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55 Publikationen

2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2931524
Effect of UV irradiation on Sulfolobus acidocaldarius and involvement of the general transcription factor TFB3 in the early UV response
Schult F, Lee TN, Albersmeier A, Rauch B, Blumenkamp P, van der Does C, Goesmann A, Kalinowski J, Albers S-V, Siebers B (2018)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 46(14): 7179-7192.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2018 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2920779
Intron-containing algal transgenes mediate efficient recombinant gene expression in the green microalga Chlamydomonas reinhardtii
Baier T, Wichmann J, Kruse O, Lauersen KJ (2018)
Nucleic Acids Research 46(13): 6909-6919.
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2016 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2905930
Finding approximate gene clusters with GECKO 3
Winter S, Jahn K, Wehner S, Kuchenbecker L, Marz M, Stoye J, Böcker S (2016)
Nucleic Acids Research 44(20): 9600-9610.
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2014 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2694724
Regulation of pri-miRNA processing by the hnRNP-like protein AtGRP7 in Arabidopsis
Köster T, Meyer K, Weinholdt C, Smith LM, Lummer M, Speth C, Grosse I, Weigel D, Staiger D (2014)
Nucleic acids research 42(15): 9925-9936.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2934072
Dissection of cell cycle–dependent dynamics of Dnmt1 by FRAP and diffusion-coupled modeling
Schneider K, Fuchs C, Dobay A, Rottach A, Qin W, Wolf P, Álvarez-Castro JM, Nalaskowski MM, Kremmer E, Schmid V, Leonhardt H, et al. (2013)
Nucleic Acids Research 41(9): 4860-4876.
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2013 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2579031 PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2448791
GABI-Kat SimpleSearch: new features of the Arabidopsis thaliana T-DNA mutant database
Kleinbölting N, Huep G, Klotgen A, Viehöver P, Weisshaar B (2012)
Nucleic Acids Research 40(D1): D1211-D1215.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2548847
An hnRNP-like RNA-binding protein affects alternative splicing by in vivo interaction with transcripts in Arabidopsis thaliana
Streitner C, Köster T, Simpson CG, Shaw P, Danisman S, Brown JWS, Staiger D (2012)
Nucleic acids research 40(22): 11240-11255.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2471873
CoryneRegNet 6.0--Updated database content, new analysis methods and novel features focusing on community demands
Pauling J, Rottger R, Tauch A, Azevedo V, Baumbach J (2012)
Nucleic Acids Research 40(D1): D610-D614.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2528126
Toward the identification and regulation of the Arabidopsis thaliana ABI3 regulon
Mönke G, Seifert M, Keilwagen J, Mohr M, Grosse I, Hähnel U, Junker A, Weisshaar B, Conrad U, Bäumlein H, Altschmied L (2012)
Nucleic Acids Research 40(17): 8240-8254.
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2012 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2523617
KOMODO: a web tool for detecting and visualizing biased distribution of groups of homologous genes in monophyletic taxa
Lobo FP, Rodrigues MR, Rodrigues GOL, Hilario HO, Souza RA, Tauch A, Miyoshi A, Franco GC, Azevedo V, Franco GR (2012)
Nucleic Acids Research 40(W1): W491-W497.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2298170
Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3.
Gerlach W, Stoye J (2011)
Nucleic Acids Res 39(14): e91.
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2011 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1987138
A unique transcriptome: 1782 positions of RNA editing alter 1406 codon identities in mitochondrial mRNAs of the lycophyte Isoetes engelmannii
Grewe F, Herres S, Viehöver P, Polsakiewicz M, Weisshaar B, Knoop V (2011)
Nucleic Acids Research 39(7): 2890-2902.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1590766
A trans-splicing group I intron and tRNA-hyperediting in the mitochondrial genome of the lycophyte Isoetes engelmannii
Grewe F, Viehöver P, Weisshaar B, Knoop V (2009)
Nucleic Acids Research 37(15): 5093-5104.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591178
From Corynebacterium glutamicum to Mycobacterium tuberculosis-towards transfers of gene regulatory networks and integrated data analyses with MycoRegNet
Krawczyk J, Kohl TA, Goesmann A, Kalinowski J, Baumbach J (2009)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 37(14): e97.
