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79 Publikationen

2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941754
Full-length de novo viral quasispecies assembly through variation graph construction
Baaijens JA, Van der Roest B, Köster J, Stougie L, Schönhuth A (2019)
Bioinformatics 35(24): 5086-5094.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941756
Using the structure of genome data in the design of deep neural networks for predicting amyotrophic lateral sclerosis from genotype
Yin B, Balvert M, van der Spek RAA, Dutilh BE, Bohté S, Veldink J, Schönhuth A (2019)
Bioinformatics 35(14): i538-i547.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941761
Overlap graph-based generation of haplotigs for diploids and polyploids
Baaijens JA, Schönhuth A (2019)
Bioinformatics 35(21): 4281-4289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935891
HyAsP, a greedy tool for plasmids identification
Müller R, Chauve C (2019)
Bioinformatics 35(21): 4436 – 4439.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936939
MOLI: multi-omics late integration with deep neural networks for drug response prediction
Sharifi-Noghabi H, Zolotareva O, Collins CC, Ester M (2019)
Bioinformatics 35(14): I501-I509.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935584
When a single lineage is not enough: Uncertainty-Aware Tracking for spatio-temporal live-cell image analysis
Theorell A, Seiffarth J, Grünberger A, Noeh K (2019)
BIOINFORMATICS 35(7): 1221-1228.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2915890
Analyzing large scale genomic data on the cloud with Sparkhit
Huang L, Krüger J, Sczyrba A (2018)
Bioinformatics 34(9): 1457-1465.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2940797
ddPCRclust: an R package and Shiny app for automated analysis of multiplexed ddPCR data
Brink B, Meskas J, Brinkman RR (2018)
Bioinformatics 34(15): 2687-2689.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2917896
flowLearn: Fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry
Lux M, Brinkman RR, Chauve C, Laing A, Lorenc A, Abeler-Dörner L, Hammer B (2018)
Bioinformatics 34(13): 2245-2253.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941786
Genotyping inversions and tandem duplications
Ebler J, Schönhuth A, Marschall T (2017)
Bioinformatics 33(24): 4015-4023.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2918897
Bayesian data integration for quantifying the contribution of diverse measurements to parameter estimates
Thijssen B, Dijkstra TMH, Heskes T, Wessels LFA (2017)
Bioinformatics 34(5): 803-811.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933892
netReg: network-regularized linear models for biological association studies
Dirmeier S, Fuchs C, Mueller NS, Theis FJ (2017)
Bioinformatics 34(5): 896-898.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2918707
MISA-web: a web server for microsatellite prediction
Beier S, Thiel T, Münch T, Scholz U, Mascher M (2017)
Bioinformatics 33(16): 2583-2585.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941793
Snowball: strain aware gene assembly of metagenomes
Gregor I, Schönhuth A, McHardy AC (2016)
Bioinformatics 32(17): i649-i657.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905170 OA
ReadXplorer 2 - detailed read mapping analysis and visualization from one single source
Hilker R, Stadermann KB, Schwengers O, Anisiforov E, Jaenicke S, Weisshaar B, Zimmermann T, Goesmann A (2016)
Bioinformatics 32(24): 3702-3708.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | NCBI BioProject
 
2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2901729
MeCorS: Metagenome-enabled error correction of single cell sequencing reads
Bremges A, Singer E, Woyke T, Sczyrba A (2016)
Bioinformatics 32(14): 2199-2201.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912555
Vizardous: interactive analysis of microbial populations with single cell resolution
Helfrich S, Azzouzi CE, Probst C, Seiffarth J, Grünberger A, Wiechert W, Kohlheyer D, Nöh K (2015)
Bioinformatics 31(23): 3875-3877: btv468.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2764612 OA
Repeat- and error-aware comparison of deletions
Wittler R, Marschall T, Schönhuth A, Makinen V (2015)
Bioinformatics 31(18): 2947-2954.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)
Bioinformatics 30(16): 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)
Bioinformatics 30(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
The RNA shapes studio
Janssen S, Giegerich R (2014)
Bioinformatics 31(3): 423-425.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941836
MATE-CLEVER: Mendelian-inheritance-aware discovery and genotyping of midsize and long indels
Marschall T, Hajirasouliha I, Schönhuth A (2013)
Bioinformatics 29(24): 3143-3150.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis
Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R (2013)
