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79 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941754
Baaijens, J. A., Van der Roest, B., Köster, J., Stougie, L., & Schönhuth, A. (2019). Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction. Bioinformatics, 35(24), 5086-5094. doi:10.1093/bioinformatics/btz443
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941756
Yin, B., Balvert, M., van der Spek, R. A. A., Dutilh, B. E., Bohté, S., Veldink, J., & Schönhuth, A. (2019). Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype. Bioinformatics, 35(14), i538-i547. doi:10.1093/bioinformatics/btz369
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941761
Baaijens, J. A., & Schönhuth, A. (2019). Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids. Bioinformatics, 35(21), 4281-4289. doi:10.1093/bioinformatics/btz255
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935891
Müller, R., & Chauve, C. (2019). HyAsP, a greedy tool for plasmids identification. Bioinformatics, 35(21), 4436 – 4439. doi:10.1093/bioinformatics/btz413
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2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936939
Sharifi-Noghabi, H., Zolotareva, O., Collins, C. C., & Ester, M. (2019). MOLI: multi-omics late integration with deep neural networks for drug response prediction. Bioinformatics, 35(14), I501-I509. doi:10.1093/bioinformatics/btz318
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2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935584
Theorell, A., Seiffarth, J., Grünberger, A., & Noeh, K. (2019). When a single lineage is not enough: Uncertainty-Aware Tracking for spatio-temporal live-cell image analysis. BIOINFORMATICS, 35(7), 1221-1228. doi:10.1093/bioinformatics/bty776
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang, L., Krüger, J., & Sczyrba, A. (2018). Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit. Bioinformatics, 34(9), 1457-1465. doi:10.1093/bioinformatics/btx808
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940797
Brink, B., Meskas, J., & Brinkman, R. R. (2018). ddPCRclust: an R package and Shiny app for automated analysis of multiplexed ddPCR data. Bioinformatics, 34(15), 2687-2689. doi:10.1093/bioinformatics/bty136
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2018 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2917896
Lux, M., Brinkman, R. R., Chauve, C., Laing, A., Lorenc, A., Abeler-Dörner, L., & Hammer, B. (2018). flowLearn: Fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry. Bioinformatics, 34(13), 2245-2253. doi:10.1093/bioinformatics/bty082
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941786
Ebler, J., Schönhuth, A., & Marschall, T. (2017). Genotyping inversions and tandem duplications. Bioinformatics, 33(24), 4015-4023. doi:10.1093/bioinformatics/btx020
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2918897
Thijssen, B., Dijkstra, T. M. H., Heskes, T., & Wessels, L. F. A. (2017). Bayesian data integration for quantifying the contribution of diverse measurements to parameter estimates. Bioinformatics, 34(5), 803-811. doi:10.1093/bioinformatics/btx666
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933892
Dirmeier, S., Fuchs, C., Mueller, N. S., & Theis, F. J. (2017). netReg: network-regularized linear models for biological association studies. Bioinformatics, 34(5), 896-898. doi:10.1093/bioinformatics/btx677
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2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918707
Beier, S., Thiel, T., Münch, T., Scholz, U., & Mascher, M. (2017). MISA-web: a web server for microsatellite prediction. Bioinformatics, 33(16), 2583-2585. doi:10.1093/bioinformatics/btx198
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941793
Gregor, I., Schönhuth, A., & McHardy, A. C. (2016). Snowball: strain aware gene assembly of metagenomes. Bioinformatics, 32(17), i649-i657. doi:10.1093/bioinformatics/btw426
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905170 OA
Hilker, R., Stadermann, K. B., Schwengers, O., Anisiforov, E., Jaenicke, S., Weisshaar, B., Zimmermann, T., et al. (2016). ReadXplorer 2 - detailed read mapping analysis and visualization from one single source. Bioinformatics, 32(24), 3702-3708. doi:10.1093/bioinformatics/btw541
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | NCBI BioProject
