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58 Publikationen

2019 | Konferenzbeitrag | Veröffentlicht | PUB-ID: 2936939
MOLI: multi-omics late integration with deep neural networks for drug response prediction
Sharifi-Noghabi H, Zolotareva O, Collins CC, Ester M (2019)
Bioinformatics 35(14): I501-I509.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2019 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2935584
When a single lineage is not enough: Uncertainty-Aware Tracking for spatio-temporal live-cell image analysis
Theorell A, Seiffarth J, Grünberger A, Noeh K (2019)
BIOINFORMATICS 35(7): 1221-1228.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | E-Veröff. vor dem Druck | PUB-ID: 2917896
flowLearn: Fast and precise identification and quality checking of cell populations in flow cytometry
Lux M, Brinkman RR, Chauve C, Laing A, Lorenc A, Abeler-Dörner L, Hammer B (2018)
Bioinformatics.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2933892
netReg: network-regularized linear models for biological association studies
Dirmeier S, Fuchs C, Mueller NS, Theis FJ (2017)
Bioinformatics 34(5): 896-898.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2017 | Zeitschriftenaufsatz | PUB-ID: 2918897
Bayesian data integration for quantifying the contribution of diverse measurements to parameter estimates
Thijssen B, Dijkstra TMH, Heskes T, Wessels LFA (2017)
Bioinformatics 34(5): 803-811.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2015 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2912555
Vizardous: interactive analysis of microbial populations with single cell resolution
Helfrich S, Azzouzi CE, Probst C, Seiffarth J, Grünberger A, Wiechert W, Kohlheyer D, Nöh K (2015)
Bioinformatics 31(23): 3875-3877.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2674387
ReadXplorer - Visualization and Analysis of Mapped Sequences
Hilker R, Stadermann KB, Doppmeier D, Kalinowski J, Stoye J, Straube J, Winnebald J, Goesmann A (2014)
Bioinformatics 30(16): 2247-2254.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2643941
BiPACE 2D – Graph-based multiple alignment for comprehensive two-dimensional gas chromatography–mass spectrometry
Hoffmann N, Wilhelm M, Doebbe A, Niehaus K, Stoye J (2014)
Bioinformatics 30(7): 988-995.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2700599
The RNA shapes studio
Janssen S, Giegerich R (2014)
Bioinformatics 31(3): 423-425.
PUB | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2551798
Bellman's GAP -- a Language and Compiler for Dynamic Programming in Sequence Analysis
Sauthoff G, Mohl M, Janssen S, Giegerich R (2013)
Bioinformatics 29(5): 551-560.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2610129
MeltDB 2.0 - Advances of the metabolomics software system
Kessler N, Bonte A, Langenkämper G, Niehaus K, Goesmann A, Nattkemper TW (2013)
Bioinformatics 29(19): 2452-2459.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2510984
UniMoG - A unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ
Hilker R, Sickinger C, Pedersen CNS, Stoye J (2012)
Bioinformatics 28(19): 2509-2511.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2496829
Large-scale compression of genomic sequence databases with the Burrows-Wheeler transform
Cox AJ, Bauer MJ, Jakobi T, Rosone G (2012)
Bioinformatics 28(11): 1415-1419.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | arXiv
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2481783 OA
WHIDE - A web tool for visual data mining colocation patterns in multivariate bioimages
Kölling J, Langenkämper D, Sylvie A, Michale K, Nattkemper TW (2012)
Bioinformatics 28(8): 1143-1150.