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2009 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1591539
Comprehensive prediction of novel microRNA targets in Arabidopsis thaliana
Alves jun. L, Niemeier S, Hauenschild A, Rehmsmeier M, Merkle T (2009)
Nucleic Acids Research 37(12): 4010-4021.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783375 PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1586785
Comparative Pathway Analyzer - a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms
Oehm S, Gilbert D, Tauch A, Stoye J, Goesmann A (2008)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36(Web Server): W433-W437.
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2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783357
KnotInFrame: prediction of –1 ribosomal frameshift events
Theis C, Reeder J, Giegerich R (2008)
Nucleic Acids Research 36(18): 6013-6020.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2008 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783364
Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments
Krause L, Diaz NN, Goesmann A, Kelley S, Nattkemper TW, Rohwer F, Edwards RA, Stoye J (2008)
Nucleic Acids Research 36(7): 2230-2239.
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2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1596131
GABI-Kat SimpleSearch: an Arabidopsis thaliana T-DNA mutant database with detailed information for confirmed insertions
Li Y, Rosso MG, Viehöver P, Weisshaar B (2007)
Nucleic Acids Research 35(Database): D874-D878.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587974
pknotsRG: RNA pseudoknot folding including near-optimal structures and sliding windows
Reeder J, Steffen P, Giegerich R (2007)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35(Web Server): W320-W324.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1587979
RNA Movies 2: sequential animation of RNA secondary structures
Kaiser A, Krüger J, Evers DJ (2007)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 35(Web Server): W330-W334.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2007 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1783345
GISMO - gene identification using a support vector machine for ORF classification
Krause L, McHardy AC, Nattkemper TW, Pühler A, Stoye J, Meyer F (2007)
Nucleic Acids Research 35(2): 540-549.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2383467
RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast, and flexible
Krüger J, Rehmsmeier M (2006)
Nucleic Acids Research 34(Web Server): W451-W454.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773878
RNAhybrid: microRNA target prediction easy, fast and flexible
Krüger J, Rehmsmeier M (2006)
Nucleic Acids Research 34(Web Server): W451-W454.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773848
The initial step of DNA hairpin folding: a kinetic analysis using fluorescence correlation spectroscopy
Kim J, Doose S, Neuweiler H, Sauer M (2006)
Nucleic Acids Research 34(9): 2516-2527.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773904
Identification of single-point mutations in mycobacterial 16S rRNA sequences by confocal single-molecule fluorescence spectroscopy
Marme N, Friedrich A, Müller M, Nolte O, Wolfrum J, Hoheisel JD, Sauer M, Knemeyer J-P (2006)
Nucleic Acids Research 34(13): e90.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2006 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773916
jPREdictor: a versatile tool for the prediction of cis-regulatory elements
Fiedler T, Rehmsmeier M (2006)
Nucleic Acids Research 34(Web Server): W546-W550.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773695
T-Reg Comparator: an analysis tool for the comparison of position weight matrices
Röpcke S, Grossmann S, Rahmann S, Vingron M (2005)
Nucleic Acids Research 33(Web Server): W438-W441.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2308944
Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS
Ehrich M, Böcker S, Boom van den D (2005)
Nucleic Acids Res. 33(4): e38.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773652
The subsystems approach to genome annotation and its use in the Project to Annotate 1000 Genomes
Overbeek R, Begley T, Butler RM, Choudhuri JV, Chuang H-Y, Cohoon M, Crécy-Lagard V de, Diaz NN, Disz T, Edwards R, Fonstein M, et al. (2005)
Nucleic Acids Research 33(17): 5691-5702.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773690
Multiplexed discovery of sequence polymorphisms using base-specific cleavage and MALDI-TOF MS
Ehrich M, Böcker S, Boom D van den (2005)
Nucleic Acids Research 33(4): e38.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2005 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773644
BRIGEP - the BRIDGE-based genome-transcriptome-proteome browser
Goesmann A, Linke B, Bartels D, Dondrup M, Krause L, Neuweger H, Oehm S, Paczian T, Wilke A, Meyer F (2005)
Nucleic Acids Research 33(Web Server): W710-W716.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607400
AGenDA: gene prediction by cross-species sequence comparison
Taher L, Rinner O, Garg S, Sczyrba A, Morgenstern B (2004)
Nucleic Acids Research 32(Web Server): W305-W308.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1607394
e2g: an interactive web-based server for efficiently mapping large EST and cDNA sets to genomic sequences
Krüger J, Sczyrba A, Kurtz S, Giegerich R (2004)
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 32(Web Server): W301-W304.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1606393
Abstract shapes of RNA
Giegerich R, Voss B, Rehmsmeier M (2004)
Nucleic Acids Research 32(16): 4843-4851.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2004 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773836
STCDB: Signal Transduction Classification Database
Chen M, Lin S, Hofestädt R (2004)
Nucleic Acids Research 32(90001): D456-D458.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773844
RNA-related tools on the Bielefeld Bioinformatics Server
Sczyrba A, Krüger J, Mersch H, Kurtz S, Giegerich R (2003)
Nucleic Acids Research 31(13): 3767-3770.
