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50 Publikationen

2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2919006
Rubert D, Hoshino EA, Dias Vieira Braga M, Stoye J, Martinez FHV. Computing the family-free DCJ similarity. BMC Bioinformatics. 2018;19(Suppl. 6): 152.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2910493
Romano P, Hofestädt R, Lange M, D'Elia D. The joint NETTAB/Integrative Bioinformatics 2015 Meeting: aims, topics and outcomes. BMC BIOINFORMATICS. 2017;18: 101.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2907670
Feijão P, Soares de Araujo FE. Fast ancestral gene order reconstruction of genomes with unequal gene content. BMC Bioinformatics. 2016;17(S14): 413.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2775617
Stadermann KB, Weisshaar B, Holtgräwe D. SMRT sequencing only de novo assembly of the sugar beet (Beta vulgaris) chloroplast genome. BMC Bioinformatics. 2015;16: 295.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764888
Janssen S, Giegerich R. Ambivalent covariance models. BMC Bioinformatics. 2015;16: 178.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2900856
Feijão P, Martinez F, Thévenin A. On the distribution of cycles and paths in multichromosomal breakpoint graphs and the expected value of rearrangement distance. BMC Bioinformatics. 2015;16(Suppl 19): S1.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2783101
Feijão P. Reconstruction of ancestral gene orders using intermediate genomes. BMC Bioinformatics. 2015;16(Suppl 14): S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2575011
Ander C, Schulz-Trieglaff OB, Stoye J, Cox AJ. metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 5: Proc. of RECOMB-Seq 2013):S2.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2611633
Jahn K, Winter S, Stoye J, Böcker S. Statistics for approximate gene clusters. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 15: Proc. of RECOMB-CG 2013):S14.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2512642
Dörr D, Thévenin A, Stoye J. Gene family assignment-free comparative genomics. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl 19: Proc. of RECOMB-CG 2012):S3.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2517239
Hoffmann N, Keck M, Neuweger H, et al. Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets. BMC Bioinformatics. 2012;13(1):21.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2553300
Manuch J, Patterson M, Wittler R, Chauve C, Tannier E. Linearization of ancestral multichromosomal genomes. BMC Bioinformatics. 2012;13(Proc. of RECOMB-CG 2012).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2547307
El-Kalioby M, Abouelhoda M, Krüger J, et al. Personalized cloud-based bioinformatics services for research and education: use cases and the elasticHPC package. BMC Bioinformatics. 2012;13(Suppl 17):S22.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2410526
Janssen S, Schudoma C, Steger G, Giegerich R. Lost in folding space? Comparing four variants of the thermodynamic model for RNA secondary structure prediction. BMC Bioinformatics. 2011;12(1):429.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2300082
Loyek C, Khan M, Rajpoot N, Nattkemper TW. BIOIMAX - A Web 2.0 approach for easy exploratory and collaborative access to multivariate bioimage data. BMC Bioinformatics. 2011;12(1):297.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603576
Thomas PE, Klinger R, Furlong LI, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM. Challenges in the association of human single nucleotide polymorphism mentions with unique database identifiers. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl 4):S4.
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2011 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2329973
Wittler R, Chauve C. Consistency-based detection of potential tumor-specific deletions in matched normal/tumor genomes. BMC Bioinformatics. 2011;12(Suppl. 9):S21.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2425310
Wolfsheimer S, Herms I, Rahmann S, Hartmann AK. Accurate statistics for local sequence alignment with position-dependent scoring by rare-event sampling. BMC Bioinformatics. 2011;12(1):47-2105.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2091779
Hufsky F, Kuchenbecker L, Jahn K, Stoye J, Böcker S. Swiftly Computing Center Strings. BMC Bioinformatics. 2011;12(1):106.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2906810
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R. Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 2010;11(1): 222.
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2316624
Gurtowski J, Cancio A, Shah H, et al. Geoseq: a tool for dissecting deep-sequencing datasets. BMC Bioinformatics. 2010;11(1):506.