PUB | PDF | DOI | Download (ext.) | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2401665
KABOOM! A new suffix-array based algorithm for clustering expression data
Hazelhurst S, Lipták Z (2011)
Bioinformatics 27(24): 3348-3355.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2408590
MyBioNet: interactively visualize, edit and merge biological networks on the Web
Huang D, Huang Y, Bai Y, Chen D, Hofestädt R, Klukas C, Chen M (2011)
Bioinformatics 27(23): 3321-3322.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2289952
Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming
Blom J, Jakobi T, Doppmeier D, Jaenicke S, Kalinowski J, Stoye J, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(10): 1351-1358.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2307115
FACIL: Fast and Accurate Genetic Code Inference and Logo
Dutilh BE, Jurgelenaite R, Szklarczyk R, van Hijum SAFT, Harhangi HR, Schmid M, de Wild B, Francoijs K-J, Stunnenberg HG, Strous M, Jetten MSM, et al. (2011)
Bioinformatics 27(14): 1929-1933.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2094556
Genetic algorithm for shift-uncertainty correction in 1-D NMR-based metabolite identifications and quantifications
Schleif F-M, Riemer T, Boerner U, Schnapka-Hille L, Cross M (2011)
Bioinformatics 27(4): 524-533.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2093578
Conveyor: a workflow engine for bioinformatic analyses
Linke B, Giegerich R, Goesmann A (2011)
Bioinformatics 27(7): 903-911.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1893946 OA
Faster computation of exact RNA shape probabilities
Janssen S, Giegerich R (2010)
Bioinformatics 26(5): 632-639.
PUB | Datei | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2010 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1588556
r2cat: Synteny Plots and Comparative Assembly
Husemann P, Stoye J (2010)
Bioinformatics 26(4): 570-571.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2426487
SIRIUS: decomposing isotope patterns for metabolite identification
Böcker S, Lipták Z, Pervukhin A, Letzel MC (2009)
Bioinformatics 25(2): 218-224.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589531
Qupe-a Rich Internet Application to take a step forward in the analysis of mass spectrometry-based quantitative proteomics experiments
Albaum S, Neuweger H, Fraenzel B, Lange S, Mertens D, Troetschel C, Wolters D, Kalinowski J, Nattkemper TW, Goesmann A (2009)
Bioinformatics 25(23): 3128-3134.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590204
A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG)
Brudno M, Medvedev P, Stoye J, De La Vega FM (2009)
BIOINFORMATICS 25(21): 2863-2864.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1589458
Significant speedup of database searches with HMMs by search space reduction with PSSM family models
Beckstette M, Homann R, Giegerich R, Kurtz S (2009)
Bioinformatics 25(24): 3251-3258.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590210
Increasing the coverage of a metapopulation consensus genome by iterative read mapping and assembly
Dutilh BE, Huynen MA, Strous M (2009)
BIOINFORMATICS 25(21): 2878-2881.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591319
ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data
Hoffmann N, Stoye J (2009)
Bioinformatics 25(16): 2080-2081.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1634374
mkESA: enhanced suffix array construction tool
Homann R, Fleer D, Giegerich R, Rehmsmeier M (2009)
Bioinformatics 25(8): 1084-1085.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2603465
Detection of IUPAC and IUPAC-like Chemical Names
Klinger R, Kolarik C, Fluck J, Hofmann-Apitius M, Friedrich CM (2008)
Bioinformatics 24(13): i268-i276.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1636699
MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data
Neuweger H, Albaum S, Dondrup M, Persicke M, Watt T, Niehaus K, Stoye J, Goesmann A (2008)
Bioinformatics 24(23): 2726-2732.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1592737
DECOMP - from interpreting mass spectrometry peaks to solving the money changing problem
Boecker S, Lipták Z, Martin M, Pervukhin A, Sudek H (2008)
BIOINFORMATICS 24(4): 591-593.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587304
An overview of the wcd EST clustering tool
Hazelhurst S, Hide W, Lipták Z, Nogueira R, Starfield R (2008)
BIOINFORMATICS 24(13): 1542-1546.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587052
Hyperbolic SOM-based clustering of DNA fragment features for taxonomic visualization and classification
Martin C, Diaz NN, Ontrup J, Nattkemper TW (2008)
Bioinformatics 24(14): 1568-1574.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1594917
Compressed suffix tree - a basis for genome-scale sequence analysis
Välimäki N, Gerlach W, Dixit K, Mäkinen V (2007)
BIOINFORMATICS 23(5): 629-630.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2499691
Graph-based analysis and visualization of experimental results with ONDEX
