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79 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941754
Baaijens, J.A., Van der Roest, B., Köster, J., Stougie, L., Schönhuth, A.: Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction. Bioinformatics. 35, 5086-5094 (2019).
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941756
Yin, B., Balvert, M., van der Spek, R.A.A., Dutilh, B.E., Bohté, S., Veldink, J., Schönhuth, A.: Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype. Bioinformatics. 35, i538-i547 (2019).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941761
Baaijens, J.A., Schönhuth, A.: Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids. Bioinformatics. 35, 4281-4289 (2019).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935891
Müller, R., Chauve, C.: HyAsP, a greedy tool for plasmids identification. Bioinformatics. 35, 4436 – 4439 (2019).
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2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936939
Sharifi-Noghabi, H., Zolotareva, O., Collins, C.C., Ester, M.: MOLI: multi-omics late integration with deep neural networks for drug response prediction. Bioinformatics. 35, I501-I509 (2019).
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935584
Theorell, A., Seiffarth, J., Grünberger, A., Noeh, K.: When a single lineage is not enough: Uncertainty-Aware Tracking for spatio-temporal live-cell image analysis. BIOINFORMATICS. 35, 1221-1228 (2019).
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang, L., Krüger, J., Sczyrba, A.: Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit. Bioinformatics. 34, 1457-1465 (2018).
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940797
Brink, B., Meskas, J., Brinkman, R.R.: ddPCRclust: an R package and Shiny app for automated analysis of multiplexed ddPCR data. Bioinformatics. 34, 2687-2689 (2018).
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2917896
Lux, M., Brinkman, R.R., Chauve, C., Laing, A., Lorenc, A., Abeler-Dörner, L., Hammer, B.: flowLearn: Fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry. Bioinformatics. 34, 2245-2253 (2018).
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941786
Ebler, J., Schönhuth, A., Marschall, T.: Genotyping inversions and tandem duplications. Bioinformatics. 33, 4015-4023 (2017).
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2918897
Thijssen, B., Dijkstra, T.M.H., Heskes, T., Wessels, L.F.A.: Bayesian data integration for quantifying the contribution of diverse measurements to parameter estimates. Bioinformatics. 34, 803-811 (2017).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933892
Dirmeier, S., Fuchs, C., Mueller, N.S., Theis, F.J.: netReg: network-regularized linear models for biological association studies. Bioinformatics. 34, 896-898 (2017).
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918707
Beier, S., Thiel, T., Münch, T., Scholz, U., Mascher, M.: MISA-web: a web server for microsatellite prediction. Bioinformatics. 33, 2583-2585 (2017).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941793
Gregor, I., Schönhuth, A., McHardy, A.C.: Snowball: strain aware gene assembly of metagenomes. Bioinformatics. 32, i649-i657 (2016).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905170 OA
Hilker, R., Stadermann, K.B., Schwengers, O., Anisiforov, E., Jaenicke, S., Weisshaar, B., Zimmermann, T., Goesmann, A.: ReadXplorer 2 - detailed read mapping analysis and visualization from one single source. Bioinformatics. 32, 3702-3708 (2016).
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | NCBI BioProject
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A., Singer, E., Woyke, T., Sczyrba, A.: MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads. Bioinformatics. 32, 2199-2201 (2016).
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2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912555
Helfrich, S., Azzouzi, C.E., Probst, C., Seiffarth, J., Grünberger, A., Wiechert, W., Kohlheyer, D., Nöh, K.: Vizardous: interactive analysis of microbial populations with single cell resolution. Bioinformatics. 31, 3875-3877 : btv468 (2015).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
Wittler, R., Marschall, T., Schönhuth, A., Makinen, V.: Repeat- and error-aware comparison of deletions. Bioinformatics. 31, 2947-2954 (2015).
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R., Stadermann, K.B., Doppmeier, D., Kalinowski, J., Stoye, J., Straube, J., Winnebald, J., Goesmann, A.: ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics. 30, 2247-2254 (2014).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N., Wilhelm, M., Doebbe, A., Niehaus, K., Stoye, J.: BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics. 30, 988-995 (2014).
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
Janssen, S., Giegerich, R.: The RNA shapes studio. Bioinformatics. 31, 423-425 (2014).
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941836
Marschall, T., Hajirasouliha, I., Schönhuth, A.: MATE-CLEVER: Mendelian-inheritance-aware discovery and genotyping of midsize and long indels. Bioinformatics. 29, 3143-3150 (2013).
