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79 Publikationen

2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
Böcker, S., Lipták, Z., Pervukhin, A., & Letzel, M. C. (2009). SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification. Bioinformatics, 25(2), 218-224. doi:10.1093/bioinformatics/btn603
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Albaum, S., Neuweger, H., Fraenzel, B., Lange, S., Mertens, D., Troetschel, C., Wolters, D., et al. (2009). Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments. Bioinformatics, 25(23), 3128-3134. doi:10.1093/bioinformatics/btp568
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
Brudno, M., Medvedev, P., Stoye, J., & De La Vega, F. M. (2009). A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG). BIOINFORMATICS, 25(21), 2863-2864. doi:10.1093/bioinformatics/btp525
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Beckstette, M., Homann, R., Giegerich, R., & Kurtz, S. (2009). Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models. Bioinformatics, 25(24), 3251-3258. doi:10.1093/bioinformatics/btp593
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Dutilh, B. E., Huynen, M. A., & Strous, M. (2009). Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly. BIOINFORMATICS, 25(21), 2878-2881. doi:10.1093/bioinformatics/btp377
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
Hoffmann, N., & Stoye, J. (2009). ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data. Bioinformatics, 25(16), 2080-2081. doi:10.1093/bioinformatics/btp343
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
Homann, R., Fleer, D., Giegerich, R., & Rehmsmeier, M. (2009). mkESA: enhanced suffix array construction tool. Bioinformatics, 25(8), 1084-1085. doi:10.1093/bioinformatics/btp112
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Klinger, R., Kolarik, C., Fluck, J., Hofmann-Apitius, M., & Friedrich, C. M. (2008). Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names. Bioinformatics, 24(13), i268-i276. doi:10.1093/bioinformatics/btn181
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
Neuweger, H., Albaum, S., Dondrup, M., Persicke, M., Watt, T., Niehaus, K., Stoye, J., et al. (2008). MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data. Bioinformatics, 24(23), 2726-2732. doi:10.1093/bioinformatics/btn452
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587304
Hazelhurst, S., Hide, W., Lipták, Z., Nogueira, R., & Starfield, R. (2008). An overview of the wcd EST clustering tool. BIOINFORMATICS, 24(13), 1542-1546. doi:10.1093/bioinformatics/btn203
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
Boecker, S., Lipták, Z., Martin, M., Pervukhin, A., & Sudek, H. (2008). DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem. BIOINFORMATICS, 24(4), 591-593. doi:10.1093/bioinformatics/btm631
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587052
Martin, C., Diaz, N. N., Ontrup, J., & Nattkemper, T. W. (2008). Hyperbolic SOM-based clustering of DNA fragment features for taxonomic visualization and classification. Bioinformatics, 24(14), 1568-1574. doi:10.1093/bioinformatics/btn257
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594917
Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K., & Mäkinen, V. (2007). Compressed suffix tree - a basis for genome-scale sequence analysis. BIOINFORMATICS, 23(5), 629-630. doi:10.1093/bioinformatics/btl681
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2007 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1593132
Reeder, J., Reeder, J., & Giegerich, R. (2007). Locomotif: from graphical motif description to RNA motif search. Bioinformatics, Bioinformatics, 23, I392-I400. OXFORD UNIV PRESS. doi:10.1093/bioinformatics/btm179
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2006 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631967
Schliep, A., & Rahmann, S. (2006). Decoding non-unique oligonucleotide hybridization experiments of targets related by a phylogenetic tree. Bioinformatics, Bioinformatics, 22, e424-e430. Oxford Univ. Press. doi:10.1093/bioinformatics/btl254
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499691
Köhler, J., Baumbach, J., Taubert, J., Specht, M., Skusa, A., Rüegg, A., Rawlings, C., et al. (2006). Graph-based analysis and visualization of experimental results with ONDEX. Bioinformatics, 22(11), 1383-1390. doi:10.1093/bioinformatics/bt081
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2659363
Feijão, P., Neiva, L. S., Azeredo-Espin, A. M. L. d., & Lessinger, A. C. (2006). AMiGA: the arthropodan mitochondrial genomes accessible database. Bioinformatics, 22(7), 902-903. doi:10.1093/bioinformatics/btl021
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179
Gerlach, W., & Giegerich, R. (2006). GUUGle: a utility for fast exact matching under RNA complementary rules including G-U base pairing. Bioinformatics, 22(6), 762-764. doi:10.1093/bioinformatics/btk041
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943
Sammeth, M., Griebel, T., Tille, F., & Stoye, J. (2006). Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis. BIOINFORMATICS, 22(7), 889-890. doi:10.1093/bioinformatics/btl007
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2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421
Steffen, P., Voss, B., Rehmsmeier, M., Reeder, J., & Giegerich, R. (2006). RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes. Bioinformatics, 22(4), 500-503. doi:10.1093/bioinformatics/btk010
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