Köhler J, Baumbach J, Taubert J, Specht M, Skusa A, Rüegg A, Rawlings C, Verrier P, Philippi S (2006)
Bioinformatics 22(11): 1383-1390.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1902179 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1599943
Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis
Sammeth M, Griebel T, Tille F, Stoye J (2006)
BIOINFORMATICS 22(7): 889-890.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1600421
RNAshapes: an integrated RNA analysis package based on abstract shapes
Steffen P, Voss B, Rehmsmeier M, Reeder J, Giegerich R (2006)
Bioinformatics 22(4): 500-503.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1631957
Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment
Krause L, Diaz NN, Bartels D, Edwards RA, Pühler A, Rohwer F, Meyer F, Stoye J (2006)
BIOINFORMATICS 22(14): e281-e289.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773302 OA
BACCardI - a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison
Bartels D, Kespohl S, Albaum S, Drüke T, Goesmann A, Herold J, Kaiser O, Pühler A, Pfeiffer F, Raddatz G, Stoye J, et al. (2005)
Bioinformatics 21(7): 853-859.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1604896
Database driven test case generation for protein-protein docking
Zöllner F, Neumann S, Kummert F, Sagerer G (2005)
Bioinformatics 21(5): 683-684.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607424
Development of joint application strategies for two microbial gene finders
McHardy AC, Goesmann A, Pühler A, Meyer F (2004)
BIOINFORMATICS 20(10): 1622-1631.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606822
GenAlyzer: interactive visualization of sequence similarities between entire genomes
Choudhuri JV, Schleiermacher C, Kurtz S, Giegerich R (2004)
BIOINFORMATICS 20(12): 1964-1965.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607419
Evaluating the predictability of conformational switching in RNA
Voss B, Meyer C, Giegerich R (2004)
Bioinformatics 20(10): 1573-1582.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610687
GABI-Kat SimpleSearch: a flanking sequence tag (FST) database for the identification of T-DNA insertion mutants in Arabidopsis thaliana
Li Y, Rosso MG, Strizhov N, Viehöver P, Weisshaar B (2003)
Bioinformatics 19(11): 1441-1442.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1609403 OA
Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints
Sammeth M, Morgenstern B, Stoye J (2003)
BIOINFORMATICS 19(Suppl 2): ii189-ii195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610503 OA
QAlign: quality-based multiple alignments with dynamic phylogenetic analysis
Sammeth M, Rothgänger J, Esser W, Albert J, Stoye J, Harmsen D (2003)
BIOINFORMATICS 19(12): 1592-1593.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1612470
AltAVisT: Comparing alternative multiple sequence alignments
Morgenstern B, Goel S, Sczyrba A, Dress A (2003)
BIOINFORMATICS 19(3): 425-426.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1610494
AGenDA: homology-based gene prediction
Taher L, Rinner O, Garg S, Sczyrba A, Brudno M, Batzoglou S, Morgenstern B (2003)
BIOINFORMATICS 19(12): 1575-1577.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615366
PathFinder: reconstruction and dynamic visualization of metabolic pathways
Goesmann A, Haubrock M, Meyer F, Kalinowski J, Giegerich R (2002)
BIOINFORMATICS 18(1): 124-129.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2002 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773329 OA
Common intervals and sorting by reversals: a marriage of necessity
Bergeron A, Heber S, Stoye J (2002)
Bioinformatics 18(Suppl 2): S54-S63.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1615572
Minimum conflict: a divide-and-conquer approach to phylogeny estimation
Fuellen G, Wägele JW, Giegerich R (2001)
BIOINFORMATICS 17(12): 1168-1178.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1618574
A systematic approach to dynamic programming in bioinformatics
Giegerich R (2000)
BIOINFORMATICS 16(8): 665-677.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773341 OA
An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment
Reinert K, Stoye J, Will T (2000)
Bioinformatics 16(9): 808-814.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
1999 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1623374
RNA movies: visualizing RNA secondary structure spaces
Evers DJ, Giegerich R (1999)
BIOINFORMATICS 15(1): 32-37.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625402 OA
Rose: generating sequence families
Stoye J, Evers D, Meyer F (1998)
BIOINFORMATICS 14(2): 157-163.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
1998 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1625406
Estimation and filtering of potential protein-protein docking positions
Ackermann F, Herrmann G, Posch S, Sagerer G (1998)
Bioinformatics 14(2): 196-205.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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