PUB | PDF | DOI | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1785512
Bremges A, Schirmer S, Giegerich R. Fine-tuning structural RNA alignments in the twilight zone. BMC Bioinformatics. 2010;11(1):222.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603504
Corinna K, Klinger R, Hofmann-Apitius M. Identification of Histone Modifications in Biomedical Text for Supporting Epigenomic Research. BMC Bioinformatics. 2009;10(Suppl 1):S28.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783187
Blom J, Albaum S, Doppmeier D, et al. EDGAR: a software framework for the comparative analysis of prokaryotic genomes. BMC Bioinformatics. 2009;10(1): 154.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635314
Diaz NN, Krause L, Goesmann A, Niehaus K, Nattkemper TW. TACOA - Taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach. BMC Bioinformatics. 2009;10(1):56.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1635321
Dondrup M, Albaum S, Griebel T, et al. EMMA 2-A MAGE-compliant system for the collaborative analysis and integration of microarray data. BMC Bioinformatics. 2009;10(1): 50.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589098
Gerlach W, Jünemann S, Tille F, Goesmann A, Stoye J. WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads. BMC Bioinformatics. 2009;10(1):430.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784020
Lamprecht A-L, Margaria T, Steffen B, Sczyrba A, Hartmeier S, Giegerich R. GeneFisher-P: variations of GeneFisher as processes in Bio-jETI. BMC Bioinformatics. 2008;9(Suppl 4):S13.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784025
Herold J, Kurtz S, Giegerich R. Efficient computation of absent words in genomic sequences. BMC Bioinformatics. 2008;9(1):167.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783280
Tscherepanow M, Jensen N, Kummert F. An incremental approach to automated protein localisation. BMC Bioinformatics. 2008;9(1):445.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636280
Timm W, Scherbart A, Boecker S, Kohlbacher O, Nattkemper TW. Peak intensity prediction in MALDI-TOF mass spectrometry: A machine learning study to support quantitative proteomics. BMC Bioinformatics. 2008;9(1):443.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1585611
Wei N, Flaschel E, Friehs K, Nattkemper TW. A machine vision system for automated non-invasive assessment of cell viability via dark field microscopy, wavelet feature selection and classification. BMC Bioinformatics. 2008;9(1):449.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893917
Janssen S, Reeder J, Giegerich R. Shape based indexing for faster search of RNA family databases. BMC Bioinformatics. 2008;9(1):131.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499132
Baumbach J. CoryneRegNet 4.0 – A reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics. 2007;8(1):429.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783712
Kaltenbach H-M, Wilke A, Böcker S. SAMPI: protein identification with mass spectra alignments. BMC Bioinformatics. 2007;8(1):102.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783743
Baumbach J. CoryneRegNet 4.0: a reference database for corynebacterial gene regulatory networks. BMC Bioinformatics. 2007;8(1):429.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1784011
Wittkop T, Baumbach J, Lobo FP, Rahmann S. Large scale clustering of protein sequences with FORCE - a layout based heuristic for weighted cluster editing. BMC Bioinformatics. 2007;8(1):396.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773701
Köhler J, Munn K, Rüegg A, Skusa A, Smith B. Quality control for terms and definitions in ontologies and taxonomies. BMC Bioinformatics. 2006;7(1):212.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773864
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S. Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices. BMC Bioinformatics. 2006;7(1):389.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773871
Seibel PN, Krüger J, Hartmeier S, et al. XML schemas for common bioinformatic data types and their application in workflow systems. BMC Bioinformatics. 2006;7(1):490.
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599756
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2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1775168
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Steffen P, Giegerich R. Versatile and declarative dynamic programming using pair algebras. BMC Bioinformatics. 2005;6(1):224.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773554
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Reeder J, Giegerich R. Design, implementation and evaluation of a practical pseudoknot folding algorithm based on thermodynamics. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):104.
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2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773312
Pollard DA, Bergman CM, Stoye J, Celniker SE, Eisen MB. Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):6.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773747
Gardner PP, Giegerich R. A comprehensive comparison of comparative RNA structure prediction approaches. BMC Bioinformatics. 2004;5(1):140.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773767
Brudno M, Chapman M, Göttgens B, Batzoglou S, Morgenstern B. Fast and sensitive multiple alignment of large genomic sequences. BMC Bioinformatics. 2003;4(1):66.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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