioinformatics, 7(1), 490. doi:10.1186/1471-2105-7-490
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640
Steffen, P., & Giegerich, R. (2006). Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics, 7(1), 214. doi:10.1186/1471-2105-7-214
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756
Spitzer, M., Lorkowski, S., Cullen, P., Sczyrba, A., & Fuellen, G. (2006). IsoSVM - Distinguishing isoforms and paralogs on the protein level. BMC Bioinformatics, 7(1), 110. doi:10.1186/1471-2105-7-110
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause, A., Stoye, J., & Vingron, M. (2005). Large scale hierarchical clustering of protein sequences. BMC Bioinformatics, 6(1), 15. doi:10.1186/1471-2105-6-15
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595
Reeder, J., Steffen, P., & Giegerich, R. (2005). Effective ambiguity checking in biosequence analysis. BMC Bioinformatics, 6(1), 153. doi:10.1186/1471-2105-6-153
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598
Steffen, P., & Giegerich, R. (2005). Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics, 6(1), 224. doi:10.1186/1471-2105-6-224
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard, D. A., Bergman, C. M., Stoye, J., Celniker, S. E., & Eisen, M. B. (2004). Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 73. doi:10.1186/1471-2105-5-73
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758
Reeder, J., & Giegerich, R. (2004). Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics. BMC Bioinformatics, 5(1), 104. doi:10.1186/1471-2105-5-104
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard, D. A., Bergman, C. M., Stoye, J., Celniker, S. E., & Eisen, M. B. (2004). Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics, 5(1), 6. doi:10.1186/1471-2105-5-6
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747
Gardner, P. P., & Giegerich, R. (2004). A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches. BMC Bioinformatics, 5(1), 140. doi:10.1186/1471-2105-5-140
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2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773767
Brudno, M., Chapman, M., Göttgens, B., Batzoglou, S., & Morgenstern, B. (2003). Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences. BMC Bioinformatics, 4(1), 66. doi:10.1186/1471-2105-4-66
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