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79 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941754
Baaijens JA, Van der Roest B, Köster J, Stougie L, Schönhuth A. Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction. Bioinformatics. 2019;35(24):5086-5094.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941756
Yin B, Balvert M, van der Spek RAA, et al. Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype. Bioinformatics. 2019;35(14):i538-i547.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941761
Baaijens JA, Schönhuth A. Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids. Bioinformatics. 2019;35(21):4281-4289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935891
Müller R, Chauve C. HyAsP, a greedy tool for plasmids identification. Bioinformatics. 2019;35(21):4436 – 4439.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936939
Sharifi-Noghabi H, Zolotareva O, Collins CC, Ester M. MOLI: multi-omics late integration with deep neural networks for drug response prediction. Bioinformatics. 2019;35(14):I501-I509.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935584
Theorell A, Seiffarth J, Grünberger A, Noeh K. When a single lineage is not enough: Uncertainty-Aware Tracking for spatio-temporal live-cell image analysis. BIOINFORMATICS. 2019;35(7):1221-1228.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Huang L, Krüger J, Sczyrba A. Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit. Bioinformatics. 2018;34(9):1457-1465.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940797
Brink B, Meskas J, Brinkman RR. ddPCRclust: an R package and Shiny app for automated analysis of multiplexed ddPCR data. Bioinformatics. 2018;34(15):2687-2689.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2917896
Lux M, Brinkman RR, Chauve C, et al. flowLearn: Fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry. Bioinformatics. 2018;34(13):2245-2253.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941786
Ebler J, Schönhuth A, Marschall T. Genotyping inversions and tandem duplications. Bioinformatics. 2017;33(24):4015-4023.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2918897
Thijssen B, Dijkstra TMH, Heskes T, Wessels LFA. Bayesian data integration for quantifying the contribution of diverse measurements to parameter estimates. Bioinformatics. 2017;34(5):803-811.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933892
Dirmeier S, Fuchs C, Mueller NS, Theis FJ. netReg: network-regularized linear models for biological association studies. Bioinformatics. 2017;34(5):896-898.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918707
Beier S, Thiel T, Münch T, Scholz U, Mascher M. MISA-web: a web server for microsatellite prediction. Bioinformatics. 2017;33(16):2583-2585.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941793
Gregor I, Schönhuth A, McHardy AC. Snowball: strain aware gene assembly of metagenomes. Bioinformatics. 2016;32(17):i649-i657.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905170 OA
Hilker R, Stadermann KB, Schwengers O, et al. ReadXplorer 2 - detailed read mapping analysis and visualization from one single source. Bioinformatics. 2016;32(24):3702-3708.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | NCBI BioProject
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
Bremges A, Singer E, Woyke T, Sczyrba A. MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads. Bioinformatics. 2016;32(14):2199-2201.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912555
Helfrich S, Azzouzi CE, Probst C, et al. Vizardous: interactive analysis of microbial populations with single cell resolution. Bioinformatics. 2015;31(23):3875-3877: btv468.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V. Repeat- and error-aware comparison of deletions. Bioinformatics. 2015;31(18):2947-2954.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, et al. ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences. Bioinformatics. 2014;30(16):2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J. BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry. Bioinformatics. 2014;30(7):988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
Janssen S, Giegerich R. The RNA shapes studio. Bioinformatics. 2014;31(3):423-425.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941836
Marschall T, Hajirasouliha I, Schönhuth A. MATE-CLEVER: Mendelian-inheritance-aware discovery and genotyping of midsize and long indels. Bioinformatics. 2013;29(24):3143-3150.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R. Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis. Bioinformatics. 2013;29(5):551-560.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
Kessler N, Bonte A, Langenkämper G, Niehaus K, Goesmann A, Nattkemper TW. MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system. Bioinformatics. 2013;29(19):2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941839
Marschall T, Costa IG, Canzar S, et al. CLEVER: clique-enumerating variant finder. Bioinformatics. 2012;28(22):2875-2882.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941840
Hajirasouliha I, Schönhuth A, de Juan D, Valencia A, Sahinalp SC. Mirroring co-evolving trees in the light of their topologies. Bioinformatics. 2012;28(9):1202-1208.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910009
M. Reidys C, W. D. Huang F, E. Andersen J, C. Penner R, F. Stadler P, Nebel M. Addendum: topology and prediction of RNA pseudoknots. Bioinformatics. 2012;28(2):300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J. UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ. Bioinformatics. 2012;28(19):2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2496829
Cox AJ, Bauer MJ, Jakobi T, Rosone G. Large-scale compression of genomic sequence databases with the Burrows-Wheeler transform. Bioinformatics. 2012;28(11):1415-1419.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
Kölling J, Langenkämper D, Sylvie A, Michale K, Nattkemper TW. WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages. Bioinformatics. 2012;28(8):1143-1150.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941842
Hafemeister C, Costa IG, Schönhuth A, Schliep A. Classifying short gene expression time-courses with Bayesian estimation of piecewise constant functions. Bioinformatics. 2011;27(7):946-952.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910018
M. Reidys C, W. D. Huang F, E. Andersen J, C. Penner R, F. Stadler P, Nebel M. Topology and prediction of RNA pseudoknots. Bioinformatics. 2011;27(8):1076--1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
Hazelhurst S, Lipták Z. KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data. Bioinformatics. 2011;27(24):3348-3355.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
Huang D, Huang Y, Bai Y, et al. MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web. Bioinformatics. 2011;27(23):3321-3322.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, et al. Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming. Bioinformatics. 2011;27(10):1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307115
Dutilh BE, Jurgelenaite R, Szklarczyk R, et al. FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo. Bioinformatics. 2011;27(14):1929-1933.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2094556
Schleif F-M, Riemer T, Boerner U, Schnapka-Hille L, Cross M. Genetic algorithm for shift-uncertainty correction in 1-D NMR-based metabolite identifications and quantifications. Bioinformatics. 2011;27(4):524-533.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Linke B, Giegerich R, Goesmann A. Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses. Bioinformatics. 2011;27(7):903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Janssen S, Giegerich R. Faster computation of exact RNA shape probabilities. Bioinformatics. 2010;26(5):632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
Husemann P, Stoye J. r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly. Bioinformatics. 2010;26(4):570-571.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
Böcker S, Lipták Z, Pervukhin A, Letzel MC. SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification. Bioinformatics. 2009;25(2):218-224.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM. A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS. 2009;25(21):2863-2864.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum S, Neuweger H, Fraenzel B, et al. Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments. Bioinformatics. 2009;25(23):3128-3134.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Dutilh BE, Huynen MA, Strous M. Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly. BIOINFORMATICS. 2009;25(21):2878-2881.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann N, Stoye J. ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics. 2009;25(16):2080-2081.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S. Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics. 2009;25(24):3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M. mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics. 2009;25(8):1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Klinger R, Kolarik C, Fluck J, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM. Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names. Bioinformatics. 2008;24(13):i268-i276.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, et al. MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics. 2008;24(23):2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
Boecker S, Lipták Z, Martin M, Pervukhin A, Sudek H. DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem. BIOINFORMATICS. 2008;24(4):591-593.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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