Please note that PUB no longer supports Internet Explorer versions 8 or 9 (or earlier).

We recommend upgrading to the latest Internet Explorer, Google Chrome, or Firefox.

79 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941754
Baaijens, J. A.; Van der Roest, B.; Köster, J.; Stougie, L.; Schönhuth, A. (2019): Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction Bioinformatics,35:(24): 5086-5094.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941756
Yin, B.; Balvert, M.; van der Spek, R. A. A.; Dutilh, B. E.; Bohté, S.; Veldink, J.; Schönhuth, A. (2019): Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype Bioinformatics,35:(14): i538-i547.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941761
Baaijens, J. A.; Schönhuth, A. (2019): Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids Bioinformatics,35:(21): 4281-4289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935891
Müller, R.; Chauve, C. (2019): HyAsP, a greedy tool for plasmids identification Bioinformatics,35:(21): 4436 – 4439.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936939
Sharifi-Noghabi, H.; Zolotareva, O.; Collins, C. C.; Ester, M. (2019): MOLI: multi-omics late integration with deep neural networks for drug response prediction Bioinformatics,35:(14): I501-I509.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935584
Theorell, A.; Seiffarth, J.; Grünberger, A.; Noeh, K. (2019): When a single lineage is not enough: Uncertainty-Aware Tracking for spatio-temporal live-cell image analysis BIOINFORMATICS,35:(7): 1221-1228.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang, L.; Krüger, J.; Sczyrba, A. (2018): Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit Bioinformatics,34:(9): 1457-1465.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940797
Brink, B.; Meskas, J.; Brinkman, R. R. (2018): ddPCRclust: an R package and Shiny app for automated analysis of multiplexed ddPCR data Bioinformatics,34:(15): 2687-2689.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2917896
Lux, M.; Brinkman, R. R.; Chauve, C.; Laing, A.; Lorenc, A.; Abeler-Dörner, L.; Hammer, B. (2018): flowLearn: Fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry Bioinformatics,34:(13): 2245-2253.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941786
Ebler, J.; Schönhuth, A.; Marschall, T. (2017): Genotyping inversions and tandem duplications Bioinformatics,33:(24): 4015-4023.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2918897
Thijssen, B.; Dijkstra, T. M. H.; Heskes, T.; Wessels, L. F. A. (2017): Bayesian data integration for quantifying the contribution of diverse measurements to parameter estimates Bioinformatics,34:(5): 803-811.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933892
Dirmeier, S.; Fuchs, C.; Mueller, N. S.; Theis, F. J. (2017): netReg: network-regularized linear models for biological association studies Bioinformatics,34:(5): 896-898.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918707
Beier, S.; Thiel, T.; Münch, T.; Scholz, U.; Mascher, M. (2017): MISA-web: a web server for microsatellite prediction Bioinformatics,33:(16): 2583-2585.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941793
Gregor, I.; Schönhuth, A.; McHardy, A. C. (2016): Snowball: strain aware gene assembly of metagenomes Bioinformatics,32:(17): i649-i657.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905170 OA
Hilker, R.; Stadermann, K. B.; Schwengers, O.; Anisiforov, E.; Jaenicke, S.; Weisshaar, B.; Zimmermann, T.; Goesmann, A. (2016): ReadXplorer 2 - detailed read mapping analysis and visualization from one single source Bioinformatics,32:(24): 3702-3708.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | NCBI BioProject
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A.; Singer, E.; Woyke, T.; Sczyrba, A. (2016): MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads Bioinformatics,32:(14): 2199-2201.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912555
Helfrich, S.; Azzouzi, C. E.; Probst, C.; Seiffarth, J.; Grünberger, A.; Wiechert, W.; Kohlheyer, D.; Nöh, K. (2015): Vizardous: interactive analysis of microbial populations with single cell resolution Bioinformatics,31:(23): 3875-3877.:btv468
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
Wittler, R.; Marschall, T.; Schönhuth, A.; Makinen, V. (2015): Repeat- and error-aware comparison of deletions Bioinformatics,31:(18): 2947-2954.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R.; Stadermann, K. B.; Doppmeier, D.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Straube, J.; Winnebald, J.; Goesmann, A. (2014): ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences Bioinformatics,30:(16): 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N.; Wilhelm, M.; Doebbe, A.; Niehaus, K.; Stoye, J. (2014): BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry Bioinformatics,30:(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
Janssen, S.; Giegerich, R. (2014): The RNA shapes studio Bioinformatics,31:(3): 423-425.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941836
Marschall, T.; Hajirasouliha, I.; Schönhuth, A. (2013): MATE-CLEVER: Mendelian-inheritance-aware discovery and genotyping of midsize and long indels Bioinformatics,29:(24): 3143-3150.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Sauthoff, G.; Mohl, M.; Janssen, S.; Giegerich, R. (2013): Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis Bioinformatics,29:(5): 551-560.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N.; Bonte, A.; Langenkämper, G.; Niehaus, K.; Goesmann, A.; Nattkemper, T. W. (2013): MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system Bioinformatics,29:(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941839