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges, A., Singer, E., Woyke, T., & Sczyrba, A. (2016). MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads. Bioinformatics, 32(14), 2199-2201. doi:10.1093/bioinformatics/btw144
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912555
Helfrich, S., Azzouzi, C. E., Probst, C., Seiffarth, J., Grünberger, A., Wiechert, W., Kohlheyer, D., et al. (2015). Vizardous: interactive analysis of microbial populations with single cell resolution. Bioinformatics, 31(23), 3875-3877., btv468. doi:10.1093/bioinformatics/btv468
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
Wittler, R., Marschall, T., Schönhuth, A., & Makinen, V. (2015). Repeat- and error-aware comparison of deletions. Bioinformatics, 31(18), 2947-2954. doi:10.1093/bioinformatics/btv304
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker, R., Stadermann, K. B., Doppmeier, D., Kalinowski, J., Stoye, J., Straube, J., Winnebald, J., et al. (2014). ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics, 30(16), 2247-2254. doi:10.1093/bioinformatics/btu205
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann, N., Wilhelm, M., Doebbe, A., Niehaus, K., & Stoye, J. (2014). BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics, 30(7), 988-995. doi:10.1093/bioinformatics/btt738
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
Janssen, S., & Giegerich, R. (2014). The RNA shapes studio. Bioinformatics, 31(3), 423-425. doi:10.1093/bioinformatics/btu649
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941836
Marschall, T., Hajirasouliha, I., & Schönhuth, A. (2013). MATE-CLEVER: Mendelian-inheritance-aware discovery and genotyping of midsize and long indels. Bioinformatics, 29(24), 3143-3150. doi:10.1093/bioinformatics/btt556
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Sauthoff, G., Mohl, M., Janssen, S., & Giegerich, R. (2013). Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis. Bioinformatics, 29(5), 551-560. doi:10.1093/bioinformatics/btt022
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler, N., Bonte, A., Langenkämper, G., Niehaus, K., Goesmann, A., & Nattkemper, T. W. (2013). MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system. Bioinformatics, 29(19), 2452-2459. doi:10.1093/bioinformatics/btt414
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941839
Marschall, T., Costa, I. G., Canzar, S., Bauer, M., Klau, G. W., Schliep, A., & Schönhuth, A. (2012). CLEVER: clique-enumerating variant finder. Bioinformatics, 28(22), 2875-2882. doi:10.1093/bioinformatics/bts566
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941840
Hajirasouliha, I., Schönhuth, A., de Juan, D., Valencia, A., & Sahinalp, S. C. (2012). Mirroring co-evolving trees in the light of their topologies. Bioinformatics, 28(9), 1202-1208. doi:10.1093/bioinformatics/bts109
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910009
M. Reidys, C., W. D. Huang, F., E. Andersen, J., C. Penner, R., F. Stadler, P., & Nebel, M. (2012). Addendum: topology and prediction of RNA pseudoknots. Bioinformatics, 28(2), 300. doi:10.1093/bioinformatics/btr643
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker, R., Sickinger, C., Pedersen, C. N. S., & Stoye, J. (2012). UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ. Bioinformatics, 28(19), 2509-2511. doi:10.1093/bioinformatics/bts440
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2496829
Cox, A. J., Bauer, M. J., Jakobi, T., & Rosone, G. (2012). Large-scale compression of genomic sequence databases with the Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics, 28(11), 1415-1419. doi:10.1093/bioinformatics/bts173
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
Kölling, J., Langenkämper, D., Sylvie, A., Michale, K., & Nattkemper, T. W. (2012). WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages. Bioinformatics, 28(8), 1143-1150. doi:10.1093/bioinformatics/bts104
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941842
Hafemeister, C., Costa, I. G., Schönhuth, A., & Schliep, A. (2011). Classifying short gene expression time-courses with Bayesian estimation of piecewise constant functions. Bioinformatics, 27(7), 946-952. doi:10.1093/bioinformatics/btr037
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910018
M. Reidys, C., W. D. Huang, F., E. Andersen, J., C. Penner, R., F. Stadler, P., & Nebel, M. (2011). Topology and prediction of RNA pseudoknots. Bioinformatics, 27(8), 1076--1085. doi:10.1093/bioinformatics/btr090