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Sauthoff, G., Mohl, M., Janssen, S., Giegerich, R.: Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis. Bioinformatics. 29, 551-560 (2013).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N., Bonte, A., Langenkämper, G., Niehaus, K., Goesmann, A., Nattkemper, T.W.: MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system. Bioinformatics. 29, 2452-2459 (2013).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941839
Marschall, T., Costa, I.G., Canzar, S., Bauer, M., Klau, G.W., Schliep, A., Schönhuth, A.: CLEVER: clique-enumerating variant finder. Bioinformatics. 28, 2875-2882 (2012).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941840
Hajirasouliha, I., Schönhuth, A., de Juan, D., Valencia, A., Sahinalp, S.C.: Mirroring co-evolving trees in the light of their topologies. Bioinformatics. 28, 1202-1208 (2012).
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910009
M. Reidys, C., W. D. Huang, F., E. Andersen, J., C. Penner, R., F. Stadler, P., Nebel, M.: Addendum: topology and prediction of RNA pseudoknots. Bioinformatics. 28, 300 (2012).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R., Sickinger, C., Pedersen, C.N.S., Stoye, J.: UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ. Bioinformatics. 28, 2509-2511 (2012).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2496829
Cox, A.J., Bauer, M.J., Jakobi, T., Rosone, G.: Large-scale compression of genomic sequence databases with the Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics. 28, 1415-1419 (2012).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
Kölling, J., Langenkämper, D., Sylvie, A., Michale, K., Nattkemper, T.W.: WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages. Bioinformatics. 28, 1143-1150 (2012).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941842
Hafemeister, C., Costa, I.G., Schönhuth, A., Schliep, A.: Classifying short gene expression time-courses with Bayesian estimation of piecewise constant functions. Bioinformatics. 27, 946-952 (2011).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910018
M. Reidys, C., W. D. Huang, F., E. Andersen, J., C. Penner, R., F. Stadler, P., Nebel, M.: Topology and prediction of RNA pseudoknots. Bioinformatics. 27, 1076--1085 (2011).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
Hazelhurst, S., Lipták, Z.: KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data. Bioinformatics. 27, 3348-3355 (2011).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
Huang, D., Huang, Y., Bai, Y., Chen, D., Hofestädt, R., Klukas, C., Chen, M.: MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web. Bioinformatics. 27, 3321-3322 (2011).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J., Jakobi, T., Doppmeier, D., Jaenicke, S., Kalinowski, J., Stoye, J., Goesmann, A.: Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming. Bioinformatics. 27, 1351-1358 (2011).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307115
Dutilh, B.E., Jurgelenaite, R., Szklarczyk, R., van Hijum, S.A.F.T., Harhangi, H.R., Schmid, M., de Wild, B., Francoijs, K.-J., Stunnenberg, H.G., Strous, M., Jetten, M.S.M., Op den Camp, H.J.M., Huynen, M.A.: FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo. Bioinformatics. 27, 1929-1933 (2011).
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2094556
Schleif, F.-M., Riemer, T., Boerner, U., Schnapka-Hille, L., Cross, M.: Genetic algorithm for shift-uncertainty correction in 1-D NMR-based metabolite identifications and quantifications. Bioinformatics. 27, 524-533 (2011).
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke, B., Giegerich, R., Goesmann, A.: Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics. 27, 903-911 (2011).
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Janssen, S., Giegerich, R.: Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics. 26, 632-639 (2010).
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2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann, P., Stoye, J.: r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly. Bioinformatics. 26, 570-571 (2010).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
Böcker, S., Lipták, Z., Pervukhin, A., Letzel, M.C.: SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification. Bioinformatics. 25, 218-224 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno, M., Medvedev, P., Stoye, J., De La Vega, F.M.: A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS. 25, 2863-2864 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S., Neuweger, H., Fraenzel, B., Lange, S., Mertens, D., Troetschel, C., Wolters, D., Kalinowski, J., Nattkemper, T.W., Goesmann, A.: Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments. Bioinformatics. 25, 3128-3134 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Dutilh, B.E., Huynen, M.A., Strous, M.: Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly. BIOINFORMATICS. 25, 2878-2881 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann, N., Stoye, J.: ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics. 25, 2080-2081 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., Kurtz, S.: Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics. 25, 3251-3258 (2009).
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann, R., Fleer, D., Giegerich, R., Rehmsmeier, M.: mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics. 25, 1084-1085 (2009).
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Klinger, R., Kolarik, C., Fluck, J., Hofmann-Apitius, M., Friedrich, C.M.: Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names. Bioinformatics. 24, i268-i276 (2008).
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H., Albaum, S., Dondrup, M., Persicke, M., Watt, T., Niehaus, K., Stoye, J., Goesmann, A.: MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics. 24, 2726-2732 (2008).
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
Boecker, S., Lipták, Z., Martin, M., Pervukhin, A., Sudek, H.: DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem. BIOINFORMATICS. 24, 591-593 (2008).
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