Marschall, T.; Costa, I. G.; Canzar, S.; Bauer, M.; Klau, G. W.; Schliep, A.; Schönhuth, A. (2012): CLEVER: clique-enumerating variant finder Bioinformatics,28:(22): 2875-2882.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941840
Hajirasouliha, I.; Schönhuth, A.; de Juan, D.; Valencia, A.; Sahinalp, S. C. (2012): Mirroring co-evolving trees in the light of their topologies Bioinformatics,28:(9): 1202-1208.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910009
M. Reidys, C.; W. D. Huang, F.; E. Andersen, J.; C. Penner, R.; F. Stadler, P.; Nebel, M. (2012): Addendum: topology and prediction of RNA pseudoknots Bioinformatics,28:(2): 300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R.; Sickinger, C.; Pedersen, C. N. S.; Stoye, J. (2012): UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ Bioinformatics,28:(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2496829
Cox, A. J.; Bauer, M. J.; Jakobi, T.; Rosone, G. (2012): Large-scale compression of genomic sequence databases with the Burrows-Wheeler transform Bioinformatics,28:(11): 1415-1419.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
Kölling, J.; Langenkämper, D.; Sylvie, A.; Michale, K.; Nattkemper, T. W. (2012): WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages Bioinformatics,28:(8): 1143-1150.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941842
Hafemeister, C.; Costa, I. G.; Schönhuth, A.; Schliep, A. (2011): Classifying short gene expression time-courses with Bayesian estimation of piecewise constant functions Bioinformatics,27:(7): 946-952.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910018
M. Reidys, C.; W. D. Huang, F.; E. Andersen, J.; C. Penner, R.; F. Stadler, P.; Nebel, M. (2011): Topology and prediction of RNA pseudoknots Bioinformatics,27:(8): 1076--1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
Hazelhurst, S.; Lipták, Z. (2011): KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data Bioinformatics,27:(24): 3348-3355.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
Huang, D.; Huang, Y.; Bai, Y.; Chen, D.; Hofestädt, R.; Klukas, C.; Chen, M. (2011): MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web Bioinformatics,27:(23): 3321-3322.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J.; Jakobi, T.; Doppmeier, D.; Jaenicke, S.; Kalinowski, J.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2011): Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming Bioinformatics,27:(10): 1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307115
Dutilh, B. E.; Jurgelenaite, R.; Szklarczyk, R.; van Hijum, S. A. F. T.; Harhangi, H. R.; Schmid, M.; de Wild, B.; Francoijs, K. - J.; Stunnenberg, H. G.; Strous, M.; Jetten, M. S. M.; Op den Camp, H. J. M.; Huynen, M. A. (2011): FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo Bioinformatics,27:(14): 1929-1933.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2094556
Schleif, F. - M.; Riemer, T.; Boerner, U.; Schnapka-Hille, L.; Cross, M. (2011): Genetic algorithm for shift-uncertainty correction in 1-D NMR-based metabolite identifications and quantifications Bioinformatics,27:(4): 524-533.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke, B.; Giegerich, R.; Goesmann, A. (2011): Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses Bioinformatics,27:(7): 903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Janssen, S.; Giegerich, R. (2010): Faster computation of exact RNA shape probabilities Bioinformatics,26:(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann, P.; Stoye, J. (2010): r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly Bioinformatics,26:(4): 570-571.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
Böcker, S.; Lipták, Z.; Pervukhin, A.; Letzel, M. C. (2009): SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification Bioinformatics,25:(2): 218-224.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno, M.; Medvedev, P.; Stoye, J.; De La Vega, F. M. (2009): A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG) BIOINFORMATICS,25:(21): 2863-2864.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S.; Neuweger, H.; Fraenzel, B.; Lange, S.; Mertens, D.; Troetschel, C.; Wolters, D.; Kalinowski, J.; Nattkemper, T. W.; Goesmann, A. (2009): Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments Bioinformatics,25:(23): 3128-3134.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Dutilh, B. E.; Huynen, M. A.; Strous, M. (2009): Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly BIOINFORMATICS,25:(21): 2878-2881.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann, N.; Stoye, J. (2009): ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data Bioinformatics,25:(16): 2080-2081.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette, M.; Homann, R.; Giegerich, R.; Kurtz, S. (2009): Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models Bioinformatics,25:(24): 3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann, R.; Fleer, D.; Giegerich, R.; Rehmsmeier, M. (2009): mkESA: enhanced suffix array construction tool Bioinformatics,25:(8): 1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Klinger, R.; Kolarik, C.; Fluck, J.; Hofmann-Apitius, M.; Friedrich, C. M. (2008): Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names Bioinformatics,24:(13): i268-i276.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H.; Albaum, S.; Dondrup, M.; Persicke, M.; Watt, T.; Niehaus, K.; Stoye, J.; Goesmann, A. (2008): MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data Bioinformatics,24:(23): 2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
Boecker, S.; Lipták, Z.; Martin, M.; Pervukhin, A.; Sudek, H. (2008): DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem BIOINFORMATICS,24:(4): 591-593.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

Filter und Suchbegriffe

issn=1367-4803

Suche

Publikationen filtern

Darstellung / Sortierung

Zitationsstil: wels

Export / Einbettung