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
Hazelhurst, S., & Lipták, Z. (2011). KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data. Bioinformatics, 27(24), 3348-3355. doi:10.1093/bioinformatics/btr560
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
Huang, D., Huang, Y., Bai, Y., Chen, D., Hofestädt, R., Klukas, C., & Chen, M. (2011). MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web. Bioinformatics, 27(23), 3321-3322. doi:10.1093/bioinformatics/btr557
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom, J., Jakobi, T., Doppmeier, D., Jaenicke, S., Kalinowski, J., Stoye, J., & Goesmann, A. (2011). Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming. Bioinformatics, 27(10), 1351-1358. doi:10.1093/bioinformatics/btr151
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307115
Dutilh, B. E., Jurgelenaite, R., Szklarczyk, R., van Hijum, S. A. F. T., Harhangi, H. R., Schmid, M., de Wild, B., et al. (2011). FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo. Bioinformatics, 27(14), 1929-1933. doi:10.1093/bioinformatics/btr316
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2094556
Schleif, F. - M., Riemer, T., Boerner, U., Schnapka-Hille, L., & Cross, M. (2011). Genetic algorithm for shift-uncertainty correction in 1-D NMR-based metabolite identifications and quantifications. Bioinformatics, 27(4), 524-533. doi:10.1093/bioinformatics/btq661
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke, B., Giegerich, R., & Goesmann, A. (2011). Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics, 27(7), 903-911. doi:10.1093/bioinformatics/btr040
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Janssen, S., & Giegerich, R. (2010). Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics, 26(5), 632-639. doi:10.1093/bioinformatics/btq014
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann, P., & Stoye, J. (2010). r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly. Bioinformatics, 26(4), 570-571. doi:10.1093/bioinformatics/btp690
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
Böcker, S., Lipták, Z., Pervukhin, A., & Letzel, M. C. (2009). SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification. Bioinformatics, 25(2), 218-224. doi:10.1093/bioinformatics/btn603
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno, M., Medvedev, P., Stoye, J., & De La Vega, F. M. (2009). A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS, 25(21), 2863-2864. doi:10.1093/bioinformatics/btp525
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S., Neuweger, H., Fraenzel, B., Lange, S., Mertens, D., Troetschel, C., Wolters, D., et al. (2009). Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments. Bioinformatics, 25(23), 3128-3134. doi:10.1093/bioinformatics/btp568
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Dutilh, B. E., Huynen, M. A., & Strous, M. (2009). Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly. BIOINFORMATICS, 25(21), 2878-2881. doi:10.1093/bioinformatics/btp377
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann, N., & Stoye, J. (2009). ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics, 25(16), 2080-2081. doi:10.1093/bioinformatics/btp343
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2009). Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics, 25(24), 3251-3258. doi:10.1093/bioinformatics/btp593
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann, R., Fleer, D., Giegerich, R., & Rehmsmeier, M. (2009). mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics, 25(8), 1084-1085. doi:10.1093/bioinformatics/btp112
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Klinger, R., Kolarik, C., Fluck, J., Hofmann-Apitius, M., & Friedrich, C. M. (2008). Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names. Bioinformatics, 24(13), i268-i276. doi:10.1093/bioinformatics/btn181
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H., Albaum, S., Dondrup, M., Persicke, M., Watt, T., Niehaus, K., Stoye, J., et al. (2008). MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics, 24(23), 2726-2732. doi:10.1093/bioinformatics/btn452
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
Boecker, S., Lipták, Z., Martin, M., Pervukhin, A., & Sudek, H. (2008). DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem. BIOINFORMATICS, 24(4), 591-593. doi:10.1093/bioinformatics/btm631
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