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79 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941754
Baaijens JA, Van der Roest B, Köster J, Stougie L, Schönhuth A (2019)
Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction.
Bioinformatics 35(24): 5086-5094.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941756
Yin B, Balvert M, van der Spek RAA, Dutilh BE, Bohté S, Veldink J, Schönhuth A (2019)
Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype.
Bioinformatics 35(14): i538-i547.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941761
Baaijens JA, Schönhuth A (2019)
Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids.
Bioinformatics 35(21): 4281-4289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935891
Müller R, Chauve C (2019)
HyAsP, a greedy tool for plasmids identification.
Bioinformatics 35(21): 4436 – 4439.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936939
Sharifi-Noghabi H, Zolotareva O, Collins CC, Ester M (2019)
MOLI: multi-omics late integration with deep neural networks for drug response prediction.
Bioinformatics 35(14): I501-I509.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935584
Theorell A, Seiffarth J, Grünberger A, Noeh K (2019)
When a single lineage is not enough: Uncertainty-Aware Tracking for spatio-temporal live-cell image analysis.
BIOINFORMATICS 35(7): 1221-1228.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang L, Krüger J, Sczyrba A (2018)
Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit.
Bioinformatics 34(9): 1457-1465.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940797
Brink B, Meskas J, Brinkman RR (2018)
ddPCRclust: an R package and Shiny app for automated analysis of multiplexed ddPCR data.
Bioinformatics 34(15): 2687-2689.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2917896
Lux M, Brinkman RR, Chauve C, Laing A, Lorenc A, Abeler-Dörner L, Hammer B (2018)
flowLearn: Fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry.
Bioinformatics 34(13): 2245-2253.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941786
Ebler J, Schönhuth A, Marschall T (2017)
Genotyping inversions and tandem duplications.
Bioinformatics 33(24): 4015-4023.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2918897
Thijssen B, Dijkstra TMH, Heskes T, Wessels LFA (2017)
Bayesian data integration for quantifying the contribution of diverse measurements to parameter estimates.
Bioinformatics 34(5): 803-811.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933892
Dirmeier S, Fuchs C, Mueller NS, Theis FJ (2017)
netReg: network-regularized linear models for biological association studies.
Bioinformatics 34(5): 896-898.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918707
Beier S, Thiel T, Münch T, Scholz U, Mascher M (2017)
MISA-web: a web server for microsatellite prediction.
Bioinformatics 33(16): 2583-2585.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941793
Gregor I, Schönhuth A, McHardy AC (2016)
Snowball: strain aware gene assembly of metagenomes.
Bioinformatics 32(17): i649-i657.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905170 OA
Hilker R, Stadermann KB, Schwengers O, Anisiforov E, Jaenicke S, Weisshaar B, Zimmermann T, Goesmann A (2016)
ReadXplorer 2 - detailed read mapping analysis and visualization from one single source.
Bioinformatics 32(24): 3702-3708.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | NCBI BioProject
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges A, Singer E, Woyke T, Sczyrba A (2016)
MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads.
Bioinformatics 32(14): 2199-2201.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912555
Helfrich S, Azzouzi CE, Probst C, Seiffarth J, Grünberger A, Wiechert W, Kohlheyer D, Nöh K (2015)
Vizardous: interactive analysis of microbial populations with single cell resolution.
Bioinformatics 31(23): 3875-3877: btv468.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V (2015)
Repeat- and error-aware comparison of deletions.
Bioinformatics 31(18): 2947-2954.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)
ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences.
Bioinformatics 30(16): 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)
BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry.
Bioinformatics 30(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
Janssen S, Giegerich R (2014)
The RNA shapes studio.
Bioinformatics 31(3): 423-425.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941836
Marschall T, Hajirasouliha I, Schönhuth A (2013)
MATE-CLEVER: Mendelian-inheritance-aware discovery and genotyping of midsize and long indels.
Bioinformatics 29(24): 3143-3150.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R (2013)
Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis.
Bioinformatics 29(5): 551-560.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler N, Bonte A, Langenkämper G, Niehaus K, Goesmann A, Nattkemper TW (2013)
MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system.
