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50 Publikationen

2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert, D.; Hoshino, E. A.; Dias Vieira Braga, M.; Stoye, J.; Martinez, F. H. V. (2018): Computing the family-free DCJ similarity BMC Bioinformatics,19:(Suppl. 6):152
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493
Romano, P.; Hofestädt, R.; Lange, M.; D'Elia, D. (2017): The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes BMC BIOINFORMATICS,18:101
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907670
Feijão, P.; Soares de Araujo, F. E. (2016): Fast ancestral gene order reconstruction of genomes with unequal gene content BMC Bioinformatics,17:(S14):413
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2775617
Stadermann, K. B.; Weisshaar, B.; Holtgräwe, D. (2015): SMRT sequencing only de novo assembly of the sugar beet (Beta vulgaris) chloroplast genome BMC Bioinformatics,16:295
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888
Janssen, S.; Giegerich, R. (2015): Ambivalent covariance models BMC Bioinformatics,16:178
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2783101
Feijão, P. (2015): Reconstruction of ancestral gene orders using intermediate genomes BMC Bioinformatics,16:(Suppl 14):S3
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900856
Feijão, P.; Martinez, F.; Thévenin, A. (2015): On the distribution of cycles and paths in multichromosomal breakpoint graphs and the expected value of rearrangement distance BMC Bioinformatics,16:(Suppl 19):S1
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander, C.; Schulz-Trieglaff, O. B.; Stoye, J.; Cox, A. J. (2013): metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences BMC Bioinformatics,14:(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013): S2.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn, K.; Winter, S.; Stoye, J.; Böcker, S. (2013): Statistics for approximate gene clusters BMC Bioinformatics,14:(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013): S14.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr, D.; Thévenin, A.; Stoye, J. (2012): Gene family assignment-free comparative genomics BMC Bioinformatics,13:(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012): S3.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann, N.; Keck, M.; Neuweger, H.; Wilhelm, M.; Högy, P.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2012): Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets BMC Bioinformatics,13:(1): 21.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch, J.; Patterson, M.; Wittler, R.; Chauve, C.; Tannier, E. (2012): Linearization of ancestral multichromosomal genomes BMC Bioinformatics,13:(Proc. of RECOMB-CG 2012)
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby, M.; Abouelhoda, M.; Krüger, J.; Giegerich, R.; Sczyrba, A.; Wall, D. P.; Tonellato, P. (2012): Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package BMC Bioinformatics,13:(Suppl 17): S22.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Janssen, S.; Schudoma, C.; Steger, G.; Giegerich, R. (2011): Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction BMC Bioinformatics,12:(1): 429.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082
Loyek, C.; Khan, M.; Rajpoot, N.; Nattkemper, T. W. (2011): BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data BMC Bioinformatics,12:(1): 297.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603576
Thomas, P. E.; Klinger, R.; Furlong, L. I.; Hofmann-Apitius, M.; Friedrich, C. M. (2011): Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers BMC Bioinformatics,12:(Suppl 4): S4.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler, R.; Chauve, C. (2011): Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes BMC Bioinformatics,12:(Suppl. 9): S21.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425310
Wolfsheimer, S.; Herms, I.; Rahmann, S.; Hartmann, A. K. (2011): Accurate statistics for local sequence alignment with position-dependent scoring by rare-event sampling BMC Bioinformatics,12:(1): 47-2105.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky, F.; Kuchenbecker, L.; Jahn, K.; Stoye, J.; Böcker, S. (2011): Swiftly Computing Center Strings BMC Bioinformatics,12:(1): 106.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges, A.; Schirmer, S.; Giegerich, R. (2010): Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone BMC Bioinformatics,11:(1):222
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2316624
Gurtowski, J.; Cancio, A.; Shah, H.; Levovitz, C.; George, A.; Homann, R.; Sachidanandam, R. (2010): Geoseq: a tool for dissecting deep-sequencing datasets BMC Bioinformatics,11:(1): 506.
PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512
Bremges, A.; Schirmer, S.; Giegerich, R. (2010): Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone BMC Bioinformatics,11:(1): 222.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603504
Corinna, K.; Klinger, R.; Hofmann-Apitius, M. (2009): Identification of Histone Modifications in Biomedical Text for Supporting Epigenomic Research BMC Bioinformatics,10:(Suppl 1): S28.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187
Blom, J.; Albaum, S.; Doppmeier, D.; Pühler, A.; Vorhölter, F. - J.; Zakrzewski, M.; Goesmann, A. (2009): EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes BMC Bioinformatics,10:(1):154
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314
Diaz, N. N.; Krause, L.; Goesmann, A.; Niehaus, K.; Nattkemper, T. W. (2009): TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach BMC Bioinformatics,10:(1): 56.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321
Dondrup, M.; Albaum, S.; Griebel, T.; Henckel, K.; Jünemann, S.; Kahlke, T.; Kleindt, C. K.; Kuester, H.; Linke, B.; Mertens, D.; Mittard-Runte, V.; Neuweger, H.; Runte, K. J.; Tauch, A.; Tille, F.; Pühler, A.; Goesmann, A. (2009): EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data BMC Bioinformatics,10:(1):50
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach, W.; Jünemann, S.; Tille, F.; Goesmann, A.; Stoye, J. (2009): WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads BMC Bioinformatics,10:(1): 430.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
Lamprecht, A. - L.; Margaria, T.; Steffen, B.; Sczyrba, A.; Hartmeier, S.; Giegerich, R. (2008): GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI BMC Bioinformatics,9:(Suppl 4): S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025
Herold, J.; Kurtz, S.; Giegerich, R. (2008): Efficient computation of absent words in genomic sequences BMC Bioinformatics,9:(1): 167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783280
Tscherepanow, M.; Jensen, N.; Kummert, F. (2008): An incremental approach to automated protein localisation BMC Bioinformatics,9:(1): 445.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280
Timm, W.; Scherbart, A.; Boecker, S.; Kohlbacher, O.; Nattkemper, T. W. (2008): Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics BMC Bioinformatics,9:(1): 443.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611
Wei, N.; Flaschel, E.; Friehs, K.; Nattkemper, T. W. (2008): A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification BMC Bioinformatics,9:(1): 449.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Janssen, S.; Reeder, J.; Giegerich, R. (2008): Shape based indexing for faster search of RNA family databases BMC Bioinformatics,9:(1): 131.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132
Baumbach, J. (2007): CoryneRegNet 4.0 – A reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics,8:(1): 429.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712
Kaltenbach, H. - M.; Wilke, A.; Böcker, S. (2007): SAMPI: protein identification with mass spectra alignments BMC Bioinformatics,8:(1): 102.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783743
Baumbach, J. (2007): CoryneRegNet 4.0: a reference database for corynebacterial gene regulatory networks BMC Bioinformatics,8:(1): 429.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784011
Wittkop, T.; Baumbach, J.; Lobo, F. P.; Rahmann, S. (2007): Large scale clustering of protein sequences with FORCE - a layout based heuristic for weighted cluster editing BMC Bioinformatics,8:(1): 396.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773701
Köhler, J.; Munn, K.; Rüegg, A.; Skusa, A.; Smith, B. (2006): Quality control for terms and definitions in ontologies and taxonomies BMC Bioinformatics,7:(1): 212.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864
Beckstette, M.; Homann, R.; Giegerich, R.; Kurtz, S. (2006): Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices BMC Bioinformatics,7:(1): 389.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871
Seibel, P. N.; Krüger, J.; Hartmeier, S.; Schwarzer, K.; Löwenthal, K.; Mersch, H.; Dandekar, T.; Giegerich, R. (2006): XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems BMC Bioinformatics,7:(1): 490.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773640
Steffen, P.; Giegerich, R. (2006): Correction: Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras BMC Bioinformatics,7:(1): 214.
PUB | PDF | DOI | WoS
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756
Spitzer, M.; Lorkowski, S.; Cullen, P.; Sczyrba, A.; Fuellen, G. (2006): IsoSVM - Distinguishing isoforms and paralogs on the protein level BMC Bioinformatics,7:(1): 110.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
Krause, A.; Stoye, J.; Vingron, M. (2005): Large scale hierarchical clustering of protein sequences BMC Bioinformatics,6:(1): 15.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773595
Reeder, J.; Steffen, P.; Giegerich, R. (2005): Effective ambiguity checking in biosequence analysis BMC Bioinformatics,6:(1): 153.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773598
Steffen, P.; Giegerich, R. (2005): Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras BMC Bioinformatics,6:(1): 224.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
Pollard, D. A.; Bergman, C. M.; Stoye, J.; Celniker, S. E.; Eisen, M. B. (2004): Correction: Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA BMC Bioinformatics,5:(1): 73.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773758
Reeder, J.; Giegerich, R. (2004): Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics BMC Bioinformatics,5:(1): 104.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard, D. A.; Bergman, C. M.; Stoye, J.; Celniker, S. E.; Eisen, M. B. (2004): Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA BMC Bioinformatics,5:(1): 6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747
Gardner, P. P.; Giegerich, R. (2004): A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches BMC Bioinformatics,5:(1): 140.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773767
Brudno, M.; Chapman, M.; Göttgens, B.; Batzoglou, S.; Morgenstern, B. (2003): Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences BMC Bioinformatics,4:(1): 66.
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