Bioinformatics 29(5): 551-560.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system
Kessler N, Bonte A, Langenkämper G, Niehaus K, Goesmann A, Nattkemper TW (2013)
Bioinformatics 29(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941839
CLEVER: clique-enumerating variant finder
Marschall T, Costa IG, Canzar S, Bauer M, Klau GW, Schliep A, Schönhuth A (2012)
Bioinformatics 28(22): 2875-2882.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941840
Mirroring co-evolving trees in the light of their topologies
Hajirasouliha I, Schönhuth A, de Juan D, Valencia A, Sahinalp SC (2012)
Bioinformatics 28(9): 1202-1208.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910009
Addendum: topology and prediction of RNA pseudoknots
M. Reidys C, W. D. Huang F, E. Andersen J, C. Penner R, F. Stadler P, Nebel M (2012)
Bioinformatics 28(2): 300.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J (2012)
Bioinformatics 28(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2496829
Large-scale compression of genomic sequence databases with the Burrows-Wheeler transform
Cox AJ, Bauer MJ, Jakobi T, Rosone G (2012)
Bioinformatics 28(11): 1415-1419.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages
Kölling J, Langenkämper D, Sylvie A, Michale K, Nattkemper TW (2012)
Bioinformatics 28(8): 1143-1150.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2941842
Classifying short gene expression time-courses with Bayesian estimation of piecewise constant functions
Hafemeister C, Costa IG, Schönhuth A, Schliep A (2011)
Bioinformatics 27(7): 946-952.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2910018
Topology and prediction of RNA pseudoknots
M. Reidys C, W. D. Huang F, E. Andersen J, C. Penner R, F. Stadler P, Nebel M (2011)
Bioinformatics 27(8): 1076--1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data
Hazelhurst S, Lipták Z (2011)
Bioinformatics 27(24): 3348-3355.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web
Huang D, Huang Y, Bai Y, Chen D, Hofestädt R, Klukas C, Chen M (2011)
Bioinformatics 27(23): 3321-3322.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming
Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, Jaenicke S, Kalinowski J, Stoye J, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(10): 1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307115
FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo
Dutilh BE, Jurgelenaite R, Szklarczyk R, van Hijum SAFT, Harhangi HR, Schmid M, de Wild B, Francoijs K-J, Stunnenberg HG, Strous M, Jetten MSM, et al. (2011)
Bioinformatics 27(14): 1929-1933.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2094556
Genetic algorithm for shift-uncertainty correction in 1-D NMR-based metabolite identifications and quantifications
Schleif F-M, Riemer T, Boerner U, Schnapka-Hille L, Cross M (2011)
Bioinformatics 27(4): 524-533.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses
Linke B, Giegerich R, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(7): 903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Faster computation of exact RNA shape probabilities
Janssen S, Giegerich R (2010)
Bioinformatics 26(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly
Husemann P, Stoye J (2010)
Bioinformatics 26(4): 570-571.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification
Böcker S, Lipták Z, Pervukhin A, Letzel MC (2009)
Bioinformatics 25(2): 218-224.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG)
Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM (2009)
BIOINFORMATICS 25(21): 2863-2864.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments
Albaum S, Neuweger H, Fraenzel B, Lange S, Mertens D, Troetschel C, Wolters D, Kalinowski J, Nattkemper TW, Goesmann A (2009)
Bioinformatics 25(23): 3128-3134.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly
Dutilh BE, Huynen MA, Strous M (2009)
BIOINFORMATICS 25(21): 2878-2881.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data
Hoffmann N, Stoye J (2009)
Bioinformatics 25(16): 2080-2081.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
Bioinformatics 25(24): 3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
mkESA: enhanced suffix array construction tool
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M (2009)
Bioinformatics 25(8): 1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names
Klinger R, Kolarik C, Fluck J, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM (2008)
Bioinformatics 24(13): i268-i276.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data
Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, Persicke M, Watt T, Niehaus K, Stoye J, Goesmann A (2008)
Bioinformatics 24(23): 2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem
Boecker S, Lipták Z, Martin M, Pervukhin A, Sudek H (2008)
BIOINFORMATICS 24(4): 591-593.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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