PUB | Dateien verfügbar | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2003 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773880
GenDB - an open source genome annotation system for prokaryote genomes
Meyer F, Goesmann A, McHardy AC, Bartels D, Bekel T, Clausen J, Kalinowski J, Linke B, Rupp O, Giegerich R, Pühler A (2003)
Nucleic Acids Research 31(8): 2187-2195.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773887
Conditional cell ablation by stringent tetracycline-dependent regulation of barnase in mammalian cells
Leuchtenberger S, Perz A, Gatz C, Bartsch JW (2001)
Nucleic Acids Research 29(16): 76e-76.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773335
REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale
Kurtz S, Choudhuri JV, Ohlebusch E, Schleiermacher C, Stoye J, Giegerich R (2001)
Nucleic Acids Research 29(22): 4633-4642.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773893
The genetic organization and evolution of the broad host range mercury resistance plasmid pSB102 isolated from a microbial population residing in the rhizosphere of alfalfa
Schneiker-Bekel S, Keller M, Dröge M, Lanka E, Pühler A, Selbitschka W (2001)
Nucleic Acids Res 29(24): 5169-5181.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
2001 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773898
HyPaLib: a database of RNAs and RNA structural elements defined by hybrid patterns
Gräf S, Strothmann D, Kurtz S, Steger G (2001)
Nucleic Acids Research 29(1): 196-198.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
2000 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773345
The SYSTERS protein sequence cluster set
Krause A, Stoye J, Vingron M (2000)
Nucleic Acids Research 28(1): 270-272.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
1991 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773962
Gene disruption and gene replacement in Streptomyces via single stranded DNA transformation of integration vectors
Hillemann D, Pühler A, Wohlleben W (1991)
Nucleic Acids Research 19(4): 727-731.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
1990 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1868030
Sequence of a histone H2A cDNA from parsley
Spiker S, Weisshaar B, da Costa e Silva O, Hahlbrock K (1990)
Nucleic Acids Research 18(19): 5897.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC | GenBank
 
1987 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 2375969
Tight linkage of glnA and a putative regulatory gene in Rhizobium leguminosarum
Colonna-Romano S, Riccio A, Guida M, Defez R, Lamberti A, Iaccarino M, Arnold W, Priefer U, Pühler A (1987)
Nucleic Acids Research 15(5): 1951-1964.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
1987 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1773940
Organization and partial sequence of a DNA region of the Rhizobium leguminosarum symbiotic plasmid pRL6JI containing the genes fixABC, nifA, nifB and a novel open reading frame
Grönger P, Manian SS, Reiländer H, O´Connell M, Priefer UB, Pühler A (1987)
Nucleic Acids Research 15(1): 31-49.
PUB | PDF | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 
1987 | Zeitschriftenaufsatz | Veröffentlicht | PUB-ID: 1990311
Double Msp I RFLP in the human LDL receptor gene
Geisel J, Weisshaar B, Oette K, Mechtel M, Doerfler W (1987)
Nucleic Acids Research 15(9): 3943.
PUB | DOI | WoS | PubMed | Europe PMC
 

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