Bioinformatics 29(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941839
Marschall T, Costa IG, Canzar S, Bauer M, Klau GW, Schliep A, Schönhuth A (2012)
CLEVER: clique-enumerating variant finder.
Bioinformatics 28(22): 2875-2882.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941840
Hajirasouliha I, Schönhuth A, de Juan D, Valencia A, Sahinalp SC (2012)
Mirroring co-evolving trees in the light of their topologies.
Bioinformatics 28(9): 1202-1208.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910009
M. Reidys C, W. D. Huang F, E. Andersen J, C. Penner R, F. Stadler P, Nebel M (2012)
Addendum: topology and prediction of RNA pseudoknots.
Bioinformatics 28(2): 300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J (2012)
UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ.
Bioinformatics 28(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2496829
Cox AJ, Bauer MJ, Jakobi T, Rosone G (2012)
Large-scale compression of genomic sequence databases with the Burrows-Wheeler transform.
Bioinformatics 28(11): 1415-1419.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
Kölling J, Langenkämper D, Sylvie A, Michale K, Nattkemper TW (2012)
WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages.
Bioinformatics 28(8): 1143-1150.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941842
Hafemeister C, Costa IG, Schönhuth A, Schliep A (2011)
Classifying short gene expression time-courses with Bayesian estimation of piecewise constant functions.
Bioinformatics 27(7): 946-952.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910018
M. Reidys C, W. D. Huang F, E. Andersen J, C. Penner R, F. Stadler P, Nebel M (2011)
Topology and prediction of RNA pseudoknots.
Bioinformatics 27(8): 1076--1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
Hazelhurst S, Lipták Z (2011)
KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data.
Bioinformatics 27(24): 3348-3355.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
Huang D, Huang Y, Bai Y, Chen D, Hofestädt R, Klukas C, Chen M (2011)
MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web.
Bioinformatics 27(23): 3321-3322.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, Jaenicke S, Kalinowski J, Stoye J, Goesmann A (2011)
Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming.
Bioinformatics 27(10): 1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307115
Dutilh BE, Jurgelenaite R, Szklarczyk R, van Hijum SAFT, Harhangi HR, Schmid M, de Wild B, Francoijs K-J, Stunnenberg HG, Strous M, Jetten MSM, Op den Camp HJM, Huynen MA (2011)
FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo.
Bioinformatics 27(14): 1929-1933.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2094556
Schleif F-M, Riemer T, Boerner U, Schnapka-Hille L, Cross M (2011)
Genetic algorithm for shift-uncertainty correction in 1-D NMR-based metabolite identifications and quantifications.
Bioinformatics 27(4): 524-533.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke B, Giegerich R, Goesmann A (2011)
Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses.
Bioinformatics 27(7): 903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Janssen S, Giegerich R (2010)
Faster computation of exact RNA shape probabilities.
Bioinformatics 26(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann P, Stoye J (2010)
r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly.
Bioinformatics 26(4): 570-571.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
Böcker S, Lipták Z, Pervukhin A, Letzel MC (2009)
SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification.
Bioinformatics 25(2): 218-224.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM (2009)
A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG).
BIOINFORMATICS 25(21): 2863-2864.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum S, Neuweger H, Fraenzel B, Lange S, Mertens D, Troetschel C, Wolters D, Kalinowski J, Nattkemper TW, Goesmann A (2009)
Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments.
Bioinformatics 25(23): 3128-3134.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Dutilh BE, Huynen MA, Strous M (2009)
Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly.
BIOINFORMATICS 25(21): 2878-2881.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann N, Stoye J (2009)
ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data.
Bioinformatics 25(16): 2080-2081.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models.
Bioinformatics 25(24): 3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M (2009)
mkESA: enhanced suffix array construction tool.
Bioinformatics 25(8): 1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Klinger R, Kolarik C, Fluck J, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM (2008)
Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names.
Bioinformatics 24(13): i268-i276.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, Persicke M, Watt T, Niehaus K, Stoye J, Goesmann A (2008)
MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data.
Bioinformatics 24(23): 2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
Boecker S, Lipták Z, Martin M, Pervukhin A, Sudek H (2008)
DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem.
BIOINFORMATICS 24(4): 591-593.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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